genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63249484--63249598	27	4.3	27	85	0	131	41	19	9	29	1.83
63249636--63249841	27	7.6	27	83	5	247	34	17	22	24	1.96
63249634--63249840	54	3.8	54	87	2	274	34	18	22	24	1.96
63250044--63250113	25	2.8	25	86	0	95	28	25	21	24	1.99
63250054--63250140	25	3.5	24	78	12	70	27	24	21	26	1.99
63251446--63251658	43	4.9	44	76	9	188	25	16	27	30	1.97
63251457--63251621	45	3.8	43	77	8	122	24	18	27	30	1.98
63252343--63252387	19	2.4	19	100	0	90	28	4	24	42	1.74
63253351--63253453	52	2.0	51	96	1	188	32	22	25	20	1.98
63255673--63255850	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63255674--63255829	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63255670--63255850	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
63263683--63263834	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
63263683--63263834	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
63267246--63267300	24	2.3	24	87	0	74	14	21	10	52	1.72
63269367--63269460	28	3.2	27	71	21	73	27	26	19	26	1.99
63269367--63269496	60	2.2	59	82	8	147	27	23	20	28	1.99
63277331--63277506	27	6.5	26	82	5	147	26	15	27	29	1.96
63277330--63277485	82	1.9	81	84	8	210	26	16	28	28	1.97
63277326--63277506	82	2.2	81	80	6	206	27	16	27	29	1.97
63277411--63277517	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
63281672--63281926	55	4.8	54	78	12	253	35	16	26	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63281682--63281879	108	1.8	110	91	4	330	33	16	26	23	1.95
63287496--63287525	13	2.3	13	94	0	51	46	23	10	20	1.80
63287513--63287740	43	5.3	43	91	0	294	32	26	13	27	1.94
63295525--63295558	10	3.4	10	100	0	68	8	32	32	26	1.87
63298788--63298926	6	22.8	6	75	16	117	48	12	17	20	1.80
63298799--63298926	55	2.3	55	91	2	204	48	13	17	20	1.81
63299044--63299109	27	2.5	26	82	7	78	36	22	22	18	1.95
63299068--63299125	27	2.1	27	81	6	64	34	27	20	17	1.95
63299428--63299510	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
63299709--63299905	27	7.3	27	81	1	214	26	19	18	35	1.95
63299737--63299897	82	2.0	82	88	2	243	24	19	19	36	1.95
63299910--63300544	27	23.5	27	82	5	667	41	9	21	27	1.84
63305238--63305263	11	2.4	11	100	0	52	50	0	19	30	1.48
63309689--63309763	28	2.6	28	83	10	80	44	1	21	33	1.61
63312659--63312899	101	2.4	101	83	2	288	26	14	25	33	1.94
63320842--63320901	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
63320869--63321010	67	2.1	67	88	5	203	30	22	28	18	1.97
63320940--63320991	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
63321589--63321642	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
63321643--63321815	27	6.4	27	90	0	265	23	21	20	34	1.96
63340603--63340797	38	5.1	38	89	1	273	30	25	22	22	1.99
63345805--63345893	33	2.6	34	80	3	99	25	24	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63366623--63366702	33	2.4	34	82	2	90	30	23	16	30	1.96
63385650--63385687	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
63387849--63387952	52	2.0	52	98	0	199	27	17	31	23	1.97
63392895--63393067	46	3.7	46	77	10	190	22	20	27	30	1.98
63392892--63393062	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
63393292--63393329	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
63401043--63401121	37	2.1	37	88	4	115	24	32	18	24	1.97
63401296--63401376	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
63401239--63401409	47	3.6	47	95	2	297	30	29	8	31	1.86
63401319--63401401	25	3.5	24	66	11	71	33	27	4	33	1.78
63405680--63405795	46	2.4	46	82	5	133	28	22	13	35	1.92
63409280--63409366	36	2.4	36	98	0	165	36	17	4	41	1.70
63416331--63416937	49	12.6	49	96	1	1027	34	8	28	28	1.86
63422639--63422695	27	2.2	26	81	6	62	28	17	21	33	1.96
63426768--63426836	20	3.5	20	87	0	102	30	24	21	23	1.99
63426760--63426836	40	1.9	40	89	0	118	28	24	23	23	1.99
63428116--63428187	23	3.1	23	80	4	83	31	4	1	62	1.23
63428127--63428209	33	2.5	31	78	16	80	30	4	2	62	1.28
63434624--63434823	101	2.0	101	85	1	267	28	26	19	26	1.99
63435473--63435532	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
63436772--63436871	50	2.0	50	92	0	164	25	23	21	31	1.98
63438025--63438174	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63438049--63438232	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
63442033--63442265	101	2.3	99	85	2	313	29	26	18	26	1.98
63442033--63442266	50	4.7	50	83	1	290	29	26	17	26	1.98
63442913--63442972	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
63450591--63451137	206	2.7	205	91	0	871	30	17	23	28	1.97
63451095--63451182	43	2.0	44	82	2	106	32	14	28	23	1.94
63451674--63451727	20	2.7	20	91	0	90	29	29	20	20	1.98
63452966--63453083	5	23.6	5	68	12	55	33	5	1	58	1.32
63452944--63453009	24	2.6	25	76	19	66	33	7	1	57	1.36
63453009--63453090	33	2.5	32	78	9	85	31	4	2	60	1.30
63454976--63455008	16	2.1	16	88	5	50	39	0	3	57	1.14
63457665--63457711	24	2.0	24	100	0	94	27	21	21	29	1.98
63457769--63457825	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
63457765--63457827	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
63457864--63457911	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63460036--63460261	112	2.0	112	99	0	443	27	11	20	39	1.87
63472744--63472880	40	3.4	40	84	0	175	22	16	26	35	1.95
63481957--63482074	43	2.8	43	83	3	159	31	28	16	22	1.96
63489136--63489193	27	2.1	27	96	0	107	34	17	17	31	1.93
63502912--63503567	28	23.5	28	99	0	1287	35	28	10	25	1.90
63508762--63508981	51	4.4	51	85	5	263	28	12	30	28	1.93
63508757--63508981	101	2.2	101	80	9	264	28	12	29	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63523723--63523984	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
63530324--63530368	20	2.2	20	84	7	56	46	4	6	42	1.50
63531939--63531969	14	2.3	14	94	5	55	16	3	0	80	0.83
63533495--63533678	50	3.7	50	83	1	235	28	27	17	26	1.98
63533495--63533678	101	1.8	99	88	2	278	28	27	17	26	1.98
63535412--63535453	18	2.2	20	87	8	61	54	9	7	28	1.59
63535991--63536033	20	2.2	20	84	16	54	69	13	16	0	1.19
63537158--63537237	23	3.5	22	83	8	88	31	2	5	61	1.31
63539367--63539406	19	2.1	19	95	0	71	32	5	22	40	1.76
63542179--63542234	12	5.0	11	72	10	51	82	3	10	3	0.92
63542179--63542247	20	3.3	20	78	8	66	78	5	11	4	1.07
63544105--63544581	226	2.1	226	94	0	819	30	19	22	28	1.97
63544734--63544827	44	2.1	45	84	5	120	29	15	24	29	1.96
63545448--63545488	17	2.5	16	80	4	55	46	39	0	14	1.45
63547344--63547410	10	6.6	10	72	8	55	31	5	2	59	1.36
63547339--63547407	20	3.6	19	77	12	63	33	7	2	56	1.42
63549805--63549855	22	2.2	25	82	10	63	29	1	3	64	1.22
63565221--63565794	69	8.3	69	75	4	318	20	21	24	33	1.97
63567227--63567542	39	8.1	39	99	0	614	23	31	25	20	1.98
63569198--63569565	69	5.3	69	79	6	336	18	22	24	34	1.96
63569383--63569678	138	2.2	137	81	7	343	19	21	23	34	1.97
63579993--63580025	14	2.4	14	90	5	50	54	0	42	3	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63584803--63584845	20	2.2	20	83	8	52	4	25	18	51	1.66
63589177--63589359	27	6.8	26	83	4	186	34	20	24	20	1.96
63589177--63589359	81	2.3	81	83	3	235	34	20	24	20	1.96
63590570--63590679	26	4.2	26	97	0	193	36	25	5	32	1.79
63596245--63596299	26	2.0	28	89	6	87	30	21	0	47	1.51
63596323--63596476	26	5.9	26	95	0	254	37	25	5	32	1.78
63596323--63596476	78	2.0	78	97	0	290	37	25	5	32	1.78
63602586--63602624	15	2.6	15	95	0	69	43	12	2	41	1.56
63605757--63605838	43	1.9	43	97	0	155	43	4	19	31	1.72
63613101--63613140	17	2.3	18	86	4	55	20	42	25	12	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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