genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74707792--74707963	27	6.4	27	85	2	213	25	22	18	34	1.96
74707792--74707963	80	2.1	81	88	4	258	25	22	18	34	1.96
74713331--74713359	12	2.4	12	100	0	58	13	51	27	6	1.66
74715404--74715576	27	6.4	27	87	0	202	26	21	17	34	1.96
74721755--74721839	43	2.0	43	92	0	143	25	28	20	25	1.99
74721760--74721854	43	2.3	43	78	10	115	26	29	18	25	1.98
74721831--74721968	56	2.5	56	85	0	195	34	22	13	29	1.93
74722566--74722595	15	2.0	15	93	0	51	56	23	0	20	1.42
74723275--74723682	48	8.5	49	70	10	170	23	27	20	28	1.99
74723471--74723685	46	4.6	48	79	4	224	22	27	20	29	1.98
74723471--74723681	94	2.2	94	84	6	268	22	27	20	29	1.98
74724335--74724373	20	2.0	20	90	10	62	35	17	0	46	1.49
74725134--74725224	25	3.6	25	95	0	155	27	25	18	28	1.98
74729981--74730095	43	2.7	43	76	11	128	31	26	18	23	1.97
74733024--74733054	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
74734497--74734529	12	2.8	12	90	4	50	42	0	9	48	1.35
74740241--74740414	49	3.5	49	82	9	237	26	18	25	29	1.98
74740236--74740427	99	1.9	100	94	1	341	26	19	25	28	1.99
74743252--74743391	42	3.3	43	80	4	165	22	13	28	35	1.92
74759896--74759926	10	3.0	10	95	4	53	38	19	32	9	1.84
74760519--74760570	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
74767127--74767320	48	4.0	48	83	4	246	27	29	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74767142--74767324	98	1.9	98	95	3	332	27	30	17	24	1.97
74778948--74779020	9	8.6	9	71	25	61	24	0	19	56	1.42
74778967--74779020	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
74779097--74779146	24	2.1	24	88	0	73	32	18	22	28	1.97
74789799--74789834	18	2.0	18	100	0	72	38	27	5	27	1.79
74806517--74806574	17	3.4	17	76	4	64	77	3	8	10	1.10
74818998--74819087	46	2.0	46	97	0	171	42	13	11	33	1.79
74820381--74820421	20	2.0	20	100	0	82	43	4	4	46	1.46
74825041--74825069	9	3.2	9	100	0	58	65	10	0	24	1.23
74829091--74829203	43	2.6	43	76	10	113	33	26	15	23	1.95
74836459--74837389	50	18.8	50	97	2	1747	35	5	26	32	1.80
74837542--74837647	37	2.9	37	92	0	176	24	17	31	26	1.97
74855158--74855254	46	2.1	46	92	0	167	38	8	18	35	1.81
74855428--74855459	17	1.9	16	93	6	55	21	12	31	34	1.91
74859568--74859617	26	2.0	25	91	0	73	14	32	8	44	1.74
74862471--74862545	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
74862464--74862666	47	4.3	47	96	1	363	28	32	9	30	1.88
74862604--74862701	31	3.2	31	68	21	96	27	32	9	30	1.88
74862650--74862681	15	2.1	15	100	0	64	31	31	0	37	1.58
74862603--74862728	62	2.0	62	100	0	252	28	31	7	31	1.86
74862623--74862720	31	3.2	31	68	21	96	28	32	8	30	1.86
74869485--74869557	36	2.0	36	97	0	137	28	23	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74877366--74877636	94	2.9	91	84	7	305	27	19	30	22	1.98
74877369--74877684	46	6.6	50	76	12	265	28	18	29	23	1.98
74877659--74877709	25	2.0	25	92	0	84	31	17	25	25	1.97
74879043--74879576	262	2.0	262	95	0	971	29	11	23	35	1.90
74885994--74886135	40	3.6	40	89	2	207	23	23	24	27	2.00
74894140--74894321	40	4.6	40	90	2	269	23	23	25	28	2.00
74896378--74896489	56	2.0	56	87	3	163	39	19	16	24	1.92
74897917--74897958	23	1.9	21	90	9	66	52	11	11	23	1.71
74898789--74898889	46	2.2	46	89	0	157	23	18	27	29	1.98
74904146--74904300	76	2.0	76	97	0	292	30	16	16	35	1.92
74905864--74905995	65	2.0	65	98	0	255	23	17	20	38	1.93
74906756--74907024	46	5.8	46	75	14	266	21	19	28	29	1.98
74906804--74906970	47	3.6	47	77	13	209	23	19	28	29	1.98
74906753--74907017	93	2.8	93	97	0	485	22	20	28	29	1.98
74910089--74910172	29	3.0	28	79	10	98	27	29	14	28	1.95
74910383--74910417	16	2.2	16	94	0	61	14	5	14	65	1.44
74917788--74917972	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
74917841--74918005	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
74920137--74920251	29	4.0	28	76	8	115	27	26	16	28	1.97
74922154--74922323	46	3.7	46	75	13	177	22	20	27	30	1.98
74926910--74926994	29	2.9	29	98	0	161	25	16	29	28	1.97
74929545--74929606	26	2.3	27	83	8	72	16	9	6	67	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74932058--74932241	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
74932058--74932241	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
74940031--74940253	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
74940031--74940253	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
74941999--74942128	49	2.6	52	83	6	176	38	13	13	33	1.85
74955647--74955792	70	2.1	70	96	1	265	21	21	17	39	1.93
74959090--74959158	15	4.6	15	79	0	75	11	15	13	59	1.61
74959081--74959168	30	3.0	30	78	8	90	10	15	15	57	1.64
74962297--74962518	27	8.2	27	82	5	270	40	9	22	27	1.84
74964534--74964720	85	2.2	85	94	0	320	49	13	16	20	1.80
74964534--74964695	6	26.8	6	73	15	138	49	14	16	20	1.79
74964838--74964924	27	3.3	26	88	4	102	35	24	22	17	1.95
74965123--74965318	27	7.3	27	84	0	230	26	19	18	35	1.95
74965123--74965318	54	3.6	54	86	0	266	26	19	18	35	1.95
74965142--74965318	81	2.2	81	87	2	257	24	18	19	36	1.94
74965323--74965653	27	12.3	27	81	6	366	41	9	22	26	1.83
74965328--74965648	81	4.0	81	92	2	468	41	8	22	26	1.83
74968086--74968142	26	2.2	26	80	3	60	29	19	15	35	1.93
74977102--74977334	52	4.8	46	79	12	259	21	19	30	28	1.98
74977135--74977326	52	3.8	52	84	8	279	22	19	31	27	1.98
74977103--74977334	98	2.4	98	97	0	428	21	19	30	28	1.98
74979117--74979173	26	2.2	26	80	3	60	29	19	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74979461--74979499	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
74981789--74982011	40	5.6	40	86	3	245	24	21	27	26	1.99
74981864--74982046	79	2.3	80	83	1	235	25	20	27	26	1.99
74983726--74983755	10	2.9	10	95	5	51	80	6	3	10	1.01
74984933--74985040	6	17.7	6	68	6	65	70	3	19	6	1.25
74984937--74984995	18	3.3	18	80	0	73	71	6	16	5	1.26
74985001--74985038	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
74985002--74985052	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
74984954--74985058	27	3.8	27	71	9	77	68	2	20	8	1.29
74985055--74985117	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
74986900--74986945	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
74986892--74986965	30	2.5	30	84	8	80	21	20	20	37	1.94
74989835--74990817	40	24.6	40	97	0	1756	24	20	27	27	1.99
74992453--74992658	47	4.4	47	85	1	252	31	8	31	29	1.86
74992776--74992854	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
74995047--74995120	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
74995414--74995681	40	6.7	40	82	6	242	26	20	28	23	1.99
74995414--74995681	120	2.2	120	79	7	276	26	20	28	23	1.99
74995615--74995691	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
74998880--74998958	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
75002179--75002549	187	2.0	187	95	1	672	35	8	22	32	1.85
75003904--75004036	51	2.9	44	79	15	151	19	17	30	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75008066--75008133	34	2.0	34	100	0	136	35	35	14	14	1.87
75011729--75011870	40	3.6	40	88	6	209	25	26	23	25	2.00
75022505--75022599	27	3.4	27	70	22	88	17	5	22	54	1.63
75022505--75022617	58	1.9	58	100	0	226	21	4	21	53	1.63
75022521--75022611	26	3.3	26	69	21	85	21	4	21	51	1.65
75024042--75024101	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
75024386--75024442	29	2.0	28	96	0	96	33	28	22	14	1.93
75026439--75026565	47	2.7	47	81	0	146	32	29	14	23	1.95
75029764--75029810	23	2.0	24	83	4	60	53	12	6	27	1.63
75031272--75031486	48	4.5	48	89	1	297	27	16	26	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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