genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51026093--51026174	30	2.7	30	86	3	121	25	46	3	24	1.69
51038711--51038736	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
51045302--51045332	16	1.9	16	93	0	53	9	16	6	67	1.39
51045307--51045340	16	2.1	16	88	0	50	8	20	8	61	1.52
51055119--51055247	64	2.0	65	92	4	217	52	6	14	26	1.65
51055322--51055355	11	2.9	12	91	8	61	0	11	0	88	0.52
51066996--51067033	17	2.2	17	90	0	58	31	7	2	57	1.41
51067388--51067759	130	2.9	130	85	0	458	28	19	18	33	1.95
51067415--51067866	130	3.5	130	81	2	381	26	20	19	33	1.96
51076125--51076341	108	2.0	108	96	0	398	32	13	13	41	1.83
51078731--51078776	12	3.6	12	78	16	56	65	0	0	34	0.93
51078731--51078793	27	2.4	26	79	10	74	60	0	3	36	1.13
51079286--51079365	2	41.5	2	75	12	60	38	1	2	57	1.20
51079283--51079352	21	3.2	23	82	11	69	40	1	1	57	1.17
51079320--51079401	14	6.1	14	72	21	68	37	2	1	58	1.19
51079286--51079407	23	4.9	25	71	20	87	37	3	1	57	1.25
51079549--51079604	3	20.0	3	82	10	66	30	1	1	66	1.12
51079532--51079593	29	2.1	29	85	5	81	30	3	1	64	1.19
51081704--51081882	84	2.1	84	92	0	304	41	18	8	31	1.80
51093961--51093986	11	2.4	11	100	0	52	76	0	7	15	0.99
51094017--51094121	9	11.2	9	71	19	56	66	0	2	29	1.12
51094015--51094083	24	2.6	25	82	13	77	66	1	1	30	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51094049--51094104	22	2.6	22	84	13	73	67	1	3	26	1.16
51094035--51094194	48	3.4	46	75	12	130	62	2	3	31	1.26
51094211--51094253	18	2.3	19	84	11	54	18	6	0	74	1.04
51094344--51094421	38	2.1	37	83	9	95	38	2	1	57	1.20
51095304--51095369	34	1.9	34	96	0	123	24	7	31	36	1.83
51097674--51097783	47	2.3	47	83	6	143	35	21	16	26	1.94
51114940--51115524	104	5.8	92	80	12	370	39	26	5	28	1.78
51115021--51115583	104	5.4	104	87	1	770	39	26	5	28	1.79
51115032--51115573	209	2.6	208	88	1	789	39	26	5	28	1.79
51119521--51119572	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
51119459--51119688	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
51119469--51119656	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
51119650--51119691	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
51119641--51119682	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
51119817--51119926	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
51119907--51119974	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
51121032--51121080	18	2.7	18	81	9	55	30	2	2	65	1.15
51125661--51125710	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
51130300--51130349	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
51131645--51131673	14	2.0	15	93	6	51	3	6	6	82	0.93
51148190--51148229	18	2.2	18	100	0	80	37	5	17	40	1.72
51148183--51148271	18	4.6	18	72	15	70	30	6	17	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51148208--51148295	42	2.1	42	82	4	106	27	6	20	45	1.76
51149316--51149402	21	4.2	21	69	14	56	26	2	29	41	1.68
51150090--51150230	64	2.2	64	87	1	194	39	19	7	34	1.80
51150003--51150452	149	3.2	137	81	6	465	39	18	7	33	1.80
51150159--51150452	73	4.0	73	78	3	309	39	20	7	31	1.81
51153581--51153622	18	2.3	19	88	12	61	38	0	2	59	1.10
51158321--51158387	18	3.7	18	80	4	64	7	46	0	46	1.31
51158333--51158385	15	3.5	15	82	7	54	9	43	0	47	1.36
51160644--51160678	19	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
51160820--51160875	24	2.3	23	79	11	60	64	5	0	30	1.16
51176077--51176527	100	4.5	100	82	2	503	36	23	13	26	1.92
51176077--51176501	200	2.1	200	87	0	600	37	22	13	26	1.91
51177138--51177195	23	2.5	24	83	5	66	27	3	1	67	1.17
51177376--51177423	25	1.9	25	100	0	96	41	8	8	41	1.65
51180323--51180367	15	2.9	16	78	18	51	42	0	0	57	0.98
51181469--51181558	44	2.0	44	100	0	180	37	11	15	35	1.83
51185019--51185109	43	2.1	43	87	4	130	43	7	12	36	1.71
51185183--51185229	16	3.0	15	79	17	51	46	2	2	48	1.25
51185849--51185934	43	2.0	43	93	0	145	31	29	8	31	1.86
51185952--51186094	32	4.0	34	73	21	132	39	20	13	25	1.89
51185986--51186105	33	3.0	44	68	27	138	40	18	15	26	1.90
51185954--51186105	76	2.0	76	98	0	295	40	19	13	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51196592--51196631	21	1.9	21	85	10	55	67	0	2	30	1.04
51206000--51206050	18	2.7	18	71	17	50	35	0	1	62	1.06
51207420--51207449	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
51210827--51210872	24	1.9	24	82	8	58	58	2	4	34	1.30
51213775--51213839	22	2.9	22	74	17	62	43	4	1	50	1.32
51218121--51218188	29	2.3	30	80	10	77	32	5	11	50	1.63
51221013--51221041	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
51222637--51222702	28	2.3	27	82	12	69	22	21	9	46	1.79
51224832--51224875	23	2.0	23	86	8	65	65	2	2	29	1.16
51225071--51225100	13	2.3	13	94	0	51	26	0	3	70	1.03
51230502--51230528	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
51230558--51230589	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
51235942--51235966	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
51236054--51236091	20	1.9	19	85	15	51	23	15	15	44	1.85
51236384--51236894	150	3.5	149	82	7	543	27	9	24	38	1.86
51236644--51236894	138	1.8	138	92	1	432	25	8	27	38	1.85
51241431--51241514	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
51244463--51244517	14	3.7	14	78	9	56	29	18	23	29	1.98
51244531--51244617	22	3.9	22	71	4	66	31	9	27	32	1.88
51244596--51244631	18	2.0	18	88	0	54	30	11	27	30	1.91
51244734--51244786	15	3.6	15	75	10	56	22	20	30	26	1.98
51244733--51244766	14	2.3	15	85	5	52	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51247882--51248000	37	3.0	40	75	9	127	26	15	23	35	1.94
51250523--51250581	15	3.5	17	76	17	61	32	6	1	59	1.34
51253249--51253289	11	3.6	12	83	6	50	56	0	0	43	0.99
51255068--51255167	50	2.0	50	90	0	155	28	11	23	38	1.88
51258907--51258940	17	2.0	17	88	0	50	55	8	0	35	1.31
51260013--51260055	19	2.3	19	83	0	50	51	2	4	41	1.35
51260972--51261233	75	3.5	75	86	4	395	28	17	22	30	1.97
51270129--51270288	45	3.6	45	90	1	241	27	26	23	22	1.99
51270281--51270383	38	2.7	38	87	0	134	30	27	20	22	1.98
51272117--51272157	20	2.0	21	90	4	66	34	9	9	46	1.70
51274775--51274826	20	2.6	21	81	6	63	26	11	17	44	1.83
51275359--51275391	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
51278809--51278857	21	2.3	21	82	6	64	51	8	6	34	1.57
51279165--51279207	22	2.0	22	85	0	59	20	13	9	55	1.66
51288599--51288628	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
51299659--51299701	22	1.9	23	85	4	61	23	0	27	48	1.51
51312771--51312934	77	2.1	77	90	0	256	22	5	25	46	1.73
51324339--51324371	15	2.3	14	94	5	57	36	0	0	63	0.95
51325645--51325712	29	2.3	29	85	10	84	27	5	11	54	1.60
51328851--51328986	70	1.9	70	96	0	254	38	16	17	26	1.91
51332068--51332106	20	2.0	20	94	0	69	35	7	12	43	1.72
51337097--51337487	195	2.0	195	92	2	660	28	5	19	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51337292--51337683	217	1.8	218	92	1	671	29	5	20	44	1.74
51348529--51349279	163	4.5	165	75	10	554	30	16	13	39	1.87
51348756--51349139	162	2.3	166	82	9	444	28	15	14	40	1.87
51353119--51353163	22	2.0	23	86	4	65	53	0	2	44	1.13
51358908--51358980	37	1.9	38	91	2	121	36	1	4	57	1.26
51358998--51359082	41	2.1	41	100	0	170	49	14	4	31	1.63
51369585--51369622	19	2.1	18	85	14	51	34	0	7	57	1.28
51370358--51370394	11	3.5	11	85	10	51	64	0	0	35	0.94
51377385--51377513	59	2.2	59	87	1	177	38	11	10	38	1.77
51382556--51382705	50	3.0	50	90	1	248	36	15	21	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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