genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23331717--23331832	57	2.0	57	91	0	187	34	12	12	40	1.81
23334101--23334262	50	3.2	50	94	0	288	41	22	11	24	1.87
23341056--23341200	50	2.9	50	87	0	218	44	18	11	25	1.84
23347658--23347695	18	2.1	18	90	9	60	65	0	0	34	0.93
23348630--23348708	31	2.6	29	82	8	77	43	5	6	45	1.51
23348886--23348955	29	2.3	29	85	9	88	41	15	8	34	1.78
23349470--23349517	25	1.9	25	83	8	62	6	12	2	79	1.01
23356357--23356391	14	2.5	14	100	0	70	37	34	11	17	1.85
23364353--23364403	27	2.0	26	84	7	68	50	1	5	41	1.37
23365105--23365154	20	2.5	22	81	15	63	58	0	4	38	1.17
23365105--23365160	20	2.8	19	82	15	60	55	1	3	39	1.28
23366793--23366850	18	3.3	18	72	18	68	34	18	6	39	1.78
23366782--23366851	34	2.1	34	100	0	140	34	17	5	42	1.73
23381592--23381774	94	2.0	93	94	0	312	39	10	14	34	1.81
23386658--23386711	29	2.0	28	82	13	69	25	3	29	40	1.73
23396254--23396391	40	3.5	40	78	6	156	23	22	27	26	2.00
23396618--23396659	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
23405293--23405579	83	3.5	83	94	0	502	25	20	20	33	1.97
23408650--23408751	28	3.7	27	82	11	125	25	34	14	25	1.94
23408965--23409007	8	5.4	8	82	0	50	9	20	23	46	1.79
23408965--23409002	16	2.4	16	95	0	67	7	23	23	44	1.79
23413354--23413533	71	2.6	69	79	5	209	42	18	11	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23426374--23426427	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
23426432--23426546	54	2.1	54	87	1	160	24	18	17	40	1.91
23426428--23426545	27	4.4	27	82	0	128	24	16	18	39	1.91
23431910--23431961	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23433786--23433963	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23433807--23433962	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23441850--23442027	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23441871--23442026	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23442513--23442538	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
23443905--23444020	27	4.3	27	78	1	117	26	18	17	37	1.92
23443905--23444020	54	2.2	53	84	1	151	26	18	17	37	1.92
23447716--23447939	40	5.6	40	89	1	308	29	25	21	23	1.99
23461040--23461078	10	3.7	11	86	10	55	15	7	25	51	1.70
23461391--23461457	30	2.2	30	89	7	109	22	25	31	20	1.98
23472931--23472991	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23476639--23476674	14	2.6	14	95	0	63	41	33	8	16	1.78
23476730--23476790	28	2.2	28	88	2	88	29	13	16	40	1.86
23476770--23476844	27	2.8	27	86	11	109	30	8	20	41	1.81
23481634--23481674	19	2.2	19	100	0	82	14	36	26	21	1.93
23483126--23483190	28	2.4	27	86	2	85	33	21	23	21	1.97
23485414--23485597	91	2.0	91	98	0	359	40	20	14	23	1.90
23491114--23491170	22	2.6	22	80	0	60	33	22	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23491482--23491569	27	3.3	27	74	4	79	27	11	19	42	1.85
23491496--23491600	27	3.9	27	80	7	106	30	8	19	41	1.81
23491937--23491970	17	1.9	17	94	5	59	20	38	23	17	1.93
23498925--23499102	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23498946--23499101	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23507116--23507293	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
23507137--23507292	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
23509526--23509645	43	2.8	42	79	2	159	28	21	15	34	1.94
23510841--23510869	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
23520305--23520360	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
23526550--23526614	23	2.7	22	78	21	69	72	0	26	1	0.94
23526550--23526645	5	19.6	5	76	12	56	69	0	27	3	1.03
23556657--23556726	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
23562057--23562083	14	1.9	14	100	0	54	22	0	7	70	1.12
23563163--23563259	43	2.3	41	77	10	104	34	16	25	23	1.95
23563967--23564004	20	2.0	20	89	5	60	23	0	21	55	1.44
23567155--23567304	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
23567179--23567362	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
23569706--23569950	50	4.9	50	80	3	253	28	18	30	22	1.97
23574078--23574181	39	2.7	39	92	0	172	25	21	25	26	1.99
23577001--23577560	280	2.0	280	100	0	1120	29	18	25	27	1.98
23580811--23580988	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23580812--23580967	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23580808--23580988	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23585176--23585291	39	3.0	39	87	0	160	25	19	25	28	1.99
23585197--23585335	39	3.6	39	77	5	129	23	21	28	26	1.99
23585188--23585335	78	1.9	78	81	5	183	24	20	27	27	1.99
23596391--23596565	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
23599348--23599391	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
23602031--23602270	50	4.8	50	89	3	306	29	21	28	20	1.98
23602033--23602314	100	2.8	100	84	5	315	29	20	28	21	1.98
23622274--23622304	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23622271--23622310	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23622496--23622629	49	2.7	49	92	0	196	22	23	14	39	1.91
23622517--23622746	55	4.4	54	86	8	243	21	24	16	37	1.93
23629602--23629807	55	3.8	52	78	8	207	21	25	17	34	1.96
23630101--23630408	153	2.0	153	98	0	598	33	19	5	41	1.74
23637190--23637214	13	1.9	13	100	0	50	16	40	36	8	1.77
23637800--23638230	216	2.0	216	93	0	729	28	17	15	39	1.89
23643881--23643990	37	3.0	36	94	2	184	28	29	20	22	1.98
23644136--23644318	50	3.7	50	86	7	275	31	25	6	36	1.82
23644119--23644318	98	2.0	98	95	0	355	31	26	7	35	1.83
23650870--23651063	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
23650963--23651034	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23651255--23651279	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
23656705--23656926	46	4.7	47	77	10	197	25	21	30	22	1.99
23658787--23658853	23	2.9	23	86	6	91	29	17	25	26	1.98
23659207--23660596	694	2.0	694	97	0	2602	37	15	10	36	1.82
23663133--23663408	140	2.0	139	94	2	482	35	11	20	31	1.89
23674287--23677951	47	77.7	47	98	0	7023	32	8	29	29	1.87
23674786--23674858	22	3.3	22	65	14	60	32	10	28	27	1.91
23678070--23678148	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23678902--23679143	87	2.8	87	84	2	299	38	15	26	18	1.91
23678949--23679144	29	6.8	29	81	5	218	39	14	27	18	1.90
23680663--23680724	23	2.7	23	84	0	70	48	17	27	6	1.72
23688593--23688676	28	3.2	28	62	25	74	22	16	29	30	1.96
23688545--23688768	50	4.5	50	87	3	294	25	17	26	29	1.98
23688538--23688768	101	2.3	99	86	2	313	25	18	27	29	1.98
23688538--23688787	97	2.5	99	83	3	333	25	18	26	29	1.98
23691124--23691658	277	1.9	277	93	1	930	35	9	21	33	1.87
23692050--23692112	15	4.2	14	80	8	63	9	15	15	58	1.62
23705911--23706157	125	2.0	125	92	0	413	25	21	15	37	1.93
23718886--23719056	40	4.1	40	79	12	193	26	28	20	25	1.99
23718961--23719054	47	2.0	47	95	0	170	28	28	20	22	1.98
23723574--23723631	27	2.1	27	80	0	62	32	15	20	31	1.94
23724309--23724344	18	1.9	19	88	5	56	50	8	11	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23726311--23726415	43	2.4	43	79	0	120	28	16	23	31	1.96
23731102--23731195	40	2.3	40	83	3	118	26	13	30	28	1.94
23738453--23738546	40	2.3	40	87	3	136	26	15	30	26	1.96
23743561--23743754	96	2.0	96	98	0	379	45	8	20	25	1.78
23744595--23744707	38	2.9	38	89	2	154	22	24	27	25	2.00
23744611--23744718	38	2.8	38	91	0	162	20	24	27	27	1.99
23744690--23744878	43	4.4	43	89	1	274	12	23	33	30	1.92
23744711--23744878	86	2.0	86	96	0	309	11	23	33	30	1.91
23749901--23749997	40	2.4	40	84	3	124	26	14	31	26	1.95
23755625--23755664	21	1.9	21	84	0	53	37	7	27	27	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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