genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80227746--80227832	28	3.1	28	76	12	88	32	5	14	47	1.68
80227702--80227910	27	7.7	27	76	7	129	32	9	18	39	1.82
80227815--80227943	54	2.4	53	80	6	136	28	11	20	38	1.88
80227815--80227943	27	4.8	27	76	7	120	28	11	20	38	1.88
80227942--80228138	81	2.4	81	92	0	322	36	6	24	32	1.82
80227942--80228114	27	6.4	27	86	2	240	36	6	25	31	1.81
80230560--80230597	20	1.9	20	88	0	58	52	15	7	23	1.69
80232045--80232112	25	2.7	24	80	13	66	30	4	2	61	1.30
80242593--80242802	40	5.3	40	90	0	296	26	28	20	24	1.99
80242596--80242855	80	3.3	80	85	3	249	26	28	21	24	1.99
80258626--80258671	17	2.7	17	89	0	65	19	30	32	17	1.95
80266354--80266530	91	1.9	91	93	0	300	18	32	24	23	1.97
80283668--80283695	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
80284207--80284312	26	4.1	26	95	0	194	33	7	24	34	1.84
80285895--80286060	54	3.1	54	91	1	244	16	24	23	36	1.94
80285895--80286060	27	6.2	26	84	7	197	16	24	23	36	1.94
80285895--80286060	81	2.0	81	85	4	219	16	24	23	36	1.94
80289075--80290015	40	23.6	40	97	1	1723	25	22	27	24	2.00
80297799--80298000	40	5.1	40	86	8	270	24	22	28	24	1.99
80303273--80303380	26	4.2	26	96	0	198	32	7	25	35	1.84
80304963--80305109	27	5.4	27	82	0	177	17	25	22	34	1.96
80304982--80305128	27	5.4	27	81	10	113	16	25	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80304963--80305128	54	3.1	54	86	5	219	17	25	22	34	1.95
80304963--80305137	81	2.2	81	81	4	201	17	26	22	33	1.96
80308432--80308614	45	4.1	45	76	6	140	39	16	20	23	1.91
80309809--80309878	27	2.6	27	91	6	108	32	18	14	34	1.91
80309873--80309978	53	2.0	54	88	1	160	18	17	22	40	1.91
80309841--80309978	27	5.1	27	80	1	152	21	18	21	39	1.93
80315464--80315585	46	2.6	46	83	7	131	27	19	28	23	1.98
80320970--80321119	75	2.0	75	98	0	291	36	16	30	16	1.92
80322543--80322669	55	2.3	55	83	6	159	29	25	29	15	1.96
80326039--80326073	15	2.3	15	100	0	70	25	5	14	54	1.62
80331266--80331383	46	2.5	46	84	9	134	24	28	16	29	1.97
80331306--80331430	46	2.7	45	81	7	117	24	30	17	27	1.97
80333547--80333622	27	2.9	27	86	2	73	30	19	17	32	1.95
80333557--80333633	27	2.9	27	88	0	109	25	19	20	33	1.96
80333585--80333695	27	4.1	27	77	4	109	18	18	23	38	1.93
80333639--80333881	81	3.0	80	89	2	378	22	25	18	34	1.96
80333719--80333774	26	2.1	27	93	3	96	23	19	17	39	1.92
80333557--80333774	27	8.1	27	72	12	99	22	21	20	36	1.95
80336339--80336381	13	3.3	13	86	0	59	32	34	18	13	1.90
80336346--80336387	13	3.2	13	86	0	57	30	40	16	11	1.85
80352374--80352645	40	6.8	40	76	0	274	27	26	20	25	1.99
80352346--80352642	80	3.7	80	93	1	472	27	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80366668--80366983	48	6.7	48	86	2	410	27	27	19	25	1.99
80371827--80371873	16	2.9	17	75	12	53	46	17	6	29	1.72
80371826--80371880	16	3.4	16	71	16	51	43	20	7	29	1.78
80378519--80378566	4	12.0	4	100	0	96	25	0	25	50	1.50
80391112--80391196	41	2.1	41	97	0	161	35	12	10	41	1.78
80398012--80398077	32	2.1	32	97	0	123	42	16	4	36	1.69
80399965--80400058	49	2.0	48	83	8	120	35	23	13	27	1.93
80402135--80402234	51	2.0	51	84	11	134	23	16	29	32	1.95
80405924--80405984	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80408269--80408321	26	2.0	26	96	0	97	39	15	1	43	1.57
80409492--80409563	36	2.0	35	89	7	110	31	8	26	31	1.86
80418699--80419190	246	2.0	246	99	0	975	29	18	24	27	1.98
80419567--80419623	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
80420669--80420715	22	2.2	21	88	7	69	38	14	27	19	1.91
80420675--80420718	22	2.0	22	100	0	88	36	18	22	22	1.95
80426581--80426749	43	3.9	44	77	10	179	30	26	18	25	1.98
80426585--80426743	86	1.9	85	84	6	214	30	25	18	25	1.98
80430511--80430721	40	5.3	40	87	2	282	22	20	27	29	1.98
80438796--80439007	40	5.3	40	85	6	252	24	19	27	28	1.99
80448334--80448490	43	3.7	41	81	8	147	32	24	18	24	1.97
80454470--80454552	44	1.9	43	83	11	107	14	21	0	63	1.29
80454553--80454582	13	2.3	13	100	0	60	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80459020--80459139	47	2.7	45	82	8	147	25	30	20	25	1.99
80464424--80464475	27	2.0	26	84	3	68	26	21	19	32	1.97
80465073--80465124	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
80465140--80465203	33	2.0	32	84	3	83	20	25	20	34	1.96
80466945--80467071	43	3.0	42	80	3	146	33	24	17	25	1.96
80466944--80467102	43	3.7	42	75	8	124	30	26	18	24	1.98
80473918--80473964	23	2.0	23	100	0	94	29	21	12	36	1.91
80475153--80475212	30	2.0	30	96	0	111	45	13	15	26	1.83
80477164--80477254	42	2.1	43	83	4	121	36	27	14	21	1.92
80478599--80478648	22	2.1	25	85	10	70	6	34	0	60	1.21
80480092--80480191	20	5.1	20	81	1	76	24	21	21	34	1.97
80480018--80480187	40	4.2	40	77	7	175	21	22	21	34	1.97
80483500--80484412	46	19.8	46	94	4	1590	21	19	28	30	1.98
80484190--80484358	47	3.6	47	81	13	240	21	20	28	28	1.98
80487162--80487262	6	16.8	6	75	19	95	49	14	14	20	1.79
80487162--80487262	30	3.4	30	93	2	168	49	14	14	20	1.79
80487380--80487445	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
80487380--80487453	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
80487404--80487461	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
80487618--80487676	22	2.7	22	81	0	64	33	22	22	22	1.97
80487764--80487846	27	3.1	26	86	5	103	37	20	21	20	1.95
80488045--80488160	27	4.3	27	80	4	126	25	19	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80488164--80488428	27	9.8	27	82	4	311	41	10	21	26	1.84
80488164--80488442	81	3.4	81	84	4	375	41	10	21	26	1.85
80490717--80491029	138	2.3	138	87	0	464	18	23	15	41	1.89
80490712--80491031	46	7.0	46	86	2	401	19	23	15	41	1.89
80504580--80504669	41	2.2	41	91	0	144	22	25	23	28	1.99
80505881--80505914	16	2.0	17	88	11	52	17	23	38	20	1.93
80515558--80515717	80	2.0	80	97	0	302	43	5	18	32	1.73
80516772--80516841	28	2.5	28	93	4	115	25	12	28	32	1.93
80524680--80524746	28	2.4	28	87	5	91	29	11	23	34	1.91
80533802--80533913	24	4.6	24	77	10	93	28	21	14	35	1.92
80538092--80538135	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
80568042--80568087	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
80568054--80568097	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
80568725--80568754	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
80573806--80574198	44	8.6	44	69	11	175	30	20	17	31	1.96
80583910--80583947	18	2.1	18	100	0	76	31	23	15	28	1.96
80589231--80589610	111	3.6	108	74	11	342	32	20	15	31	1.94
80589343--80589609	100	2.6	101	81	4	297	31	21	16	30	1.95
80589660--80589690	16	1.9	16	93	0	53	19	0	3	77	0.90
80590492--80590755	101	2.6	99	83	5	285	30	15	19	34	1.92
80590569--80590786	101	2.2	101	81	4	244	36	14	17	31	1.90
80590577--80590786	102	2.1	101	81	2	242	35	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80592271--80592301	4	7.8	4	92	0	53	48	0	25	25	1.52
80596200--80596290	45	2.0	46	95	2	166	14	40	13	31	1.84
80611971--80612898	116	8.0	116	99	0	1838	51	10	13	25	1.72
80614604--80614645	6	6.5	6	86	13	57	16	2	0	80	0.81
80614597--80614643	14	3.3	14	85	11	60	19	2	2	76	0.99
80614604--80614645	20	2.1	20	95	0	75	16	2	0	80	0.81
80614670--80614694	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
80614671--80614708	18	2.1	18	90	0	58	10	2	44	42	1.52
80617569--80617644	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
80617748--80617888	27	5.2	27	80	11	155	18	22	22	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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