genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  297  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100854686--100854756	14	5.1	14	77	6	72	18	0	36	45	1.50
100854686--100854751	7	9.4	7	77	0	60	19	0	33	46	1.50
100854686--100854760	28	2.7	28	83	6	91	18	0	38	42	1.51
100854711--100854754	21	2.1	21	91	0	70	15	0	38	45	1.47
100854718--100854760	21	2.1	21	86	4	61	16	0	44	39	1.48
100856231--100856323	46	2.0	46	100	0	186	29	15	8	47	1.74
100856739--100856767	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
100860501--100860547	21	2.2	21	92	0	76	27	25	25	21	1.99
100860681--100860793	42	2.9	38	80	10	122	39	29	8	22	1.84
100861138--100861278	38	4.0	38	74	17	140	60	9	26	4	1.46
100861145--100861294	66	2.3	66	94	2	257	62	8	26	3	1.38
100861152--100861315	66	2.6	62	85	8	224	59	9	27	3	1.45
100861257--100861301	23	2.0	23	86	0	63	57	8	31	2	1.41
100862686--100863009	43	7.6	43	81	2	361	25	16	28	30	1.96
100862686--100863009	85	3.8	86	81	4	354	25	16	28	30	1.96
100866935--100867004	37	1.9	35	83	11	88	41	1	2	54	1.24
100866935--100867044	19	5.9	18	67	19	57	40	1	3	53	1.29
100866937--100867165	130	1.8	127	83	10	290	42	2	3	51	1.34
100873369--100873438	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
100873369--100873466	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
100883342--100883523	49	3.7	49	86	2	274	28	26	19	24	1.99
100883342--100883528	100	1.9	100	97	0	356	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100886185--100886209	13	1.9	13	100	0	50	8	32	32	28	1.86
100886490--100886566	36	2.1	36	95	0	136	29	23	12	33	1.92
100887995--100888086	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
100887976--100888139	40	4.1	40	78	10	167	24	26	23	25	2.00
100890879--100890925	18	2.5	19	82	6	60	76	2	4	17	1.04
100890881--100890925	6	7.3	6	80	5	54	77	2	4	15	1.02
100892864--100892894	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
100892861--100892900	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
100893104--100893216	53	2.1	55	83	9	144	23	25	17	33	1.96
100897496--100897671	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
100897672--100898064	47	8.4	47	93	1	585	31	9	30	28	1.88
100908427--100908587	48	3.4	47	83	5	216	28	27	15	28	1.96
100911123--100911165	6	7.2	6	84	10	61	53	16	13	16	1.73
100911123--100911168	24	1.9	24	100	0	92	54	15	13	17	1.71
100925114--100925390	145	1.9	145	97	0	527	31	24	13	31	1.93
100926978--100927018	21	2.0	21	90	0	64	24	7	41	26	1.81
100930312--100930343	17	1.9	16	93	6	55	34	6	21	37	1.79
100933955--100934086	67	2.0	65	86	2	183	43	16	6	32	1.74
100936317--100936348	17	1.9	17	93	6	57	0	12	0	87	0.54
100936315--100936349	18	1.9	18	94	0	61	0	11	0	88	0.51
100939476--100939590	57	2.0	58	93	1	196	33	10	14	41	1.80
100941587--100941628	22	1.9	22	90	0	66	28	19	33	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100941836--100941875	21	1.9	21	89	0	62	47	20	7	25	1.75
100945622--100945675	18	3.1	18	83	2	65	35	27	20	16	1.94
100945665--100945707	17	2.5	18	82	17	56	34	37	16	11	1.85
100953476--100953504	14	2.1	14	100	0	58	34	0	20	44	1.52
100956576--100956774	38	5.2	38	97	0	353	31	25	23	20	1.98
100958437--100958669	117	2.0	117	95	0	421	30	21	12	35	1.90
100959858--100959902	3	15.0	3	100	0	90	66	33	0	0	0.92
100960845--100960926	32	2.6	30	84	11	94	48	6	2	42	1.41
100963330--100963371	17	2.4	18	88	11	70	28	35	16	19	1.93
100973324--100973356	2	16.5	2	93	0	57	0	48	3	48	1.17
100983939--100983988	25	2.0	25	100	0	100	36	4	8	52	1.50
100985196--100985243	19	2.5	19	86	6	62	50	0	25	25	1.50
100986583--100986676	45	2.1	45	82	7	111	25	22	14	37	1.93
101002080--101002225	46	3.1	48	72	8	147	25	27	19	27	1.99
101007680--101007883	53	3.8	53	76	1	192	19	23	18	39	1.92
101011087--101011130	22	2.0	22	100	0	88	27	22	13	36	1.92
101023491--101023548	28	2.0	29	86	3	82	17	41	22	18	1.90
101024498--101024760	47	5.6	48	81	6	258	22	29	19	28	1.98
101024498--101024719	93	2.4	95	84	8	303	22	29	19	27	1.98
101024498--101024763	94	2.8	93	80	14	298	22	29	19	27	1.98
101034336--101034396	18	3.4	18	83	0	86	39	24	8	27	1.84
101039363--101039414	26	2.0	26	96	0	95	34	9	23	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101044616--101044691	23	3.5	21	75	10	66	22	5	2	69	1.21
101049609--101049648	20	2.0	20	85	4	55	15	17	0	67	1.23
101050170--101050229	26	2.3	26	91	2	95	40	11	20	28	1.87
101054673--101054705	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
101057178--101057355	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
101057179--101057334	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
101057175--101057355	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297

The End!