genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14518160--14518208	23	2.1	23	92	0	80	46	20	14	18	1.83
14520325--14520406	38	2.2	38	100	0	164	36	4	25	32	1.77
14526419--14526448	15	2.0	15	93	0	51	16	6	23	53	1.66
14529088--14529238	74	2.0	75	90	1	241	42	10	23	23	1.85
14530570--14530626	30	1.9	30	85	0	78	35	12	24	28	1.91
14536437--14536516	15	5.4	15	75	12	76	11	18	12	57	1.64
14536429--14536507	30	2.6	31	80	11	92	12	18	13	54	1.71
14541908--14541972	3	22.0	3	83	9	80	35	1	0	63	1.04
14542360--14542399	18	2.2	19	86	4	55	30	0	10	60	1.30
14542356--14542427	30	2.4	29	84	4	90	30	4	8	56	1.48
14544078--14544159	24	3.4	24	71	19	71	2	29	1	67	1.11
14550058--14550106	22	2.1	23	82	14	57	30	8	6	55	1.54
14552818--14552849	12	2.4	14	90	10	50	50	9	0	40	1.35
14553469--14553503	18	1.9	18	94	0	61	42	0	2	54	1.15
14553746--14553791	22	2.1	22	88	8	67	73	0	0	26	0.83
14555209--14555386	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
14555230--14555385	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
14568341--14568516	63	2.8	62	86	1	235	26	22	26	25	2.00
14575065--14575113	15	3.2	15	85	5	71	40	2	0	57	1.10
14577607--14577639	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
14578470--14578501	6	5.3	6	100	0	64	68	0	0	31	0.90
14578649--14578757	41	2.6	41	82	4	112	37	23	19	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14578679--14578775	41	2.4	41	87	0	149	38	21	19	20	1.94
14578933--14578984	14	3.7	14	76	7	52	28	0	23	48	1.51
14579022--14579150	7	18.1	7	70	6	80	22	0	39	37	1.54
14579077--14579150	22	3.4	22	76	9	71	22	0	39	37	1.55
14579770--14579801	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
14580091--14580199	37	2.9	37	83	5	148	12	47	11	27	1.77
14599033--14599211	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
14611377--14611503	47	2.7	45	83	13	152	22	29	18	29	1.97
14614528--14614576	24	2.0	24	84	7	64	36	22	2	38	1.66
14627976--14628146	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
14627971--14628143	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
14628566--14628625	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
14638888--14639007	62	1.9	62	96	0	222	25	16	8	50	1.73
14639676--14639893	46	4.7	46	79	9	255	28	28	21	21	1.98
14639676--14639964	139	2.1	139	96	0	524	29	28	19	22	1.98
14647149--14647320	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
14647142--14647317	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
14654721--14654942	46	4.8	46	84	9	308	29	29	20	20	1.98
14654728--14654896	93	1.8	93	96	0	311	28	29	21	20	1.98
14657235--14657301	30	2.2	30	91	0	107	14	23	35	25	1.94
14658263--14658303	21	2.0	20	86	13	57	53	0	21	24	1.46
14694732--14694763	11	2.9	11	95	0	55	59	9	25	6	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14701782--14702042	46	5.6	47	77	11	227	26	18	29	25	1.98
14701782--14702041	94	2.8	94	86	4	332	26	18	29	25	1.98
14709007--14709080	27	2.7	27	82	0	76	32	21	9	36	1.86
14709032--14709096	27	2.4	27	92	0	112	26	20	9	44	1.81
14709100--14709226	27	4.7	27	80	4	96	41	20	9	28	1.83
14709128--14709364	54	4.4	54	77	4	208	41	19	8	30	1.81
14709095--14709250	81	1.9	81	84	7	210	42	19	9	28	1.82
14709128--14709334	27	7.6	27	78	5	157	41	19	7	30	1.80
14709128--14709334	110	1.9	108	81	2	252	41	19	7	30	1.80
14709162--14709361	110	1.8	110	80	2	240	41	18	9	31	1.81
14709355--14709432	27	2.9	27	74	11	79	37	21	20	20	1.95
14710096--14710126	16	1.9	16	100	0	62	9	6	45	38	1.63
14710232--14710301	25	2.8	25	93	0	113	27	22	22	27	1.99
14710231--14710314	25	3.4	24	86	4	98	29	20	22	27	1.98
14710232--14710326	50	1.9	50	80	8	113	28	22	23	26	1.99
14710521--14710602	31	2.7	30	90	7	130	29	15	26	28	1.96
14718954--14719335	47	8.1	47	99	0	737	32	12	29	25	1.92
14719359--14720221	46	18.8	46	99	0	1681	34	10	32	22	1.88
14722996--14723167	35	4.9	35	80	0	155	17	14	27	40	1.89
14723025--14723159	70	1.9	71	86	1	191	17	14	27	40	1.88
14725853--14725967	23	4.9	24	74	12	89	33	16	20	28	1.95
14725891--14725945	22	2.5	22	82	11	67	25	21	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14726558--14726607	21	2.4	21	90	3	75	40	16	0	44	1.47
14731674--14731719	24	1.9	24	82	8	58	30	19	8	41	1.82
14733845--14733898	27	2.0	28	85	3	74	29	14	12	42	1.83
14734731--14734767	18	2.1	18	94	0	65	43	5	8	43	1.57
14734735--14734774	18	2.2	18	86	0	53	37	7	5	50	1.53
14745362--14745484	61	2.0	61	96	0	228	38	25	8	28	1.84
14745919--14746033	58	2.0	58	94	0	203	40	21	10	26	1.86
14747283--14747384	51	2.0	51	94	0	177	24	27	24	23	2.00
14752826--14752959	66	2.0	66	98	0	259	33	29	7	29	1.85
14760314--14760345	17	2.0	17	88	11	50	46	18	3	31	1.65
14763929--14763975	18	2.7	18	80	3	51	19	40	27	12	1.88
14772860--14773021	40	4.1	40	85	7	215	24	22	27	26	2.00
14772860--14773036	79	2.2	79	82	9	184	25	22	26	25	2.00
14779922--14780029	40	2.7	40	95	0	189	29	20	27	22	1.98
14781731--14781783	26	2.0	26	88	0	79	35	24	3	35	1.74
14800146--14800228	43	1.9	43	85	4	114	27	28	19	24	1.98
14806924--14807101	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
14806925--14807080	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
14806921--14807101	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
14807006--14807112	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
14815236--14815275	21	1.9	21	89	0	62	12	35	27	25	1.92
14821524--14821642	46	2.5	46	81	8	134	26	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14834867--14834901	15	2.2	16	90	5	54	2	54	0	42	1.15
14839350--14839410	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14843796--14843856	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14859566--14859726	46	3.4	47	76	18	142	28	19	27	24	1.99
14860924--14860963	21	1.9	21	94	0	71	12	35	27	25	1.92
14865206--14865357	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	26	1.94
14865206--14865382	55	3.2	55	90	0	255	31	29	12	25	1.93
14872225--14872304	29	2.7	30	84	3	108	32	12	21	33	1.91
14872694--14872913	47	4.7	47	81	9	220	28	20	28	23	1.98
14900041--14900106	30	2.2	30	94	2	116	21	27	33	18	1.96
14901250--14901279	7	4.4	7	95	4	53	76	0	10	13	1.01
14904572--14904685	54	2.1	54	96	0	210	32	8	19	39	1.82
14905038--14905127	29	3.1	29	88	1	128	27	15	27	28	1.96
14908053--14908083	16	1.9	16	93	0	53	51	19	6	22	1.69
14909549--14909634	28	3.0	28	81	3	100	31	12	27	27	1.93
14909549--14909609	29	2.1	28	84	3	77	31	13	26	29	1.93
14910087--14910119	17	1.9	17	100	0	66	24	24	24	27	2.00
14912928--14913013	28	3.0	28	81	3	100	31	12	27	27	1.93
14912928--14912988	29	2.1	28	84	3	77	31	13	26	29	1.93
14914334--14914506	46	3.7	46	71	13	138	30	23	20	26	1.99
14914339--14914544	93	2.2	93	86	0	295	29	25	19	25	1.98
14915041--14915073	17	1.9	17	88	11	50	36	3	0	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14924508--14924586	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
14924461--14924659	94	2.1	94	88	1	301	31	10	31	27	1.89
14924461--14924632	47	3.7	47	96	1	301	32	8	29	29	1.86
14928027--14928059	14	2.3	15	89	5	50	24	0	18	57	1.40
14931917--14931958	20	2.1	20	95	0	75	19	19	11	50	1.78
14932888--14932926	19	2.0	20	85	5	53	51	12	2	33	1.54
14935069--14935137	21	3.2	21	67	25	54	8	18	1	71	1.20
14936780--14936986	40	5.2	40	87	2	256	29	28	19	22	1.98
14947958--14948132	40	4.4	40	91	0	278	21	21	28	28	1.99
14951235--14951285	15	3.5	15	72	20	54	49	1	5	43	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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