genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27442628--27442805	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
27442649--27442804	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27454440--27454711	40	6.8	40	98	0	508	25	20	29	24	1.99
27455491--27455612	60	2.0	60	91	0	199	41	18	13	27	1.87
27464545--27464664	41	2.9	41	83	3	141	35	24	14	25	1.93
27464554--27464675	43	2.9	43	85	4	151	35	25	13	25	1.93
27469067--27469186	42	2.8	41	82	6	132	28	15	24	31	1.96
27478632--27478890	46	5.5	47	70	13	178	29	18	30	22	1.97
27480123--27480162	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
27482366--27482787	53	7.8	53	75	3	342	21	23	18	36	1.94
27482431--27482728	55	5.5	55	78	3	334	19	22	20	37	1.94
27482378--27482789	108	3.8	108	93	0	628	20	23	18	37	1.94
27486056--27486094	19	2.1	19	100	0	78	15	38	15	30	1.88
27489808--27490010	46	4.3	47	76	11	168	30	19	28	22	1.98
27489808--27489979	46	3.7	47	78	9	174	29	19	28	22	1.98
27489805--27489983	94	1.9	94	84	6	240	29	20	29	21	1.98
27493146--27493181	13	2.8	13	95	0	63	11	16	41	30	1.83
27502172--27502293	44	2.8	43	73	9	106	25	17	23	33	1.96
27502405--27502489	43	2.0	43	90	4	136	36	5	21	36	1.78
27513751--27513844	49	1.9	49	86	0	134	43	7	21	27	1.79
27517462--27517678	46	4.7	45	77	15	194	28	20	29	22	1.98
27522595--27522643	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27528350--27528566	40	5.5	39	85	6	251	27	27	20	24	1.99
27532464--27532641	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27532465--27532620	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27532461--27532641	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27540150--27540327	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27540151--27540306	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27540147--27540327	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27550850--27550969	43	2.8	42	81	2	123	30	24	14	30	1.94
27558395--27558524	43	3.1	42	77	10	131	30	22	13	33	1.93
27561870--27561967	27	3.5	28	87	5	119	24	13	29	32	1.93
27561898--27561980	27	3.0	27	84	5	87	28	12	26	32	1.92
27569519--27569701	101	1.8	100	91	1	303	29	24	20	25	1.99
27576919--27577106	51	3.8	50	79	7	202	31	23	18	26	1.97
27576929--27577110	101	1.8	100	91	1	301	30	23	19	26	1.98
27579763--27579924	43	3.8	42	80	11	168	32	25	17	24	1.96
27580406--27580471	29	2.2	29	78	7	71	28	21	4	45	1.71
27583087--27583240	42	3.7	41	77	5	148	28	16	25	29	1.97
27595932--27595977	16	2.8	17	83	6	58	13	15	19	52	1.75
27599965--27600029	28	2.3	28	81	2	67	29	26	1	43	1.64
27612757--27612856	43	2.3	43	75	1	103	31	24	14	31	1.94
27620298--27620409	43	2.6	42	81	2	125	30	21	15	33	1.94
27620329--27620419	42	2.1	43	84	6	114	31	23	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27624108--27624194	45	1.9	45	95	0	156	29	26	5	37	1.80
27628059--27628143	42	2.0	41	88	2	125	36	11	30	21	1.89
27635769--27635862	34	2.8	34	82	7	111	32	22	20	24	1.97
27636254--27636415	27	6.0	26	85	2	171	23	17	17	41	1.89
27636255--27636414	54	3.0	52	83	6	196	23	17	17	41	1.90
27636258--27636415	81	2.0	80	83	6	203	23	17	17	42	1.89
27645043--27645214	46	3.7	46	74	13	172	22	19	27	30	1.98
27651576--27651951	194	1.9	195	85	4	526	31	19	19	28	1.97
27652245--27652439	14	13.7	14	68	14	96	18	1	32	47	1.56
27652251--27652304	27	2.0	28	89	10	85	22	0	31	46	1.52
27652362--27652439	7	11.0	7	81	8	77	16	1	38	43	1.56
27652343--27652439	21	4.7	20	78	7	79	17	1	36	45	1.56
27652377--27652474	35	2.8	36	78	9	96	20	1	37	40	1.59
27652389--27652474	35	2.4	37	80	7	97	20	1	38	39	1.61
27652380--27652481	42	2.4	42	76	15	102	19	0	37	42	1.58
27652510--27652543	9	3.8	9	88	11	52	44	0	0	55	0.99
27652813--27653199	115	3.4	112	76	10	365	28	19	18	33	1.96
27653112--27653356	74	3.3	74	80	2	269	29	15	20	34	1.94
27655663--27655888	9	25.8	9	72	11	105	45	16	1	36	1.58
27655663--27655907	52	4.7	52	82	6	298	45	16	2	35	1.59
27655725--27655874	45	3.2	43	81	10	147	45	16	1	36	1.56
27655767--27655882	45	2.6	45	84	2	155	43	18	1	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27657995--27658176	88	2.1	88	100	0	364	33	13	22	30	1.92
27661329--27661357	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
27680686--27680801	29	4.0	29	80	8	121	25	29	15	29	1.96
27680860--27680893	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
27681012--27681054	16	2.7	16	96	0	77	13	23	13	48	1.79
27686517--27686587	26	2.7	26	82	8	99	9	30	8	50	1.65
27691167--27691219	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
27691280--27691392	38	2.9	39	89	2	174	45	11	9	33	1.73
27692745--27692922	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27692766--27692921	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27694829--27694911	15	5.6	14	72	18	53	66	4	2	26	1.24
27694851--27694905	24	2.3	23	84	12	67	67	3	3	25	1.23
27694835--27694890	3	18.7	3	77	14	53	62	5	3	28	1.34
27696356--27696450	47	2.0	47	87	2	138	29	13	13	43	1.83
27697257--27697476	45	4.9	45	90	0	350	23	22	26	26	2.00
27703830--27703905	31	2.5	31	97	0	143	56	21	6	15	1.62
27704141--27704181	21	2.0	21	90	0	64	7	41	14	36	1.74
27704605--27704633	13	2.1	14	93	6	51	55	6	3	34	1.44
27710505--27710545	20	2.0	20	100	0	82	39	19	9	31	1.84
27713417--27713495	41	1.9	41	84	5	106	26	16	18	37	1.92
27713459--27713648	41	4.6	41	85	0	245	25	20	20	34	1.96
27713407--27713618	82	2.6	81	80	7	198	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27714448--27714523	36	2.1	36	87	0	107	32	5	11	50	1.62
27714848--27714885	17	2.3	17	86	4	51	57	0	0	42	0.98
27717447--27717497	22	2.3	23	80	10	61	35	0	7	56	1.28
27717787--27717853	29	2.3	28	87	7	107	32	11	4	50	1.59
27718608--27718664	17	3.5	17	74	13	66	57	17	3	21	1.54
27718607--27718671	31	2.1	31	100	0	130	63	15	3	18	1.44
27720989--27721036	24	2.0	24	100	0	96	29	16	12	41	1.85
27725573--27725822	126	2.0	127	83	6	316	35	16	18	29	1.93
27728710--27728758	14	3.5	13	76	13	53	42	18	4	34	1.69
27730130--27730195	13	5.1	13	80	7	62	37	24	6	31	1.80
27731325--27731466	66	2.1	67	85	5	191	24	23	16	35	1.95
27737927--27737975	25	1.9	26	87	4	73	40	10	8	40	1.69
27738749--27738820	15	4.6	15	68	27	51	34	2	11	51	1.52
27738720--27738820	48	2.1	48	98	0	193	33	4	9	51	1.57
27756787--27756846	30	2.0	31	83	3	77	11	26	18	43	1.84
27771668--27771703	2	18.0	2	94	0	63	0	47	0	52	1.00
27776387--27776465	20	4.0	20	65	6	61	24	17	17	40	1.91
27776387--27776512	60	2.1	60	82	2	146	23	19	17	38	1.93
27776502--27776560	20	3.0	20	69	0	55	20	20	23	35	1.96
27778487--27778560	28	2.7	27	85	6	94	28	16	25	29	1.97
27782505--27782595	28	3.2	27	83	7	110	21	21	23	32	1.98
27782515--27782606	28	3.2	28	85	1	112	23	23	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27782515--27782620	56	1.9	55	80	7	124	21	22	19	35	1.96
27789115--27789259	40	3.6	40	83	0	182	25	24	26	24	2.00
27790400--27790663	40	6.6	39	85	4	325	23	22	28	25	1.99
27790400--27790661	79	3.3	80	90	4	381	24	22	28	25	1.99
27790400--27790663	119	2.2	121	86	5	369	23	22	28	25	1.99
27791332--27791471	74	1.9	74	98	1	273	39	13	17	29	1.88
27792813--27793072	130	2.0	130	92	1	432	34	17	17	31	1.93
27796761--27796828	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
27796934--27797024	28	3.2	28	85	4	121	23	24	20	31	1.98
27805522--27805618	50	1.9	50	87	0	140	35	22	21	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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