genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17534220--17534306	25	3.5	25	76	7	79	25	14	24	35	1.94
17537021--17537079	30	2.0	29	86	3	82	28	25	6	38	1.81
17544022--17544082	30	2.0	30	87	0	86	32	24	4	37	1.77
17556068--17556500	40	10.8	40	90	0	668	29	20	27	22	1.98
17556068--17556500	80	5.4	80	97	0	776	29	20	27	22	1.98
17558865--17558993	25	5.2	25	77	3	134	30	14	19	35	1.92
17558865--17558993	50	2.6	50	81	2	152	30	14	19	35	1.92
17564814--17564869	15	3.7	15	83	7	69	16	16	7	60	1.56
17573798--17573917	43	2.8	42	81	7	152	29	15	26	28	1.96
17581010--17581061	26	2.0	26	92	0	86	21	28	25	25	1.99
17585497--17585651	42	3.7	42	86	3	213	30	16	25	27	1.96
17585497--17585651	85	1.8	84	86	4	222	30	16	25	27	1.96
17591681--17591740	29	2.0	30	81	15	72	61	0	18	20	1.34
17592426--17592505	42	1.9	42	84	5	108	25	35	21	18	1.96
17597981--17598131	77	2.0	77	95	0	275	46	9	19	24	1.80
17600263--17600372	42	2.6	43	81	5	134	25	25	21	27	2.00
17601111--17601262	75	2.0	76	88	1	225	48	17	10	23	1.78
17602398--17602433	17	2.1	17	100	0	72	47	11	19	22	1.80
17608431--17608564	40	3.4	40	88	3	182	29	25	22	22	1.99
17616418--17616564	40	3.7	40	89	3	208	29	24	23	22	1.99
17624388--17624441	25	2.2	25	83	9	67	46	0	3	50	1.19
17624648--17624763	54	2.2	54	95	1	207	49	2	20	27	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17625828--17625856	13	2.1	14	93	6	51	55	0	13	31	1.39
17637605--17637662	28	2.1	28	96	0	107	46	3	15	34	1.63
17638843--17638950	6	17.3	6	68	21	62	49	14	17	18	1.80
17638843--17638950	31	3.5	31	87	3	137	49	14	17	18	1.80
17639007--17639096	38	2.4	38	96	0	162	25	42	16	15	1.88
17639125--17639226	27	3.8	27	81	5	116	35	20	24	19	1.96
17639385--17639449	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
17639904--17640124	27	8.2	27	86	1	255	26	19	19	35	1.95
17639876--17640125	27	9.3	27	82	3	173	26	19	19	34	1.96
17640089--17640333	122	2.0	122	93	0	418	31	19	19	29	1.96
17642197--17642287	6	14.8	6	69	17	53	49	14	16	19	1.79
17642214--17642316	31	3.3	31	88	1	143	51	11	15	21	1.75
17642455--17642553	27	3.7	26	85	5	117	37	19	23	20	1.94
17643231--17643451	27	8.2	27	85	5	220	25	18	19	35	1.95
17643228--17643451	81	2.8	81	85	1	297	25	18	20	35	1.95
17643204--17643424	54	4.1	54	83	2	266	25	20	19	34	1.96
17643393--17643697	153	2.0	153	100	0	610	30	20	18	30	1.96
17649625--17649725	40	2.5	40	93	0	166	24	27	23	23	2.00
17651052--17651136	43	2.0	43	95	0	152	9	35	4	50	1.56
17656542--17656735	47	4.1	47	89	0	262	33	11	28	25	1.91
17656942--17657050	37	2.9	37	94	0	182	22	19	31	27	1.97
17658848--17659072	40	5.7	40	87	5	287	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17658848--17659072	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
17666174--17666358	40	4.7	40	82	6	207	25	27	22	24	2.00
17666174--17666358	79	2.3	82	84	7	229	25	27	22	24	2.00
17667487--17667606	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
17682710--17682849	44	3.3	41	78	11	131	25	15	25	34	1.94
17686740--17686791	21	2.5	21	100	0	104	23	40	28	7	1.82
17690428--17690501	37	2.0	37	100	0	148	43	24	5	27	1.76
17693986--17694011	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
17693968--17694006	17	2.3	17	81	0	51	74	0	0	25	0.82
17695378--17695425	22	2.1	23	88	3	71	29	4	0	66	1.10
17695563--17695600	18	2.1	18	90	0	58	63	0	0	36	0.95
17700544--17700666	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
17700544--17700666	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
17700569--17700679	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
17707545--17708076	46	11.6	46	97	0	983	23	17	26	32	1.97
17711388--17711467	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
17711379--17711466	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
17713869--17714676	46	17.6	46	98	0	1553	23	17	26	32	1.97
17716478--17716609	46	2.9	45	83	2	147	31	18	17	32	1.94
17719595--17719779	40	4.6	40	80	6	203	24	22	27	24	2.00
17727216--17727321	40	2.7	40	89	2	160	24	22	28	24	2.00
17735514--17735665	56	2.8	54	90	2	223	26	15	24	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17735514--17735694	56	3.3	56	85	6	192	25	15	25	32	1.95
17738501--17738713	48	4.4	48	93	0	363	30	26	7	35	1.84
17741971--17742066	28	3.4	27	76	11	86	33	29	16	20	1.95
17742098--17742225	40	3.2	40	95	0	229	26	28	20	25	1.99
17743873--17743993	38	3.2	38	86	3	163	27	25	14	33	1.94
17756228--17756590	46	7.7	48	75	8	223	27	18	29	24	1.98
17756227--17756590	94	3.8	96	74	13	283	27	18	29	24	1.98
17769669--17769712	23	1.9	23	95	0	79	54	9	13	22	1.67
17770646--17770698	21	2.5	22	79	11	67	33	22	16	26	1.96
17770718--17770763	22	2.0	22	87	8	65	39	19	10	30	1.86
17779489--17779549	28	2.2	30	82	11	76	36	3	9	50	1.52
17782895--17783118	47	4.8	48	77	10	180	21	29	19	29	1.98
17782898--17783158	46	5.6	46	76	11	167	22	28	19	29	1.98
17782898--17783155	140	1.8	140	81	4	324	22	28	18	29	1.98
17783034--17783160	47	2.8	43	77	11	128	22	27	19	29	1.98
17784877--17784950	30	2.5	30	95	0	130	28	36	18	16	1.93
17786264--17786308	21	2.1	21	87	0	63	37	8	6	46	1.61
17786476--17786536	32	1.9	32	86	6	88	44	11	8	36	1.71
17787542--17787566	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
17787547--17787589	17	2.6	17	82	17	63	34	0	0	65	0.93
17787545--17787608	10	7.6	9	79	13	50	32	0	0	67	0.91
17792334--17792389	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17795913--17796065	32	4.8	32	86	0	225	46	9	12	32	1.73
17795913--17796065	64	2.4	64	92	0	252	46	9	12	32	1.73
17797283--17797318	18	2.0	18	100	0	72	44	11	16	27	1.82
17798358--17798393	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90
17800976--17801087	40	2.8	40	86	2	154	29	20	22	27	1.98
17800992--17801172	40	4.5	40	87	4	213	24	18	26	29	1.98
17805649--17805798	66	2.3	65	82	6	162	26	10	17	46	1.80
17805667--17805798	66	2.0	65	85	4	176	26	11	17	44	1.82
17811786--17811866	41	2.0	41	82	4	101	20	20	39	18	1.93
17815595--17815624	11	2.7	11	94	0	51	83	0	3	13	0.77
17819450--17819811	46	7.8	45	77	15	373	21	20	29	29	1.98
17819447--17819803	93	3.8	93	98	0	669	21	20	29	28	1.98
17819734--17819806	24	3.1	24	61	28	57	19	23	28	28	1.98
17828781--17829081	151	2.0	151	100	0	602	32	15	24	27	1.95
17829134--17829256	53	2.3	54	92	2	203	52	9	21	17	1.73
17834002--17834157	78	2.0	78	100	0	312	29	15	29	25	1.96
17837180--17837301	52	2.3	53	92	4	201	50	9	22	17	1.74
17839594--17839776	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
17839595--17839778	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
17839647--17839801	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
17844588--17844681	40	2.3	42	80	7	104	25	15	27	30	1.96
17850250--17850454	48	4.4	47	73	11	188	29	22	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17858468--17858565	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
17858496--17858578	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
17858468--17858579	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
17863954--17864416	116	4.0	116	100	0	926	32	19	6	41	1.76
17864572--17864607	18	2.0	18	94	0	63	30	0	5	63	1.17
17864575--17864615	18	2.2	18	86	4	55	34	2	4	58	1.32
17865955--17866015	10	6.0	10	88	3	50	27	0	1	70	0.97
17865955--17866015	15	4.0	15	85	4	50	27	0	1	70	0.97
17865954--17865988	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
17868259--17868310	20	2.5	20	81	3	68	51	7	11	28	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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