genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30202191--30202258	26	2.6	26	79	9	84	33	23	16	26	1.95
30205640--30205833	57	3.4	56	86	1	235	32	24	13	29	1.93
30215576--30215698	61	2.0	61	96	0	228	43	23	2	30	1.67
30217265--30217303	19	2.1	19	100	0	78	35	5	15	43	1.69
30218066--30218166	32	3.2	32	77	2	96	32	20	19	26	1.97
30218597--30218668	27	2.7	27	80	0	99	30	9	16	43	1.80
30225308--30225407	27	3.7	27	74	5	87	39	7	15	39	1.74
30230282--30230453	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
30230275--30230450	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
30237858--30238029	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
30237851--30238026	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
30242184--30242390	53	3.8	55	77	4	215	19	23	18	38	1.93
30243629--30243655	12	2.2	12	100	0	54	25	18	22	33	1.97
30245977--30246031	25	2.1	28	83	10	71	36	0	18	45	1.49
30249272--30249373	29	3.6	29	80	4	109	26	30	14	28	1.95
30256465--30256566	40	2.6	40	87	1	134	20	26	23	29	1.99
30262782--30262877	28	3.4	27	83	13	131	25	31	15	28	1.96
30266624--30266782	48	3.3	47	78	3	165	27	17	30	25	1.97
30272730--30272762	17	2.0	17	88	5	50	57	18	0	24	1.40
30275034--30275073	21	2.0	20	85	14	55	27	0	22	50	1.50
30288422--30288458	12	3.1	12	92	0	56	21	0	8	70	1.13
30290209--30290266	26	2.2	26	81	6	64	39	25	10	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30290373--30290488	28	4.3	27	79	5	126	18	23	20	37	1.94
30304391--30304445	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
30305963--30306068	28	3.7	26	73	25	72	30	16	26	26	1.97
30309415--30310416	49	20.6	49	98	0	1863	30	27	8	34	1.86
30313013--30313203	47	4.1	47	88	0	265	32	10	29	27	1.90
30313087--30313162	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
30313176--30313366	48	3.8	48	81	13	240	36	6	25	31	1.82
30313256--30313363	56	1.9	56	86	3	155	37	5	23	34	1.78
30313513--30313621	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
30314754--30314826	25	3.2	25	60	28	61	27	5	23	43	1.75
30314738--30314827	44	2.0	44	97	0	171	28	5	25	40	1.78
30314934--30315205	40	6.8	40	88	0	400	26	22	26	25	2.00
30319354--30319497	47	3.1	47	81	0	171	31	9	29	28	1.89
30319471--30319654	98	1.9	96	88	6	282	36	8	25	30	1.85
30319470--30319654	48	3.8	48	87	5	273	36	8	24	30	1.85
30319801--30319908	37	2.9	37	94	0	180	24	19	30	25	1.98
30322360--30322591	56	4.1	56	92	0	383	32	24	15	28	1.95
30322329--30322591	112	2.3	112	89	2	386	32	24	15	28	1.95
30325550--30325619	35	2.0	35	97	0	131	48	2	24	24	1.64
30329665--30329847	51	3.7	49	78	7	172	28	26	18	26	1.98
30330641--30330700	30	2.0	30	100	0	120	30	16	13	40	1.87
30341892--30341961	28	2.5	28	84	9	90	32	27	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30353267--30353318	24	2.2	24	86	6	70	34	23	25	17	1.96
30355455--30355502	16	3.0	16	75	0	51	12	22	16	47	1.80
30367508--30367683	46	3.8	46	78	4	192	21	19	28	29	1.98
30367507--30367675	93	1.8	93	90	0	275	21	20	28	28	1.98
30370611--30370658	15	3.1	16	80	16	57	10	14	14	60	1.59
30373053--30373227	46	3.8	46	96	0	305	20	21	28	30	1.98
30376194--30376391	27	7.3	27	81	5	204	26	23	8	41	1.82
30376209--30376391	54	3.4	54	83	3	226	27	23	7	41	1.80
30376194--30376391	80	2.4	81	86	4	256	26	23	8	41	1.82
30376423--30376573	27	5.6	27	84	4	189	43	21	5	28	1.76
30376423--30376656	54	4.3	52	76	9	200	41	20	7	30	1.80
30376581--30376636	27	2.1	26	83	9	69	39	14	10	35	1.81
30377634--30377712	20	4.0	20	73	6	70	32	21	25	20	1.97
30377668--30377729	20	3.1	20	72	9	63	33	14	29	22	1.94
30377650--30377832	40	4.6	40	78	5	172	32	18	27	22	1.97
30382651--30382740	45	2.0	45	95	0	162	35	7	21	35	1.82
30390796--30390901	54	2.0	54	96	0	194	27	28	16	28	1.97
30395259--30395283	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
30395378--30395437	23	2.6	23	100	0	120	18	33	28	20	1.96
30397382--30397494	30	3.5	31	67	21	90	35	7	6	50	1.57
30397355--30397490	67	2.0	67	100	0	272	36	8	5	48	1.59
30397765--30397922	49	3.2	49	79	8	194	28	24	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30402202--30402386	40	4.7	39	85	5	214	24	23	27	25	2.00
30402199--30402409	40	5.3	40	78	11	202	25	22	26	25	2.00
30402199--30402409	79	2.7	79	79	8	275	25	22	26	25	2.00
30407212--30407256	20	2.3	20	96	3	83	48	13	8	28	1.72
30417837--30417861	11	2.3	11	100	0	50	36	28	0	36	1.58
30420427--30420544	44	2.7	44	81	10	145	25	19	27	27	1.99
30422949--30422989	22	1.9	22	95	5	75	19	29	41	9	1.83
30429296--30429414	39	3.1	39	90	0	193	24	25	26	24	2.00
30431359--30431449	46	1.9	48	84	4	123	24	31	19	24	1.98
30439412--30439490	38	2.1	38	92	4	133	27	22	11	37	1.89
30449692--30449989	40	7.5	40	95	1	462	26	27	23	23	2.00
30459046--30459197	39	3.9	39	90	0	232	23	22	29	24	1.99
30469403--30469463	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30473847--30473907	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30478294--30478354	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30486060--30486186	29	4.5	28	75	9	123	26	32	13	27	1.94
30486085--30486206	29	4.3	28	80	5	111	29	30	11	28	1.92
30486418--30486456	16	2.4	16	86	0	60	12	25	17	43	1.85
30491881--30492381	255	2.0	256	92	1	835	22	31	16	29	1.96
30494138--30494289	29	5.4	28	82	7	166	28	30	13	27	1.94
30494156--30494286	57	2.3	57	85	5	167	28	32	12	26	1.93
30498170--30498203	15	2.2	16	89	5	52	8	23	20	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30512481--30512515	17	2.0	18	88	5	54	57	20	5	17	1.60
30516657--30516694	19	2.0	19	94	0	67	36	31	7	23	1.84
30519106--30519195	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
30519301--30519365	28	2.3	28	89	0	94	33	6	27	32	1.82
30520432--30520464	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
30536007--30536184	89	2.0	89	100	0	356	37	24	7	30	1.84
30537517--30537680	43	3.8	42	78	7	161	31	26	18	23	1.97
30557612--30557746	48	2.8	48	82	2	155	28	16	28	27	1.97
30557722--30557773	27	1.9	27	96	0	95	30	19	25	25	1.98
30557674--30557818	75	1.9	75	84	2	193	27	17	26	28	1.98
30557826--30557992	90	1.9	90	83	5	221	26	19	27	26	1.99
30562201--30562392	50	3.9	49	78	2	186	27	16	26	29	1.97
30566576--30566833	68	3.9	64	77	10	191	29	15	29	25	1.96
30572313--30572488	46	3.8	46	80	12	225	18	21	31	28	1.97
30572309--30572481	93	1.9	93	97	0	328	19	21	31	27	1.97
30574742--30574911	43	4.0	42	77	11	159	35	24	14	25	1.94
30575498--30575536	21	1.9	21	89	5	62	48	25	2	23	1.63
30601208--30601440	43	5.5	42	76	10	188	25	18	24	32	1.97
30601217--30601449	84	2.8	84	84	2	299	25	18	25	31	1.97
30607095--30607199	27	3.9	27	87	0	156	37	18	20	24	1.94
30607094--30607220	27	4.7	26	82	5	137	33	18	22	25	1.96
30607087--30607225	54	2.6	54	83	0	179	35	16	20	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30607442--30607525	27	3.2	26	86	5	114	20	23	21	34	1.97
30614025--30614179	43	3.7	43	72	13	131	24	18	25	31	1.97
30616160--30616247	27	3.2	27	87	7	124	36	25	23	14	1.93
30630985--30631389	43	9.4	43	100	0	810	22	14	35	27	1.93
30631371--30631444	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
30631757--30631941	40	4.7	40	81	7	200	23	21	28	26	1.99
30631810--30631964	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	27	1.99
30638414--30638589	56	3.1	56	97	0	325	46	9	22	22	1.80
30638414--30638624	112	1.9	112	79	7	241	49	9	21	20	1.76
30638777--30638850	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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