genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24440049--24440108	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
24442355--24442424	31	2.3	31	94	0	122	25	24	18	31	1.98
24444327--24444434	27	3.9	27	73	15	85	35	9	15	39	1.80
24444411--24444529	27	4.4	27	71	7	82	32	10	18	38	1.84
24444519--24444818	27	11.1	27	83	0	357	40	6	23	30	1.79
24444519--24444818	54	5.6	54	88	0	393	40	6	23	30	1.79
24446917--24447051	26	5.3	26	80	4	145	27	25	20	26	1.99
24446917--24447051	51	2.7	49	85	11	184	27	25	20	26	1.99
24447101--24447163	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
24447114--24447156	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
24447398--24447675	27	10.3	27	83	2	290	40	7	22	29	1.81
24447398--24447675	54	5.1	54	85	2	355	40	7	22	29	1.81
24447669--24447766	27	3.7	27	79	6	94	28	8	25	37	1.84
24452281--24452364	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
24453848--24453900	26	2.0	26	85	7	72	39	20	15	24	1.91
24464045--24464082	18	2.1	18	85	9	51	39	10	13	36	1.79
24470979--24471015	6	6.2	6	90	0	56	18	21	13	45	1.84
24470888--24470995	51	2.1	51	82	6	128	14	19	23	42	1.88
24471267--24471317	18	2.8	18	85	11	52	41	11	11	35	1.78
24471859--24471906	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
24471923--24472011	42	2.1	42	93	0	151	29	5	14	50	1.65
24482090--24482177	42	2.1	42	93	0	149	29	3	15	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24483990--24484034	24	1.9	23	81	4	54	46	2	8	42	1.47
24486068--24486098	6	5.2	6	100	0	62	67	0	32	0	0.91
24497421--24497464	20	2.1	21	91	4	72	25	4	4	65	1.30
24514610--24514872	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
24514649--24514907	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
24522563--24522825	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
24522602--24522860	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
24534070--24534130	28	2.2	28	81	0	77	27	6	21	44	1.77
24542478--24542701	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
24542482--24542701	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
24560465--24560576	22	4.9	22	69	15	68	33	17	23	25	1.96
24568644--24568686	21	2.0	21	86	0	59	37	16	0	46	1.47
24578556--24578591	18	2.1	17	89	5	54	44	0	36	16	1.48
24584868--24585099	84	2.8	84	82	5	256	44	10	11	32	1.75
24585063--24585263	87	2.3	86	82	2	242	38	12	12	36	1.82
24587548--24587616	34	2.0	34	94	0	120	23	8	23	44	1.80
24589094--24589144	15	3.4	15	74	15	52	35	0	3	60	1.15
24600781--24601328	274	2.0	274	97	0	1033	40	6	19	33	1.77
24601387--24601538	44	3.5	44	84	6	218	25	22	28	23	1.99
24609239--24609391	44	3.5	45	84	7	206	24	20	28	26	1.99
24613612--24613668	30	1.9	30	88	0	87	29	22	8	38	1.85
24618898--24619068	6	28.3	6	73	18	133	21	16	14	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24618899--24619002	30	3.5	30	96	2	183	20	14	15	50	1.78
24618899--24619068	30	5.4	30	77	16	166	21	15	14	48	1.80
24619038--24619075	18	2.1	18	85	9	51	15	13	15	55	1.70
24619928--24619972	10	4.8	10	81	10	51	46	13	2	37	1.55
24620903--24620974	35	2.1	35	94	0	126	30	22	16	30	1.96
24621091--24621200	22	5.0	22	84	9	136	33	21	16	28	1.95
24626837--24626865	15	1.9	15	100	0	58	37	27	13	20	1.91
24657275--24657317	16	2.8	15	75	6	50	39	0	20	39	1.53
24665610--24665665	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
24665599--24665665	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
24665707--24665838	25	5.4	24	90	5	176	30	18	22	28	1.98
24667652--24667720	34	2.0	34	97	0	129	30	4	14	50	1.62
24671029--24671061	17	1.9	17	93	0	57	24	9	9	57	1.58
24681315--24681577	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
24686181--24687344	582	2.0	582	97	0	2193	29	25	20	23	1.99
24689843--24690105	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
24689843--24690105	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
24690037--24690114	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24697789--24698171	40	9.6	40	92	2	565	27	27	20	24	1.99
24699723--24699826	48	2.2	47	86	5	138	41	15	2	40	1.62
24699743--24699844	48	2.1	48	80	8	111	41	14	3	40	1.65
24703211--24703355	48	3.0	48	82	4	184	37	16	4	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24725401--24725439	13	3.0	13	92	0	60	17	28	41	12	1.87
24741030--24741102	28	2.6	28	86	4	94	32	21	26	19	1.97
24742489--24742583	24	4.0	24	97	0	172	26	37	1	34	1.64
24747699--24747769	29	2.5	29	90	2	108	33	23	23	18	1.96
24748287--24748357	29	2.5	29	90	2	108	33	23	23	18	1.96
24749579--24749625	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
24750747--24750796	17	2.9	17	79	5	57	20	18	22	40	1.92
24755272--24755333	20	3.0	20	86	6	81	51	11	11	25	1.71
24756277--24756306	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
24756273--24756335	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
24760497--24760546	25	2.0	25	92	0	82	30	10	10	50	1.69
24763370--24763402	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
24764750--24765060	72	4.3	71	81	2	363	54	14	6	25	1.63
24765486--24765536	18	2.8	18	90	0	84	41	11	11	35	1.78
24776472--24776514	18	2.4	18	96	0	77	32	9	16	41	1.80
24778381--24778420	12	3.3	12	89	0	62	10	12	42	35	1.76
24783734--24784167	81	5.4	81	83	6	420	28	13	10	47	1.75
24783790--24784278	77	6.2	76	78	9	332	29	12	10	48	1.73
24783790--24784190	161	2.5	158	79	7	418	29	12	9	48	1.73
24783790--24784201	160	2.6	158	78	10	410	28	12	9	49	1.72
24783790--24784278	160	3.1	155	78	6	371	29	12	10	48	1.73
24785593--24785641	22	2.3	22	85	3	64	20	36	28	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24791009--24791188	77	2.3	78	78	9	181	35	14	12	37	1.84
24795646--24795680	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
24800673--24800728	6	9.3	6	98	0	94	35	0	64	0	0.94
24804519--24804646	47	2.8	46	83	9	156	23	27	19	29	1.98
24805466--24805515	25	2.0	25	96	0	91	54	0	26	20	1.45
24809884--24810148	45	6.0	45	86	2	349	24	20	27	27	1.99
24809950--24810189	45	5.5	42	83	7	125	27	19	27	25	1.99
24817050--24817320	135	2.0	135	98	0	524	32	5	23	37	1.79
24817379--24817503	25	5.0	25	89	0	169	27	14	8	49	1.72
24818337--24818467	45	3.0	45	84	5	153	26	22	26	24	2.00
24820782--24821004	47	4.8	47	77	10	190	22	29	18	29	1.97
24823467--24823536	30	2.3	30	80	9	88	37	14	21	27	1.92
24825103--24825177	39	1.9	39	83	5	98	26	30	13	29	1.94
24832362--24832476	29	4.0	29	80	8	112	29	14	29	26	1.95
24836771--24836885	29	4.0	28	82	4	131	26	15	29	27	1.96
24841192--24841265	28	2.6	29	82	4	87	28	17	25	28	1.98
24844063--24844101	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
24845812--24845995	48	3.8	47	81	7	210	27	29	15	27	1.96
24846961--24847011	27	1.9	26	92	4	84	39	19	15	25	1.91
24852923--24853163	49	4.9	49	81	5	286	24	18	26	29	1.98
24857828--24857883	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
24862899--24863147	27	9.2	27	81	12	298	34	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24862899--24863150	54	4.7	54	96	1	452	34	23	24	17	1.96
24863681--24863754	37	2.0	37	100	0	148	40	27	2	29	1.70
24864736--24864843	26	4.2	26	95	0	198	35	26	7	30	1.84
24865176--24865354	48	3.7	48	90	0	277	27	31	16	24	1.96
24873046--24873104	30	2.0	30	83	6	75	47	13	6	32	1.69
24876810--24876895	27	3.2	27	98	0	163	18	29	37	15	1.91
24877290--24877354	34	1.9	33	84	3	85	30	23	26	20	1.98
24878187--24878243	29	2.0	29	82	6	71	36	14	17	31	1.89
24894892--24895089	56	3.6	56	90	1	292	26	12	23	36	1.91
24896713--24896775	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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