genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22890707--22890751	20	2.2	20	88	0	63	6	20	0	73	1.05
22903239--22903366	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
22903239--22903366	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
22911345--22911401	30	1.9	30	88	0	87	40	8	22	28	1.84
22916961--22917231	40	6.7	41	87	6	349	24	22	28	24	1.99
22916961--22917231	122	2.2	120	87	2	391	24	22	28	24	1.99
22919677--22919890	46	4.6	46	78	11	190	21	28	20	29	1.98
22931449--22931616	40	4.2	40	81	8	139	27	26	20	25	1.99
22931484--22931669	80	2.3	80	83	9	220	27	26	20	24	1.99
22931486--22931669	40	4.6	40	82	7	196	27	26	21	24	1.99
22935787--22935848	26	2.3	27	83	8	74	50	9	11	29	1.70
22936723--22936792	32	2.2	33	92	5	124	34	14	10	41	1.79
22941701--22942180	27	17.6	27	97	1	852	25	14	29	30	1.95
22941701--22942180	82	5.9	82	96	1	874	25	14	29	30	1.95
22945710--22945767	30	2.0	30	83	10	75	34	20	5	39	1.75
22947556--22947927	125	3.0	124	83	4	460	29	18	12	39	1.88
22948023--22948136	31	3.7	31	80	6	99	39	17	1	41	1.60
22948047--22948135	31	3.0	30	85	6	119	39	15	2	42	1.60
22949103--22949199	48	2.0	48	100	0	194	46	28	6	18	1.73
22950885--22950909	13	1.9	13	100	0	50	8	40	20	32	1.81
22954663--22954694	9	3.7	9	95	4	57	50	28	0	21	1.49
22961817--22961846	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22962297--22962394	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
22962325--22962407	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
22975443--22975886	50	8.9	50	78	4	412	25	17	26	30	1.97
22982441--22982684	50	4.9	50	76	5	226	26	18	24	30	1.98
22986595--22986646	26	2.0	26	100	0	104	42	23	19	15	1.89
22989026--22989082	23	2.5	23	94	2	98	35	1	3	59	1.25
22989366--22989426	13	4.7	13	72	8	52	37	24	6	31	1.81
22989361--22989426	26	2.5	26	80	0	78	36	24	6	33	1.80
22993362--22993399	20	1.9	20	88	0	58	55	0	23	21	1.44
23004388--23004433	19	2.4	19	88	0	74	19	10	30	39	1.86
23008814--23008851	12	3.2	12	92	0	58	21	44	0	34	1.52
23021396--23021439	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
23026970--23027100	40	3.3	40	81	1	147	28	27	21	22	1.99
23042671--23042723	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
23045088--23045115	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
23045566--23045640	18	4.2	18	89	0	114	32	14	24	29	1.95
23052713--23052811	43	2.3	43	75	10	103	31	28	14	26	1.95
23055177--23055214	16	2.3	17	83	16	53	31	2	0	65	1.06
23062600--23062754	81	1.9	82	84	4	206	27	16	7	48	1.74
23067194--23067470	143	1.9	143	86	1	394	32	18	21	27	1.97
23069532--23069993	85	5.4	85	99	0	897	29	23	14	32	1.94
23069910--23070043	48	2.8	48	87	3	182	31	23	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23069825--23070073	133	1.9	132	88	4	376	30	24	14	30	1.95
23074491--23074599	56	1.9	56	98	0	209	33	12	11	42	1.79
23075345--23075417	38	1.9	38	88	5	112	30	26	13	30	1.94
23075385--23075797	95	4.3	95	99	0	817	31	22	15	30	1.95
23078006--23078045	16	2.4	17	84	15	57	32	2	0	65	1.06
23083319--23083344	13	2.0	13	100	0	52	0	38	23	38	1.55
23084183--23084308	41	3.1	40	89	4	182	34	21	23	20	1.97
23084184--23084308	39	3.1	41	89	5	191	34	21	24	20	1.97
23084923--23084971	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
23086180--23086229	17	2.9	17	93	0	91	6	30	4	60	1.39
23090835--23090917	43	2.0	43	85	2	114	30	12	27	30	1.92
23090846--23090971	43	2.9	44	78	14	136	26	13	27	32	1.94
23091321--23091493	47	3.7	47	74	9	156	24	31	19	24	1.98
23111773--23111944	93	1.8	93	87	2	256	27	29	20	21	1.98
23111765--23111937	46	3.7	46	74	14	167	28	29	19	21	1.98
23115685--23115802	61	1.9	61	93	3	202	34	11	21	33	1.88
23115902--23116077	46	3.8	45	76	11	169	24	20	25	29	1.99
23115899--23116070	93	1.8	93	88	2	265	25	20	25	28	1.99
23121690--23121953	40	6.7	40	81	8	292	26	26	21	26	1.99
23121684--23121900	79	2.7	80	91	4	343	25	26	20	27	1.99
23121690--23121953	119	2.2	121	82	7	310	26	26	21	26	1.99
23121690--23121952	79	3.3	80	87	6	324	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23129942--23129982	20	2.0	20	100	0	82	34	0	19	46	1.50
23136270--23136421	40	3.8	40	82	8	177	25	19	29	25	1.99
23136270--23136441	80	2.2	80	80	9	183	25	19	29	26	1.98
23161114--23161207	46	2.1	45	90	4	145	30	28	19	21	1.97
23161623--23161682	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
23164520--23164580	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
23164990--23165139	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
23165014--23165197	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
23169436--23169585	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
23169460--23169643	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
23180867--23181274	46	8.6	48	74	13	248	24	28	18	28	1.98
23180867--23181132	48	5.6	47	75	9	202	24	29	19	27	1.98
23194247--23194274	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
23195694--23195784	40	2.3	40	98	0	173	23	19	27	29	1.98
23201418--23201443	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
23202817--23202942	40	3.2	40	94	3	211	23	23	27	26	2.00
23223409--23223670	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
23235130--23235327	84	2.3	86	87	3	276	25	16	26	31	1.97
23235130--23235327	43	4.7	43	83	5	267	25	16	26	31	1.97
23235510--23235553	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
23238842--23238903	24	2.6	24	89	0	88	35	4	27	32	1.78
23250094--23250357	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23259194--23259377	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
23259194--23259377	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
23266898--23266958	28	2.1	29	96	3	115	22	21	27	27	1.99
23278639--23278668	12	2.5	12	100	0	60	6	26	40	26	1.81
23282206--23282253	7	6.7	7	92	2	78	45	2	0	52	1.12
23282214--23282256	21	2.0	21	100	0	86	44	4	0	51	1.22
23285100--23285226	42	3.0	43	83	5	150	33	24	15	25	1.95
23288363--23288474	42	2.6	44	83	7	131	37	26	14	21	1.92
23289205--23289269	32	2.0	32	96	0	121	55	15	10	18	1.68
23289212--23289265	18	3.2	18	75	20	71	57	14	9	18	1.64
23292152--23292269	41	2.9	41	88	2	166	28	28	19	22	1.98
23292529--23292824	27	10.9	26	76	9	173	31	10	16	41	1.82
23292534--23292745	81	2.6	82	79	5	223	31	8	16	42	1.79
23292534--23292817	81	3.5	81	77	5	198	30	9	17	42	1.81
23292527--23292817	54	5.4	54	76	6	257	31	10	16	41	1.82
23292806--23292935	27	5.1	27	73	16	116	30	21	16	32	1.95
23292810--23292901	46	2.0	46	100	0	184	28	19	15	36	1.92
23295897--23296017	41	3.0	41	87	0	179	28	28	22	20	1.99
23296255--23296571	27	11.7	27	83	2	305	30	9	19	40	1.83
23296255--23296571	81	3.9	81	81	2	339	30	9	19	40	1.83
23296554--23296636	27	3.1	27	82	6	96	30	20	16	32	1.95
23298867--23299023	43	3.7	43	76	10	169	23	19	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23302418--23302511	47	2.0	47	100	0	188	25	17	25	31	1.97
23308718--23308804	41	2.1	42	87	6	124	33	29	13	22	1.93
23311428--23311530	46	2.2	47	82	6	129	23	23	15	37	1.93
23315608--23315742	71	1.9	71	90	0	216	38	12	18	30	1.88
23316243--23316362	48	2.5	48	78	5	111	35	15	20	28	1.94
23319821--23319915	30	3.2	31	73	5	97	27	29	15	27	1.96
23328126--23328449	96	3.4	96	82	3	323	27	20	29	22	1.99
23328116--23328446	143	2.3	143	84	3	405	27	19	29	23	1.99
23328217--23328449	96	2.4	95	87	2	324	28	20	28	22	1.99
23328126--23328448	48	6.8	48	78	2	274	27	20	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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