genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77111356--77111380	10	2.5	10	100	0	50	60	28	0	12	1.32
77113145--77113251	40	2.7	39	89	4	126	27	26	20	26	1.99
77113168--77113251	40	2.1	40	100	0	168	27	27	21	23	1.99
77115626--77115688	31	2.0	31	96	0	117	31	15	26	25	1.96
77121461--77122031	63	9.1	63	100	0	1142	26	20	17	34	1.95
77123993--77124050	24	2.4	24	85	0	80	37	18	24	18	1.94
77127362--77127545	40	4.6	41	82	12	208	26	22	27	24	2.00
77127414--77127578	79	2.1	79	82	8	194	27	21	27	24	1.99
77128295--77128335	19	2.2	19	100	0	82	53	14	14	17	1.73
77136994--77137104	43	2.6	43	85	2	125	36	23	15	25	1.94
77147437--77147514	41	1.9	41	97	0	147	41	15	19	24	1.90
77149340--77149365	12	2.2	12	100	0	52	26	23	0	50	1.50
77150654--77150687	15	2.3	15	89	0	50	2	38	8	50	1.49
77165330--77165357	12	2.3	12	100	0	56	50	0	14	35	1.43
77167104--77167129	12	2.2	12	100	0	52	30	15	15	38	1.88
77167756--77168051	151	2.0	151	94	0	520	36	7	22	32	1.83
77168948--77169071	62	2.1	57	83	10	151	52	4	4	39	1.39
77169484--77169523	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
77171604--77171651	14	3.6	14	75	25	50	47	2	8	41	1.45
77174781--77174955	46	3.8	45	75	10	174	22	21	27	28	1.99
77174778--77174950	93	1.9	93	90	0	274	22	22	27	27	1.99
77178081--77178406	48	6.8	48	84	4	374	27	17	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77178084--77178406	144	2.2	145	84	5	415	27	17	27	27	1.98
77178081--77178406	96	3.4	96	85	1	422	27	17	27	27	1.97
77194000--77194117	47	2.5	47	87	0	164	32	8	31	27	1.87
77199174--77199214	18	2.3	18	86	0	55	48	2	0	48	1.14
77204036--77204173	50	2.7	51	80	3	145	31	22	21	25	1.98
77206547--77206679	42	3.1	42	81	3	142	32	27	15	25	1.95
77231690--77231715	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
77234368--77234501	71	1.9	70	82	1	169	33	19	24	22	1.97
77234309--77234667	141	2.5	144	80	3	386	35	18	22	23	1.96
77234309--77234666	72	5.0	71	76	5	310	35	18	22	23	1.96
77241579--77241994	210	2.0	210	98	0	805	32	12	21	33	1.91
77243378--77243602	40	5.7	40	82	8	255	24	21	27	25	1.99
77244984--77245014	16	1.9	16	93	0	53	35	12	9	41	1.76
77250287--77250355	30	2.3	30	89	0	102	17	34	27	20	1.95
77251200--77251389	21	9.0	21	80	1	202	40	17	26	15	1.89
77251200--77251378	42	4.3	42	87	0	250	40	17	25	15	1.89
77263779--77263999	40	5.6	40	90	2	322	22	27	23	27	1.99
77273692--77273812	50	2.4	52	87	2	174	37	14	14	33	1.87
77273836--77273916	39	2.1	39	90	0	126	46	17	8	27	1.77
77276203--77276244	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
77281722--77281771	25	2.0	25	100	0	100	32	20	4	44	1.70
77286242--77286271	11	2.7	11	94	0	51	26	16	3	53	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77289964--77290035	21	3.5	21	77	7	67	40	16	23	19	1.91
77291133--77291174	21	2.0	21	85	0	57	45	14	9	30	1.77
77295216--77295240	11	2.3	11	100	0	50	8	12	8	72	1.29
77300250--77300298	19	2.5	19	76	6	53	46	22	20	10	1.80
77301872--77301917	23	2.0	23	95	0	83	47	10	4	36	1.58
77301978--77302180	39	5.1	36	63	30	94	39	18	10	31	1.85
77301884--77302204	81	4.0	81	99	0	633	39	18	9	32	1.83
77306341--77306418	31	2.6	30	79	4	93	29	12	8	48	1.72
77307211--77307245	16	2.2	16	94	0	61	54	11	5	28	1.59
77307425--77307464	22	1.9	21	85	10	55	25	2	2	70	1.13
77307627--77307687	31	1.9	33	87	9	92	36	14	22	26	1.93
77308074--77308152	31	2.6	31	80	9	83	46	15	11	26	1.79
77307431--77308245	440	1.8	435	78	8	894	37	10	13	38	1.78
77315802--77315832	7	4.4	7	91	0	53	0	22	0	77	0.77
77319643--77319686	22	2.0	21	91	4	70	40	18	9	31	1.81
77324683--77324744	21	3.0	21	66	17	56	17	17	37	27	1.93
77326150--77326194	21	2.1	21	100	0	90	62	0	15	22	1.33
77331526--77331550	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
77332024--77332115	48	1.9	48	88	0	139	27	19	23	29	1.98
77335686--77335864	39	4.5	39	90	1	259	29	27	22	20	1.98
77339732--77340164	217	2.0	217	99	0	857	36	11	18	33	1.87
77340470--77340651	40	4.6	40	86	2	242	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77341919--77341988	36	1.9	36	97	0	131	25	24	24	25	2.00
77347000--77347140	70	2.0	70	97	0	264	27	18	27	26	1.98
77348457--77348678	40	5.6	40	89	1	288	23	21	27	27	1.99
77350219--77350262	18	2.4	18	84	0	52	9	15	2	72	1.19
77360926--77361110	79	2.3	81	82	10	222	25	27	22	25	2.00
77360926--77361110	40	4.7	40	79	14	204	25	27	22	25	2.00
77367160--77367344	79	2.3	82	83	9	231	25	27	22	24	2.00
77367160--77367344	40	4.7	40	78	12	202	25	27	22	24	2.00
77376169--77376240	26	2.9	25	82	11	78	31	15	9	43	1.79
77377600--77377745	48	3.0	48	86	4	204	28	15	24	31	1.96
77381015--77381150	49	2.7	49	79	6	157	28	25	21	25	1.99
77387365--77387521	43	3.7	42	77	10	140	24	17	24	33	1.97
77388472--77388523	22	2.4	22	96	0	95	17	32	38	11	1.85
77390089--77390139	22	2.3	22	89	0	84	41	9	13	35	1.78
77393855--77394028	94	1.9	94	82	2	224	28	16	32	22	1.96
77394667--77394761	47	2.0	47	85	0	127	20	28	33	17	1.95
77397753--77397816	30	2.2	30	94	2	112	34	21	17	26	1.95
77398526--77398658	50	2.7	50	90	2	196	24	15	27	32	1.95
77407073--77407140	30	2.3	29	94	2	118	33	23	17	25	1.96
77411684--77411842	86	1.8	86	84	7	216	25	20	26	27	1.99
77411687--77411843	43	3.7	41	73	15	140	25	20	26	28	1.99
77446920--77446986	32	2.1	32	88	0	98	28	5	20	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77451833--77451966	54	2.5	54	93	0	232	27	16	24	31	1.96
77452136--77452174	19	2.1	19	100	0	78	38	5	15	41	1.69
77453762--77453852	27	3.4	27	93	0	146	26	21	9	41	1.84
77453864--77454055	27	7.1	27	85	1	233	42	21	6	29	1.77
77453864--77454055	81	2.4	80	86	2	269	42	21	6	29	1.77
77454665--77454900	27	8.7	27	81	1	249	38	20	9	31	1.84
77454656--77454843	81	2.3	81	89	1	288	39	20	7	32	1.81
77454934--77455023	27	3.3	27	78	6	110	36	18	21	23	1.95
77455109--77455373	27	9.9	26	87	4	352	32	20	22	24	1.98
77455828--77455892	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
77456051--77456152	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
77456312--77456408	6	15.8	6	74	16	83	19	17	15	47	1.83
77456306--77456424	31	3.9	31	83	3	143	19	16	15	48	1.81
77462058--77462108	17	3.0	17	100	0	102	29	17	29	23	1.97
77464494--77464518	13	1.9	13	100	0	50	8	8	40	44	1.63
77472877--77473043	43	3.9	42	76	9	160	23	15	28	32	1.95
77472886--77473043	85	1.9	85	84	7	214	22	16	29	31	1.96
77477551--77477624	37	2.0	37	97	0	139	39	5	10	44	1.62
77478616--77478678	26	2.4	26	79	10	65	34	23	4	36	1.76
77480752--77481071	46	7.0	46	97	0	552	22	23	15	38	1.92
77488984--77489121	46	3.0	47	86	2	174	21	23	14	41	1.89
77496458--77496536	9	8.8	9	97	0	131	22	10	29	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77497736--77497825	41	2.2	40	84	5	110	34	1	7	56	1.35
77497757--77497851	41	2.3	41	81	3	102	36	4	7	51	1.49
77499135--77499168	12	2.6	14	81	18	54	0	14	50	35	1.44
77499138--77499166	12	2.4	12	100	0	58	0	13	51	34	1.42
77500070--77500117	24	2.0	24	91	0	78	20	20	20	37	1.95
77500121--77500175	29	1.9	29	85	3	76	20	43	23	12	1.86
77506951--77507064	43	2.7	42	78	2	129	31	17	22	28	1.97
77511609--77511642	16	2.1	16	94	0	59	8	5	29	55	1.54
77514319--77514368	21	2.5	20	81	15	59	56	2	4	38	1.30
77514322--77514436	10	11.4	10	71	15	69	60	0	6	32	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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