genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76646171--76646248	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
76649779--76649804	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
76650890--76651215	96	3.5	92	78	7	282	28	19	25	26	1.99
76650890--76651131	48	5.1	48	76	3	209	30	18	24	26	1.98
76650902--76651191	144	2.1	138	78	7	289	30	19	24	25	1.98
76657309--76657376	35	1.9	35	93	0	118	26	22	20	30	1.98
76657309--76657388	35	2.3	35	88	0	115	26	22	21	30	1.99
76657357--76657465	35	3.1	35	71	0	92	24	20	20	34	1.96
76664658--76664994	27	12.5	27	87	1	406	28	15	16	40	1.88
76665351--76665409	18	3.2	18	74	11	57	23	27	18	30	1.98
76666019--76666048	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
76667721--76667754	17	2.0	17	88	0	50	41	5	0	52	1.25
76689464--76689496	17	1.9	17	88	11	50	51	18	0	30	1.46
76700244--76700364	46	2.6	45	82	8	145	23	28	17	30	1.97
76707066--76707162	46	2.1	45	87	9	135	23	28	20	26	1.99
76708804--76708874	36	2.0	36	88	0	106	36	7	18	38	1.78
76727834--76728149	47	6.7	46	74	13	220	28	19	28	23	1.98
76727834--76728143	140	2.2	139	80	9	335	29	19	28	23	1.98
76732792--76732852	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76737905--76738021	58	2.0	58	85	4	157	34	21	14	29	1.93
76740151--76740326	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
76741454--76741636	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76741455--76741638	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
76741507--76741671	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
76755054--76755186	56	2.4	54	91	2	203	33	26	12	27	1.93
76755192--76755485	43	7.0	43	76	11	279	30	25	17	26	1.97
76755200--76755484	41	6.8	42	78	5	281	30	24	17	27	1.97
76755200--76755485	84	3.4	84	91	1	441	30	25	17	27	1.97
76767803--76767831	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
76769731--76769759	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
76770728--76770760	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
76792415--76792556	40	3.5	40	84	1	158	35	24	13	26	1.92
76795565--76795665	28	3.6	28	83	2	123	26	35	12	24	1.92
76795650--76795742	40	2.3	40	83	0	105	33	23	17	25	1.96
76801080--76801204	23	5.4	23	78	10	121	36	18	20	24	1.95
76805165--76805337	43	4.0	43	78	6	199	31	26	14	27	1.95
76816665--76816754	45	2.0	45	100	0	180	26	20	11	42	1.85
76817831--76817861	12	2.6	12	100	0	62	58	6	0	35	1.24
76820133--76820167	8	4.4	8	89	10	54	77	0	0	22	0.78
76820355--76820416	22	2.9	21	75	20	56	72	4	1	20	1.12
76822998--76823140	47	3.0	47	94	0	241	29	13	13	44	1.81
76823915--76824134	45	5.0	45	88	3	306	23	21	28	26	1.99
76826665--76826867	45	4.5	45	88	3	284	26	23	23	27	2.00
76832729--76832773	23	2.0	23	95	4	83	26	24	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76833426--76833661	47	5.0	47	95	0	411	29	13	13	43	1.82
76834452--76834624	45	4.0	45	85	5	214	23	20	28	26	1.99
76838312--76838341	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
76838553--76838779	50	4.5	50	81	2	215	34	26	14	24	1.94
76838551--76838781	100	2.3	100	84	3	295	34	26	14	24	1.94
76841691--76841732	15	2.8	16	79	13	54	52	14	19	14	1.75
76847428--76847457	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
76847619--76847844	50	4.5	49	78	5	202	32	27	15	24	1.95
76847619--76847845	100	2.3	100	85	3	296	32	27	15	24	1.95
76849671--76849820	42	3.5	42	79	7	142	30	25	16	28	1.96
76850533--76850595	18	3.6	18	71	16	60	22	31	0	46	1.52
76850694--76850936	114	2.1	114	100	0	486	35	6	8	49	1.59
76850694--76850977	114	2.5	114	90	3	358	36	7	7	48	1.58
76851704--76851742	16	2.4	16	86	0	60	12	0	7	79	0.93
76851887--76851981	46	2.1	46	95	0	172	26	16	14	42	1.87
76851986--76852291	95	3.3	95	81	9	328	29	21	15	33	1.94
76851986--76852304	44	6.9	45	74	11	200	30	20	15	33	1.94
76860365--76860409	19	2.3	20	88	7	67	46	6	20	26	1.75
76862717--76862760	22	2.0	22	90	0	70	56	2	0	40	1.11
76862717--76862759	10	4.1	10	80	11	50	58	2	0	39	1.11
76866133--76866158	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
76869549--76869581	9	3.7	9	91	0	57	24	12	21	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76869736--76869784	20	2.5	19	87	6	71	55	8	0	36	1.30
76869743--76869807	20	3.2	20	81	14	73	52	6	0	41	1.26
76869755--76869811	19	3.1	19	82	7	64	54	5	0	40	1.23
76873813--76873839	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
76876729--76876780	6	8.7	6	100	0	104	51	15	0	32	1.43
76877031--76877084	18	2.9	19	72	5	56	33	1	1	62	1.16
76877878--76877914	18	1.9	19	89	10	58	70	0	0	29	0.88
76878576--76878624	17	2.9	16	76	8	53	38	0	4	57	1.18
76882591--76882698	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
76886750--76886800	26	2.0	26	84	7	68	62	11	9	15	1.53
76890853--76890935	41	2.0	41	100	0	166	44	21	4	28	1.73
76896133--76896269	42	3.3	42	86	3	188	32	14	21	31	1.94
76906100--76906200	29	3.5	29	87	1	141	30	28	13	26	1.94
76906427--76906584	78	2.0	78	97	0	298	39	23	6	30	1.81
76913476--76913576	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
76918732--76918778	6	8.0	6	92	4	78	80	0	0	19	0.70
76928043--76928112	29	2.4	29	95	0	131	27	10	25	37	1.88
76928629--76928738	52	2.1	52	89	0	166	20	31	22	24	1.98
76938442--76938498	30	1.9	30	85	7	80	14	28	35	22	1.93
76943580--76943624	15	2.9	15	81	12	54	15	13	17	53	1.73
76946004--76946186	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
76946005--76946188	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76946057--76946221	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
76953427--76953808	47	8.1	47	95	0	665	31	8	30	29	1.87
76962956--76963145	79	2.4	82	85	7	248	24	22	27	26	2.00
76962962--76963145	40	4.6	40	84	9	225	23	22	27	25	2.00
76962962--76963168	79	2.6	79	82	8	208	25	22	27	25	2.00
76975091--76975272	28	6.5	28	96	0	303	32	28	12	26	1.93
76978171--76978200	9	3.3	9	100	0	60	60	10	10	20	1.57
76980857--76980906	20	2.5	20	86	0	82	32	8	26	34	1.85
76982116--76982261	65	2.2	65	95	0	256	44	30	8	16	1.77
76982978--76983059	34	2.4	35	83	6	105	20	23	26	29	1.99
76992600--76992652	22	2.3	22	81	15	63	35	39	0	24	1.56
76994039--76994109	29	2.6	27	73	8	70	29	18	11	40	1.85
76997681--76998595	47	19.5	47	98	0	1722	31	30	6	31	1.83
77005835--77005920	43	2.0	43	84	4	111	27	27	17	26	1.98
77007459--77007577	43	2.8	43	80	3	134	20	17	31	30	1.96
77027543--77027670	47	2.7	46	87	4	193	32	28	15	23	1.95
77028553--77028579	6	4.5	6	100	0	54	0	0	29	70	0.88
77030014--77030059	24	1.9	24	95	0	83	45	21	13	19	1.84
77030104--77030170	27	2.6	26	83	4	82	41	20	20	16	1.90
77037798--77037909	49	2.3	50	78	10	122	38	19	24	17	1.93
77050306--77050372	24	2.8	24	86	2	98	43	19	20	16	1.88
77050409--77050460	27	1.9	27	92	0	86	42	15	23	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77050410--77050466	27	2.1	27	87	3	80	43	14	21	21	1.87
77050410--77050476	27	2.5	26	81	11	73	41	14	22	20	1.89
77055512--77055734	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
77055512--77055734	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
77063498--77063761	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
77077288--77077378	40	2.3	39	83	7	103	27	15	26	30	1.96
77080757--77080850	37	2.6	37	80	8	102	13	9	32	43	1.77
77081481--77081645	85	1.9	85	91	4	271	43	7	18	30	1.78
77088539--77088617	42	1.9	39	85	7	104	37	13	12	35	1.83
77094553--77094592	22	1.9	22	85	10	57	22	5	22	50	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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