genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
443067--443126	31	1.9	31	82	0	75	35	18	20	26	1.95
443234--443288	25	2.1	26	86	6	76	52	12	7	27	1.65
456067--456189	65	1.9	65	80	12	146	23	27	23	25	2.00
457028--457091	30	2.2	29	91	2	101	32	21	17	28	1.96
465608--465780	46	3.7	48	83	9	182	23	30	19	26	1.98
465658--465877	46	4.7	47	76	13	190	25	30	18	26	1.98
465658--465882	94	2.4	92	79	10	228	25	30	17	26	1.97
471054--471153	50	2.0	50	92	3	166	32	18	29	21	1.96
478917--478958	20	2.1	20	95	0	75	47	14	7	30	1.71
480418--480535	40	3.0	40	82	0	146	38	17	24	18	1.92
481914--482222	40	7.7	40	83	3	381	23	29	23	24	1.99
481914--482222	80	3.9	80	90	4	421	23	29	23	24	1.99
481913--482221	120	2.6	120	88	3	435	23	29	22	24	1.99
484231--484382	40	3.8	39	82	0	151	39	16	25	18	1.91
486140--486223	28	3.0	28	91	0	132	32	16	14	36	1.89
490159--490375	47	4.6	45	75	16	183	28	18	30	22	1.97
501964--502148	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
501945--502148	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
509654--509722	33	2.1	33	100	0	138	17	5	34	42	1.73
511943--511972	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
511944--511980	15	2.4	15	90	4	56	51	16	13	18	1.76
517530--518186	329	2.0	329	98	0	1269	25	18	16	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
527790--527851	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
531425--531505	25	3.2	26	79	10	89	28	19	25	25	1.99
535816--536000	40	4.7	40	81	6	207	24	21	28	25	1.99
535817--535998	79	2.3	81	80	7	203	24	21	28	25	1.99
535869--536033	79	2.1	79	79	6	174	26	20	28	25	1.99
536796--536882	44	2.0	44	90	0	138	44	10	19	25	1.82
539254--539508	128	2.0	128	96	0	474	31	17	25	25	1.97
553294--553342	20	2.4	21	83	10	66	30	8	16	44	1.76
553305--553343	20	2.0	20	94	0	69	28	7	15	48	1.72
557544--557585	20	2.1	20	100	0	84	28	9	30	30	1.89
559639--559700	28	2.2	28	85	0	79	32	12	32	22	1.92
559648--559701	28	1.9	28	88	0	81	29	14	33	22	1.94
560437--560465	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
564431--564464	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
570810--570963	43	3.6	44	78	11	158	33	22	18	25	1.96
570797--570959	86	1.9	85	83	8	215	33	22	18	26	1.97
574474--574754	141	2.0	141	95	0	499	26	6	18	48	1.72
579208--580160	476	2.0	478	98	0	1829	33	14	24	27	1.94
581029--581290	39	6.6	39	86	5	302	25	22	27	24	2.00
581081--581323	78	3.1	79	85	6	246	26	21	27	24	1.99
589057--589279	39	5.7	40	83	8	248	26	22	26	24	2.00
589057--589279	79	2.8	82	82	8	266	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
589057--589311	79	3.2	79	80	9	195	27	21	26	24	1.99
602335--602563	47	4.9	49	81	6	237	23	28	19	28	1.98
602335--602596	140	1.9	141	83	8	347	24	28	19	28	1.98
602944--603022	29	2.7	29	86	2	104	34	20	12	32	1.90
609889--610040	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
609889--610040	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
614283--614322	21	1.9	21	94	0	71	25	27	35	12	1.92
615520--615680	46	3.5	46	79	14	154	24	27	19	28	1.99
631617--631761	73	2.0	73	98	0	281	38	13	22	24	1.91
640702--640736	15	2.2	16	90	5	54	42	0	54	2	1.15
654246--654357	46	2.4	47	82	8	140	29	28	16	25	1.97
660617--660656	21	1.9	21	89	0	62	25	27	35	12	1.92
669075--669252	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
669096--669251	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
675946--676028	43	1.9	43	85	4	114	24	19	28	27	1.98
687952--688051	51	2.0	51	93	0	173	33	11	18	38	1.85
694794--696061	634	2.0	634	100	0	2536	34	15	16	32	1.91
707742--707901	43	3.7	42	81	11	164	31	25	19	23	1.98
707782--707910	44	3.0	44	84	8	158	31	24	20	24	1.98
707742--707901	85	1.9	84	83	8	207	31	25	19	23	1.98
708702--708795	39	2.4	39	80	5	102	26	29	23	20	1.99
708769--708894	39	3.2	39	94	0	207	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708731--708894	78	2.1	78	83	5	199	26	29	22	21	1.99
721973--722044	30	2.4	30	90	0	108	43	11	20	25	1.85
721995--722195	30	6.7	30	73	5	113	40	13	22	22	1.89
722033--722093	29	2.1	29	87	3	86	42	14	24	18	1.88
731025--731108	37	2.3	37	85	0	105	23	29	20	26	1.99
731261--731397	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
731371--731602	47	4.9	47	93	0	374	25	31	12	29	1.93
731436--731560	23	5.2	24	61	18	64	28	32	11	28	1.91
732319--732397	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
732516--732848	47	7.1	47	96	0	576	28	30	9	32	1.88
733031--733411	47	8.1	47	90	1	519	26	29	11	32	1.91
733311--733382	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
736844--736971	48	2.7	48	95	0	220	26	30	18	24	1.98
751013--751096	43	2.0	43	81	9	100	28	28	17	25	1.98
756183--756329	40	3.7	40	84	3	181	25	26	23	24	2.00
756146--756336	40	4.8	39	77	8	174	26	27	21	24	1.99
760612--760874	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
760612--760874	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
760806--760883	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
768563--768825	40	6.6	39	86	4	287	25	27	21	25	1.99
768563--768825	120	2.2	119	82	4	316	25	27	21	25	1.99
768757--768834	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770656--770834	27	6.6	27	83	2	171	37	6	21	33	1.80
770656--770790	54	2.5	54	88	0	198	40	6	22	30	1.79
772081--772201	27	4.5	27	93	0	188	27	19	9	43	1.81
772036--772246	81	2.6	81	72	4	201	35	20	7	36	1.81
772204--772354	81	1.9	81	81	5	189	43	19	7	28	1.79
772042--772356	27	11.7	27	82	3	152	37	20	8	33	1.82
772459--772536	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
773694--773741	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
773778--773848	20	3.5	20	94	0	115	36	11	21	30	1.88
773789--773843	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
773895--774012	23	5.1	23	94	0	200	27	22	21	29	1.99
774227--774290	31	2.1	31	81	0	74	39	17	20	23	1.92
783088--783121	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
783778--783812	16	2.1	16	89	5	52	22	0	2	74	0.95
783797--783826	10	3.0	10	95	0	51	33	0	0	66	0.92
786095--786218	61	2.0	61	100	0	248	31	17	1	49	1.57
786095--786187	31	3.0	31	66	25	88	30	19	2	48	1.61
786119--786214	30	3.2	30	68	24	92	30	17	1	51	1.53
788630--788662	16	2.0	17	88	5	50	21	9	12	57	1.62
796491--796542	26	2.0	26	96	0	95	36	11	19	32	1.87
798682--798721	15	2.7	15	96	0	71	25	25	40	10	1.86
804130--804184	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804475--804524	3	16.3	3	91	4	82	66	0	0	34	0.92
806030--806500	74	6.3	74	83	7	458	32	21	15	31	1.94
806023--806500	148	3.2	147	81	6	534	32	21	15	30	1.94
806479--806518	21	1.9	21	100	0	80	20	35	20	25	1.96
806405--806594	97	2.0	95	95	2	344	30	21	15	32	1.94
806337--806670	171	2.0	170	90	3	537	30	20	15	33	1.93
806263--806964	224	3.0	241	88	6	843	31	19	15	34	1.93
806500--806993	74	6.6	74	91	1	763	30	18	14	36	1.91
806500--806993	150	3.3	150	91	1	776	30	18	14	36	1.91
806500--806993	224	2.2	225	95	0	891	30	18	14	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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