genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92444793--92444908	55	2.1	55	96	0	214	40	13	6	38	1.72
92445241--92445342	43	2.4	43	86	3	143	26	24	20	28	1.99
92451701--92451773	26	2.8	26	83	4	94	19	21	21	36	1.95
92456179--92456308	40	3.2	40	80	5	136	26	24	24	24	2.00
92456179--92456323	40	3.6	40	79	4	121	27	24	24	23	2.00
92465838--92465866	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
92468746--92468963	39	5.5	39	88	8	277	22	27	23	26	2.00
92478176--92478439	85	3.1	85	93	2	476	26	25	8	39	1.84
92482435--92482468	3	11.7	3	90	6	52	32	0	29	38	1.58
92486788--92486835	21	2.3	21	92	0	78	25	18	54	2	1.55
92487129--92487418	43	6.7	43	84	3	350	25	19	23	31	1.98
92487130--92487418	86	3.3	86	87	0	398	25	19	23	31	1.98
92487129--92487418	130	2.2	128	85	2	382	25	19	23	31	1.98
92490238--92490358	43	2.9	42	78	11	147	27	17	26	28	1.97
92492429--92492628	27	7.4	27	86	0	274	36	18	21	24	1.95
92497848--92497886	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
92512604--92512763	43	3.8	42	76	16	141	34	25	16	23	1.95
92512605--92512763	42	3.8	41	78	12	126	34	25	16	23	1.95
92512605--92512761	85	1.8	85	81	8	194	33	25	16	24	1.96
92515780--92515883	27	3.8	27	83	9	131	33	21	25	20	1.97
92515772--92515886	55	2.1	55	85	6	155	34	20	25	19	1.96
92521504--92521606	25	4.1	25	79	9	102	32	23	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92532109--92532167	27	2.3	25	82	5	64	33	20	23	22	1.97
92532130--92532189	32	1.9	31	82	3	75	33	21	23	21	1.97
92532091--92532355	99	2.7	99	95	1	469	32	21	24	21	1.98
92532229--92532288	32	1.9	31	82	3	75	33	21	23	21	1.97
92543606--92543965	181	2.0	181	96	2	661	24	13	22	39	1.91
92547998--92548025	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
92548252--92548380	39	3.3	39	91	0	195	24	26	18	30	1.98
92551409--92551975	285	2.0	285	98	0	1098	31	16	21	30	1.95
92556492--92556593	51	2.0	51	96	0	186	23	23	24	28	2.00
92559494--92559607	38	3.0	38	97	0	210	31	14	22	31	1.93
92560287--92560471	40	4.6	39	81	5	185	24	21	28	25	1.99
92560340--92560494	79	2.0	79	81	7	181	25	20	27	26	1.99
92563393--92563473	6	13.3	6	87	7	119	51	16	14	17	1.76
92563888--92564596	27	26.3	27	88	0	972	25	19	19	35	1.95
92564581--92564901	27	11.9	27	84	1	410	32	8	19	39	1.82
92563890--92564596	81	8.7	81	93	1	1132	25	19	19	36	1.95
92564581--92564895	108	2.9	108	92	0	504	32	8	19	40	1.82
92569612--92569701	39	2.3	39	88	0	126	24	27	16	31	1.97
92570845--92570886	14	2.8	15	82	7	50	47	7	2	42	1.43
92573205--92573242	17	2.2	18	85	4	51	28	0	26	44	1.54
92575067--92575218	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
92575067--92575218	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92575657--92575697	20	2.0	20	100	0	82	24	19	14	41	1.89
92581564--92581657	27	3.4	27	92	2	152	26	12	29	30	1.93
92581564--92581670	27	3.9	27	89	4	108	28	12	27	31	1.92
92584508--92584546	18	2.2	18	90	0	60	74	2	12	10	1.17
92586856--92586933	40	2.0	40	89	0	120	23	17	28	30	1.97
92588190--92588310	61	2.0	61	98	0	233	28	27	10	33	1.90
92589555--92589729	27	6.4	27	82	3	172	29	28	14	27	1.96
92589573--92589728	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
92589577--92589728	54	2.8	54	84	3	198	27	29	15	26	1.96
92596746--92596812	31	2.2	30	81	10	73	44	8	22	23	1.81
92603809--92603837	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
92611603--92611632	15	2.0	15	100	0	60	73	6	6	13	1.24
92612513--92612553	16	2.6	16	96	0	73	46	0	19	34	1.50
92613158--92613292	43	3.1	44	78	5	114	25	17	25	32	1.96
92619592--92619950	46	7.6	48	73	12	257	28	18	27	24	1.98
92619592--92619950	140	2.5	139	78	12	340	28	18	27	24	1.98
92619723--92619944	96	2.4	93	81	12	251	27	18	27	26	1.98
92620756--92620808	26	2.2	24	83	12	65	39	3	22	33	1.72
92620763--92620818	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
92622416--92622500	27	3.1	27	78	9	102	20	25	22	31	1.98
92628691--92629500	26	31.2	26	99	0	1611	30	7	26	34	1.85
92630654--92630740	43	2.0	43	100	0	174	34	28	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92631139--92631225	27	3.2	27	84	9	115	18	24	22	34	1.96
92634221--92634266	23	2.0	23	95	0	83	28	13	19	39	1.89
92634819--92634922	42	2.5	42	79	4	111	25	16	25	31	1.96
92644756--92644791	19	1.9	19	94	5	65	36	0	8	55	1.30
92645780--92645818	19	2.1	19	100	0	78	10	25	10	53	1.66
92646813--92646914	43	2.4	43	93	0	168	24	31	21	22	1.98
92648234--92648402	46	3.6	47	79	9	161	27	18	28	25	1.98
92650187--92650266	40	2.0	40	87	4	117	25	21	22	31	1.98
92661845--92661896	20	2.6	20	96	0	95	25	32	30	11	1.91
92667133--92667173	19	2.0	21	90	9	68	9	19	4	65	1.40
92667538--92667602	22	3.0	22	76	12	64	41	18	6	33	1.75
92669314--92669467	42	3.7	42	89	1	220	31	25	12	30	1.93
92669313--92669510	84	2.3	85	83	8	233	30	25	13	30	1.94
92669586--92669732	31	4.7	31	87	0	222	27	27	19	25	1.98
92669710--92669936	50	4.5	50	90	2	348	26	21	15	35	1.94
92676838--92677030	60	3.2	59	81	2	215	12	30	19	37	1.88
92692194--92692247	27	2.0	27	100	0	108	44	18	7	29	1.77
92694902--92694959	29	2.0	29	96	0	107	31	25	13	29	1.94
92697619--92697841	56	4.0	56	99	0	437	46	5	25	22	1.73
92705458--92705512	26	2.3	25	82	14	71	47	1	7	43	1.41
92705483--92705566	22	3.7	23	72	15	75	53	4	5	35	1.46
92706148--92706178	3	10.3	3	92	0	53	64	3	0	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92706387--92706429	21	2.0	22	90	4	70	16	0	2	81	0.79
92706393--92706440	21	2.1	21	85	11	60	22	0	4	72	1.01
92711525--92711569	23	2.0	23	86	4	65	55	13	0	31	1.38
92715118--92715162	23	2.0	23	86	4	65	55	13	0	31	1.38
92719944--92719979	18	2.0	18	88	0	54	61	8	2	27	1.39
92721767--92722164	198	2.0	198	96	0	735	38	14	12	34	1.83
92722943--92723079	44	3.1	44	68	15	120	20	27	20	31	1.97
92722922--92724036	88	12.7	88	87	0	1527	21	23	21	33	1.97
92723310--92723452	44	3.3	43	67	11	110	22	25	18	34	1.96
92729580--92729636	28	2.0	28	93	0	96	15	26	24	33	1.95
92731441--92731497	27	2.0	29	83	6	73	42	7	5	45	1.53
92734633--92734668	19	1.9	19	88	5	56	83	5	2	8	0.89
92734811--92734866	3	19.7	3	82	10	73	64	0	35	0	0.94
92734805--92734856	8	6.2	8	80	8	59	67	0	32	0	0.91
92734814--92734866	17	3.3	17	89	10	85	64	0	35	0	0.94
92734811--92734866	25	2.2	26	83	6	78	64	0	35	0	0.94
92734813--92734866	28	1.9	28	85	7	74	64	0	35	0	0.94
92735399--92735441	17	2.6	16	89	7	68	74	2	9	13	1.16
92735585--92735666	13	6.6	12	71	12	58	64	4	1	29	1.22
92735476--92735867	151	2.6	149	90	5	639	59	8	4	27	1.45
92737877--92737930	18	3.0	18	77	0	54	24	37	27	11	1.89
92742261--92742352	39	2.4	37	81	15	107	51	13	3	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92742321--92742378	26	2.2	26	87	6	82	48	8	5	37	1.56
92742363--92742436	16	4.4	16	73	20	71	64	16	0	18	1.29
92742371--92742398	13	2.2	13	100	0	56	64	14	0	21	1.29
92742664--92742698	19	1.9	18	88	11	54	8	5	5	80	1.03
92751654--92751763	55	2.0	55	98	0	211	68	6	16	9	1.37
92753270--92753756	245	2.0	245	96	0	893	39	15	20	24	1.91
92756095--92756143	21	2.3	22	82	10	66	73	6	2	18	1.14
92759572--92759605	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
92764211--92764244	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
92768850--92768883	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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