genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90785601--90785679	37	2.1	37	90	0	122	46	13	20	18	1.83
90785644--90785710	25	2.7	25	85	0	89	47	16	17	17	1.83
90786034--90786098	22	3.0	22	80	8	78	32	24	24	18	1.97
90787552--90787774	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
90787552--90787774	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
90789601--90789709	27	4.0	27	85	0	128	27	19	17	35	1.94
90789694--90789797	27	3.9	27	68	5	75	31	8	24	35	1.86
90791749--90791879	6	21.3	6	70	16	90	47	13	18	20	1.82
90791770--90791879	25	4.7	24	72	17	88	46	13	19	20	1.83
90791758--90791873	43	2.7	43	88	6	155	47	12	18	20	1.82
90792203--90792260	22	2.6	22	86	5	73	31	24	25	18	1.98
90792655--90792795	27	5.2	27	83	2	167	26	22	17	33	1.96
90792780--90792883	27	3.9	27	69	5	75	31	8	24	35	1.86
90793762--90793808	23	2.0	23	95	0	85	36	8	10	44	1.70
90793762--90793817	23	2.4	23	87	0	67	33	10	12	42	1.77
90795128--90795166	13	2.9	14	88	11	55	71	0	17	10	1.12
90833174--90833358	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
90833155--90833358	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
90837486--90837569	42	2.0	42	93	4	143	34	22	7	35	1.82
90837556--90837585	13	2.3	13	100	0	60	46	30	0	23	1.52
90839665--90839698	17	2.0	17	94	0	59	11	20	5	61	1.50
90839868--90839951	41	2.0	41	100	0	168	22	19	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90840964--90841006	20	2.2	21	84	12	56	30	0	2	67	1.03
90841422--90841483	31	2.0	31	87	0	88	30	14	12	41	1.83
90848042--90848185	67	2.2	67	80	4	170	30	15	31	22	1.94
90853832--90854004	85	2.0	85	97	2	330	35	9	28	26	1.87
90857425--90857466	19	2.3	19	80	16	52	23	4	11	59	1.51
90862278--90862378	50	2.0	50	100	0	202	27	13	25	32	1.94
90868234--90868366	42	3.1	42	75	9	110	32	26	18	23	1.97
90875342--90875380	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
90879108--90879140	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
90881545--90881606	5	12.8	5	72	24	53	77	0	4	17	0.94
90881565--90881607	13	3.0	14	86	13	61	81	0	4	13	0.84
90881565--90881607	14	3.1	13	90	10	59	81	0	4	13	0.84
90884580--90884604	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
90886321--90886353	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
90901043--90901090	24	2.0	24	100	0	96	33	25	8	33	1.86
90910502--90910639	40	3.5	40	88	4	174	23	23	28	23	2.00
90926081--90926314	40	5.9	40	92	0	380	26	22	27	23	1.99
90926081--90926341	120	2.2	119	86	4	373	27	22	27	22	1.99
90926081--90926341	40	6.6	40	89	1	222	27	22	27	22	1.99
90935294--90935499	40	5.2	40	91	1	299	28	28	21	22	1.99
90937099--90937238	49	2.8	51	84	2	194	29	25	20	25	1.99
90942711--90942942	49	4.7	48	81	6	266	29	26	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90942711--90942942	100	2.3	98	84	5	297	29	26	17	25	1.98
90943590--90943649	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
90949714--90949868	77	2.0	77	97	0	292	34	22	23	20	1.97
90954445--90954500	29	1.9	29	100	0	112	35	17	16	30	1.92
90959756--90959798	21	2.0	21	82	13	52	4	18	11	65	1.42
90960849--90960980	54	2.5	55	75	5	135	36	18	17	28	1.93
90960899--90960983	27	3.1	27	81	3	91	37	17	14	30	1.89
90964265--90964336	34	2.1	34	92	2	119	29	18	20	31	1.96
90983866--90983896	15	2.1	15	93	0	53	22	0	25	51	1.48
90991648--90991818	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
90991643--90991815	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
90992238--90992297	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
91002650--91002741	27	3.4	27	80	3	105	42	17	17	22	1.89
91002651--91002723	26	2.7	27	82	4	94	42	20	15	21	1.89
91002729--91002916	54	3.5	54	81	5	247	26	14	20	38	1.91
91002729--91002916	27	7.0	27	80	7	206	26	14	20	38	1.91
91003240--91003276	18	2.1	18	89	0	56	21	21	16	40	1.91
91005088--91005511	55	7.6	54	74	13	360	35	17	25	22	1.95
91005240--91005274	18	1.9	18	94	0	61	42	11	20	25	1.85
91005035--91005483	227	2.0	227	98	0	871	35	16	25	23	1.95
91005625--91005658	16	2.1	16	88	5	50	41	2	20	35	1.68
91011477--91011530	25	2.2	25	93	0	90	35	20	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91011488--91011542	25	2.2	25	86	0	74	38	18	20	23	1.93
91020695--91020744	22	2.3	20	78	18	55	28	30	26	16	1.96
91022598--91022868	46	5.8	49	77	11	252	26	20	30	21	1.98
91022736--91022869	49	2.7	49	81	7	164	26	20	30	21	1.98
91022596--91022869	99	2.9	96	77	13	293	27	20	31	21	1.98
91024265--91024407	71	2.0	71	98	0	277	37	16	16	30	1.91
91029548--91029597	24	2.0	25	92	3	84	12	28	34	26	1.92
91030288--91030353	16	3.8	16	71	21	60	31	27	19	21	1.97
91030299--91030397	22	4.7	22	72	15	75	35	25	17	22	1.95
91030271--91030376	38	2.8	38	88	0	149	33	25	18	21	1.96
91035628--91035692	33	1.9	34	87	9	98	26	21	26	26	2.00
91035629--91035700	33	2.1	34	85	7	94	29	19	25	26	1.99
91038523--91038751	83	2.7	84	85	4	336	25	28	17	28	1.98
91038523--91038728	41	4.9	43	69	13	142	26	27	16	29	1.97
91038578--91038711	42	3.2	42	74	10	139	29	27	15	27	1.96
91049831--91049946	57	2.0	57	93	0	196	37	7	14	40	1.75
91051322--91051373	20	2.6	20	90	0	86	15	28	32	23	1.95
91055048--91055331	144	2.0	142	86	5	401	23	28	19	27	1.99
91054998--91055331	48	7.0	48	77	5	300	23	28	20	27	1.99
91056527--91057535	463	2.2	463	81	4	1192	31	27	10	31	1.90
91061824--91061865	6	6.8	6	84	10	50	50	0	0	50	1.00
91067401--91067446	19	2.4	19	85	3	56	23	34	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91070144--91070233	45	2.0	44	89	2	135	24	12	24	38	1.89
91075236--91075306	31	2.3	31	73	9	74	39	0	7	53	1.28
91075277--91075321	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
91077454--91078416	46	20.9	46	98	0	1820	37	13	25	23	1.91
91101502--91101539	19	2.0	19	100	0	76	26	5	31	36	1.79
91107853--91107942	47	1.9	47	86	0	126	47	4	6	41	1.50
91108309--91108364	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
91111407--91111559	32	4.8	32	86	0	216	45	9	12	32	1.73
91111407--91111559	64	2.4	64	91	0	243	45	9	12	32	1.73
91112775--91112810	18	2.0	18	100	0	72	44	11	16	27	1.82
91113852--91113887	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90
91117663--91117763	36	2.7	35	79	11	105	54	1	2	40	1.27
91145993--91146231	40	6.0	40	91	0	397	22	20	26	30	1.98
91145994--91146272	120	2.3	118	89	2	405	22	21	26	29	1.99
91161347--91161429	30	2.7	31	81	9	91	13	22	0	63	1.29
91161432--91161462	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
91161510--91161566	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
91161510--91161566	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
91161508--91161577	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
91161543--91161735	93	2.1	93	97	0	359	31	13	13	40	1.85
91162498--91162647	73	2.1	73	94	1	266	32	26	18	24	1.97
91162941--91163053	56	2.0	56	100	0	226	24	25	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91165374--91165470	30	3.2	30	75	8	99	28	27	14	28	1.95
91165802--91165913	34	3.3	34	66	18	97	33	14	21	30	1.93
91165799--91165927	68	1.9	68	96	0	240	36	13	20	29	1.91
91168104--91168196	47	2.0	47	95	0	168	38	22	13	24	1.91
91169759--91170035	30	9.2	30	76	0	277	28	26	15	29	1.96
91169760--91170035	60	4.6	60	98	0	527	28	26	15	29	1.96
91176921--91177098	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
91176922--91177077	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91176918--91177098	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
91182551--91182608	25	2.7	19	71	26	53	48	12	18	20	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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