genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95362937--95362979	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
95366559--95366605	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
95366866--95367039	46	3.8	46	84	6	194	19	22	15	41	1.89
95366910--95367032	43	2.8	43	88	3	165	19	24	17	39	1.92
95372667--95373093	214	2.0	214	93	0	739	36	25	11	27	1.90
95373198--95373554	177	2.0	178	92	0	590	38	18	14	28	1.90
95374140--95374484	40	8.6	40	91	3	482	27	28	21	23	1.99
95374684--95374762	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
95375554--95375736	91	2.0	91	98	0	357	34	20	10	33	1.87
95381964--95382078	60	1.9	60	98	0	221	29	19	13	37	1.90
95382911--95383294	40	9.6	40	72	17	282	25	26	21	26	2.00
95382971--95383140	88	1.9	88	97	2	324	24	28	20	26	1.99
95383067--95383286	112	2.0	112	98	0	422	25	25	21	27	2.00
95391133--95391317	79	2.3	81	83	7	227	25	26	22	25	2.00
95391133--95391317	40	4.7	40	79	11	193	25	26	22	25	2.00
95399153--95399325	46	3.7	46	74	10	172	20	21	28	29	1.98
95399150--95399320	93	1.8	93	91	0	279	19	21	29	28	1.98
95416442--95416664	40	5.6	40	87	5	267	24	23	26	25	2.00
95416441--95416664	79	2.8	78	83	4	272	24	23	26	25	2.00
95416485--95416687	79	2.6	78	82	4	230	25	23	26	25	2.00
95428308--95428336	11	2.6	11	100	0	58	17	6	0	75	1.01
95436051--95436329	96	2.9	98	80	9	252	29	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95436106--95436329	50	4.6	49	78	9	208	29	18	27	24	1.98
95442439--95442716	48	5.7	49	79	5	253	30	19	26	23	1.98
95444847--95444949	18	5.4	18	69	17	64	12	24	25	37	1.90
95444849--95444960	39	2.9	39	90	5	190	12	24	24	39	1.89
95450138--95450246	28	3.9	28	78	9	116	25	14	33	26	1.95
95450157--95450246	27	3.2	27	75	10	83	26	15	33	24	1.95
95452306--95452356	23	2.2	23	100	0	102	50	13	7	27	1.69
95457523--95457728	39	5.3	39	89	0	288	30	26	22	20	1.98
95466114--95466291	27	6.6	27	82	0	230	26	19	18	35	1.94
95466318--95466774	27	17.0	27	80	5	320	31	12	21	34	1.91
95466312--95466773	81	5.7	81	79	2	439	32	13	20	33	1.91
95471821--95472007	88	2.1	88	95	0	338	27	24	16	31	1.96
95472424--95472457	16	2.1	17	88	5	52	35	14	8	41	1.77
95480908--95480943	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
95485155--95485326	49	3.4	49	84	4	195	24	18	27	30	1.98
95487610--95487787	27	6.6	27	82	3	169	28	28	15	27	1.96
95491375--95491418	19	2.3	19	84	0	52	9	34	0	56	1.31
95494653--95494679	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
95495862--95495929	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
95498269--95498450	46	4.0	46	92	1	276	39	14	24	21	1.91
95499789--95499905	29	4.0	29	86	0	153	27	30	13	28	1.94
95500124--95500170	16	2.9	16	87	6	60	8	17	21	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95503119--95503152	18	1.9	18	88	5	52	35	14	11	38	1.83
95504209--95504325	29	4.0	29	84	0	117	28	29	13	28	1.94
95505687--95505755	31	2.2	31	89	0	102	18	31	36	13	1.89
95508461--95508611	73	2.1	73	91	0	239	29	15	9	45	1.78
95510046--95510119	36	2.1	36	94	0	130	31	13	13	41	1.83
95533787--95533844	29	2.0	29	93	0	98	20	27	29	22	1.99
95535750--95535786	11	3.4	11	88	0	56	78	0	2	18	0.87
95535754--95535784	16	1.9	16	93	0	53	80	0	3	16	0.83
95539809--95539931	47	2.6	47	78	7	142	33	26	15	25	1.95
95539886--95540037	54	2.9	52	81	5	171	30	26	16	25	1.97
95542428--95543025	72	8.3	72	76	4	476	35	21	15	27	1.94
95542428--95543025	144	4.2	144	79	4	557	35	21	15	27	1.94
95542445--95542976	216	2.5	214	82	4	622	34	21	16	27	1.95
95543404--95543462	27	2.2	27	81	0	64	27	20	22	30	1.98
95549044--95549086	19	2.3	19	80	15	54	48	4	0	46	1.22
95551837--95551864	13	2.2	13	100	0	56	0	28	0	71	0.86
95551848--95551889	10	4.1	10	79	14	50	4	28	0	66	1.12
95551837--95551890	20	2.8	18	76	13	54	3	27	0	68	1.06
95551850--95551899	26	2.0	25	84	4	64	6	30	0	64	1.18
95552943--95553001	26	2.3	25	83	13	75	40	23	6	28	1.80
95553109--95553190	28	3.0	27	80	5	92	18	25	20	35	1.95
95560841--95560899	26	2.3	25	80	13	66	37	25	10	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95561006--95561117	28	4.0	28	85	1	154	16	24	21	37	1.94
95571105--95571164	27	2.2	27	81	0	75	25	16	36	21	1.94
95574320--95574424	21	5.0	21	74	5	95	39	24	19	17	1.92
95575785--95575866	32	2.6	30	83	11	85	48	6	4	40	1.49
95578037--95578164	44	3.0	43	73	15	127	32	27	15	24	1.95
95580997--95581142	50	3.0	49	83	4	161	27	25	18	28	1.98
95582586--95582645	18	3.3	19	79	6	70	66	3	1	28	1.17
95582788--95582846	20	3.0	21	78	9	70	55	0	3	40	1.16
95582790--95582848	19	2.9	21	78	16	63	55	0	3	40	1.16
95582911--95582949	20	1.9	21	89	5	62	69	2	0	28	1.02
95583210--95583334	10	13.1	9	73	10	54	27	2	2	68	1.15
95583291--95583334	19	2.3	19	92	4	70	27	4	0	68	1.09
95583276--95583479	45	4.5	45	73	14	161	30	3	0	65	1.16
95583306--95583360	26	2.1	26	86	6	76	27	1	1	69	1.09
95583316--95583347	16	1.9	17	93	6	57	31	0	0	68	0.90
95583275--95583464	81	2.3	81	76	11	181	31	3	1	64	1.16
95583189--95583478	9	31.6	9	67	18	109	29	3	1	65	1.19
95583422--95583488	27	2.4	28	82	2	82	23	2	2	70	1.15
95583439--95583488	9	5.0	10	80	9	50	24	2	2	72	1.06
95583439--95583488	20	2.6	19	83	3	64	24	2	2	72	1.06
95584940--95584968	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
95585333--95585395	26	2.4	26	91	0	90	39	19	0	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95593512--95593745	48	4.8	48	83	1	270	29	17	26	26	1.98
95601145--95601417	48	5.6	48	81	2	287	28	17	27	25	1.98
95601135--95601419	96	2.9	96	88	1	390	28	18	27	25	1.98
95608080--95608140	28	2.2	28	96	0	113	39	6	19	34	1.78
95608415--95608440	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95608454--95608501	25	1.9	25	87	8	71	39	4	6	50	1.47
95612711--95612752	6	7.3	6	78	10	52	21	0	2	76	0.90
95612711--95612752	22	1.9	22	90	0	66	21	0	2	76	0.90
95612714--95612748	16	2.2	16	89	0	52	20	0	2	77	0.90
95618378--95618545	46	3.7	46	89	1	239	41	14	23	20	1.90
95618806--95618852	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
95623647--95623739	45	2.1	43	90	7	143	23	31	21	23	1.99
95623726--95623751	12	2.2	12	100	0	52	23	26	19	30	1.98
95625231--95625309	27	3.1	27	64	14	76	37	10	2	49	1.50
95625220--95625320	50	2.0	50	98	0	193	38	7	2	50	1.47
95625219--95625296	23	3.2	23	65	25	61	38	6	1	53	1.35
95627143--95627276	47	2.9	47	81	0	169	26	23	16	33	1.96
95629139--95629254	57	2.0	57	83	6	146	31	15	20	32	1.94
95629159--95629268	57	1.9	57	81	7	134	31	16	21	30	1.95
95631483--95631516	14	2.4	14	95	0	59	41	20	0	38	1.53
95636157--95636182	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
95646231--95646278	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95646326--95646381	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
95646315--95646381	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
95646430--95646526	23	4.0	24	84	14	128	29	20	21	27	1.98
95646720--95646783	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
95652844--95652899	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
95652833--95652899	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
95652950--95653067	23	5.1	23	93	4	211	28	22	21	27	1.99
95653089--95653152	31	2.1	31	84	0	83	40	14	20	25	1.89
95654162--95654254	39	2.4	39	82	12	111	27	25	17	29	1.97
95662097--95662274	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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