genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  284  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96516012--96516041	15	2.1	14	93	6	51	90	0	10	0	0.47
96517080--96517476	78	4.7	88	80	10	245	31	19	23	24	1.98
96517214--96517447	78	3.0	78	91	2	398	32	19	24	23	1.98
96517477--96517646	89	1.9	89	95	0	304	27	15	31	25	1.95
96517387--96517660	45	6.1	45	80	6	304	29	16	29	25	1.96
96517461--96517666	89	2.3	89	86	2	250	30	16	30	23	1.96
96518010--96518107	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
96518010--96518100	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
96518010--96518123	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
96518390--96518424	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
96519071--96519190	13	9.1	13	69	17	86	50	17	3	28	1.62
96519085--96519182	25	3.7	25	69	15	63	51	17	3	28	1.60
96526267--96526305	14	2.8	14	84	0	51	41	46	0	12	1.42
96530270--96530312	20	2.2	20	100	0	86	41	4	23	30	1.74
96531199--96531245	19	2.5	19	85	0	67	25	6	19	48	1.72
96532501--96532569	34	2.0	34	94	0	120	17	13	13	56	1.67
96532504--96532580	34	2.3	34	86	4	102	18	11	15	54	1.70
96536732--96536774	20	2.2	20	100	0	86	41	4	23	30	1.74
96537661--96537707	19	2.5	19	85	0	67	25	6	19	48	1.72
96538963--96539031	34	2.0	34	94	0	120	17	13	13	56	1.67
96538966--96539042	34	2.3	34	86	4	102	18	11	15	54	1.70
96544654--96544831	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96544675--96544830	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
96552844--96553021	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
96552865--96553020	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
96553505--96553531	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
96571882--96571955	31	2.4	32	77	11	82	24	5	5	64	1.36
96572223--96572258	18	1.9	18	88	5	54	38	0	5	55	1.23
96572284--96572341	24	2.5	22	81	10	71	37	0	6	55	1.27
96572284--96572348	22	2.8	23	78	17	71	38	1	7	52	1.40
96572284--96572385	47	2.2	46	80	15	104	37	1	6	53	1.39
96583833--96584075	76	3.3	72	82	8	281	27	14	20	37	1.92
96584055--96584082	14	2.0	14	100	0	56	14	14	7	64	1.48
96584005--96584217	91	2.4	89	88	4	313	29	17	20	33	1.95
96584270--96584415	73	2.0	73	87	0	211	26	18	25	30	1.98
96584395--96584425	14	2.2	14	94	0	53	16	9	6	67	1.39
96584483--96584518	18	2.0	18	88	0	54	13	8	5	72	1.27
96586439--96586463	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
96587038--96587095	24	2.5	22	81	10	71	37	0	6	55	1.27
96587038--96587102	22	2.8	23	78	17	71	38	1	7	52	1.40
96587038--96587139	47	2.2	46	80	15	104	37	1	6	53	1.39
96588831--96588892	30	2.1	30	93	0	106	25	11	11	51	1.71
96593810--96594925	560	2.0	555	96	0	2034	29	20	17	33	1.95
96599924--96599963	19	2.2	18	86	13	55	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96600252--96600282	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
96602095--96602154	17	3.2	19	81	15	72	25	5	0	70	1.08
96604788--96604880	45	2.1	45	83	4	116	27	25	13	32	1.94
96607175--96607264	45	2.0	45	95	0	162	43	5	3	47	1.43
96607796--96607895	28	3.4	28	68	18	78	34	0	5	61	1.18
96644150--96644297	40	3.7	40	97	0	280	24	27	22	25	2.00
96651659--96651769	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
96651682--96651826	40	3.6	40	84	4	184	23	25	24	26	2.00
96662316--96662378	29	2.2	28	89	8	101	15	20	36	26	1.93
96662325--96662382	29	2.0	29	100	0	116	17	20	34	27	1.95
96666758--96666802	11	4.4	11	78	13	51	35	13	17	33	1.89
96666752--96666802	9	5.1	10	77	13	52	35	11	17	35	1.87
96666852--96666947	26	3.8	26	87	2	117	28	23	21	26	1.99
96666876--96666960	25	3.4	26	76	15	65	29	21	21	28	1.98
96667167--96667250	31	2.7	31	88	1	125	35	16	22	25	1.95
96669082--96669122	20	2.0	21	86	13	59	56	7	4	31	1.48
96671766--96671799	14	2.4	14	100	0	68	47	5	14	32	1.69
96674360--96674540	41	4.4	40	77	5	166	38	21	17	22	1.93
96674361--96674547	82	2.3	82	81	9	220	38	20	17	22	1.93
96676182--96676235	27	2.0	27	100	0	108	29	11	18	40	1.85
96690231--96691104	437	2.0	437	100	0	1748	37	19	9	34	1.84
96702720--96702763	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96702849--96702970	42	2.9	42	81	7	147	29	24	14	31	1.95
96708504--96708591	28	3.2	28	82	3	99	36	21	26	15	1.94
96708698--96708756	26	2.3	25	82	8	73	28	10	23	37	1.88
96709824--96709878	18	2.8	19	76	10	58	67	0	29	3	1.08
96710861--96710893	16	2.1	16	94	0	57	69	3	0	27	1.03
96718831--96718965	56	2.4	56	92	0	216	34	23	11	29	1.91
96724703--96724765	30	2.1	30	84	0	81	14	14	14	57	1.66
96731304--96731443	63	2.2	63	100	0	280	22	22	30	24	1.99
96740714--96740769	28	2.0	28	92	0	94	50	19	12	17	1.78
96740965--96741011	23	2.0	23	100	0	94	40	8	25	25	1.84
96748031--96748139	27	4.0	27	83	8	132	15	23	22	37	1.93
96748031--96748139	54	2.0	54	87	3	157	15	23	22	37	1.93
96756407--96756483	38	2.0	38	100	0	118	54	7	5	32	1.51
96760061--96760104	23	1.9	23	81	9	54	61	9	2	27	1.38
96760300--96760370	36	2.0	36	91	0	115	28	15	25	30	1.96
96760195--96760608	37	11.4	36	74	9	308	31	15	19	33	1.93
96760246--96760608	73	5.1	72	73	8	258	31	15	19	33	1.93
96762465--96762642	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
96762466--96762621	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
96762462--96762642	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
96770655--96770832	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
96770656--96770811	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96770652--96770832	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
96776689--96776722	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
96777056--96777090	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
96780639--96780855	55	4.0	53	78	6	177	22	23	16	36	1.94
96787061--96787091	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
96787058--96787097	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
96799334--96799384	25	2.0	25	100	0	102	21	15	7	54	1.66
96802333--96802502	47	3.6	48	83	10	235	28	20	30	21	1.98
96802330--96802503	94	1.9	94	98	0	339	28	20	29	21	1.98
96804633--96804694	29	2.2	29	82	2	72	27	30	16	25	1.96
96804929--96804963	8	4.4	8	88	0	52	2	22	22	51	1.61
96806079--96806111	16	2.1	16	88	11	50	15	6	27	51	1.66
96818993--96819032	13	3.1	13	85	0	62	17	27	37	17	1.92
96829554--96829592	21	1.9	20	89	5	60	12	38	28	20	1.89
96832733--96833052	46	7.0	46	89	2	437	21	23	14	40	1.91
96832733--96833052	92	3.5	92	93	0	514	21	23	14	40	1.91
96832733--96833051	138	2.3	138	90	1	487	21	23	14	40	1.90
96836318--96836422	27	3.9	26	79	7	111	17	23	21	37	1.94
96836318--96836429	54	2.1	54	84	3	145	16	23	22	37	1.94
96844180--96844208	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
96849591--96849639	12	3.9	12	79	10	53	8	10	0	81	0.87
96849593--96849623	14	2.2	14	94	0	53	3	9	0	87	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96849591--96849629	20	2.0	20	89	0	60	5	10	0	84	0.76
96852530--96852558	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
96855888--96856097	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
96855835--96856097	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
96855888--96856132	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
96868103--96868252	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
96868127--96868310	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
96884721--96884941	48	4.6	48	79	6	189	25	15	30	28	1.96
96884722--96884941	96	2.3	95	82	7	266	25	15	30	29	1.96
96900465--96900696	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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