genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8548121--8548185	31	2.1	31	94	0	112	30	10	9	49	1.69
8552587--8552691	42	2.5	42	81	7	106	28	23	20	26	1.99
8554518--8554782	40	6.7	40	90	4	367	24	21	27	26	1.99
8554954--8555274	161	2.0	161	96	0	597	28	14	21	35	1.92
8556733--8556860	53	2.4	54	92	5	206	53	9	21	15	1.69
8557995--8558121	39	3.2	40	87	7	181	23	23	27	25	2.00
8558356--8558399	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
8564710--8564831	53	2.3	54	94	4	212	52	9	21	16	1.72
8565966--8566172	40	5.2	40	89	4	296	24	22	27	26	2.00
8565966--8566182	119	1.8	119	84	7	298	24	23	27	25	2.00
8572197--8572237	22	1.9	21	85	5	55	9	36	21	31	1.86
8579891--8580049	42	3.7	43	73	12	132	23	16	28	30	1.97
8583793--8585706	968	2.0	968	93	0	3290	26	14	24	35	1.93
8591641--8591867	40	5.7	40	92	0	382	29	20	28	22	1.98
8591641--8591867	80	2.8	80	97	0	427	29	20	28	22	1.98
8599605--8599854	40	6.3	39	89	4	277	24	21	28	26	1.99
8599552--8599854	80	3.8	79	83	3	333	24	21	28	26	1.99
8599552--8599854	120	2.5	119	83	3	349	24	21	28	26	1.99
8603859--8603978	55	2.2	55	83	0	159	22	25	26	25	2.00
8603862--8603994	55	2.4	55	82	0	140	20	24	27	27	1.99
8608114--8608138	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
8608563--8608617	27	2.0	27	96	0	101	43	18	20	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8610265--8610436	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
8620185--8620227	20	2.1	21	86	4	61	13	2	2	81	0.89
8620177--8620229	20	2.7	20	75	16	56	16	1	1	79	0.92
8623192--8623367	46	3.8	46	78	10	187	21	20	28	30	1.98
8623189--8623360	93	1.8	93	89	0	272	21	20	28	29	1.98
8637875--8637901	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
8649861--8650195	44	7.7	43	68	9	205	36	21	21	20	1.95
8649845--8650187	87	3.9	87	89	2	474	36	22	20	20	1.95
8654450--8654502	25	2.1	25	89	0	79	26	16	22	33	1.96
8656046--8656091	19	2.4	19	88	3	65	56	8	0	34	1.30
8657420--8657466	22	2.1	22	84	0	58	48	0	2	48	1.13
8669723--8669756	17	1.9	18	88	5	52	20	0	17	61	1.34
8675310--8675362	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
8688738--8688803	29	2.2	30	81	10	82	21	25	10	42	1.85
8688794--8689013	29	7.6	29	81	5	214	25	25	13	36	1.92
8688758--8688983	115	2.0	116	89	0	346	24	26	13	36	1.92
8690803--8690850	24	2.0	24	100	0	96	20	25	16	37	1.93
8694791--8695013	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
8694791--8695013	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
8698334--8698432	44	2.2	44	96	0	180	27	19	21	32	1.97
8702983--8703100	43	2.7	43	94	0	209	31	33	23	11	1.91
8704467--8704713	40	6.2	40	89	1	327	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8706758--8706926	43	3.9	43	94	1	286	31	32	23	12	1.92
8706765--8706946	86	2.1	86	89	4	280	31	32	23	12	1.92
8712367--8712480	45	2.6	45	83	8	128	25	26	24	23	2.00
8712810--8712964	43	3.6	43	96	0	274	28	34	25	10	1.90
8712957--8713040	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
8715082--8715156	38	2.0	38	87	5	109	53	8	9	29	1.61
8716804--8716961	40	4.0	40	86	3	219	28	28	17	25	1.98
8725141--8725298	40	4.0	40	94	0	271	28	30	18	22	1.97
8730378--8730430	26	2.0	26	92	0	88	41	5	16	35	1.73
8735580--8735803	47	4.8	48	79	11	232	24	29	18	28	1.98
8735580--8735851	94	2.9	93	80	9	270	25	29	17	28	1.98
8735588--8735848	140	1.9	140	85	9	363	24	28	17	29	1.97
8741603--8741688	27	3.2	26	69	18	77	47	16	9	26	1.76
8741603--8741712	54	2.0	54	96	0	202	48	16	9	26	1.76
8741619--8741701	27	3.1	26	66	24	73	44	15	10	28	1.80
8741628--8741712	27	3.2	26	66	24	68	48	16	8	27	1.74
8742954--8743037	43	2.0	43	90	0	132	27	27	20	25	1.99
8742965--8743086	43	2.9	43	77	2	120	31	27	18	22	1.97
8745741--8745800	15	4.0	15	86	0	84	56	13	16	13	1.67
8750569--8750623	22	2.4	23	79	11	60	40	27	0	32	1.57
8751216--8751307	44	2.2	43	80	5	107	35	25	15	23	1.94
8753217--8753249	12	2.8	12	100	0	66	45	18	24	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8756493--8756639	42	3.4	45	79	10	139	33	23	15	27	1.95
8757299--8757376	25	3.2	25	60	10	61	43	15	16	24	1.86
8757300--8757401	49	2.1	49	96	0	186	41	17	15	25	1.89
8757313--8757389	24	3.2	24	62	10	57	42	15	18	23	1.88
8764720--8764762	6	7.5	6	84	10	63	16	2	0	81	0.79
8765169--8765201	3	11.0	3	87	12	50	0	0	33	66	0.92
8765702--8765886	97	1.9	97	86	2	264	29	15	24	30	1.95
8766491--8766528	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
8766554--8766601	10	4.8	10	82	10	62	25	10	2	62	1.38
8782763--8782941	47	3.8	49	81	13	214	29	28	20	21	1.98
8782771--8782941	94	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.98
8783361--8783420	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
8786809--8786876	33	2.1	33	100	0	136	41	23	8	26	1.83
8791466--8791575	54	2.0	54	96	0	202	27	23	11	37	1.90
8791995--8792055	30	2.0	30	96	0	113	29	19	22	27	1.98
8793899--8793928	7	4.3	7	95	0	51	46	53	0	0	1.00
8797345--8797393	21	2.3	21	82	0	53	32	2	18	46	1.60
8797955--8798109	43	3.6	42	75	6	132	30	16	21	31	1.95
8799312--8799423	26	4.2	26	82	5	127	20	18	17	42	1.89
8799325--8799434	27	4.1	27	78	9	66	22	18	20	39	1.93
8799418--8799569	27	5.6	27	85	0	196	39	15	15	29	1.88
8816464--8816496	17	1.9	17	93	0	57	27	0	12	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8817287--8817346	26	2.3	26	97	0	111	28	16	16	38	1.91
8823224--8823272	23	2.2	21	79	10	53	65	0	8	26	1.20
8826751--8826788	13	2.9	13	92	0	58	44	7	26	21	1.79
8833266--8833374	40	2.7	39	81	11	114	27	15	25	31	1.96
8845319--8845392	37	2.0	37	91	0	121	39	28	18	13	1.89
8848734--8848768	15	2.3	16	90	9	56	54	5	28	11	1.59
8848763--8848804	20	2.0	21	95	4	77	33	19	33	14	1.91
8849114--8849146	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
8849188--8849271	26	3.0	29	82	10	120	29	23	29	16	1.96
8849722--8849767	23	2.0	23	100	0	92	30	13	52	4	1.59
8867359--8867480	62	2.0	62	95	0	217	43	18	12	25	1.85
8871470--8871550	42	1.9	42	89	0	126	33	22	14	29	1.94
8889789--8889982	47	4.1	47	90	2	298	32	9	29	28	1.88
8889789--8889967	96	1.9	96	93	0	313	31	9	30	28	1.89
8890101--8890179	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
8894734--8894852	43	2.8	42	81	6	141	27	26	16	28	1.97
8904918--8905030	43	2.7	42	79	5	129	29	27	15	28	1.96
8906115--8906146	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
8906142--8906168	11	2.5	11	100	0	54	66	0	7	25	1.17
8910639--8911029	101	3.9	101	98	0	746	35	8	15	40	1.78
8911414--8911483	28	2.5	28	88	4	97	27	11	27	34	1.91
8912419--8912488	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8919756--8919803	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
8919851--8919906	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
8919840--8919906	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
8919957--8920075	23	5.1	23	87	2	175	28	19	20	31	1.97
8920290--8920353	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
8921922--8922015	47	2.0	47	91	4	154	44	13	19	22	1.85
8926745--8926794	23	2.2	23	82	7	57	60	2	0	38	1.09
8930465--8930509	14	3.1	14	83	3	54	33	0	4	62	1.15
8930484--8930513	15	2.0	15	100	0	60	33	0	13	53	1.40
8931239--8931284	19	2.3	20	85	3	67	67	0	2	30	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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