genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  108  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38868072--38868135	31	2.1	30	85	2	83	39	15	20	25	1.92
38875665--38875703	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
38875757--38875992	23	10.1	23	87	3	312	28	22	20	27	1.99
38875757--38876014	47	5.5	46	84	5	322	28	22	21	27	1.99
38875756--38875992	70	3.4	70	90	2	377	29	22	20	27	1.99
38876207--38876270	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
38877381--38877427	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
38878497--38878597	28	3.6	28	68	6	89	27	34	18	18	1.95
38878502--38878626	56	2.2	56	98	0	241	29	33	18	18	1.95
38878532--38878625	28	3.4	28	69	5	91	31	29	18	20	1.96
38878609--38878661	25	2.1	25	86	6	72	30	30	9	30	1.89
38878794--38878918	43	2.9	43	86	0	169	34	31	21	12	1.91
38878913--38879050	40	3.5	40	92	0	222	27	30	21	21	1.98
38882862--38882908	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
38887929--38887981	26	2.0	26	96	0	97	32	11	20	35	1.88
38902098--38902236	70	2.0	70	97	0	260	28	20	20	30	1.98
38903487--38904412	40	23.2	40	96	1	1671	22	20	27	29	1.99
38910923--38910948	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
38912326--38912451	40	3.2	40	89	3	193	23	22	26	26	2.00
38917759--38917820	26	2.3	27	81	10	83	37	25	8	29	1.85
38917926--38918038	27	4.2	28	86	5	153	18	24	22	34	1.96
38917924--38918038	55	2.1	54	85	7	162	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38927188--38927260	34	2.1	34	85	5	94	28	21	21	27	1.99
38929644--38929805	85	1.9	85	93	0	279	24	28	20	25	1.99
38934363--38934479	29	4.1	29	88	1	137	27	14	29	28	1.95
38935649--38935831	40	4.6	39	79	9	192	24	20	28	26	1.99
38935700--38935854	79	2.0	79	82	7	190	25	19	27	27	1.99
38935947--38935976	14	2.1	14	93	0	51	23	3	20	53	1.60
38942312--38942431	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
38943560--38943784	40	5.6	41	81	6	241	24	21	27	26	1.99
38946791--38947014	112	2.0	112	98	0	430	24	21	32	21	1.98
38949669--38949729	29	2.1	28	84	3	77	31	13	26	29	1.93
38951436--38951528	24	3.9	24	83	8	102	32	16	23	27	1.96
38951462--38951548	24	3.8	22	76	13	77	32	17	24	26	1.97
38960212--38960243	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
38960839--38960900	30	2.1	30	100	0	124	40	16	8	35	1.78
38961030--38961071	22	1.9	22	85	0	57	28	2	33	35	1.70
38978795--38978821	13	2.1	13	100	0	54	7	33	37	22	1.82
38981411--38981486	38	2.0	38	97	0	143	30	14	23	31	1.94
38982675--38982819	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
38985831--38985859	12	2.3	13	94	5	51	44	0	6	48	1.29
38987004--38987034	13	2.5	12	90	10	53	58	0	19	22	1.40
38992476--38992570	48	2.0	47	97	0	172	29	17	14	36	1.90
38994547--38994608	27	2.3	27	88	0	97	32	16	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38994588--38995057	27	17.7	26	79	5	272	31	9	19	40	1.83
38994575--38994686	54	2.1	53	80	8	118	31	8	17	42	1.78
38994653--38995057	53	7.6	53	85	3	503	31	10	18	39	1.84
38995374--38995437	28	2.3	28	91	0	101	26	37	17	18	1.93
38998781--38998971	40	4.6	40	74	18	158	25	28	21	24	1.99
38998843--38998972	39	3.3	40	81	10	133	24	28	22	24	1.99
39011079--39011206	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
39011079--39011206	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
39019135--39019262	28	4.5	28	86	2	166	28	13	25	32	1.93
39019135--39019262	57	2.2	57	87	2	177	28	13	25	32	1.93
39029999--39030261	47	5.6	47	95	0	445	32	7	30	29	1.86
39033201--39033230	15	2.0	15	93	0	51	36	30	6	26	1.82
39034318--39034347	15	1.9	16	93	6	53	43	16	0	40	1.48
39044604--39044644	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
39046665--39046874	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
39046612--39046874	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
39046613--39046909	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
39050457--39050562	27	3.9	27	81	2	115	18	26	19	34	1.95
39050447--39050581	27	5.0	27	75	7	103	18	26	19	35	1.95
39050569--39050611	20	2.2	20	91	0	68	23	23	9	44	1.82
39052381--39052479	40	2.5	40	94	0	171	29	30	20	20	1.97
39055462--39055502	6	6.7	6	91	2	55	0	60	0	39	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39055580--39055629	25	2.0	25	84	0	64	6	32	6	56	1.48
39058251--39058406	41	3.8	40	75	8	154	23	21	28	26	1.99
39064683--39064842	41	3.9	41	77	12	168	22	22	28	26	1.99
39067067--39067102	18	2.0	18	94	0	63	33	0	8	58	1.28
39067141--39067183	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
39068276--39068385	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
39070004--39070116	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
39070002--39070116	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
39071570--39071635	18	3.3	18	72	22	60	33	0	6	60	1.21
39074486--39074526	6	6.8	6	83	10	57	48	14	17	19	1.81
39074834--39074922	27	3.3	27	93	0	142	40	2	23	33	1.67
39075661--39075726	27	2.4	27	87	0	87	31	16	22	28	1.96
39075723--39075808	27	3.2	27	85	1	102	44	20	3	31	1.69
39075790--39076034	27	9.1	27	85	1	303	32	22	5	40	1.76
39076518--39076599	6	13.3	6	72	19	53	18	15	14	51	1.77
39076518--39076584	31	2.2	31	94	0	116	16	16	14	52	1.75
39078451--39078532	27	3.1	26	81	6	92	31	20	20	26	1.98
39078516--39078610	27	3.6	27	92	2	147	43	21	5	30	1.74
39078516--39078627	27	4.2	26	87	5	145	42	20	5	31	1.74
39078516--39078627	53	2.1	53	86	3	154	42	20	5	31	1.74
39078535--39078689	53	2.9	53	78	7	127	36	20	6	36	1.79
39078609--39078763	27	5.7	27	81	3	204	30	21	7	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39078609--39078762	54	2.9	54	88	1	238	31	22	7	39	1.81
39079404--39079438	6	5.8	6	87	12	54	48	17	17	17	1.81
39079413--39079491	31	2.5	31	83	0	104	48	12	18	20	1.81
39079611--39079717	27	4.0	26	81	6	106	36	17	22	23	1.95
39079838--39079889	27	1.9	27	84	7	70	36	17	23	23	1.95
39080279--39080532	81	3.1	81	91	1	377	27	20	17	34	1.95
39080297--39080554	27	9.6	27	83	3	306	26	18	18	36	1.94
39080545--39080610	27	2.4	27	79	0	78	31	4	21	42	1.73
39080576--39080911	54	6.2	54	81	6	324	30	8	20	40	1.83
39080603--39080905	27	11.3	27	80	6	192	30	9	20	40	1.83
39080621--39080905	81	3.5	81	81	5	317	29	9	20	41	1.83
39082859--39082930	6	11.8	6	79	8	83	51	12	15	20	1.75
39082853--39082899	12	3.9	11	91	5	58	51	12	17	19	1.77
39082835--39082899	18	3.6	18	83	8	78	53	10	15	20	1.71
39083048--39083155	27	4.0	26	83	5	108	36	22	21	20	1.96
39083048--39083155	54	2.0	53	80	5	119	36	22	21	20	1.96
39083312--39083372	22	2.7	23	78	12	65	29	21	26	22	1.99
39083738--39083828	27	3.4	27	87	0	137	23	19	23	34	1.97
39083952--39084085	27	5.0	27	85	0	178	23	17	19	38	1.93
39084108--39084436	27	12.2	27	84	1	374	29	8	20	41	1.81
39085285--39085373	27	3.3	27	90	0	124	32	22	3	41	1.70
39085860--39085970	31	3.6	31	88	0	159	20	19	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39085860--39085984	6	20.3	6	68	19	71	20	19	12	47	1.82
39107798--39108790	500	2.0	500	86	2	1413	34	19	14	31	1.92
39113631--39113663	13	2.4	14	90	5	50	51	3	15	30	1.58
39114683--39114743	21	2.9	21	78	9	70	29	26	26	18	1.98
39128375--39128598	40	5.6	40	89	3	324	23	23	27	25	2.00
39128379--39128598	83	2.7	80	90	5	320	23	23	27	25	2.00
39137400--39137541	43	3.3	41	70	16	119	28	26	20	25	1.99
39137371--39137538	85	2.0	85	89	2	257	30	25	19	25	1.98
39137370--39137503	42	3.2	41	67	17	103	30	24	19	25	1.98
39141131--39141159	12	2.3	13	94	5	51	17	24	31	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297