genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  9  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2990518--2990560	21	2.0	22	82	17	54	51	2	20	25	1.60
2990699--2990736	19	2.0	19	94	0	67	71	5	2	21	1.19
2991330--2991429	50	2.0	50	96	0	182	24	12	10	54	1.67
2992268--2992715	44	9.9	45	68	11	153	28	23	16	31	1.96
2992456--2992996	232	2.3	231	86	2	712	27	21	18	32	1.96
2992814--2992939	44	2.8	45	75	2	110	25	19	21	33	1.97
2992487--2993083	232	2.6	232	83	3	657	26	21	18	33	1.96
2992487--2993160	232	2.9	232	81	3	581	27	22	17	32	1.96
2994691--2994807	40	2.9	40	96	0	207	32	16	29	21	1.95
2994755--2995134	112	3.4	112	98	0	733	25	18	30	26	1.98
2997503--2997542	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
2998885--2999183	17	16.6	17	70	23	168	44	11	1	42	1.51
2998876--2999025	57	2.6	57	94	2	257	45	11	1	42	1.48
2998954--2999164	40	5.8	39	76	16	204	43	11	1	43	1.51
2998905--2999216	97	3.2	97	93	4	518	43	10	2	43	1.52
2998994--2999126	57	2.2	60	92	5	218	44	11	1	42	1.49
2998905--2999199	101	3.0	101	95	3	528	43	10	2	43	1.51
2999051--2999166	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
2999095--2999216	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52
2999188--2999258	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
2999188--2999259	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
2999522--2999748	19	12.5	19	68	23	100	46	19	0	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2999537--2999658	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
2999518--2999923	26	16.1	26	87	7	579	46	20	0	32	1.56
2999695--2999825	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
2999642--2999923	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
2999915--2999968	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
2999889--2999954	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
2999804--2999968	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
3005419--3005489	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
3005799--3006017	84	2.6	83	79	5	224	26	19	20	32	1.97
3005863--3006019	42	3.7	42	90	2	235	25	20	19	34	1.96
3018571--3018762	41	4.7	40	82	7	163	36	20	21	21	1.95
3018603--3018769	41	4.1	41	87	4	196	36	19	22	21	1.95
3024048--3024193	43	3.4	42	85	2	186	19	16	29	34	1.94
3025655--3025693	20	2.0	20	89	0	60	35	12	2	48	1.55
3026345--3026442	43	2.3	43	87	0	142	32	26	15	25	1.95
3026386--3026490	54	1.9	54	84	7	142	31	28	17	22	1.96
3026441--3026591	42	3.6	43	79	12	152	31	26	17	25	1.97
3026602--3026658	22	2.6	21	71	17	53	36	3	1	57	1.26
3031241--3031412	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
3031234--3031409	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
3038811--3039163	46	7.7	46	98	0	652	30	28	19	20	1.97
3040615--3040655	7	6.0	7	88	5	57	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3040616--3040655	20	2.0	20	90	0	62	30	0	0	70	0.88
3040604--3040655	14	3.6	14	79	10	61	32	0	1	65	1.04
3040601--3040687	8	10.9	8	73	20	58	32	0	4	63	1.15
3041387--3041488	50	2.0	50	96	0	186	47	14	4	33	1.66
3041886--3042014	40	3.2	40	84	2	152	24	21	22	31	1.98
3041616--3041993	154	2.5	153	84	2	499	28	20	21	29	1.98
3042375--3042431	27	2.1	27	100	0	114	31	7	12	49	1.67
3042518--3042601	43	2.0	43	100	0	168	32	9	11	46	1.73
3046320--3046529	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
3046267--3046529	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
3046268--3046564	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
3054211--3054553	40	8.6	40	91	2	485	24	20	27	27	1.99
3058157--3058194	20	1.9	20	84	10	51	10	36	0	52	1.36
3059108--3059138	10	3.2	10	90	9	55	70	0	0	29	0.87
3059108--3059142	9	3.9	9	88	11	54	65	0	0	34	0.93
3062340--3062456	33	3.5	33	85	4	137	40	35	8	15	1.78
3074846--3075059	45	4.6	45	73	7	205	34	19	24	21	1.97
3074843--3075139	45	6.4	47	71	12	164	35	19	22	22	1.96
3074843--3075161	140	2.3	140	97	0	602	35	19	23	21	1.96
3075141--3075242	50	2.1	49	87	5	143	37	16	23	22	1.94
3075127--3075253	50	2.5	49	78	10	130	36	18	23	22	1.95
3094868--3094952	33	2.6	33	92	0	125	40	31	10	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3096798--3097063	53	5.0	53	77	10	249	31	13	24	30	1.93
3096798--3097044	106	2.3	105	85	3	336	33	14	23	29	1.94
3096780--3097059	26	10.6	25	72	11	177	31	13	25	30	1.94
3101525--3101584	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
3109907--3109948	21	2.0	21	86	9	59	28	9	4	57	1.51
3113573--3113631	27	2.2	28	84	6	77	25	16	18	38	1.92
3120763--3120808	21	2.2	21	88	7	67	43	2	13	41	1.55
3122406--3122502	30	3.2	30	88	0	131	20	21	31	25	1.98
3137750--3137900	75	2.0	75	97	0	284	29	19	25	25	1.98
3142138--3142315	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	26	1.95
3142159--3142310	82	1.9	81	87	4	225	30	28	14	26	1.95
3142138--3142310	54	3.2	54	81	6	197	30	28	14	26	1.95
3142800--3142826	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
3147513--3147538	12	2.2	12	100	0	52	34	15	26	23	1.94
3156038--3156209	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
3156030--3156205	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
3166567--3166609	10	4.2	10	82	5	50	0	13	6	79	0.93
3166567--3166609	21	2.1	20	83	12	52	0	13	6	79	0.93
3169277--3169314	20	1.9	20	84	10	51	26	31	10	31	1.90
3179092--3179151	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
3179106--3179177	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
3181925--3182020	49	2.0	49	97	0	183	40	14	15	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3198081--3198168	44	2.0	44	84	0	113	29	29	17	23	1.97
3201444--3201765	161	2.0	161	100	0	644	28	18	16	37	1.92
3203038--3203074	18	2.1	18	89	0	56	10	0	16	72	1.10
3205096--3205246	43	3.5	44	81	4	182	27	14	25	32	1.95
3207972--3208001	11	2.9	10	90	9	51	10	6	13	70	1.34
3208190--3208545	183	2.0	181	90	1	559	20	13	10	55	1.68
3211000--3211122	47	2.6	49	93	5	223	34	6	28	30	1.83
3213163--3213495	40	8.4	40	91	1	481	21	21	30	27	1.98
3213504--3213530	8	3.4	8	100	0	54	22	25	29	22	1.99
3214461--3214651	47	4.1	47	93	0	310	31	9	31	27	1.88
3214770--3214848	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
3216985--3217028	18	2.4	18	100	0	88	34	11	22	31	1.90
3216985--3217028	9	4.9	9	77	0	52	34	11	22	31	1.90
3222788--3223001	27	8.0	28	84	9	268	40	17	14	27	1.89
3222786--3223003	81	2.7	80	86	4	298	40	17	14	27	1.89
3222993--3223310	27	11.9	26	84	7	365	16	20	21	41	1.91
3222966--3223136	81	2.1	82	77	5	177	22	18	20	39	1.93
3225530--3225561	17	1.9	16	93	6	55	78	3	0	18	0.89
3229533--3229672	27	5.3	26	81	6	102	42	18	6	32	1.76
3229551--3229701	27	5.6	27	84	1	178	41	19	7	31	1.79
3229551--3229673	53	2.3	54	90	4	196	43	19	6	30	1.76
3229577--3229756	27	6.7	27	81	4	168	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3229577--3229760	81	2.3	81	81	2	201	40	20	8	30	1.82
3229762--3229834	35	2.1	35	89	0	110	36	20	5	36	1.76
3230190--3230249	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
3230368--3230440	6	11.8	6	78	16	78	17	20	15	46	1.84
3230371--3230435	25	2.6	25	95	0	112	16	21	16	44	1.86
3230368--3230440	25	2.6	28	79	18	89	17	20	15	46	1.84
3232986--3233039	24	2.3	23	78	6	54	72	1	20	5	1.14
3233003--3233069	28	2.4	28	83	11	84	68	0	25	5	1.12
3241477--3241530	22	2.5	22	78	3	56	18	29	31	20	1.96
3245969--3246045	38	2.0	38	100	0	154	25	18	11	44	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297