genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19939779--19939832	20	2.7	20	80	11	74	5	25	25	42	1.77
19939779--19939839	20	3.1	19	79	13	61	6	22	24	45	1.76
19941644--19941828	40	4.7	40	83	6	216	26	28	21	23	1.99
19941672--19941828	79	2.0	80	83	6	203	26	28	21	24	1.99
19943750--19943920	48	3.6	48	82	7	188	28	21	27	22	1.99
19943935--19944064	49	2.6	49	76	10	131	31	20	25	22	1.98
19945623--19945684	5	11.6	5	88	11	72	82	0	0	17	0.67
19945623--19945684	12	5.7	11	85	14	85	82	0	0	17	0.67
19945627--19945684	17	3.5	17	86	9	84	82	0	0	17	0.66
19945627--19945686	6	10.7	6	87	12	76	81	0	0	18	0.69
19945623--19945684	22	2.9	21	90	9	90	82	0	0	17	0.67
19945627--19945691	17	3.9	17	81	16	82	80	0	0	20	0.72
19950804--19950915	39	2.9	38	76	10	118	24	20	24	31	1.98
19954509--19954681	49	3.6	48	78	3	170	23	28	21	26	1.99
19954704--19954869	46	3.6	46	80	1	152	24	28	19	28	1.98
19959399--19959575	40	4.5	40	90	4	263	23	28	23	24	2.00
19959399--19959575	79	2.2	80	89	5	263	23	28	23	24	2.00
19965434--19965548	57	2.0	57	100	0	230	33	24	20	21	1.97
19971197--19971338	57	2.5	58	82	5	164	31	19	19	29	1.96
19973318--19973356	20	2.0	20	89	0	60	35	7	12	43	1.72
19978474--19978559	30	2.9	30	77	5	86	27	24	17	30	1.97
19981204--19981402	47	4.2	47	87	2	272	28	31	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19981219--19981401	96	1.9	94	88	2	276	28	32	8	30	1.87
19983873--19983907	16	2.2	16	100	0	70	37	5	11	45	1.64
19987116--19987504	49	7.8	48	75	7	364	31	26	17	24	1.97
19987115--19987507	100	3.9	100	97	0	723	31	26	17	24	1.97
19987758--19987811	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
19990289--19990358	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
19990289--19990386	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
19994193--19994249	19	2.8	20	75	20	55	50	0	3	45	1.18
19994327--19994369	11	3.7	11	84	9	50	0	13	2	83	0.74
19994338--19994369	12	2.5	13	95	5	57	0	12	0	87	0.54
19995224--19995281	28	2.1	28	100	0	116	48	6	6	37	1.57
19999324--19999357	18	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36
19999415--19999453	13	2.9	14	80	7	53	46	0	0	53	1.00
19999984--20000013	15	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
20005239--20005317	32	2.4	32	85	6	106	16	41	5	36	1.70
20013140--20013359	45	5.0	45	90	2	322	24	23	28	24	2.00
20015025--20015926	48	18.9	48	74	8	728	24	27	18	28	1.98
20015074--20015910	191	4.4	191	97	0	1521	24	27	18	29	1.98
20015025--20015927	239	3.8	237	76	7	763	24	27	18	28	1.98
20021125--20021226	40	2.6	40	89	7	147	24	27	23	24	2.00
20025575--20025630	26	2.1	26	80	9	60	30	17	16	35	1.92
20040343--20040601	129	2.0	129	98	0	500	32	14	32	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20041835--20041990	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
20041834--20041987	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
20041835--20041990	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
20041827--20042011	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
20041827--20042011	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
20044237--20044432	107	1.8	107	88	0	302	28	14	24	32	1.95
20045055--20045162	55	2.0	55	100	0	216	28	19	29	22	1.98
20046370--20046480	56	2.0	56	96	0	204	39	6	25	28	1.80
20051217--20051633	71	5.9	71	100	0	834	32	6	17	43	1.75
20051753--20051923	47	3.7	45	80	9	166	28	19	28	23	1.98
20051753--20051968	94	2.3	94	81	7	233	27	16	30	25	1.97
20051893--20052070	49	3.7	49	79	6	166	25	17	31	25	1.97
20051802--20052070	47	5.6	48	76	9	180	27	17	30	24	1.97
20053201--20053240	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
20056257--20056287	15	2.1	15	93	0	53	38	16	19	25	1.92
20057763--20057792	16	1.9	16	93	6	53	6	10	33	50	1.62
20064341--20064386	20	2.3	20	84	0	56	36	10	2	50	1.50
20067108--20067253	52	2.9	51	89	4	224	28	15	28	26	1.96
20067412--20067509	49	2.0	49	97	0	187	48	8	23	19	1.75
20072017--20072199	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
20072015--20072199	40	4.7	40	81	10	209	25	28	22	23	1.99
20073436--20073493	25	2.5	24	81	13	68	8	18	1	70	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20078119--20078164	20	2.3	20	84	0	56	36	10	2	50	1.50
20078762--20078803	20	2.1	20	82	8	50	40	11	2	45	1.54
20081554--20081607	26	2.1	26	96	0	99	29	25	18	25	1.98
20084734--20084777	17	2.5	19	82	14	58	31	20	9	38	1.84
20086009--20086129	41	3.0	41	85	0	170	28	27	20	23	1.99
20086367--20086431	27	2.4	26	82	5	67	30	13	21	33	1.92
20086389--20086593	27	7.6	27	79	4	153	29	10	20	40	1.85
20086590--20086665	27	2.8	27	80	4	73	30	19	13	36	1.90
20088638--20089949	40	32.8	40	93	1	2056	27	27	20	24	1.99
20090958--20091267	153	2.0	153	98	0	593	35	23	11	28	1.90
20091311--20091569	130	2.0	130	97	0	491	32	21	13	32	1.92
20091526--20091604	37	2.1	37	88	0	113	24	31	18	25	1.98
20091722--20091941	47	4.6	47	90	1	314	30	28	8	33	1.86
20093093--20093207	57	2.0	57	100	0	230	40	22	5	31	1.76
20093917--20094118	101	2.0	101	98	0	386	40	26	11	21	1.88
20096085--20096356	40	6.8	40	87	0	391	26	26	20	26	1.99
20097643--20097737	37	2.6	37	98	0	181	25	30	20	24	1.98
20097941--20098417	47	10.1	47	86	6	615	26	30	12	30	1.93
20097936--20098408	98	5.0	95	83	8	558	25	29	13	31	1.94
20097941--20098417	145	3.4	142	82	9	598	26	30	12	30	1.93
20120878--20120952	29	2.6	28	91	2	123	34	28	13	24	1.93
20130219--20130343	43	2.9	42	91	4	196	13	24	32	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20134513--20134587	38	2.0	38	91	0	123	21	20	26	32	1.97
20134559--20134790	43	5.4	43	89	1	324	13	23	32	30	1.93
20138261--20138333	24	3.2	23	73	15	62	27	23	15	34	1.94
20139885--20140059	46	3.8	44	75	11	147	29	20	28	22	1.98
20142299--20142474	46	3.8	46	77	10	196	22	19	27	30	1.98
20142296--20142466	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
20149717--20149902	102	1.8	102	95	0	336	36	15	25	22	1.93
20158132--20158178	23	2.0	23	95	0	85	25	27	12	34	1.92
20160150--20160245	40	2.4	40	89	3	140	23	15	26	34	1.95
20161887--20162445	49	11.6	49	94	2	929	32	6	29	31	1.84
20170170--20170218	23	2.3	21	83	13	57	63	6	20	10	1.47
20170179--20170225	23	2.0	23	100	0	94	57	8	21	12	1.62
20171764--20171923	40	4.0	40	85	4	198	21	22	26	29	1.99
20175727--20175821	27	3.5	27	85	0	118	35	16	17	29	1.93
20175816--20175884	25	2.6	26	81	9	86	43	18	7	30	1.77
20175894--20176089	81	2.4	81	82	3	216	41	19	8	30	1.81
20175894--20176089	27	7.3	27	81	1	151	41	19	8	30	1.81
20176338--20176460	41	3.0	41	84	4	158	23	21	27	27	1.99
20176605--20176666	22	2.8	22	85	7	81	22	25	20	30	1.98
20179600--20179707	27	4.0	27	86	2	137	32	17	21	28	1.96
20179700--20179761	25	2.4	27	89	5	92	41	22	4	30	1.74
20179744--20179783	18	2.2	18	95	0	71	45	22	2	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20179770--20180031	27	9.7	27	75	8	192	40	19	9	30	1.84
20180292--20180410	41	2.9	41	91	0	175	21	23	29	26	1.99
20183568--20183675	27	4.0	27	86	0	135	31	19	20	28	1.97
20183668--20183729	26	2.3	27	94	2	108	40	22	6	30	1.79
20183713--20183748	18	1.9	19	88	5	56	44	27	2	25	1.68
20183774--20183825	27	1.9	27	84	0	68	34	19	11	34	1.88
20183811--20183897	27	3.2	27	80	0	93	40	17	9	33	1.81
20183811--20183993	27	6.7	27	70	14	81	37	17	12	32	1.87
20184231--20184353	41	3.0	41	84	0	147	22	20	27	29	1.98
20184495--20184548	22	2.5	22	73	11	56	22	25	20	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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