Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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This is table  146  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
50363070--50363109
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0
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20
26
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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26
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.12
50479135--50479190
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26
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32
3
0
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88
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21
2.0
22
85
4
59
33
0
4
61
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
50528364--50528393
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2.0
15
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0
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13
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34
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16
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100
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26
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38
1.76
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1.79
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2.0
32
83
0
81
42
6
6
44
1.55
50552405--50552441
9
4.1
9
89
0
56
32
10
10
45
1.74
50553702--50553761
10
6.0
10
84
11
79
68
1
8
21
1.25
50556847--50556876
14
2.1
14
100
0
60
66
0
6
26
1.16
50558296--50558337
18
2.4
17
92
4
66
83
0
9
7
0.81
50559147--50559171
13
1.9
13
100
0
50
16
0
0
84
0.63
50559497--50559534
19
2.0
19
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0
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31
18
10
39
1.85
50561421--50561461
6
6.5
6
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10
55
78
2
0
19
0.87
50561413--50561456
20
2.1
21
91
4
72
70
2
0
27
0.99
50561424--50561462
20
2.0
20
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2
0
20
0.90
50561483--50561532
9
5.6
9
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9
66
28
8
20
44
1.79
50563547--50563612
26
2.5
27
92
2
116
15
37
30
16
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
50564124--50564183
31
1.9
31
93
0
102
30
1
11
56
1.45
50568080--50568108
15
1.9
15
100
0
58
27
13
17
41
1.87
50569559--50569626
32
2.1
32
84
10
86
23
2
16
57
1.53
50569622--50569694
32
2.5
27
76
19
83
24
4
20
50
1.65
50570645--50570733
22
4.0
22
75
15
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28
5
21
44
1.74
50571154--50571220
14
4.7
14
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3
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40
11
4
43
1.62
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24
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24
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0
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12
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1.62
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28
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25
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23
16
29
29
1.96
50589523--50589712
50
3.8
49
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1
245
25
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26
28
1.98
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2.0
60
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20
24
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1.88
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15
2.2
16
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11
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1.54
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48
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5
218
25
18
25
29
1.98
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2.0
76
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232
39
12
29
19
1.88
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9
5.2
9
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75
4
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12
1.18
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2.5
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2
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1.23
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21
2.2
21
84
15
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30
4
20
44
1.72
50608647--50608691
18
2.3
20
78
17
51
31
4
20
44
1.71
50612990--50613019
7
4.1
7
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4
51
43
0
0
56
0.99
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13
1.9
13
100
0
50
48
8
0
44
1.32
50615563--50615674
37
2.8
39
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11
104
27
19
25
27
1.99
50616291--50616351
31
2.0
31
93
3
106
39
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13
39
1.74
50619455--50619488
17
2.0
17
100
0
68
29
29
5
35
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
50619980--50620066
36
2.4
37
81
12
101
36
0
16
47
1.47
50623289--50623318
11
2.8
11
95
5
53
16
0
0
83
0.65
50627725--50627753
13
2.1
14
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6
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13
3
0
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0.79
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19
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20
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4
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70
2
4
22
1.17
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7
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7
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5
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69
3
1
25
1.12
50636171--50636234
15
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15
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3
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1.11
50636268--50636314
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1.9
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1.36
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0
1
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1.11
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1.78
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16
1.9
16
93
0
53
38
29
0
32
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297