genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88102282--88102413	40	3.3	39	87	5	176	27	28	20	24	1.99
88102394--88102819	213	2.0	213	98	0	825	31	25	15	27	1.95
88105261--88105345	43	2.0	42	88	2	125	23	37	14	24	1.92
88108373--88108555	40	4.6	39	75	11	158	26	27	21	25	1.99
88108401--88108504	39	2.6	40	90	1	165	25	28	20	25	1.99
88108340--88108557	79	2.8	80	77	8	198	26	26	21	26	1.99
88112870--88112934	29	2.2	29	83	5	87	24	24	36	13	1.92
88119343--88120018	47	14.4	47	91	0	965	27	30	8	32	1.87
88135007--88135652	47	13.5	47	91	4	826	28	29	8	33	1.87
88138157--88138340	40	4.7	40	84	11	213	25	22	27	25	2.00
88138208--88138373	79	2.1	79	80	10	189	26	21	27	25	1.99
88143203--88143281	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
88143331--88143559	115	2.0	115	97	0	431	28	26	16	28	1.97
88143515--88143974	47	9.7	47	92	0	704	29	27	8	34	1.87
88148594--88148718	26	4.9	26	68	10	69	40	8	16	36	1.77
88153521--88153550	15	1.9	16	93	6	53	60	6	6	26	1.47
88153902--88153948	11	4.2	11	82	12	60	23	8	6	61	1.48
88153902--88153948	24	2.0	24	91	4	78	23	8	6	61	1.48
88162926--88163369	67	6.7	66	81	2	399	26	21	14	37	1.92
88162921--88163369	134	3.4	131	78	6	458	26	21	15	37	1.93
88166258--88166325	5	13.6	5	96	0	127	38	0	20	41	1.53
88169358--88169535	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88181064--88181105	20	2.1	20	90	0	66	23	35	2	38	1.68
88185158--88185228	35	2.0	35	94	0	124	23	12	12	50	1.75
88195468--88195618	76	2.0	76	98	0	293	39	1	20	37	1.64
88199851--88200035	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
88199852--88200035	40	4.6	40	80	9	198	24	23	27	24	2.00
88199904--88200068	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	2.00
88203922--88204106	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
88203923--88204106	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
88203923--88204139	79	2.7	79	80	7	192	26	22	27	23	1.99
88207854--88207897	16	2.8	16	86	3	63	72	0	9	18	1.10
88209165--88209309	38	3.8	38	90	0	218	13	20	28	37	1.90
88209307--88209362	28	2.0	28	96	0	103	37	7	16	39	1.76
88226098--88226151	21	2.6	21	96	0	99	14	25	31	27	1.95
88229450--88229538	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
88229450--88229529	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
88229461--88229538	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
88235004--88235176	46	3.7	46	79	13	210	28	29	20	21	1.98
88235012--88235182	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
88239440--88239567	47	2.7	47	82	0	139	32	28	17	22	1.96
88244189--88244227	18	2.2	18	95	0	69	7	58	7	25	1.52
88245740--88245910	46	3.8	44	73	10	148	25	29	18	26	1.98
88253134--88253163	7	4.4	7	91	8	53	30	26	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88257352--88257410	29	2.0	29	100	0	118	22	10	6	61	1.51
88259071--88259105	18	2.0	17	88	5	52	11	22	45	20	1.82
88260886--88260937	24	2.2	24	83	6	63	32	3	7	55	1.46
88260900--88260951	24	2.2	24	89	0	77	32	1	7	57	1.38
88265998--88266076	41	2.0	40	94	2	140	54	21	1	22	1.52
88270295--88270462	29	6.0	28	83	6	198	19	14	5	60	1.55
88270988--88271146	85	1.9	85	91	0	264	33	16	19	30	1.94
88270997--88271134	38	3.2	45	71	21	148	31	16	21	31	1.95
88272270--88272338	16	4.2	16	92	3	120	26	0	36	37	1.57
88272270--88272338	33	2.1	32	94	2	120	26	0	36	37	1.57
88272319--88272409	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
88272554--88272608	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
88272560--88272608	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
88272461--88272776	156	2.0	157	96	0	589	43	3	6	47	1.43
88272730--88272764	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
88275277--88275308	13	2.5	13	94	0	55	40	3	25	31	1.71
88276237--88276285	21	2.3	21	96	0	89	40	8	4	46	1.52
88280844--88280913	25	2.7	26	91	2	106	22	20	32	24	1.97
88280847--88280913	26	2.6	25	90	2	98	22	20	32	23	1.98
88283080--88283139	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
88299192--88299251	30	2.0	30	100	0	120	36	0	20	43	1.52
88301006--88301185	63	2.9	63	86	0	243	26	7	31	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88301617--88301660	20	2.1	21	88	12	65	70	0	6	22	1.11
88301626--88301666	20	2.0	20	86	9	57	73	0	9	17	1.09
88301705--88301752	21	2.3	21	77	0	51	39	0	25	35	1.56
88306546--88306589	17	2.5	17	89	10	63	31	0	2	65	1.05
88306871--88307029	83	2.0	78	84	10	205	25	5	13	55	1.59
88307115--88307150	19	1.9	19	88	5	56	36	0	2	61	1.11
88310110--88310208	51	1.9	53	81	4	121	41	12	22	24	1.87
88310333--88310396	28	2.3	28	81	5	76	42	9	23	25	1.84
88313620--88313649	9	3.3	9	90	0	51	46	0	0	53	1.00
88316873--88317089	46	4.7	46	81	9	210	27	17	29	24	1.98
88330663--88330819	57	2.7	58	89	4	228	29	34	17	19	1.94
88330718--88330848	29	4.6	29	78	1	156	29	36	16	17	1.92
88330718--88330878	86	1.9	86	93	0	277	29	36	16	18	1.93
88332800--88332859	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
88332814--88332876	28	2.2	28	91	0	99	28	28	11	31	1.91
88337814--88337854	18	2.3	18	91	0	64	34	21	17	26	1.95
88339904--88340010	42	2.5	42	83	6	124	26	13	25	35	1.92
88344913--88345175	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
88344952--88345210	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
88352866--88353128	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
88352905--88353163	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
88360399--88360476	41	1.9	41	97	0	147	28	14	14	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88363410--88363676	56	4.8	56	90	1	383	34	24	14	27	1.94
88365780--88365844	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
88365950--88366040	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
88365950--88366065	56	2.1	55	82	9	137	19	24	21	34	1.96
88367130--88367163	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
88376174--88376238	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
88376364--88376453	27	3.3	27	79	4	99	20	24	20	35	1.96
88378085--88378115	12	2.6	12	100	0	62	45	16	9	29	1.79
88379948--88379974	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
88382907--88383152	56	4.4	56	84	2	341	34	22	14	28	1.93
88389845--88389879	18	1.9	19	88	11	56	34	14	28	22	1.93
88395844--88395885	20	2.1	20	86	0	57	38	11	0	50	1.40
88396193--88396230	16	2.4	17	86	13	62	26	10	0	63	1.27
88412299--88412324	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
88412815--88412935	41	3.0	41	93	0	206	27	30	21	20	1.98
88413173--88413496	27	12.0	26	76	6	234	30	9	20	39	1.84
88413176--88413496	54	5.9	54	78	2	286	30	9	20	40	1.83
88413202--88413508	81	3.8	81	82	6	282	29	8	20	41	1.82
88413305--88413536	81	2.9	81	81	3	191	29	11	21	37	1.88
88416212--88416237	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
88416726--88416808	41	2.0	41	90	0	130	28	28	19	22	1.98
88417045--88417340	27	11.0	27	81	4	310	31	8	18	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88420003--88420080	41	1.9	41	100	0	156	37	14	15	33	1.87
88433807--88433844	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
88438102--88438139	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
88438140--88438336	84	2.5	73	82	16	286	28	6	24	40	1.79
88438142--88438311	84	2.0	84	98	0	331	28	4	26	40	1.76
88443262--88443306	23	2.0	23	90	0	72	46	8	4	40	1.55
88445113--88445158	19	2.4	19	80	20	51	34	10	4	50	1.57
88451063--88451174	59	1.9	59	83	3	145	51	13	9	25	1.71
88451190--88451351	83	2.0	82	83	9	204	45	9	11	32	1.74
88451345--88451743	79	5.1	79	89	3	508	39	12	14	33	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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