genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54315715--54315790	25	3.2	25	63	14	70	22	21	13	43	1.86
54318834--54318871	7	5.6	7	81	6	51	39	2	2	55	1.28
54318825--54318871	14	3.4	14	82	2	60	38	2	6	53	1.39
54318866--54318890	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
54328362--54328500	39	3.6	39	87	5	201	36	22	26	14	1.92
54331235--54331279	22	2.0	22	82	0	54	20	22	42	15	1.89
54332076--54332110	9	3.9	9	88	0	52	37	5	0	57	1.23
54333527--54333572	11	4.2	11	82	0	65	36	2	6	54	1.39
54333679--54333727	24	2.0	25	84	11	66	34	4	6	55	1.44
54333850--54333886	17	2.1	18	85	14	51	27	5	2	64	1.28
54334020--54334051	3	11.3	3	87	12	50	31	0	0	68	0.90
54335388--54335505	3	38.7	3	83	5	112	25	2	7	64	1.33
54335640--54335758	30	4.0	29	73	10	91	31	21	2	45	1.65
54335977--54336018	14	2.8	16	85	10	61	69	11	7	11	1.37
54335981--54336017	15	2.5	15	91	4	58	70	10	5	13	1.32
54336705--54336765	17	3.8	17	78	18	60	36	6	3	54	1.43
54336827--54336919	29	3.0	30	70	16	75	33	3	5	58	1.37
54344207--54344315	30	3.7	29	75	12	80	27	22	3	46	1.68
54344538--54344578	16	2.7	15	82	10	57	63	14	7	14	1.50
54345361--54345397	19	1.9	19	89	10	58	29	8	5	56	1.51
54351476--54351517	20	2.2	20	83	12	52	71	2	2	23	1.10
54351512--54351743	9	24.7	9	68	18	73	59	1	3	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54351542--54351619	19	4.2	18	79	11	68	65	2	2	29	1.19
54351542--54351610	19	3.6	19	81	11	70	66	1	1	30	1.09
54351498--54351658	37	4.4	37	72	14	104	62	1	1	33	1.16
54351511--54351619	28	3.9	28	79	7	87	62	2	2	32	1.24
54351627--54351722	37	2.6	37	78	14	99	59	1	5	34	1.27
54351511--54351744	28	8.3	28	65	19	78	60	1	3	34	1.25
54352229--54352278	21	2.3	22	89	3	75	36	0	6	58	1.23
54352229--54352359	10	13.3	10	68	14	51	33	1	5	59	1.29
54352751--54352854	46	2.3	46	86	3	147	35	15	3	45	1.64
54356873--54356952	26	3.1	26	94	0	133	31	6	25	37	1.81
54375161--54375273	60	1.9	60	87	3	165	49	11	7	30	1.68
54382903--54383027	58	2.1	61	84	10	161	35	4	5	54	1.45
54384167--54384232	33	2.0	33	82	5	80	40	13	1	43	1.53
54386192--54386317	62	2.0	62	89	1	191	34	16	7	40	1.78
54386821--54387020	108	1.9	108	91	0	328	36	13	11	39	1.79
54392133--54392171	19	2.1	19	95	0	69	33	5	17	43	1.72
54392545--54392588	21	2.1	21	100	0	88	38	18	22	20	1.93
54395701--54395738	19	2.0	19	100	0	76	21	15	31	31	1.94
54396179--54398148	985	2.0	985	99	0	3897	32	19	17	31	1.95
54402412--54402476	32	2.0	32	96	0	121	21	16	7	53	1.68
54419891--54419943	22	2.4	22	93	0	88	30	52	3	13	1.57
54420215--54420271	26	2.2	25	87	9	80	8	7	3	80	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54420215--54420271	13	4.5	13	75	4	53	8	7	3	80	1.00
54420215--54420271	25	2.2	26	84	9	73	8	7	3	80	1.00
54420215--54420267	20	2.8	18	72	10	52	9	5	3	81	0.98
54423248--54423291	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
54427407--54427670	86	3.1	86	91	0	420	25	23	24	26	2.00
54427641--54427825	46	4.1	46	63	10	112	26	22	24	27	2.00
54427618--54427921	136	2.3	134	94	2	529	26	20	23	29	1.99
54427926--54428474	44	12.5	44	74	6	407	29	15	25	30	1.96
54427882--54428396	221	2.3	221	89	1	757	29	15	24	31	1.95
54428061--54428484	132	3.2	132	89	1	618	29	15	24	31	1.95
54428712--54428764	22	2.4	22	93	0	88	30	52	3	13	1.57
54429040--54429093	26	2.1	25	86	10	74	9	5	3	81	0.97
54429036--54429093	13	4.5	13	72	20	50	8	6	3	81	0.98
54429036--54429081	19	2.4	19	77	3	56	8	6	4	80	1.01
54429958--54429995	15	2.5	15	86	0	58	34	5	0	60	1.19
54446515--54446595	41	2.0	42	95	2	146	27	28	8	35	1.86
54458937--54458986	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
54463576--54463625	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
54466423--54466466	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
54466486--54466527	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
54466490--54466526	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
54466559--54466610	15	3.2	15	73	19	50	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54468351--54468389	11	3.5	11	82	0	51	61	7	10	20	1.52
54473039--54473110	36	2.0	36	91	0	117	33	6	19	40	1.78
54476628--54476683	29	1.9	29	100	0	112	57	5	16	21	1.59
54476827--54476991	46	3.6	45	78	6	143	33	21	16	28	1.95
54476881--54477022	46	3.1	45	77	6	142	32	21	16	29	1.95
54478453--54478506	23	2.3	23	81	9	65	44	3	0	51	1.19
54478457--54478506	24	2.1	24	85	7	66	42	4	0	54	1.19
54483671--54483807	69	2.0	69	98	0	265	32	16	21	29	1.95
54487531--54487586	27	2.1	27	93	0	94	19	17	7	55	1.65
54487919--54487962	12	3.7	12	81	0	52	25	9	0	65	1.21
54492308--54492375	33	2.0	35	88	5	104	48	17	7	26	1.73
54498980--54499118	53	2.6	53	89	4	199	30	28	15	25	1.96
54499808--54499841	17	2.0	17	100	0	68	17	29	0	52	1.45
54499888--54499922	12	2.7	13	83	16	54	17	11	5	65	1.43
54500293--54500348	23	2.5	22	74	5	58	46	8	7	37	1.63
54510634--54510677	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
54522575--54523129	206	2.7	204	90	2	869	30	18	23	27	1.97
54524563--54524741	90	2.0	90	96	0	331	35	20	17	26	1.95
54531530--54531594	21	3.2	21	74	12	73	41	21	24	12	1.87
54531524--54531612	39	2.3	39	98	0	169	39	23	23	13	1.90
54533713--54533776	19	3.3	19	77	20	69	34	0	0	65	0.93
54533713--54533945	10	22.8	10	63	27	64	34	5	0	59	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54533720--54533777	21	2.9	20	80	15	75	32	0	0	67	0.91
54533711--54533778	5	14.4	5	79	15	58	35	0	0	64	0.94
54533740--54533947	39	4.9	41	69	21	110	34	6	0	59	1.23
54533832--54533904	24	2.9	26	71	17	73	32	4	0	63	1.14
54533832--54533947	50	2.3	52	80	12	120	34	5	0	60	1.19
54540502--54540673	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
54540494--54540669	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
54548845--54549352	168	3.0	167	87	3	750	46	18	23	11	1.82
54550182--54550277	27	3.6	27	72	13	99	40	8	0	51	1.32
54550169--54550273	53	2.0	53	88	3	158	43	7	0	48	1.31
54550704--54550746	16	2.7	16	77	0	59	20	0	4	74	1.00
54551792--54551840	23	2.1	23	88	7	73	44	10	12	32	1.75
54561378--54561409	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
54565588--54566027	168	2.6	168	90	2	661	46	18	23	11	1.81
54566885--54566980	27	3.6	27	72	13	99	40	8	0	51	1.32
54566872--54566976	53	2.0	53	88	3	158	43	7	0	48	1.31
54567407--54567452	16	2.8	16	80	3	56	19	0	8	71	1.11
54568500--54568547	23	2.1	23	88	7	71	43	10	12	33	1.77
54571178--54571240	27	2.2	29	81	10	78	65	4	28	1	1.22
54571653--54571700	23	2.1	23	88	0	69	45	8	10	35	1.68
54576523--54576562	18	2.2	18	100	0	80	47	0	17	35	1.48
54576835--54576903	20	3.5	20	93	0	120	27	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54577009--54577033	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
54577093--54577142	23	2.2	23	88	0	73	16	28	30	26	1.96
54584203--54584370	54	3.1	54	69	19	177	57	2	8	30	1.42
54584582--54584626	11	3.8	12	82	11	58	57	4	0	37	1.19
54584580--54584626	24	2.0	22	88	8	67	59	4	0	36	1.17
54585285--54585323	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
54586414--54586915	77	6.3	78	73	12	417	33	19	19	26	1.96
54586324--54587378	166	6.4	166	87	7	1287	31	20	19	27	1.97
54586502--54586681	93	2.0	91	84	6	238	36	19	20	24	1.95
54586817--54587004	92	2.1	90	82	6	218	35	19	20	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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