genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6258813--6259169	46	7.8	46	71	16	285	19	20	30	29	1.97
6258810--6259162	93	3.8	93	79	12	458	20	20	30	28	1.97
6258926--6259196	93	3.0	88	74	16	311	18	20	30	30	1.97
6258835--6259196	181	2.0	181	98	0	697	19	19	30	29	1.97
6261486--6261571	43	2.0	42	91	6	138	25	19	23	30	1.98
6266483--6266658	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
6266480--6266651	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
6272782--6272971	97	2.0	97	89	0	290	35	9	17	37	1.83
6273679--6273739	30	2.0	30	83	0	77	42	6	19	31	1.77
6274157--6274332	46	3.8	46	77	14	191	21	19	28	30	1.98
6274154--6274325	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	29	1.98
6277371--6277444	27	2.8	27	71	15	64	44	0	4	51	1.20
6280488--6280520	17	1.9	17	93	0	57	36	15	0	48	1.45
6283897--6283956	27	2.3	26	85	2	75	23	18	21	36	1.95
6285002--6285041	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
6297440--6297477	20	1.9	20	88	0	58	18	21	18	42	1.90
6300162--6300215	21	2.5	22	77	11	58	31	18	7	42	1.78
6309140--6309184	18	2.6	18	85	3	56	20	35	26	17	1.95
6314720--6314761	22	1.9	22	85	9	59	33	2	42	21	1.66
6314983--6315027	23	2.0	23	95	0	81	33	6	28	31	1.83
6318314--6318369	28	2.0	28	100	0	112	21	25	21	32	1.98
6328392--6328459	28	2.4	30	81	11	74	69	2	2	25	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6330517--6330546	15	2.0	15	93	0	51	50	3	0	46	1.18
6330617--6330649	14	2.4	14	90	10	50	33	0	0	66	0.92
6334167--6334354	49	3.8	49	82	2	250	26	18	26	28	1.98
6334162--6334349	100	1.9	100	96	0	349	25	19	26	28	1.99
6343426--6343791	40	9.2	40	98	0	698	29	25	22	22	1.99
6351733--6352138	40	10.2	40	89	0	627	29	26	20	23	1.99
6351743--6352135	80	4.9	80	98	0	752	29	26	20	23	1.99
6356588--6356765	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
6356609--6356764	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
6364781--6364958	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
6364802--6364957	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
6371970--6372087	47	2.5	47	94	0	200	23	15	28	32	1.95
6375889--6376070	64	2.9	63	76	11	183	28	17	30	23	1.97
6393094--6393153	31	1.9	31	96	0	111	25	16	25	33	1.96
6403995--6404132	40	3.5	40	87	8	185	23	23	28	23	2.00
6426018--6426064	24	1.9	25	91	4	78	51	12	4	31	1.59
6426923--6426963	21	2.0	21	90	0	64	36	21	12	29	1.90
6427745--6427769	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
6435153--6435277	17	7.5	17	66	22	70	54	2	3	40	1.29
6438935--6438968	9	3.8	9	84	0	50	47	0	2	50	1.16
6440259--6440283	13	1.9	13	100	0	50	40	32	16	12	1.84
6441672--6441727	28	2.0	29	89	3	87	21	39	19	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6443302--6443326	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
6445297--6445328	16	2.0	16	100	0	64	25	25	25	25	2.00
6453270--6453472	49	4.2	49	81	10	220	30	20	28	20	1.98
6465643--6465693	24	2.1	24	92	0	84	25	27	29	17	1.98
6470620--6470895	142	1.9	142	83	5	353	27	19	28	25	1.99
6477957--6478076	41	3.2	41	65	24	118	13	35	0	50	1.47
6477914--6478076	71	2.3	72	91	2	265	12	33	2	50	1.54
6481156--6481219	33	1.9	33	93	0	110	26	14	20	39	1.90
6481684--6481715	16	2.0	16	100	0	64	37	0	0	62	0.95
6481666--6481748	26	3.1	26	71	5	67	48	0	3	48	1.19
6481914--6481968	16	3.4	16	79	0	65	36	27	3	32	1.74
6483919--6484182	40	6.6	40	88	5	331	23	21	27	27	1.99
6494956--6495003	20	2.6	19	81	12	55	43	14	4	37	1.65
6505519--6505567	24	2.0	24	92	0	80	24	20	20	34	1.96
6524770--6524937	46	3.6	46	78	13	200	29	29	19	21	1.98
6524773--6524943	93	1.8	93	96	0	315	29	29	20	21	1.98
6527921--6528065	40	3.6	40	85	6	186	22	26	24	26	2.00
6530884--6530983	52	1.9	52	97	0	191	30	21	17	32	1.95
6535260--6535350	46	2.0	45	87	4	130	31	27	18	21	1.97
6535724--6535783	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
6539407--6539521	37	3.1	37	91	0	176	27	29	20	21	1.98
6540535--6540830	40	7.4	40	91	1	411	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6548675--6548982	40	7.7	40	95	0	492	25	23	25	26	2.00
6561092--6561197	40	2.7	40	93	0	194	22	21	28	27	1.99
6565141--6565216	36	2.1	37	82	2	91	46	2	3	47	1.35
6566886--6566962	35	2.1	38	81	15	92	41	2	3	51	1.34
6566886--6566962	34	2.2	38	80	17	94	41	2	3	51	1.34
6566945--6566995	12	4.0	13	74	20	54	45	1	3	49	1.32
6567509--6567557	19	2.5	19	80	12	55	57	10	2	30	1.43
6574123--6574165	22	2.0	22	81	9	52	37	13	6	41	1.72
6575245--6575284	21	1.9	21	85	10	55	30	22	0	47	1.52
6579191--6579362	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
6579183--6579358	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
6581750--6581838	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
6581750--6581829	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
6581761--6581838	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
6584122--6584159	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
6584383--6584555	46	3.7	46	76	10	190	30	27	19	22	1.98
6584388--6584558	93	1.8	93	91	0	279	29	28	19	22	1.98
6588690--6588845	48	3.2	48	71	7	172	34	25	12	27	1.92
6588688--6588894	96	2.2	96	100	0	414	33	26	14	26	1.94
6588738--6588893	48	3.2	48	71	7	172	33	26	14	25	1.94
6588738--6588894	24	6.5	24	75	2	118	33	26	14	24	1.94
6589051--6589086	18	2.0	18	100	0	72	22	5	27	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6596889--6596970	24	3.4	23	83	6	101	35	26	13	24	1.92
6601682--6601835	76	2.0	76	94	0	272	33	16	20	29	1.94
6605448--6605508	19	3.1	19	73	4	50	42	0	6	50	1.28
6615470--6615598	40	3.2	40	85	4	118	24	21	26	27	1.99
6615496--6615618	40	3.1	40	87	4	160	24	23	27	24	2.00
6619889--6620960	536	2.0	536	100	0	2144	25	28	19	25	1.99
6621927--6622000	37	2.0	37	100	0	148	29	16	24	29	1.96
6631236--6631516	49	5.7	49	83	5	332	25	17	26	30	1.97
6631236--6631523	99	2.9	101	84	4	370	25	17	26	30	1.97
6631235--6631522	150	1.9	150	84	2	357	25	17	26	30	1.97
6648565--6648627	24	2.6	25	82	5	76	39	17	25	17	1.91
6653780--6653837	21	2.8	21	72	0	62	60	13	17	8	1.58
6660359--6660446	37	2.3	38	86	11	119	42	1	3	53	1.25
6661498--6661568	36	2.0	36	91	0	115	22	16	18	42	1.89
6664269--6664323	27	2.0	27	82	6	67	23	16	23	36	1.94
6665946--6666130	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
6665947--6666130	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
6665999--6666163	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
6667644--6667678	17	2.0	18	94	5	63	8	34	40	17	1.80
6675248--6675307	27	2.2	27	85	5	77	23	11	26	38	1.89
6679653--6679696	12	3.6	12	87	3	61	70	6	2	20	1.21
6679661--6679694	6	5.7	6	92	0	50	73	8	0	17	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6685507--6685605	43	2.3	43	89	1	146	31	17	24	27	1.97
6687393--6687578	92	2.0	92	93	0	318	20	23	16	39	1.92
6696114--6696187	37	2.0	37	100	0	148	21	35	13	29	1.92
6697483--6697517	10	3.5	10	96	0	61	25	0	34	40	1.56
6697877--6697962	40	2.1	41	78	6	95	18	26	39	15	1.90
6704656--6704716	19	3.2	19	97	0	113	36	14	22	26	1.93
6716398--6716493	33	2.9	33	89	4	133	37	11	21	29	1.89
6716437--6716598	66	2.5	66	78	3	175	33	14	24	27	1.94
6716476--6716592	33	3.6	33	83	1	137	30	14	26	28	1.95
6723963--6724058	33	2.9	33	89	4	133	37	11	21	29	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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