genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  152  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52236504--52236570	26	2.6	25	77	9	64	37	10	5	46	1.63
52236505--52236568	13	4.9	13	75	5	58	37	10	6	45	1.65
52244238--52244287	19	2.6	19	83	3	55	18	4	6	72	1.22
52249376--52249456	40	2.0	40	100	0	162	44	9	12	33	1.75
52257942--52257979	18	2.1	18	100	0	76	31	5	15	47	1.68
52258709--52258740	14	2.1	16	88	11	50	40	3	6	50	1.43
52259049--52259082	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
52263244--52263371	64	2.0	65	86	4	179	36	12	11	39	1.80
52265052--52265094	17	2.6	17	92	3	70	20	6	4	67	1.33
52265052--52265101	17	3.1	17	88	5	59	20	8	4	68	1.32
52268676--52268713	20	1.9	20	94	0	67	28	0	5	65	1.14
52273120--52273168	21	2.3	21	100	0	98	8	36	20	34	1.82
52273553--52273585	16	2.1	16	88	11	50	21	6	12	60	1.53
52289898--52289924	13	2.1	13	100	0	54	44	22	25	7	1.79
52291719--52291751	16	2.1	16	88	11	50	21	6	12	60	1.53
52295230--52295290	25	2.6	25	82	12	76	70	1	8	19	1.21
52295446--52295484	20	1.9	21	84	5	53	51	0	17	30	1.46
52295620--52295684	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
52295769--52295827	18	3.2	18	75	20	59	66	3	1	28	1.18
52296618--52296649	11	2.8	12	86	13	50	15	0	3	81	0.82
52296689--52296727	15	2.5	15	88	12	53	79	2	15	2	0.95
52299266--52299317	24	2.2	24	100	0	104	38	5	11	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52299342--52299438	26	3.6	27	74	13	85	58	4	5	31	1.39
52299338--52299438	54	1.9	52	85	4	139	58	4	4	31	1.41
52299338--52299420	26	3.1	26	77	10	87	59	4	6	30	1.43
52299479--52299558	26	3.0	27	75	12	76	62	6	5	26	1.40
52300968--52301241	33	8.2	33	74	7	196	23	14	25	35	1.94
52300938--52301119	99	1.8	99	86	2	267	21	15	28	34	1.94
52300950--52301158	99	2.1	99	80	5	235	22	16	25	34	1.95
52301148--52301234	35	2.6	32	75	12	84	24	11	25	39	1.89
52306302--52306327	11	2.4	11	100	0	52	50	23	0	26	1.50
52311368--52311965	88	6.8	85	86	4	674	33	20	23	21	1.97
52311368--52311965	174	3.4	171	85	4	752	33	20	23	21	1.97
52311977--52312101	45	2.8	45	85	4	171	28	18	24	28	1.98
52313511--52313576	24	2.7	26	77	15	79	27	6	6	60	1.44
52319621--52319647	14	1.9	14	100	0	54	59	33	0	7	1.25
52320646--52320694	22	2.2	23	82	10	66	42	18	8	30	1.79
52325893--52326225	164	2.0	166	94	2	589	21	21	26	30	1.98
52327521--52327738	33	6.6	33	72	3	161	24	15	25	34	1.94
52327541--52327737	99	2.0	99	85	2	270	24	14	25	34	1.94
52327660--52327818	81	2.0	81	87	0	228	24	16	25	32	1.96
52327751--52328159	33	12.7	33	71	9	216	24	15	24	35	1.94
52327737--52328149	99	4.3	99	78	8	427	23	15	24	35	1.94
52327811--52327976	90	1.8	90	90	0	269	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52329320--52329377	19	3.1	19	82	9	66	56	6	0	36	1.26
52331915--52331958	22	2.0	22	100	0	88	50	9	18	22	1.75
52332218--52332273	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
52332224--52332287	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
52332216--52332294	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
52332809--52332858	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
52334781--52334823	22	2.0	22	81	9	52	46	4	16	32	1.67
52336494--52336545	17	3.0	17	83	5	68	40	7	13	38	1.73
52336486--52336557	19	3.9	19	85	10	105	38	8	15	37	1.77
52336518--52336580	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
52337631--52337660	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
52340171--52340310	39	3.6	39	86	3	201	15	25	21	37	1.92
52342619--52342647	15	1.9	15	100	0	58	17	13	27	41	1.87
52342621--52342767	33	4.5	33	77	6	118	20	14	25	39	1.91
52342620--52342674	15	3.5	15	76	13	56	20	10	27	41	1.85
52342669--52342927	84	3.1	84	78	0	275	19	19	27	33	1.96
52343033--52343166	51	2.6	51	90	0	196	27	21	23	27	1.99
52343155--52343196	18	2.4	18	80	4	50	21	21	23	33	1.97
52343029--52343211	51	3.6	51	81	1	188	24	20	24	30	1.99
52344506--52344550	20	2.3	20	80	3	56	20	15	4	60	1.52
52344561--52344645	20	4.4	19	78	10	84	23	7	3	65	1.33
52344582--52344645	19	3.4	17	78	18	65	21	6	3	68	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52344538--52344645	38	2.8	38	80	9	119	23	9	4	62	1.43
52346094--52346128	13	2.7	13	95	0	61	20	11	25	42	1.85
52347057--52347099	7	6.1	7	82	17	54	41	2	2	53	1.26
52348928--52349187	33	7.9	33	74	0	178	20	15	26	36	1.93
52348937--52349126	99	1.9	99	84	2	256	21	13	26	38	1.91
52349138--52349235	51	1.9	51	85	4	135	20	19	25	34	1.96
52349174--52349523	33	10.6	32	80	6	254	21	19	26	31	1.98
52349056--52349277	117	1.9	117	81	1	266	19	17	26	36	1.94
52349060--52349304	117	2.1	117	79	1	258	20	17	27	34	1.95
52349174--52349523	66	5.3	66	77	2	328	21	19	26	31	1.98
52349270--52349334	18	3.8	18	74	13	66	18	20	32	29	1.96
52349339--52349396	18	3.4	18	72	13	68	25	24	24	25	2.00
52349405--52349469	18	3.8	17	76	12	62	23	13	27	35	1.93
52349177--52349526	99	3.5	99	79	3	337	21	19	27	31	1.98
52349173--52349523	132	2.7	131	84	3	470	21	19	26	31	1.97
52349342--52349561	99	2.2	99	85	0	296	23	18	26	31	1.97
52349594--52349742	51	2.9	51	84	2	183	26	20	23	29	1.99
52349696--52349766	33	2.2	33	86	0	97	23	25	23	26	2.00
52349710--52349790	33	2.5	33	85	0	99	22	18	25	33	1.97
52352259--52352425	46	3.6	47	84	2	221	18	22	15	43	1.88
52355135--52355183	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
52355147--52355211	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52355173--52355211	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
52356538--52356579	21	2.0	21	85	0	57	76	16	0	7	1.00
52361230--52361346	50	2.3	49	73	15	114	31	6	5	56	1.48
52361333--52361426	48	2.0	48	85	4	127	28	5	4	61	1.37
52361335--52361441	26	4.2	27	71	17	88	28	5	4	61	1.38
52363927--52363989	21	3.1	20	78	17	67	42	3	0	53	1.16
52363936--52363986	9	5.4	10	77	11	54	45	1	0	52	1.12
52363943--52363985	5	9.0	5	80	10	54	41	2	0	55	1.12
52364994--52365027	13	2.6	13	85	0	50	47	0	2	50	1.16
52366386--52366669	33	8.6	33	76	0	244	21	15	25	38	1.93
52366387--52366639	99	2.6	99	81	2	292	20	16	26	36	1.93
52366650--52366942	18	17.6	18	66	16	76	21	18	27	32	1.96
52366659--52366951	33	8.9	32	76	5	208	21	18	27	32	1.97
52366574--52366747	84	2.1	84	86	2	242	21	17	24	36	1.94
52366662--52366951	132	2.2	132	93	0	463	22	18	27	31	1.97
52366617--52366771	84	1.9	83	83	4	197	22	16	25	35	1.94
52366508--52366819	150	2.1	150	79	1	329	20	17	26	35	1.94
52366658--52366975	99	3.2	99	83	0	314	22	17	27	33	1.96
52366701--52366990	33	8.8	32	74	4	166	22	17	26	33	1.96
52366734--52366975	66	3.7	65	74	5	234	22	17	27	32	1.96
52366701--52367013	99	3.2	99	81	0	268	22	17	27	32	1.96
52367046--52367194	51	2.9	51	86	0	217	25	22	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52367148--52367245	33	3.0	33	87	0	124	23	18	25	32	1.97
52369241--52369357	50	2.3	49	76	12	121	45	5	11	37	1.64
52372257--52372352	33	2.9	33	76	6	104	11	28	32	28	1.91
52372603--52372798	54	3.6	54	100	0	392	13	21	34	30	1.92
52374453--52374502	22	2.3	21	80	10	55	28	8	2	62	1.35
52375416--52375452	13	2.8	14	76	16	51	51	8	0	40	1.32
52384891--52384933	22	2.0	22	86	8	63	46	0	0	53	1.00
52391401--52391437	18	2.0	19	89	5	58	2	10	18	67	1.32
52399129--52399175	21	2.1	21	84	7	58	44	0	12	42	1.42
52399250--52399307	24	2.5	23	80	5	64	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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