genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  275  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93811582--93811802	40	5.5	39	81	6	230	25	20	27	26	1.99
93811582--93811808	80	2.8	80	81	6	273	26	20	27	25	1.99
93828113--93828192	42	1.9	42	82	5	99	32	27	12	27	1.93
93831811--93832101	48	6.2	48	86	6	416	27	26	19	25	1.99
93831811--93832079	138	1.9	138	90	1	423	27	26	20	25	1.99
93833490--93833621	40	3.3	40	88	3	196	26	28	21	23	1.99
93833956--93834132	56	3.1	57	98	1	340	22	23	9	45	1.80
93834428--93834901	48	10.5	48	70	17	264	30	26	16	26	1.97
93834621--93835442	144	6.0	144	72	11	572	31	26	16	25	1.97
93834621--93834903	48	5.9	48	82	0	316	31	25	15	27	1.96
93834971--93835444	48	9.9	48	85	0	581	30	27	17	24	1.97
93834428--93835250	349	2.3	352	88	1	1206	30	26	16	25	1.97
93835516--93835846	48	6.9	47	76	4	304	30	23	16	29	1.97
93835538--93835846	96	3.2	96	89	2	460	30	23	17	28	1.97
93835544--93835846	144	2.1	144	80	1	338	30	23	17	29	1.97
93835920--93836418	48	10.4	47	82	3	516	29	26	18	25	1.98
93835922--93837292	96	14.4	96	72	12	581	30	25	18	25	1.98
93835925--93839656	144	26.6	143	66	16	725	29	25	18	26	1.98
93836397--93836455	29	2.0	29	83	0	73	32	28	11	27	1.92
93836350--93836503	77	2.0	77	84	0	200	31	26	15	26	1.96
93836427--93837292	48	18.0	48	77	7	806	30	24	19	25	1.98
93836022--93839670	413	8.8	410	81	8	2547	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93836280--93836594	173	1.8	173	86	0	459	31	24	17	26	1.97
93836206--93837108	221	4.0	221	76	9	562	30	24	18	26	1.98
93837251--93837358	37	2.9	38	81	4	130	25	25	21	26	1.99
93837367--93837423	29	2.0	29	82	0	69	35	33	7	24	1.82
93837397--93837790	48	8.4	48	73	7	263	29	25	17	27	1.98
93837769--93837827	29	2.0	29	83	0	73	32	28	11	27	1.92
93837799--93838403	48	12.6	48	85	1	719	30	25	18	25	1.98
93837799--93839656	96	18.4	96	71	11	1123	29	24	18	26	1.98
93838327--93838472	77	1.9	77	82	2	186	32	26	15	25	1.95
93838404--93838816	48	8.6	48	85	1	515	29	25	18	26	1.98
93838231--93838572	173	2.0	173	84	2	454	30	25	16	26	1.97
93838182--93839085	221	4.0	221	74	11	675	29	25	18	26	1.98
93838740--93838885	77	1.9	77	82	2	186	32	26	15	25	1.95
93838817--93839229	48	8.6	48	84	1	506	29	24	18	26	1.98
93838644--93838985	173	2.0	173	85	2	463	30	25	17	26	1.97
93839153--93839298	77	1.9	77	82	2	186	32	26	15	25	1.95
93839230--93839656	48	8.9	48	85	0	559	28	23	19	28	1.99
93839057--93839398	173	2.0	173	85	2	463	30	25	17	26	1.97
93839008--93839654	221	2.8	221	80	6	652	29	24	18	27	1.98
93841289--93841322	10	3.4	10	100	0	68	50	20	8	20	1.75
93848696--93848839	24	6.1	24	84	3	193	28	19	23	28	1.98
93848699--93848839	71	2.0	71	90	0	219	28	19	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93848696--93848839	47	3.0	48	86	2	193	28	19	23	28	1.98
93848889--93848949	20	3.0	20	90	0	104	34	19	13	32	1.90
93855935--93856081	24	6.2	24	88	3	208	27	21	21	29	1.99
93855937--93856080	47	3.1	47	86	3	200	27	21	22	28	1.99
93855943--93856081	71	2.0	71	92	0	233	27	22	23	27	1.99
93856131--93856197	20	3.3	20	85	0	89	34	20	11	32	1.90
93856139--93856196	9	5.9	10	79	15	59	36	22	10	31	1.88
93865769--93865806	15	2.5	15	95	0	67	55	18	5	21	1.62
93873301--93873399	29	3.5	28	83	8	112	24	17	31	27	1.97
93876448--93876547	29	3.5	29	86	1	130	26	16	30	28	1.96
93878232--93878344	29	4.0	29	82	6	133	27	30	16	25	1.97
93882652--93882753	29	3.6	29	85	4	127	27	29	16	26	1.97
93882643--93882753	58	1.9	58	85	1	152	27	29	15	27	1.96
93884957--93885099	73	2.0	71	95	2	259	46	9	23	20	1.80
93886359--93886584	40	5.7	40	91	3	348	24	23	25	26	2.00
93889709--93889947	120	2.0	120	92	0	397	33	13	25	26	1.94
93891412--93891743	164	2.0	164	95	0	592	31	12	24	31	1.92
93894778--93894939	40	4.1	40	87	3	220	23	22	27	26	1.99
93900859--93900948	42	2.1	42	84	8	112	30	25	16	27	1.97
93900899--93901350	48	9.6	48	84	5	573	28	25	19	27	1.99
93900897--93901350	185	2.4	189	86	5	618	28	25	19	27	1.98
93909356--93909416	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93911942--93912059	42	2.8	42	78	10	125	33	22	11	33	1.90
93922136--93922167	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
93931129--93931235	28	3.8	28	81	0	97	34	12	23	29	1.91
93933155--93933510	57	6.2	57	91	0	559	18	17	34	29	1.94
93938451--93938529	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
93938790--93938835	22	2.1	22	100	0	92	28	8	30	32	1.87
93945273--93945416	72	2.0	72	98	0	279	31	18	20	30	1.96
93945420--93945449	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
93949795--93949842	22	2.2	22	85	7	62	27	0	6	66	1.15
93949930--93950002	31	2.5	29	84	10	87	58	10	0	30	1.32
93955240--93955330	19	4.9	19	89	8	152	38	9	15	36	1.81
93955228--93955330	54	1.9	53	90	5	163	38	10	13	36	1.80
93955240--93955353	19	5.8	22	75	22	87	37	8	15	37	1.79
93955620--93955655	18	2.0	18	89	10	56	30	0	0	69	0.89
93956430--93956474	11	4.0	11	78	16	56	66	2	2	28	1.15
93957538--93957574	18	2.0	19	89	5	58	54	29	0	16	1.43
93957991--93958028	16	2.4	16	86	0	58	52	5	0	42	1.24
93958981--93959023	22	2.0	22	90	0	68	6	9	18	65	1.44
93959208--93959290	40	2.1	40	100	0	166	25	0	9	65	1.23
93961590--93961663	29	2.6	28	79	10	69	55	9	2	32	1.46
93962925--93963127	42	4.8	42	90	3	284	31	21	23	23	1.99
93962927--93963223	42	7.1	42	85	3	195	29	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93962926--93963214	126	2.3	126	83	3	341	29	21	21	28	1.98
93963539--93963609	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
93969034--93969121	9	9.9	9	69	28	64	35	0	20	44	1.52
93969079--93969230	25	6.0	25	95	0	268	34	0	21	44	1.52
93969428--93969467	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
93969994--93970023	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
93970207--93970256	18	2.8	18	82	14	59	48	14	6	32	1.67
93970159--93970501	71	4.8	71	97	0	643	50	18	5	26	1.67
93970808--93970854	22	2.1	22	96	0	85	40	23	8	27	1.83
93972011--93972081	14	5.0	14	69	16	56	40	35	1	22	1.63
93972318--93972523	113	1.8	115	84	2	290	28	23	18	29	1.98
93972334--93972737	208	1.9	209	88	2	616	27	21	18	32	1.96
93972239--93973192	321	2.9	323	83	6	1121	27	21	18	32	1.97
93972531--93973310	113	6.9	112	82	4	717	27	22	18	31	1.97
93972531--93973310	340	2.3	340	85	3	971	27	22	18	31	1.97
93974847--93974907	29	2.1	30	87	9	90	42	1	3	52	1.27
93975584--93975612	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
94001786--94001879	46	2.0	47	93	2	163	38	6	14	40	1.72
94016605--94016741	48	2.9	48	92	0	220	33	6	27	32	1.83
94016891--94017023	48	2.8	48	90	0	203	34	6	27	30	1.83
94016457--94017023	286	2.0	286	97	0	1071	33	8	23	34	1.84
94021654--94021978	44	7.2	44	77	6	281	33	17	19	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94021698--94021965	140	1.9	140	86	3	387	33	16	20	29	1.95
94021654--94021916	96	2.8	95	83	5	279	31	17	20	30	1.96
94022038--94022321	51	5.8	51	71	12	191	34	17	18	29	1.94
94028197--94028345	39	3.8	39	92	1	237	23	20	27	28	1.99
94028197--94028377	78	2.3	78	85	5	206	23	20	27	27	1.99
94028334--94028428	39	2.4	38	79	8	111	22	21	27	29	1.99
94028604--94028635	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
94029569--94029986	208	2.0	209	99	0	820	25	9	18	45	1.80
94047037--94047079	18	2.4	18	88	0	59	9	13	6	69	1.35
94048807--94048831	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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