genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80617748--80617864	54	2.2	54	96	0	216	17	23	23	35	1.95
80617748--80617906	81	2.0	80	82	6	196	19	23	21	35	1.96
80635309--80635358	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
80643386--80643831	119	3.7	119	89	0	622	34	16	18	31	1.93
80644261--80644688	217	2.0	216	97	0	802	35	32	12	19	1.90
80644718--80645610	447	2.0	446	96	0	1635	38	21	15	24	1.92
80652531--80653429	47	19.1	47	98	0	1726	34	14	27	23	1.94
80653457--80653630	46	3.8	46	90	3	269	35	7	31	26	1.84
80659987--80660021	17	2.1	17	100	0	70	42	11	11	34	1.77
80660440--80660502	24	2.6	24	87	0	81	44	6	22	26	1.76
80666482--80666536	19	3.3	19	63	36	54	56	10	0	32	1.34
80666481--80666542	30	2.1	30	100	0	124	58	9	0	32	1.31
80667110--80667323	71	3.0	71	91	2	367	23	6	29	40	1.80
80668040--80668090	27	1.9	26	88	4	75	37	21	7	33	1.82
80668047--80668278	27	8.6	27	79	4	191	41	21	8	28	1.81
80668317--80668458	27	5.3	27	80	0	131	37	16	18	27	1.92
80668315--80668442	54	2.4	54	87	0	175	39	17	16	27	1.91
80668833--80668895	22	2.9	22	79	9	74	17	26	23	31	1.97
80669056--80669163	27	4.0	26	85	5	144	17	22	22	37	1.94
80669281--80669354	25	3.0	25	83	0	85	24	22	8	44	1.80
80671371--80671433	27	2.3	27	88	0	90	47	22	6	23	1.74
80671809--80671873	22	3.0	22	82	8	87	21	24	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80672032--80672139	27	4.0	26	89	5	153	17	24	22	36	1.95
80672039--80672153	54	2.1	54	83	1	142	20	24	20	34	1.96
80672257--80672344	6	14.3	6	68	17	56	20	19	12	47	1.81
80672260--80672323	25	2.6	25	89	0	92	20	21	12	45	1.84
80675077--80675184	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
80676429--80676492	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
80676600--80676737	27	5.1	27	81	10	158	18	24	21	34	1.96
80676600--80676737	54	2.5	53	89	2	195	18	24	21	34	1.96
80676607--80676755	27	5.5	26	79	9	122	20	25	19	34	1.96
80681944--80682051	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
80683484--80683547	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
80683652--80683764	27	4.2	26	80	13	131	18	23	23	34	1.96
80683652--80683764	53	2.1	54	90	4	176	18	23	23	34	1.96
80683652--80683782	27	4.9	26	77	12	106	19	24	21	34	1.97
80683652--80683782	53	2.5	52	82	9	149	19	24	21	34	1.97
80684861--80684907	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
80687293--80687443	81	1.9	81	83	5	198	46	21	9	22	1.80
80689526--80689552	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
80690473--80690607	41	3.3	40	85	2	162	22	24	20	33	1.97
80700501--80700642	57	2.5	55	80	7	160	43	0	2	52	1.20
80700517--80700642	56	2.2	57	83	5	157	44	0	3	51	1.23
80700619--80700668	22	2.3	22	82	0	55	58	4	0	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80709035--80709217	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
80709071--80709252	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
80722494--80722622	47	2.7	47	83	2	161	31	9	31	27	1.88
80722741--80722819	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
80728654--80728723	36	1.9	36	94	0	122	64	8	2	24	1.36
80730670--80730870	43	4.7	43	87	4	237	34	24	13	26	1.93
80733777--80733995	48	4.6	48	76	5	176	26	17	29	26	1.97
80733761--80733946	95	1.9	94	81	9	216	27	15	29	27	1.96
80741554--80741587	15	2.2	15	89	5	50	82	0	11	5	0.83
80742317--80742356	21	1.9	21	84	0	53	67	12	12	7	1.41
80747371--80747414	14	2.8	16	86	10	56	29	2	4	63	1.26
80749752--80749785	6	5.7	6	100	0	68	17	17	47	17	1.84
80751128--80751162	17	2.1	17	89	10	54	40	5	2	51	1.40
80751372--80751406	11	3.1	11	95	4	61	88	0	11	0	0.51
80753142--80753168	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
80756901--80756972	37	1.9	37	83	5	92	27	4	26	41	1.74
80758840--80758887	23	2.0	25	84	8	64	41	6	4	47	1.48
80759141--80759213	30	2.4	32	79	11	89	61	1	0	36	1.05
80759334--80759358	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
80759813--80759843	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
80764010--80764060	22	2.3	22	80	6	59	52	0	3	43	1.19
80768503--80768587	26	3.2	26	80	8	100	17	11	29	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80774542--80774632	45	2.0	45	91	0	146	26	12	27	34	1.92
80774552--80774656	45	2.3	43	80	12	131	20	13	29	36	1.91
80774672--80774779	52	2.1	52	82	3	128	22	14	26	36	1.93
80785027--80785188	47	3.4	47	87	3	218	27	32	7	33	1.84
80789933--80790110	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
80789934--80790089	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
80789930--80790110	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
80790015--80790121	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
80797567--80797709	70	2.0	72	95	4	263	28	6	22	41	1.79
80798129--80798306	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
80798130--80798285	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
80798126--80798306	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
80798211--80798317	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
80805033--80805084	20	2.5	20	84	3	68	53	5	9	30	1.57
80811693--80811739	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
80813259--80813293	15	2.4	15	90	4	54	20	20	2	57	1.54
80813369--80813777	45	8.7	48	74	14	268	24	29	18	28	1.98
80814116--80814172	30	1.9	30	92	0	96	31	28	8	31	1.87
80819711--80819753	19	2.3	20	80	15	56	72	2	16	9	1.21
80824790--80824825	17	2.1	17	94	0	63	25	13	19	41	1.88
80826597--80828148	776	2.0	776	99	0	3086	32	20	18	28	1.96
80836438--80836561	47	2.6	47	81	10	133	23	27	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80836582--80836749	46	3.6	46	77	12	182	23	29	19	27	1.98
80836582--80836752	94	1.8	92	85	7	238	23	29	19	26	1.99
80838951--80839126	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
80838948--80839119	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
80850975--80851018	21	2.1	21	100	0	88	43	0	0	56	0.99
80852149--80852279	48	2.7	48	84	2	174	19	17	28	35	1.94
80856882--80856919	17	2.2	17	100	0	76	63	10	5	21	1.46
80857475--80857636	26	6.2	26	91	0	252	35	6	22	35	1.81
80857475--80857636	52	3.1	52	95	0	279	35	6	22	35	1.81
80862339--80862498	26	6.2	26	100	0	320	30	7	26	35	1.84
80867582--80867606	9	2.8	9	100	0	50	52	24	12	12	1.72
80872447--80872501	25	2.2	24	80	9	56	65	9	1	23	1.31
80879587--80879691	53	2.0	53	94	0	183	49	19	9	21	1.76
80886181--80886276	12	8.4	12	72	17	55	54	3	2	40	1.28
80886183--80886235	20	2.8	19	79	20	67	54	1	1	41	1.22
80889218--80889337	55	2.2	55	89	5	181	28	18	5	47	1.71
80889218--80889351	55	2.4	55	87	4	173	30	16	7	45	1.75
80894395--80894434	19	2.0	20	95	4	73	35	5	10	50	1.58
80896681--80896721	21	2.0	20	85	4	55	58	0	0	41	0.98
80899910--80899949	18	2.1	18	86	9	53	50	5	2	42	1.37
80899907--80899953	20	2.3	21	75	20	55	51	4	2	42	1.33
80909636--80909732	27	3.6	27	90	2	140	27	13	28	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80918232--80918436	28	7.4	28	87	3	272	26	12	29	31	1.93
80918257--80918436	55	3.3	55	94	1	299	27	12	28	30	1.93
80918257--80918436	83	2.2	82	92	1	297	27	12	28	30	1.93
80920391--80920462	29	2.5	29	95	0	126	22	23	27	26	1.99
80932058--80932332	96	2.9	95	83	2	327	28	20	25	25	1.99
80932058--80932337	48	5.9	47	72	9	183	28	20	25	25	1.99
80934981--80935154	49	3.6	48	75	8	165	27	22	27	23	2.00
80939447--80939562	43	2.7	43	78	0	124	32	27	13	25	1.94
80941303--80941588	69	4.1	69	87	0	376	34	21	20	22	1.96
80955887--80955922	18	1.9	19	94	5	65	19	0	2	77	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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