genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24901509--24901587	18	4.3	18	80	7	61	43	12	10	34	1.76
24901502--24901590	36	2.4	37	77	1	108	40	12	10	37	1.77
24901520--24901587	18	3.7	18	82	2	82	44	11	7	36	1.69
24901715--24901827	47	2.4	47	89	1	163	41	21	19	17	1.90
24904540--24904574	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
24904540--24904579	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
24920901--24921718	71	11.5	71	98	0	1593	47	11	16	23	1.79
24923990--24924027	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
24943398--24943480	40	2.1	40	83	0	103	37	22	13	26	1.91
24944260--24944321	23	2.5	26	84	12	85	41	16	0	41	1.48
24944254--24944309	23	2.4	23	96	0	103	44	14	0	41	1.45
24946540--24946631	43	2.1	43	84	11	118	23	20	29	26	1.99
24948324--24948361	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
24948591--24948761	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
24948586--24948758	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
24949181--24949240	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
24953744--24953803	30	2.0	30	86	0	84	25	26	23	25	2.00
24955943--24955980	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
24956210--24956380	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
24956205--24956374	46	3.7	46	77	10	175	30	27	19	22	1.98
24956800--24956859	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
24958929--24958965	15	2.4	16	91	8	60	32	2	8	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24965208--24965299	43	2.1	43	84	11	118	23	20	29	26	1.99
24966857--24966948	43	2.1	43	82	11	109	25	20	28	26	1.99
24968641--24968805	49	3.6	46	82	7	144	29	24	14	31	1.95
24968682--24968852	47	3.6	48	82	6	179	30	26	14	28	1.95
24968878--24969010	31	4.3	31	90	0	194	26	25	21	27	1.99
24973024--24973056	17	1.9	17	100	0	66	30	18	15	36	1.91
24977954--24978036	40	2.1	40	88	4	123	38	22	14	24	1.92
24980636--24980797	42	3.9	42	78	11	181	30	15	24	29	1.96
24991787--24991962	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
24991784--24991954	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
24995228--24995273	24	2.0	23	95	4	83	52	23	17	6	1.68
24995503--24995608	29	3.7	29	80	6	108	27	16	31	25	1.96
24995870--24995920	27	2.0	26	84	7	68	43	23	17	15	1.88
24996657--24996689	17	2.0	17	88	5	50	39	21	9	30	1.84
25005344--25005432	39	2.3	39	88	0	133	32	15	21	30	1.94
25012527--25012704	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25012548--25012703	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25013188--25013213	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
25014555--25014749	50	3.9	50	80	1	212	25	17	27	28	1.98
25015986--25016110	47	2.7	48	82	8	134	26	18	29	25	1.98
25023831--25024735	96	9.3	95	76	14	771	32	9	28	28	1.89
25023831--25024288	49	9.6	49	87	9	662	34	8	28	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25024417--25024591	25	7.3	25	61	22	70	33	6	29	30	1.82
25024390--25024735	47	7.3	47	91	1	521	32	8	30	28	1.87
25024442--25024517	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
25024374--25024735	143	2.5	143	89	2	532	33	8	29	28	1.86
25024854--25024955	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
25042264--25042367	44	2.4	42	98	0	145	27	21	22	28	1.99
25056009--25056239	41	5.7	41	83	2	250	30	25	17	26	1.97
25067175--25067216	11	3.7	12	81	18	54	78	0	2	19	0.86
25067187--25067218	17	1.9	16	93	6	55	81	0	0	18	0.70
25068771--25068899	46	2.8	46	96	0	231	20	21	28	29	1.98
25069225--25069268	22	2.0	22	100	0	88	27	22	9	40	1.84
25075383--25075534	27	5.6	27	90	2	223	30	28	14	26	1.95
25075383--25075534	55	2.8	54	88	2	223	30	28	14	26	1.95
25075383--25075534	82	1.9	82	90	0	241	30	28	14	26	1.95
25093340--25093369	13	2.3	13	100	0	60	40	13	13	33	1.83
25093353--25093413	31	2.0	31	96	0	113	45	16	9	27	1.79
25093512--25093703	27	7.1	27	90	0	276	26	21	18	33	1.97
25096003--25096167	43	3.9	42	79	9	154	32	23	18	25	1.97
25101818--25101855	7	5.4	7	81	12	51	57	28	2	10	1.45
25104472--25104695	46	4.8	49	72	15	163	27	19	29	23	1.98
25104564--25104692	50	2.7	48	79	9	147	27	18	29	24	1.98
25109962--25109994	6	5.5	6	92	0	57	81	0	3	15	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25112178--25112220	22	1.9	23	90	4	70	53	4	0	41	1.21
25113513--25113590	34	2.3	35	77	6	88	32	23	20	24	1.98
25115764--25115789	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
25128415--25128475	29	2.1	29	87	3	88	29	13	27	29	1.94
25128423--25128533	29	3.8	29	83	2	98	27	15	26	30	1.96
25128460--25128538	29	2.7	29	88	0	113	30	16	24	29	1.96
25130845--25130912	28	2.4	28	92	2	109	32	29	13	25	1.93
25130904--25131071	92	1.8	92	100	0	336	33	28	13	25	1.93
25134353--25134401	21	2.5	19	83	12	55	20	28	36	14	1.92
25137033--25137215	40	4.6	40	80	6	203	25	21	27	25	1.99
25137084--25137248	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
25144517--25144704	40	4.7	40	96	0	340	22	28	20	29	1.98
25153010--25153277	40	6.7	40	96	0	491	22	27	20	29	1.98
25153818--25153969	74	2.1	74	98	0	295	31	26	10	31	1.90
25156891--25157049	79	2.0	79	100	0	318	29	25	18	26	1.98
25159130--25159258	65	2.0	65	93	0	222	29	24	24	21	1.99
25160765--25161410	323	2.0	323	95	0	1157	25	28	17	28	1.97
25163567--25164520	39	24.3	39	95	1	1689	23	27	22	26	1.99
25165983--25166106	62	2.0	62	98	0	239	25	28	9	36	1.88
25171051--25171104	24	2.2	24	100	0	108	7	29	42	20	1.79
25175338--25175377	20	2.0	20	85	0	53	2	22	0	75	0.93
25175391--25175633	121	2.0	121	100	0	486	28	9	8	53	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25180647--25180698	21	2.4	21	74	6	50	32	26	25	15	1.95
25180890--25180923	16	2.1	17	88	5	52	32	29	0	38	1.58
25181515--25181570	16	3.6	16	82	15	57	55	0	0	44	0.99
25181518--25181563	16	2.8	17	81	15	60	54	0	0	45	0.99
25182811--25182862	21	2.4	21	74	6	50	32	26	25	15	1.95
25183054--25183087	16	2.1	17	88	5	52	32	29	0	38	1.58
25183679--25183734	16	3.6	16	82	15	57	55	0	0	44	0.99
25183682--25183727	16	2.8	17	81	15	60	54	0	0	45	0.99
25184662--25184708	6	7.8	6	83	9	60	55	0	25	19	1.43
25187040--25187177	6	23.0	6	69	14	88	50	13	16	19	1.79
25187039--25187177	30	4.7	29	78	10	129	50	13	16	19	1.78
25187605--25187710	27	3.9	27	87	0	149	25	18	18	36	1.94
25187602--25187710	54	2.0	54	89	0	164	24	19	19	36	1.94
25187700--25187854	27	5.8	27	82	11	151	30	8	20	40	1.82
25187675--25187871	54	3.7	53	76	9	168	30	9	20	39	1.84
25187756--25187886	27	4.9	27	83	3	120	30	6	20	41	1.78
25187875--25188438	108	5.2	108	89	2	751	40	8	22	28	1.83
25187875--25188438	27	20.9	27	86	4	649	40	8	22	28	1.83
25199846--25199968	42	2.9	43	76	12	128	30	26	17	26	1.97
25199921--25200138	48	4.6	48	80	3	244	27	30	17	24	1.97
25207274--25207376	22	4.6	23	75	12	79	35	19	25	19	1.95
25207291--25207374	23	3.7	22	77	12	64	34	19	28	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25207275--25207388	22	5.1	21	75	17	72	36	17	25	20	1.94
25208884--25208988	35	3.0	35	77	1	102	37	14	17	31	1.89
25218353--25218469	48	2.6	42	78	8	108	28	17	27	27	1.97
25221505--25221548	22	1.9	22	86	9	61	34	18	2	45	1.62
25221772--25221869	25	3.9	25	86	0	115	32	16	17	33	1.92
25221789--25221869	25	3.2	25	89	0	126	33	18	16	32	1.93
25232261--25232523	40	6.6	40	88	3	316	24	20	28	26	1.99
25236136--25236258	60	2.1	60	90	4	196	30	13	7	48	1.69
25238077--25238328	27	9.3	27	88	1	317	28	23	7	40	1.81
25238077--25238328	81	3.1	80	88	3	362	28	23	7	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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