genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  240  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81800098--81800356	140	1.8	140	81	8	321	26	18	29	25	1.98
81800135--81800356	46	4.7	47	72	18	169	25	18	30	25	1.98
81807316--81807373	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
81807804--81807975	46	3.7	46	75	10	152	25	18	30	25	1.98
81813052--81813108	27	2.1	28	90	3	89	33	17	19	29	1.95
81818912--81818969	25	2.3	24	88	2	80	60	1	3	34	1.24
81821432--81821495	27	2.4	27	86	5	94	20	21	23	34	1.97
81825852--81825907	28	2.0	28	96	0	103	66	3	8	21	1.35
81825852--81825903	17	3.4	17	65	29	53	67	3	7	21	1.32
81827277--81827321	19	2.4	19	85	7	56	73	6	0	20	1.05
81827433--81827472	19	2.1	19	85	0	53	42	2	12	42	1.56
81827697--81827736	8	4.9	8	87	6	62	32	0	0	67	0.91
81827686--81827755	9	7.8	9	79	10	65	28	0	1	70	0.96
81827697--81827736	17	2.4	16	91	4	62	32	0	0	67	0.91
81827741--81827806	27	2.5	25	76	9	69	21	3	6	69	1.24
81834448--81834518	27	2.7	27	77	2	81	43	5	1	49	1.35
81844933--81844999	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
81846323--81846370	23	2.1	22	81	14	53	62	0	0	37	0.95
81849352--81849418	33	2.0	33	100	0	134	29	11	8	49	1.70
81849916--81849955	11	3.5	11	86	13	55	65	2	0	32	1.06
81854690--81854727	19	2.0	19	85	10	51	31	0	2	65	1.06
81857135--81857182	18	2.7	18	93	0	69	35	10	10	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81857142--81857182	18	2.3	18	100	0	82	29	12	9	48	1.72
81861234--81861327	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
81863394--81863487	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
81864718--81864750	8	4.1	8	100	0	66	87	0	12	0	0.53
81868521--81868547	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
81868521--81868550	6	4.8	6	92	8	51	16	0	0	83	0.65
81869154--81869199	22	2.0	23	83	4	58	58	2	2	36	1.22
81869260--81869297	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
81871834--81872019	93	2.0	93	100	0	372	21	24	18	35	1.95
81873808--81873845	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
81876190--81876315	40	3.2	40	89	3	175	23	21	28	26	1.99
81888349--81888631	18	15.3	18	70	11	142	36	15	12	35	1.85
81888349--81888631	36	7.6	36	69	12	160	36	15	12	35	1.85
81888430--81888631	72	2.8	71	80	6	219	37	15	11	35	1.84
81888736--81888766	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
81888811--81889005	45	4.3	45	88	0	273	40	20	19	19	1.92
81889415--81889458	5	8.8	5	97	0	61	27	31	0	40	1.56
81889414--81889465	5	10.2	5	91	4	50	32	28	0	38	1.57
81890841--81890875	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
81890841--81890887	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
81890841--81890883	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
81894716--81894748	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81895029--81895210	46	4.0	46	89	1	240	20	23	14	41	1.90
81901975--81902010	3	12.0	3	87	0	54	0	27	0	72	0.85
81905784--81905962	40	4.5	40	88	4	240	24	21	26	27	1.99
81924559--81924595	19	2.0	20	89	10	60	64	5	13	16	1.45
81937857--81937898	20	2.1	20	86	0	57	30	0	19	50	1.48
81940136--81940197	25	2.5	25	81	2	81	17	17	17	46	1.84
81942293--81942349	26	2.2	26	96	0	105	19	33	10	36	1.86
81945594--81945807	107	2.0	107	97	0	401	32	13	15	38	1.87
81959276--81959501	96	2.4	95	83	3	292	26	17	30	25	1.98
81959227--81959490	48	5.5	48	80	2	264	27	17	29	25	1.97
81961262--81961542	49	5.7	49	79	5	305	28	25	19	26	1.98
81961255--81961536	100	2.8	99	89	2	440	29	25	19	26	1.98
81971701--81971727	14	1.9	14	100	0	54	33	29	0	37	1.58
81984778--81984844	34	1.9	34	82	8	82	71	1	7	19	1.17
81986770--81986883	55	2.1	55	83	6	142	18	27	28	25	1.98
81992360--81992461	28	3.6	28	78	5	116	27	14	31	26	1.95
81992360--81992486	56	2.3	56	88	0	182	27	17	29	25	1.97
81992387--81992486	28	3.6	28	80	0	119	28	18	29	25	1.98
81992361--81992521	56	2.9	56	84	5	175	28	16	29	25	1.96
81992593--81992659	32	2.1	32	91	2	109	40	8	22	28	1.84
81995979--81996036	30	1.9	30	86	6	82	22	31	27	18	1.97
81999304--81999572	48	5.6	48	77	11	241	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81999301--81999579	96	2.9	95	81	5	312	29	18	27	24	1.98
81999992--82000057	31	2.1	31	97	0	123	34	22	22	19	1.96
82009985--82010037	22	2.4	22	100	0	106	11	22	43	22	1.85
82016402--82016441	20	2.0	20	85	9	55	67	0	7	25	1.16
82017566--82017638	15	5.0	16	69	24	54	53	0	26	20	1.46
82026367--82026440	29	2.6	29	89	4	105	25	32	16	25	1.96
82037414--82037478	22	3.0	22	86	8	96	12	0	52	35	1.39
82037442--82037527	31	2.8	31	96	0	154	13	0	50	36	1.43
82037460--82037514	9	5.7	9	80	16	65	14	0	50	34	1.43
82037580--82037604	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
82037958--82038227	68	4.0	68	92	0	443	28	23	22	25	2.00
82046819--82046865	19	2.5	19	86	6	60	42	10	21	25	1.85
82049219--82049541	162	2.0	162	95	1	585	34	16	20	28	1.94
82050053--82050082	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
82053428--82053645	40	5.5	39	84	9	248	23	22	27	25	2.00
82053428--82053645	80	2.7	80	87	4	282	23	22	27	25	2.00
82057264--82057298	18	1.9	18	88	11	54	77	0	11	11	1.00
82057286--82057326	22	1.9	21	85	5	55	68	7	19	4	1.32
82057970--82058029	3	20.0	3	92	0	102	33	3	0	63	1.11
82058546--82058605	18	3.3	18	72	9	50	43	10	16	30	1.81
82062773--82062930	42	3.7	42	79	6	174	24	17	25	33	1.96
82062773--82062938	87	1.9	87	86	3	237	23	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82074379--82074422	23	2.0	22	82	13	54	34	15	2	47	1.58
82077643--82077736	49	1.9	49	82	4	118	46	6	20	26	1.74
82082001--82082044	19	2.3	19	88	0	61	11	31	31	25	1.91
82083760--82084121	46	7.6	49	73	13	201	24	28	19	27	1.98
82083949--82084124	94	1.9	94	88	4	266	23	29	19	27	1.98
82089073--82089187	7	17.1	7	71	25	81	59	0	4	36	1.18
82089073--82089188	20	5.8	19	79	14	119	59	0	4	36	1.17
82090636--82090672	4	9.2	4	100	0	74	27	0	0	72	0.84
82095337--82095488	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
82095337--82095488	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
82098591--82098640	24	2.1	23	82	10	57	50	2	4	44	1.32
82104947--82105129	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
82104983--82105164	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
82107583--82107607	12	2.1	12	100	0	50	24	16	44	16	1.86
82109123--82109240	59	2.0	59	98	0	227	17	18	33	30	1.95
82113099--82113270	79	2.2	79	82	3	211	25	21	27	25	1.99
82113046--82113268	40	5.6	39	80	8	200	26	21	26	25	1.99
82126903--82127006	44	2.4	43	80	4	111	33	22	14	29	1.93
82128936--82128980	16	2.9	15	83	9	54	82	4	13	0	0.82
82128935--82128984	9	6.2	8	76	15	50	82	4	14	0	0.82
82129399--82129720	42	7.7	42	89	1	486	22	20	24	32	1.98
82132304--82132561	43	6.0	43	77	4	232	26	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82132361--82132561	87	2.3	85	80	11	214	26	26	15	30	1.96
82134984--82135115	34	4.0	34	80	16	161	62	5	6	25	1.41
82134997--82135091	30	3.0	30	79	19	113	63	6	5	25	1.40
82135059--82135115	19	3.2	18	68	27	50	61	5	7	26	1.43
82136665--82136694	10	3.0	10	95	0	51	10	13	0	76	1.01
82136808--82136833	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
82138231--82138414	79	2.3	81	84	7	234	23	27	22	25	2.00
82138212--82138415	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
82183564--82183615	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
82189179--82189232	25	2.2	25	83	9	58	48	3	22	24	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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