genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  296  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100532947--100533128	48	3.8	48	81	7	197	26	27	17	28	1.98
100541476--100541697	40	5.6	40	88	1	313	29	25	20	23	1.99
100549962--100550097	40	3.4	40	88	3	195	27	27	22	22	1.99
100559676--100559776	24	4.2	24	91	5	150	32	1	41	23	1.66
100561181--100561291	27	4.1	27	89	1	152	15	23	22	38	1.92
100565759--100565848	45	2.0	45	97	0	171	31	3	13	52	1.56
100566952--100567048	48	2.1	46	84	7	124	35	13	25	25	1.93
100567100--100567214	58	2.0	58	96	0	212	24	27	23	24	2.00
100571412--100571514	46	2.2	48	87	3	147	35	14	25	24	1.93
100571566--100571691	63	2.0	63	93	0	216	26	23	22	27	1.99
100575441--100575623	91	2.0	91	94	0	321	37	13	28	20	1.90
100575611--100575704	45	2.1	46	89	2	145	36	14	24	24	1.93
100575615--100575721	45	2.3	46	85	1	144	35	15	22	26	1.94
100581275--100581374	24	4.2	24	94	0	155	33	2	40	25	1.67
100582779--100582884	54	2.0	53	88	1	158	18	26	17	36	1.94
100582784--100582891	27	4.0	26	82	5	126	17	25	20	37	1.94
100585227--100585338	29	3.9	29	74	6	111	25	16	33	25	1.96
100586364--100586397	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
100594447--100594584	49	2.7	51	80	8	167	28	27	19	23	1.98
100600323--100600511	55	3.5	55	82	8	185	37	16	23	22	1.94
100600323--100600729	54	7.6	54	75	11	333	36	16	24	23	1.94
100600336--100600729	109	3.7	108	78	8	468	35	17	24	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100600290--100600721	209	2.1	209	93	0	740	35	15	24	24	1.95
100600382--100600757	154	2.4	154	76	11	327	36	15	24	22	1.94
100600847--100600879	16	2.0	17	88	5	50	39	3	21	36	1.69
100605027--100605344	46	6.7	48	77	10	250	27	16	29	25	1.97
100605028--100605343	138	2.2	144	81	9	366	26	17	30	25	1.97
100604980--100605343	48	7.7	48	74	12	199	27	17	29	25	1.97
100614080--100614128	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
100614159--100614204	10	4.6	10	87	12	60	36	10	17	34	1.85
100614165--100614196	11	3.0	11	95	4	57	37	15	18	28	1.92
100614165--100614204	21	1.9	21	90	10	64	37	12	17	32	1.87
100614278--100614323	25	1.9	24	82	8	58	26	21	23	28	1.99
100617116--100617149	13	2.6	13	95	0	59	61	5	0	32	1.20
100617374--100617419	20	2.2	21	92	3	76	32	21	26	19	1.97
100617687--100617727	22	1.9	21	85	5	55	48	14	17	19	1.81
100621019--100621194	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
100621019--100621234	112	1.9	111	81	8	260	49	8	21	20	1.75
100628442--100628555	56	2.0	56	85	13	153	25	25	23	25	2.00
100629754--100629976	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
100629829--100630011	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
100631152--100631303	76	2.0	76	88	0	223	41	13	19	26	1.87
100631476--100631614	70	2.0	71	92	4	239	20	15	23	41	1.90
100631850--100632005	77	2.0	77	94	0	276	35	34	14	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100632830--100632975	73	2.0	73	98	0	283	31	21	31	15	1.94
100638297--100638660	47	7.7	47	95	1	529	31	9	30	28	1.88
100639499--100639619	61	2.0	61	98	0	233	27	29	16	26	1.97
100640561--100640872	40	7.8	40	91	0	491	20	22	30	26	1.99
100650638--100650779	40	3.6	40	84	2	189	23	21	26	28	1.99
100656545--100656759	54	4.0	54	81	2	225	37	15	25	21	1.93
100656550--100656738	55	3.5	54	82	3	220	35	16	25	21	1.94
100657866--100657908	21	2.0	21	95	0	77	46	13	13	25	1.81
100661074--100661248	48	3.6	50	82	8	173	24	30	19	26	1.98
100661071--100661431	46	7.6	48	76	10	227	23	29	19	27	1.98
100661068--100661434	94	3.9	96	76	14	316	23	29	19	27	1.98
100665796--100666016	40	5.6	40	87	1	311	24	22	25	26	2.00
100675402--100675481	24	3.3	24	85	3	90	28	26	17	27	1.98
100675427--100675481	24	2.3	24	96	0	101	27	27	20	25	1.99
100675533--100675571	20	2.0	20	100	0	78	30	20	10	38	1.86
100675534--100675578	20	2.2	20	92	0	72	31	22	11	35	1.89
100682966--100683107	72	2.0	72	98	0	275	35	26	15	23	1.94
100683520--100683595	24	3.2	24	88	1	109	30	22	18	28	1.97
100683646--100683684	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
100683647--100683691	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
100688443--100688604	42	3.9	41	84	8	193	26	24	17	32	1.97
100688447--100688604	84	1.9	84	85	5	221	26	24	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100690033--100690137	51	2.1	51	87	0	147	36	21	16	25	1.94
100696051--100696245	47	4.1	47	82	3	187	34	10	28	25	1.90
100696168--100696351	48	3.8	48	85	5	262	36	7	26	29	1.84
100696168--100696351	98	1.9	96	88	4	280	36	7	26	29	1.84
100696497--100696605	37	2.9	37	91	0	173	23	18	31	26	1.97
100700152--100700336	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
100700133--100700336	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
100703313--100703473	42	3.8	42	78	2	162	26	24	15	33	1.95
100710250--100710470	40	5.6	41	85	8	298	24	22	26	26	2.00
100710698--100710739	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
100718517--100718737	40	5.6	40	83	5	279	24	22	26	27	2.00
100718965--100719006	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
100724101--100724196	38	2.5	39	86	3	131	33	11	11	43	1.77
100728323--100728462	40	3.5	39	75	13	117	25	20	27	26	1.99
100735902--100736006	40	2.6	38	76	11	102	26	20	26	26	1.99
100740465--100740731	94	2.8	94	97	1	489	38	20	13	26	1.90
100741123--100741252	65	2.0	65	98	0	251	41	16	10	31	1.82
100742183--100742221	20	1.9	21	89	5	62	25	46	5	23	1.73
100742776--100742890	29	4.0	28	82	8	142	28	28	14	27	1.95
100742767--100742877	58	1.9	57	87	1	159	28	29	14	27	1.95
100743101--100743137	16	2.3	16	90	0	56	8	21	18	51	1.72
100747280--100747394	29	4.0	29	82	6	128	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100747271--100747358	29	3.1	29	82	8	117	28	30	14	26	1.95
100747271--100747381	58	1.9	58	85	1	152	27	28	17	26	1.97
100751838--100751923	28	3.0	28	84	3	109	26	30	15	27	1.96
100752133--100752168	16	2.2	16	95	0	63	13	25	13	47	1.80
100761103--100761136	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
100761725--100761762	17	2.2	17	90	0	58	42	2	0	55	1.14
100780857--100781256	200	2.0	200	99	0	791	29	18	21	31	1.96
100786474--100786573	50	2.0	50	98	0	191	40	9	18	33	1.81
100787432--100787485	27	2.0	27	100	0	108	48	3	18	29	1.65
100798199--100798254	27	2.2	25	75	12	58	41	14	16	28	1.87
100798208--100798261	27	2.0	28	88	3	83	42	11	14	31	1.81
100804803--100804833	16	1.9	16	93	0	53	48	12	38	0	1.42
100812984--100813047	27	2.4	27	92	2	103	51	6	3	39	1.43
100813033--100813065	17	1.9	17	93	0	57	51	12	6	30	1.63
100813623--100813703	40	2.0	41	86	9	114	38	22	27	12	1.90
100813631--100813756	39	3.2	39	78	11	91	38	19	26	15	1.91
100814362--100814439	41	1.9	41	84	5	104	16	39	23	20	1.92
100832579--100832741	42	3.9	42	79	7	152	31	26	13	28	1.94
100832556--100832739	84	2.2	85	77	6	196	33	25	13	28	1.93
100847406--100847512	6	17.3	6	70	16	67	48	14	15	21	1.80
100847406--100847512	31	3.5	31	89	0	142	48	14	15	21	1.80
100847921--100848145	27	8.3	27	80	5	206	25	19	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100847922--100848136	54	4.0	54	85	1	252	25	20	17	37	1.94
100847920--100848135	81	2.7	81	89	1	317	25	19	18	37	1.94
100848188--100848522	27	12.4	26	81	6	278	30	8	20	40	1.81
100848188--100848522	81	4.1	80	83	6	320	30	8	20	40	1.81
100848236--100848522	27	10.6	27	86	0	349	30	8	20	40	1.81
100848188--100848522	54	6.2	54	85	0	393	30	8	20	40	1.81
100849846--100849891	23	2.0	23	95	0	83	15	17	19	47	1.82
100853830--100853907	40	2.0	40	86	0	111	30	24	17	26	1.97
100853841--100854147	114	2.7	114	82	2	350	33	20	18	28	1.96
100854190--100854239	21	2.3	21	82	3	64	16	2	28	54	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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