genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  21  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7182748--7182807	16	3.4	16	68	27	50	23	23	18	35	1.96
7182737--7182977	37	6.0	38	81	17	292	24	22	17	36	1.94
7182700--7182992	83	3.5	83	99	0	577	24	23	16	36	1.94
7182774--7182992	46	5.2	46	78	19	278	25	22	15	36	1.94
7182831--7182890	16	3.4	16	68	27	50	23	23	18	35	1.96
7182914--7182973	16	3.4	16	68	27	50	23	23	16	36	1.94
7182608--7182992	166	2.3	171	93	4	645	23	23	15	37	1.93
7185068--7185106	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
7185135--7185174	16	2.4	17	87	4	55	5	15	0	80	0.88
7185131--7185168	10	3.7	10	89	6	58	2	15	0	81	0.80
7186695--7186814	42	2.8	42	82	5	152	30	25	15	30	1.95
7203801--7203863	23	2.7	24	68	7	58	28	17	26	26	1.98
7205315--7205361	20	2.4	20	89	3	69	36	8	10	44	1.70
7216557--7216622	30	2.2	30	81	7	73	46	4	4	43	1.44
7217947--7217990	23	1.9	23	95	0	79	43	18	0	38	1.50
7221229--7221275	23	2.0	23	95	0	85	27	21	27	23	1.99
7225257--7225292	7	5.1	7	93	0	54	44	11	11	33	1.75
7229074--7229134	19	3.3	18	75	6	68	36	4	1	57	1.30
7229079--7229153	35	2.1	37	87	5	109	34	5	4	56	1.41
7230903--7230963	30	2.0	30	100	0	122	47	26	13	13	1.79
7231020--7231044	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
7238671--7238702	15	2.1	15	100	0	64	40	0	12	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7242594--7242675	32	2.6	30	84	11	94	48	6	3	41	1.45
7252068--7252125	24	2.5	24	91	2	91	39	8	12	39	1.73
7254810--7255074	46	5.7	45	76	12	207	28	19	29	22	1.98
7256845--7256884	19	2.1	19	100	0	80	15	35	32	17	1.91
7261487--7261531	21	2.0	22	87	8	65	82	0	4	13	0.82
7261487--7261522	12	3.1	12	88	4	56	83	0	5	11	0.80
7265506--7265605	49	2.0	49	98	0	191	23	28	14	35	1.93
7266211--7266268	30	1.9	30	86	6	82	18	31	29	20	1.97
7266932--7266973	6	7.0	6	81	10	50	19	28	2	50	1.60
7283081--7283115	13	2.6	14	90	4	54	54	0	2	42	1.15
7284914--7284960	16	2.9	16	100	0	94	38	17	19	25	1.92
7284951--7285048	38	2.6	38	79	9	119	29	15	16	38	1.89
7291751--7291852	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
7291971--7292873	49	18.6	49	96	1	1626	30	28	8	33	1.86
7301328--7301551	40	5.6	40	84	6	283	26	26	22	24	2.00
7301328--7301551	83	2.8	80	86	4	290	26	26	22	24	2.00
7308761--7308889	67	1.9	67	90	0	204	14	15	1	68	1.29
7308791--7308825	19	1.9	17	88	11	52	2	17	2	77	1.02
7308916--7308954	17	2.2	17	86	4	51	10	20	0	69	1.17
7316798--7316842	16	2.6	17	82	10	56	28	11	11	48	1.73
7321734--7321764	13	2.4	13	94	0	53	35	41	9	12	1.76
7325648--7325690	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7356508--7356544	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
7357246--7357356	55	2.0	55	92	0	186	32	18	16	32	1.93
7361660--7361906	55	4.6	54	78	9	233	36	17	23	22	1.95
7361666--7361866	108	1.8	110	86	4	291	34	17	24	23	1.96
7362106--7362136	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
7371965--7372044	31	2.5	31	88	6	108	23	26	17	32	1.97
7372257--7372356	47	2.1	47	90	1	155	26	21	22	31	1.98
7372257--7372356	24	4.2	24	92	2	157	26	21	22	31	1.98
7372469--7372516	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
7375157--7375257	27	3.7	26	84	2	103	40	18	16	23	1.91
7375168--7375267	27	3.7	28	81	7	127	42	20	15	23	1.89
7375168--7375284	54	2.2	54	84	6	157	41	19	16	22	1.90
7375674--7375772	35	2.9	35	82	5	123	28	20	23	28	1.99
7376341--7376557	46	4.7	45	74	13	174	27	18	28	24	1.98
7378139--7378425	48	5.9	48	79	1	234	29	16	28	25	1.97
7378140--7378419	96	2.9	96	88	1	389	29	16	28	25	1.96
7380451--7380506	21	2.7	21	91	0	85	14	32	35	17	1.90
7380451--7380525	21	3.5	21	85	1	69	14	29	36	20	1.92
7387072--7387115	22	2.0	23	90	4	72	56	2	0	40	1.11
7397761--7397849	38	2.4	38	94	1	153	42	13	10	33	1.78
7398617--7398754	26	5.3	26	73	4	125	19	16	35	28	1.94
7398605--7398742	52	2.6	51	78	14	154	18	15	34	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7400919--7401022	28	3.7	29	83	2	106	28	26	14	29	1.95
7401116--7401160	22	2.0	22	100	0	90	33	26	8	31	1.87
7404209--7404250	16	2.6	16	75	14	50	33	19	9	38	1.84
7406868--7407019	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
7406868--7407019	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
7412318--7412347	16	1.9	16	93	6	53	50	23	0	26	1.50
7412794--7412837	20	2.2	21	80	19	58	22	15	4	56	1.57
7415892--7415929	16	2.3	17	86	13	53	50	10	0	39	1.37
7419374--7419477	33	3.3	33	75	14	110	34	25	18	22	1.96
7419353--7419477	61	2.0	61	90	3	198	32	25	18	23	1.97
7419365--7419473	28	3.7	28	73	11	92	34	25	17	22	1.95
7421170--7421288	29	4.2	29	76	10	111	31	13	26	27	1.94
7422565--7422682	27	4.4	27	90	0	182	24	22	18	33	1.97
7426483--7426605	47	2.6	47	98	0	237	28	29	18	23	1.98
7427074--7427133	30	2.0	30	86	0	84	28	23	10	38	1.87
7427589--7427688	50	2.0	50	98	0	191	41	24	2	33	1.66
7427600--7427680	25	3.2	25	64	19	69	43	24	2	29	1.67
7434107--7434242	47	3.0	43	73	14	114	29	27	19	23	1.98
7434654--7434713	30	2.0	30	86	0	84	28	23	10	38	1.87
7436772--7436868	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
7443448--7443590	69	2.1	70	94	1	252	39	18	18	23	1.92
7444107--7444187	32	2.5	31	86	5	99	29	19	11	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7444250--7444378	28	4.6	28	76	6	111	23	31	17	27	1.97
7449617--7449647	12	2.6	12	100	0	62	12	6	16	64	1.47
7459176--7459291	43	2.7	43	80	6	121	31	25	17	26	1.97
7468442--7468538	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
7471057--7471086	15	2.0	15	93	0	51	36	20	6	36	1.79
7483984--7484050	30	2.3	29	89	2	107	34	25	16	23	1.95
7489049--7489579	49	11.1	49	94	3	870	32	9	29	29	1.88
7489049--7489579	241	2.2	239	94	0	918	32	9	29	29	1.88
7489698--7489776	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
7499192--7499222	10	3.0	10	90	9	53	67	0	9	22	1.19
7499192--7499222	11	2.9	11	95	4	55	67	0	9	22	1.19
7510025--7510091	21	3.1	21	82	4	71	34	32	2	29	1.73
7512864--7512923	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
7512870--7512917	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
7517124--7517183	30	2.0	29	93	3	102	36	23	15	25	1.93
7518725--7518802	38	2.1	38	97	0	147	25	3	25	44	1.71
7521856--7521987	48	2.7	49	80	2	158	25	18	30	25	1.98
7524648--7524866	49	4.4	50	82	3	228	30	25	18	25	1.98
7524662--7524866	50	4.1	50	81	3	227	30	25	19	25	1.98
7528404--7528497	49	1.9	49	93	0	161	38	18	18	25	1.93
7536009--7536118	53	2.1	53	84	3	141	37	20	25	16	1.93
7536009--7536118	27	4.2	26	86	5	132	37	20	25	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7536533--7536563	16	2.0	15	93	6	53	9	19	19	51	1.74
7537402--7537473	36	2.0	37	86	5	103	52	20	16	9	1.72
7544554--7544588	17	2.0	18	88	5	54	14	40	28	17	1.88
7547589--7547636	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
7549759--7549928	49	3.5	49	78	2	146	28	19	26	25	1.99
7554901--7555109	41	5.2	40	87	3	125	25	27	23	23	2.00
7554924--7555109	41	4.6	41	89	3	261	24	26	24	24	2.00
7554924--7555107	81	2.3	82	84	5	257	23	26	25	24	2.00
7571941--7572018	40	2.0	40	92	0	129	21	17	29	30	1.97
7573869--7573906	20	2.0	20	89	5	60	31	18	23	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297