genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78929636--78929681	21	2.2	23	81	14	55	47	10	8	32	1.69
78932921--78932961	15	2.7	16	85	11	59	41	4	4	48	1.46
78934443--78934506	26	2.5	26	89	0	101	26	28	20	25	1.99
78936413--78936483	35	2.0	35	91	0	115	21	16	12	49	1.79
78937630--78937712	42	2.0	42	97	0	157	43	4	26	25	1.74
78939254--78939432	66	2.7	66	80	1	198	25	26	26	21	1.99
78940705--78940776	36	2.0	35	84	7	92	26	23	13	36	1.93
78943283--78943323	3	14.3	3	87	10	50	24	0	0	75	0.80
78943283--78943323	14	2.9	14	81	3	55	24	0	0	75	0.80
78944383--78944440	29	2.0	28	93	3	98	44	6	12	34	1.68
78944390--78944449	29	2.2	26	75	16	66	41	11	8	36	1.72
78945800--78945914	40	2.8	40	78	2	131	37	20	20	20	1.95
78945951--78946070	41	2.9	41	89	1	168	26	24	21	27	1.99
78946554--78946605	14	3.7	14	78	0	50	25	0	38	36	1.56
78946566--78946606	21	2.0	21	85	0	55	26	0	41	31	1.56
78947675--78947964	108	2.7	107	98	0	535	37	14	14	33	1.87
78947833--78948150	148	2.1	149	89	4	473	40	14	13	31	1.85
78951170--78951373	88	2.3	88	100	0	408	42	14	24	18	1.87
78952658--78952926	43	6.3	42	86	4	313	23	17	31	27	1.97
78952656--78952926	86	3.2	86	84	2	357	22	17	31	28	1.97
78952658--78952926	129	2.1	129	85	0	349	23	17	31	27	1.97
78954624--78955032	202	2.0	202	93	1	705	42	3	15	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78963895--78963925	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
78966425--78966464	9	4.4	9	90	0	62	27	10	22	40	1.86
78966425--78966464	18	2.2	18	95	0	71	27	10	22	40	1.86
78975497--78975570	37	2.0	37	97	0	139	17	40	6	35	1.76
78981247--78981273	6	4.5	6	100	0	54	14	51	0	33	1.43
78988645--78988906	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
78989985--78990009	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
78993037--78993214	40	4.5	40	83	6	195	24	28	22	24	1.99
78993037--78993211	80	2.2	79	84	7	221	25	28	21	24	1.99
78996026--78996125	42	2.4	42	77	5	112	28	19	23	30	1.98
79002087--79002336	40	6.3	40	90	3	292	24	21	28	26	1.99
79002034--79002336	80	3.8	79	84	3	342	25	21	27	26	1.99
79002034--79002336	120	2.5	119	83	3	358	25	21	27	26	1.99
79010079--79010328	40	6.3	39	89	4	286	24	21	28	25	1.99
79010026--79010328	80	3.8	79	83	3	342	25	21	28	25	1.99
79010026--79010328	120	2.5	119	83	3	358	25	21	28	25	1.99
79012727--79012789	27	2.3	27	80	0	72	34	14	25	25	1.94
79012744--79012796	27	2.0	27	85	7	72	35	13	22	28	1.92
79012945--79013090	27	5.4	27	85	1	195	26	20	16	36	1.93
79016722--79016825	33	3.3	33	76	15	94	30	25	22	22	1.99
79016760--79016820	28	2.2	28	87	0	86	31	22	22	22	1.99
79016987--79017062	27	2.9	25	81	11	89	38	22	18	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79017195--79017393	27	7.4	27	79	4	168	25	17	21	36	1.95
79017197--79017393	81	2.4	81	81	1	207	25	17	20	36	1.95
79017198--79017381	54	3.4	54	83	0	215	25	17	21	35	1.95
79021086--79021157	27	2.7	26	72	8	63	37	16	23	22	1.94
79021094--79021169	27	2.8	27	81	0	89	36	19	22	21	1.95
79021314--79021662	27	13.0	27	80	0	358	24	19	20	35	1.96
79025397--79025469	27	2.7	26	79	8	74	35	21	23	19	1.96
79025637--79025846	27	7.8	27	82	2	260	23	21	19	35	1.96
79031679--79031813	45	2.9	47	78	11	134	26	20	18	34	1.96
79031739--79031842	23	4.4	23	79	16	99	26	20	20	32	1.97
79031739--79031842	45	2.2	49	81	10	128	26	20	20	32	1.97
79047198--79047338	40	3.5	40	86	0	194	26	24	24	24	2.00
79051165--79052166	49	20.6	49	98	0	1890	32	8	28	30	1.86
79053582--79053886	165	1.8	165	81	2	380	27	16	25	30	1.96
79055094--79055233	66	2.1	66	89	3	212	37	9	18	35	1.83
79055143--79055189	21	2.2	20	82	10	58	34	12	14	38	1.85
79057325--79057496	40	4.3	40	87	2	204	26	28	20	24	1.99
79061167--79061229	31	2.0	31	100	0	126	49	15	6	28	1.69
79062308--79062344	20	1.9	18	89	10	56	54	8	2	35	1.44
79063913--79063938	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
79066894--79066951	30	1.9	30	82	0	71	50	12	10	27	1.72
79070975--79071086	27	4.2	26	85	7	143	36	22	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79070975--79071086	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
79072514--79072590	24	3.2	24	90	0	109	20	40	3	35	1.71
79076032--79076092	31	2.0	31	100	0	122	27	19	9	42	1.83
79082144--79082268	49	2.5	49	83	3	153	21	27	23	28	1.99
79082289--79082503	46	4.6	47	74	10	163	25	27	19	27	1.99
79082328--79082500	94	1.8	94	82	7	226	25	28	19	26	1.98
79091376--79091444	35	1.9	36	91	2	113	20	24	13	42	1.87
79092453--79092618	56	3.0	55	86	3	208	25	13	26	34	1.93
79094566--79094686	51	2.4	51	80	8	138	29	32	13	24	1.93
79096321--79096358	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79096974--79097047	37	2.0	37	97	0	139	21	28	8	41	1.81
79097121--79097181	30	2.0	30	83	0	77	34	24	3	37	1.72
79103878--79103915	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79110397--79110544	40	3.7	40	94	0	251	30	20	27	21	1.98
79113604--79113687	29	3.0	28	84	8	107	27	30	15	26	1.96
79121348--79121390	21	2.0	21	95	0	77	41	9	27	20	1.83
79130423--79130479	27	2.1	27	83	6	71	26	17	17	38	1.92
79130824--79130863	18	2.2	18	90	0	62	22	27	12	37	1.90
79135035--79135170	56	2.4	56	93	0	227	27	16	24	32	1.96
79149394--79149472	27	2.9	27	90	3	124	32	20	25	21	1.97
79149368--79149472	27	3.9	27	86	2	113	35	19	23	21	1.96
79149368--79149472	55	1.9	54	86	5	149	35	19	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79149578--79149641	26	2.4	27	92	2	103	28	10	25	35	1.89
79151006--79151131	47	2.7	47	89	0	189	26	29	17	26	1.97
79151010--79151321	47	6.6	47	75	12	174	25	28	17	27	1.98
79151156--79151375	46	4.7	47	79	8	175	25	29	17	27	1.97
79153447--79153518	29	2.5	29	83	0	90	26	30	12	30	1.93
79153406--79153518	58	2.0	57	80	5	129	25	29	14	30	1.95
79153592--79153629	19	2.0	19	89	0	58	15	34	18	31	1.92
79153739--79153784	16	2.9	16	80	0	65	15	17	19	47	1.82
79156095--79156433	56	6.2	56	84	6	426	33	23	14	28	1.94
79156095--79156441	168	2.1	164	86	4	477	34	23	14	28	1.93
79156392--79156617	43	5.3	43	84	1	274	32	26	14	26	1.95
79156422--79156617	86	2.3	86	90	0	302	30	27	15	26	1.96
79169127--79169171	15	3.0	15	76	0	54	11	15	13	60	1.60
79171496--79171646	42	3.6	42	78	1	131	31	16	23	28	1.96
79171445--79171618	43	4.0	43	75	6	154	29	15	24	31	1.95
79173400--79173438	18	2.2	18	90	9	62	38	28	10	23	1.87
79177178--79177320	72	2.0	72	92	0	241	24	26	17	31	1.97
79192237--79192420	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
79192237--79192420	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
79192289--79192453	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
79199365--79199474	43	2.6	42	84	5	150	30	18	23	27	1.97
79202066--79202192	46	2.7	47	84	4	150	25	29	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79205965--79206296	48	6.9	48	81	4	339	24	29	18	27	1.98
79205965--79206284	96	3.3	96	82	2	376	23	29	19	27	1.98
79207492--79207640	56	2.6	58	79	10	164	30	17	20	31	1.96
79210046--79210118	37	2.0	37	88	0	110	23	17	24	34	1.96
79211515--79211596	39	2.1	39	95	0	146	32	18	6	42	1.75
79214889--79215107	72	3.0	72	97	0	411	36	21	8	32	1.84
79215119--79215398	51	5.5	51	79	4	183	29	28	16	25	1.96
79215213--79215355	50	2.8	51	82	1	171	30	28	17	23	1.97
79222680--79222800	47	2.6	47	91	0	197	33	7	31	27	1.84
79224264--79224398	40	3.4	39	86	4	171	24	19	23	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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