genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79508490--79508562	32	2.3	32	90	0	110	23	17	30	28	1.97
79516853--79517052	41	4.9	40	79	3	204	35	17	26	20	1.95
79516838--79517044	82	2.6	83	83	6	255	36	16	26	20	1.94
79518880--79519029	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
79518904--79519087	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79519393--79519452	29	2.1	29	93	0	102	41	10	23	25	1.85
79527552--79527915	27	13.6	27	78	8	253	40	20	8	30	1.82
79527600--79527919	54	6.0	52	85	5	311	39	19	9	31	1.84
79527909--79528042	27	5.0	27	86	0	178	34	20	22	22	1.97
79527908--79528042	54	2.5	54	87	0	198	34	20	22	22	1.97
79528205--79528258	25	2.2	25	86	0	72	25	20	22	31	1.98
79541621--79541699	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
79550660--79550765	49	2.2	49	81	8	128	46	12	30	11	1.76
79556427--79556548	49	2.5	49	82	6	140	27	28	18	25	1.98
79556592--79556740	46	3.2	46	71	9	122	21	29	18	30	1.97
79557442--79557466	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
79567892--79568354	47	9.6	47	90	6	701	29	29	8	32	1.87
79577779--79577899	55	2.2	55	81	0	134	30	30	22	16	1.96
79579789--79579824	11	3.2	11	92	7	63	27	0	0	72	0.85
79579789--79579822	6	5.8	6	93	6	61	29	0	0	70	0.87
79579789--79579822	17	1.9	18	94	5	61	29	0	0	70	0.87
79586198--79586273	38	2.0	38	94	0	134	39	19	5	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79586634--79586727	33	2.8	34	80	12	88	28	24	20	26	1.99
79595185--79595215	16	1.9	16	93	0	53	35	12	0	51	1.40
79597066--79597126	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79597193--79597305	57	2.0	57	98	0	217	35	18	8	37	1.82
79601980--79602339	46	7.8	45	71	16	270	29	28	19	22	1.98
79602033--79602292	47	5.6	47	75	15	279	30	29	18	22	1.97
79601987--79602343	93	3.8	93	97	0	660	29	28	19	22	1.98
79616842--79616881	17	2.4	17	91	4	64	25	0	25	50	1.50
79619919--79620014	42	2.3	42	88	0	147	25	34	21	18	1.96
79626500--79626560	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79627771--79628098	27	12.2	27	86	1	363	40	20	17	21	1.92
79641245--79641421	48	3.7	47	80	9	164	24	25	19	30	1.98
79641422--79641463	22	1.9	22	95	0	75	35	21	21	21	1.96
79641459--79641583	46	2.7	46	83	6	153	24	29	18	27	1.98
79645985--79646096	43	2.6	43	81	5	138	30	15	21	33	1.94
79648480--79648527	25	1.9	25	91	0	78	31	20	18	29	1.97
79648563--79648609	20	2.3	20	85	7	69	34	10	19	36	1.86
79648659--79648755	25	3.8	25	85	8	124	25	23	23	26	2.00
79649275--79649310	17	2.1	17	100	0	72	16	11	0	72	1.12
79656634--79656681	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
79656716--79656763	20	2.4	21	83	16	66	33	8	18	39	1.81
79656813--79656936	26	4.8	26	88	2	162	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79656813--79656948	25	5.3	26	83	7	156	29	19	21	30	1.97
79657456--79657491	17	2.1	17	100	0	72	16	11	0	72	1.12
79659244--79659352	37	2.9	37	90	0	164	26	30	19	23	1.98
79659499--79660235	48	15.0	48	89	5	1021	31	25	6	36	1.81
79659502--79660235	100	7.4	96	90	3	1024	31	25	6	36	1.81
79665285--79665350	33	2.0	33	96	0	123	39	16	15	28	1.89
79666493--79666629	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
79666603--79667741	47	24.1	47	95	1	1927	25	32	12	28	1.93
79677334--79677399	34	1.9	34	87	0	96	22	10	25	40	1.86
79677750--79677817	32	2.1	32	83	0	82	30	20	19	29	1.97
79680119--79680230	58	1.9	58	100	0	224	25	25	17	31	1.97
79684001--79684173	49	3.5	49	82	3	220	29	25	17	27	1.98
79683993--79684180	100	1.9	100	93	0	322	29	24	19	26	1.98
79686509--79686544	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
79686587--79686627	15	2.4	17	80	19	50	56	2	0	41	1.13
79702471--79702617	40	3.7	40	91	0	222	22	21	24	31	1.98
79702471--79702657	80	2.3	80	82	3	207	22	21	24	31	1.99
79710527--79710676	40	3.9	39	71	24	131	22	20	26	31	1.98
79715741--79715766	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
79718358--79718395	20	2.0	20	89	5	60	71	2	7	18	1.23
79725009--79725052	21	2.2	19	84	8	52	56	0	31	11	1.35
79731580--79731748	83	2.0	83	86	4	234	20	18	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79731580--79731748	42	4.1	41	86	3	223	20	18	23	36	1.95
79745905--79746081	42	4.3	41	82	5	187	22	16	22	38	1.93
79745905--79746083	83	2.2	84	82	6	213	22	16	22	38	1.93
79756173--79756281	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
79756490--79757150	47	14.1	47	97	0	1187	25	29	12	32	1.92
79756602--79756726	23	5.2	25	62	30	76	28	29	11	31	1.91
79756931--79757055	23	5.2	25	61	30	67	28	28	11	32	1.91
79760965--79761105	40	3.5	40	83	0	183	24	27	23	24	2.00
79762383--79762521	37	3.8	37	95	0	233	26	30	17	24	1.97
79762640--79763038	47	8.4	47	93	1	645	29	29	8	32	1.87
79765758--79765794	13	2.8	13	91	4	56	27	0	21	51	1.48
79770372--79770535	40	4.1	40	84	3	195	26	29	21	23	1.99
79770391--79770536	40	3.7	40	85	3	204	26	28	22	22	1.99
79771747--79771825	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
79771944--79773023	47	22.9	47	97	0	2025	29	30	8	31	1.87
79776218--79776496	47	6.0	47	87	7	406	29	26	18	25	1.98
79776807--79776866	30	2.0	30	86	0	84	31	25	5	38	1.77
79801635--79801676	21	2.0	21	100	0	84	23	19	14	42	1.87
79807326--79807501	46	3.8	45	76	10	167	21	19	28	31	1.97
79807323--79807492	93	1.8	93	90	0	277	21	20	28	29	1.98
79809608--79809646	20	2.0	20	89	0	60	38	12	0	48	1.42
79819812--79819969	35	4.5	35	77	1	147	40	27	10	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79819888--79819944	17	3.3	17	71	22	55	38	26	10	24	1.88
79819899--79819952	16	3.2	16	72	23	56	38	20	12	27	1.89
79820038--79820068	16	2.0	16	93	6	55	22	45	0	32	1.53
79825729--79826041	77	3.9	79	80	8	307	46	11	12	29	1.77
79831882--79831940	30	2.0	30	100	0	118	33	10	13	42	1.78
79831940--79832013	17	4.3	17	75	16	71	64	2	4	28	1.25
79831949--79832013	26	2.5	27	80	7	80	66	1	4	27	1.20
79832073--79832115	19	2.2	20	87	4	61	53	2	2	41	1.26
79832094--79832170	28	2.8	28	78	7	79	51	1	7	38	1.39
79832407--79832465	30	1.9	31	83	10	77	42	6	8	42	1.61
79832801--79832914	43	2.6	44	80	10	117	32	2	0	64	1.14
79832884--79832945	32	1.9	32	86	0	88	33	1	1	62	1.14
79832948--79832999	17	2.9	17	88	5	68	26	5	3	63	1.34
79833003--79833042	20	2.0	20	85	0	53	32	2	5	60	1.32
79835982--79836124	43	3.3	43	86	4	182	28	23	15	32	1.95
79846901--79847039	42	3.2	43	83	9	167	29	25	17	27	1.97
79849255--79849330	38	2.0	38	94	0	134	31	15	21	31	1.94
79855008--79855225	40	5.5	40	82	3	246	25	27	22	24	2.00
79857121--79857241	39	3.1	39	93	0	206	22	23	31	22	1.98
79861846--79862808	39	24.7	39	92	0	1586	23	26	20	29	1.99
79861846--79862808	78	12.3	78	99	0	1872	23	26	20	29	1.99
79864983--79865108	47	2.7	47	87	2	173	28	31	7	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79865075--79865129	21	2.4	23	82	17	78	34	30	0	34	1.58
79865086--79865129	21	2.1	21	100	0	88	34	31	0	34	1.58
79865039--79865176	68	2.0	68	97	0	258	31	30	5	32	1.81
79865107--79865214	47	2.3	47	95	0	189	31	27	7	33	1.84
79874903--79875163	39	6.7	39	91	3	427	23	26	19	29	1.99
79874903--79875163	78	3.3	78	97	0	486	23	26	19	29	1.99
79878926--79879140	46	4.6	47	77	10	185	22	27	19	30	1.98
79879012--79879185	94	1.9	92	84	7	235	23	28	18	28	1.98
79879423--79879479	27	2.1	27	83	6	71	40	5	14	40	1.68
79879728--79879858	49	2.6	50	83	4	158	25	18	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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