genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59087369--59087637	136	2.0	136	96	0	502	29	22	12	34	1.91
59093222--59093254	17	1.9	17	100	0	66	48	3	36	12	1.56
59093378--59093417	20	2.0	20	85	0	53	37	20	2	40	1.66
59093601--59093747	49	2.9	49	82	6	161	19	25	17	37	1.93
59101621--59101653	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
59104867--59104932	34	2.0	33	84	3	87	24	25	22	27	2.00
59108186--59108241	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
59109732--59109784	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
59116153--59116261	37	2.9	37	93	0	173	26	29	19	24	1.98
59116408--59116654	48	5.1	48	92	1	413	31	26	5	36	1.80
59116408--59116654	98	2.5	97	92	1	415	31	26	5	36	1.80
59120107--59120425	40	8.0	40	85	0	413	28	27	20	23	1.99
59120516--59120635	60	2.0	60	95	0	213	35	27	5	31	1.81
59121739--59121847	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
59121994--59122192	48	4.1	48	94	1	335	31	26	5	36	1.78
59124137--59124192	9	5.9	9	78	12	58	12	12	1	73	1.18
59125454--59125509	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
59127001--59127053	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
59128671--59128812	40	3.6	40	91	1	232	23	18	25	33	1.97
59128926--59128950	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
59129268--59129295	13	2.2	13	100	0	56	28	0	25	46	1.53
59145437--59145530	47	2.0	47	93	0	161	32	12	20	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59145567--59145660	42	2.2	43	81	5	111	28	19	23	28	1.98
59149289--59149372	43	2.0	43	87	0	123	29	26	19	25	1.98
59149307--59149411	42	2.5	43	84	1	122	31	24	20	23	1.98
59152890--59153193	47	6.4	47	91	1	428	27	29	8	34	1.86
59162408--59162531	42	2.9	42	77	11	110	37	24	16	22	1.94
59162443--59162531	42	2.1	44	83	8	112	39	24	15	20	1.91
59168382--59168475	25	3.8	25	91	1	145	24	22	25	27	2.00
59168684--59168769	27	3.2	27	83	1	111	24	19	16	39	1.91
59168697--59168853	27	5.9	27	78	5	106	28	14	19	37	1.91
59168779--59168873	27	3.5	27	82	2	111	28	10	21	40	1.86
59168747--59168892	27	5.5	26	75	12	82	30	12	19	37	1.89
59168905--59169158	27	9.4	27	89	3	323	41	8	22	27	1.83
59168895--59169185	54	5.4	52	84	6	280	39	9	21	29	1.85
59172765--59172869	27	3.9	27	79	9	115	37	20	23	19	1.94
59174289--59174359	24	3.0	24	93	0	115	26	36	1	35	1.66
59180628--59180739	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
59180628--59180739	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
59182190--59182236	24	2.0	24	100	0	94	27	38	0	34	1.57
59184982--59185137	68	2.4	64	79	9	168	26	26	16	30	1.96
59185787--59185847	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
59186803--59186926	44	2.9	42	83	12	146	33	25	16	24	1.96
59188816--59188973	68	2.3	71	79	5	171	22	29	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59195513--59195555	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
59195993--59196090	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
59196021--59196104	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
59203887--59204006	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
59205453--59205910	47	9.6	47	90	4	629	33	9	29	28	1.88
59214916--59214965	18	2.8	17	79	14	57	66	0	0	34	0.92
59215284--59215309	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
59219412--59219451	17	2.4	17	95	0	71	30	12	22	35	1.91
59224404--59225170	67	11.4	67	99	0	1525	30	16	29	23	1.96
59226889--59226915	10	2.7	10	100	0	54	40	0	0	59	0.98
59229551--59229615	32	2.3	27	72	25	69	32	6	4	56	1.44
59229558--59229623	32	2.1	32	100	0	132	28	6	6	59	1.46
59232363--59232516	67	2.3	66	81	7	168	31	16	29	22	1.96
59235252--59235439	40	4.7	40	91	0	306	26	22	26	23	2.00
59235252--59235472	80	2.8	80	86	2	304	27	23	26	22	1.99
59238785--59239047	132	2.0	132	96	0	490	26	22	25	25	2.00
59243328--59243587	80	3.3	79	88	2	362	28	23	26	21	1.99
59243328--59243560	40	5.9	40	92	1	362	27	23	27	21	1.99
59243328--59243587	119	2.2	118	86	4	353	28	23	26	21	1.99
59243328--59243587	40	6.6	40	89	2	213	28	23	26	21	1.99
59258232--59258293	30	2.1	30	100	0	124	33	9	22	33	1.87
59259566--59259659	34	2.8	32	79	10	100	27	26	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59259977--59260033	26	2.2	26	81	9	62	29	19	19	31	1.96
59261238--59261297	15	4.4	13	74	17	59	65	0	31	3	1.09
59262041--59262069	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
59262056--59262117	25	2.4	26	81	5	72	54	4	1	38	1.31
59262853--59262916	30	2.1	30	88	0	92	31	12	15	40	1.85
59264839--59264932	42	2.2	43	84	1	118	31	23	15	28	1.96
59264820--59264976	43	3.7	44	78	8	130	31	26	15	26	1.96
59267181--59267309	49	2.6	48	78	7	136	24	29	18	27	1.98
59267182--59267362	98	1.9	97	84	3	247	23	28	19	29	1.98
59267279--59267433	48	3.3	47	79	6	161	21	26	21	30	1.98
59267279--59267499	46	4.7	48	76	7	184	24	25	19	31	1.98
59267279--59267499	94	2.3	94	82	3	257	24	25	19	31	1.98
59269935--59269969	18	1.9	18	88	0	52	25	20	14	40	1.90
59271389--59271423	15	2.3	15	95	0	61	17	40	11	31	1.85
59274159--59274373	49	4.5	46	75	10	177	24	28	20	26	1.99
59274342--59274573	46	4.9	48	73	9	190	23	26	18	31	1.98
59274342--59274564	94	2.4	93	79	8	236	22	26	19	31	1.98
59276978--59277010	16	2.0	17	88	5	50	63	6	18	12	1.48
59280414--59280527	40	2.9	40	78	3	142	22	28	15	32	1.95
59281541--59281574	15	2.3	15	90	5	52	26	0	17	55	1.42
59282704--59282748	22	2.0	22	100	0	90	55	17	22	4	1.60
59287738--59287838	43	2.4	43	85	5	125	23	30	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59301182--59301657	130	3.7	130	85	4	579	35	19	18	26	1.94
59307391--59307516	28	4.5	28	90	2	182	32	26	12	27	1.93
59307390--59307516	55	2.3	57	87	2	186	32	27	12	27	1.93
59315372--59315470	28	3.5	28	88	1	135	32	25	13	29	1.93
59317307--59317382	29	2.7	27	74	13	73	27	18	32	21	1.96
59321364--59321771	40	10.2	40	100	0	816	30	27	19	22	1.98
59330518--59330602	27	3.1	27	86	3	118	38	18	20	22	1.93
59331251--59331330	27	3.0	27	85	5	99	20	25	21	33	1.97
59338835--59338866	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
59340101--59340143	16	2.7	16	86	10	61	48	20	20	9	1.77
59340240--59340277	19	2.0	19	89	0	58	31	18	34	15	1.92
59340246--59340284	9	4.2	9	83	6	51	28	17	38	15	1.91
59340365--59340476	29	3.9	29	81	5	138	25	16	33	24	1.95
59340357--59340469	58	2.0	57	87	5	165	28	15	32	23	1.95
59344321--59344455	40	3.4	39	89	4	207	22	28	14	33	1.94
59344377--59344439	20	3.2	20	66	8	56	17	33	15	33	1.92
59344321--59344471	80	1.9	80	86	2	214	23	27	15	34	1.94
59346478--59346508	12	2.6	12	89	0	53	51	6	25	16	1.68
59349064--59349227	43	3.8	43	69	20	128	24	18	23	32	1.97
59351699--59351737	15	2.6	15	95	0	69	15	15	15	53	1.73
59360520--59360761	99	2.4	99	79	4	254	25	18	26	29	1.98
59360517--59360748	49	4.7	50	78	7	240	25	17	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59370562--59370686	22	5.4	22	65	23	78	24	32	12	29	1.93
59370537--59370861	47	6.9	47	98	0	587	25	31	12	30	1.92
59374287--59374717	40	10.8	40	92	0	630	26	27	21	25	1.99
59375980--59376131	37	4.1	37	94	0	250	25	32	20	21	1.97
59376294--59376761	47	10.0	47	91	0	711	26	30	11	31	1.92
59376424--59376501	22	3.4	22	68	22	70	24	33	12	29	1.92
59376401--59376527	25	5.3	25	62	24	76	28	29	11	30	1.91
59380481--59380544	28	2.3	28	89	5	94	34	28	7	29	1.85
59380650--59380731	28	3.0	27	80	7	94	19	25	23	31	1.98
59380650--59380729	27	2.9	28	81	7	92	20	26	22	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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