Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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This is table  151  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51951616--51951677
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1.98
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26
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15
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1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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2
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0
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2.0
24
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14
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2
0
39
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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T
Entropy
(0-2)
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17
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75
0
23
1
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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240
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0
63
0.95
52190685--52190812
12
11.0
12
77
17
110
32
1
0
64
1.08
52190601--52190783
79
2.2
81
80
12
189
37
1
1
59
1.14
52190696--52190837
15
9.9
14
74
20
57
30
2
0
66
1.08
52190687--52190810
5
25.6
5
71
21
77
32
1
0
65
1.08
52190687--52190813
68
1.9
68
88
3
193
32
1
0
65
1.08
52190696--52190837
29
4.7
28
72
23
94
30
2
0
66
1.08
52190685--52190839
26
5.7
26
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31
1
0
65
1.08
52192472--52192543
20
3.7
19
82
14
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56
6
0
36
1.26
52192472--52192548
19
4.1
19
82
12
63
55
6
0
37
1.26
52198018--52198093
24
3.2
24
70
10
84
43
3
2
50
1.34
52198031--52198104
23
3.2
23
70
11
78
45
2
1
50
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52198003--52198062
29
2.0
30
83
3
77
46
1
1
50
1.21
52198016--52198114
47
2.1
47
94
5
173
44
4
2
49
1.32
52198032--52198107
24
3.2
24
66
15
68
47
2
1
48
1.24
52203844--52203909
24
2.8
22
75
13
60
46
1
4
46
1.32
52206743--52206771
5
5.8
5
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0
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0
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0
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155
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25
19
27
1.99
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19
2.4
19
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10
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2
0
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1.13
52217782--52217834
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18
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1
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50
1.12
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2
0
47
1.14
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15
2.2
15
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10
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45
0
0
54
0.99
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19
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2
0
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2.5
26
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8
10
2
77
1.09
52225738--52225812
31
2.5
29
85
6
96
9
9
2
78
1.05
52225833--52225897
21
3.4
18
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13
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13
3
4
78
1.03
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2
2
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1.26
52226236--52226310
20
3.7
20
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4
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1.57
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13
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13
100
0
50
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0
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24
1.02
52226636--52226683
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2.3
20
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10
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70
0
6
22
1.09
52226735--52226761
14
1.9
14
100
0
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55
0
0
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0.99
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37
4.0
35
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10
135
57
2
1
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1.20
52226929--52226998
15
4.2
16
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20
56
80
4
5
10
1.02
52226929--52226998
8
8.4
8
79
4
59
80
4
5
10
1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52227012--52227056
17
2.6
17
82
0
63
80
0
8
11
0.92
52227012--52227080
30
2.4
29
88
7
104
79
1
8
10
0.99
52227023--52227078
17
3.6
17
77
20
68
76
1
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10
1.09
52227215--52227306
47
2.0
47
95
0
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2.2
13
100
0
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1.67
52229721--52229782
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20
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3.1
18
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37
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0
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10
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1.53
52236376--52236414
16
2.4
17
86
4
53
51
0
0
48
1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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