genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9985015--9985074	22	2.7	22	77	10	68	36	23	20	20	1.95
9985463--9986463	27	37.2	27	86	2	1271	26	19	17	36	1.94
9986419--9986679	80	3.2	81	82	3	242	27	8	22	41	1.81
9986422--9986679	27	9.7	26	88	2	282	27	7	22	42	1.81
9986421--9986686	107	2.5	107	83	3	311	28	7	22	41	1.81
9988393--9988563	47	3.7	46	94	3	281	28	8	12	50	1.68
9997739--9997873	57	2.4	57	91	0	207	44	8	16	30	1.78
10006174--10006235	31	2.0	31	96	0	115	53	11	16	19	1.72
10010063--10010175	42	2.6	44	80	8	135	32	23	18	24	1.97
10014782--10014829	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
10016487--10016531	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
10017515--10017562	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
10017794--10017841	13	3.6	13	80	5	60	81	4	4	10	0.97
10017805--10017841	15	2.5	15	95	0	65	83	2	2	10	0.84
10017817--10017854	19	2.0	19	89	0	58	78	2	5	13	1.02
10017817--10017854	17	2.1	18	90	9	60	78	2	5	13	1.02
10021698--10021757	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
10021704--10021751	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
10024194--10024313	24	4.9	23	70	22	84	3	18	3	75	1.09
10024217--10024256	14	2.9	14	85	7	55	0	17	5	77	0.94
10024194--10024316	19	6.7	18	72	20	71	3	17	3	75	1.07
10024274--10024347	12	6.2	11	72	18	51	4	20	1	74	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10024194--10024316	25	5.0	24	70	20	96	3	17	3	75	1.07
10024194--10024316	6	20.3	6	70	20	71	3	17	3	75	1.07
10024302--10024352	25	2.1	24	85	10	68	7	23	1	66	1.28
10030929--10031004	39	1.9	39	97	0	143	32	10	11	44	1.75
10034031--10034057	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
10034031--10034079	10	4.8	10	85	5	53	36	32	8	22	1.84
10037523--10037645	65	1.9	65	94	0	219	40	17	15	26	1.89
10037648--10037704	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
10038961--10039003	13	3.3	12	78	15	50	69	0	27	2	1.00
10043307--10043355	6	8.3	6	78	13	57	79	2	16	2	0.92
10047514--10047697	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
10047514--10047697	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
10047566--10047730	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
10066298--10066398	29	3.5	29	85	5	125	25	28	14	30	1.95
10066328--10066417	29	3.1	29	86	0	117	27	28	14	28	1.95
10071108--10071290	66	2.8	66	92	2	298	33	14	29	22	1.94
10072754--10073383	314	2.0	314	100	0	1260	30	25	23	20	1.99
10077028--10077076	16	2.9	16	85	11	55	57	8	0	34	1.29
10078497--10078680	41	4.5	41	86	3	246	36	23	20	19	1.95
10079578--10079625	24	2.0	25	83	4	62	43	14	0	41	1.45
10081737--10082061	160	2.0	162	89	3	503	24	15	19	40	1.90
10086837--10087074	101	2.4	98	82	8	252	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10093467--10093692	50	4.5	50	81	8	253	23	18	27	30	1.98
10093463--10093704	101	2.4	97	83	6	272	23	19	27	29	1.98
10099403--10099509	55	1.9	56	86	3	153	25	21	12	41	1.87
10100141--10100187	20	2.3	20	88	0	67	31	19	27	21	1.97
10100356--10100483	51	2.5	51	79	5	125	28	14	27	29	1.95
10106920--10107022	34	2.9	34	80	8	125	33	8	15	42	1.78
10106920--10107004	37	2.4	37	84	5	104	32	9	14	43	1.77
10107067--10107107	9	4.4	9	81	6	55	21	0	19	58	1.39
10107067--10107107	19	2.2	19	86	4	57	21	0	19	58	1.39
10111051--10111153	34	2.9	34	83	8	134	33	8	14	42	1.77
10111198--10111256	9	6.4	9	84	3	82	22	1	20	55	1.52
10116523--10116570	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
10116517--10116560	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
10116517--10116576	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
10119825--10119880	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
10121199--10121246	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
10121193--10121252	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
10124487--10124542	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
10125612--10125646	9	3.8	9	92	3	52	2	8	5	82	0.91
10125865--10125921	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
10130132--10131457	672	2.0	672	96	0	2451	39	16	17	26	1.91
10133496--10133650	42	3.7	42	79	7	147	25	14	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10139848--10139920	36	2.0	36	100	0	146	42	24	2	30	1.69
10142995--10143055	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
10146356--10146618	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
10146356--10146618	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
10146550--10146627	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
10154302--10154566	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
10154269--10154566	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
10154498--10154575	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
10167950--10167999	25	2.0	25	81	14	59	48	16	2	34	1.57
10169553--10169622	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
10169825--10170120	27	11.0	27	89	0	432	23	21	20	34	1.97
10170109--10170331	27	8.3	27	83	2	225	32	9	20	37	1.84
10170299--10170517	27	8.1	27	87	1	271	40	7	22	29	1.82
10170299--10170517	54	4.1	54	87	1	307	40	7	22	29	1.82
10170299--10170517	81	2.7	81	86	2	307	40	7	22	29	1.82
10170516--10170668	27	5.7	25	73	11	126	30	9	20	39	1.85
10170497--10170675	80	2.2	82	88	4	256	31	10	18	38	1.85
10170527--10170668	54	2.6	54	80	9	175	30	9	19	40	1.84
10170525--10170668	53	2.7	52	81	11	168	31	9	19	39	1.84
10182500--10182544	19	2.5	19	82	13	51	28	28	15	26	1.96
10182448--10182544	30	3.2	30	68	8	81	28	28	15	26	1.96
10183402--10183450	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10184215--10184268	13	4.2	13	92	4	92	77	7	1	12	1.05
10184215--10184268	25	2.1	25	93	3	90	77	7	1	12	1.05
10184223--10184280	12	4.7	12	93	4	89	77	6	1	13	1.05
10184902--10184932	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
10187113--10187209	30	3.2	30	75	2	106	29	27	14	27	1.95
10193269--10193332	18	3.7	18	70	16	55	62	1	29	6	1.29
10195338--10195373	10	3.6	10	88	0	54	25	25	16	33	1.96
10196513--10196560	20	2.4	20	71	0	51	20	27	18	33	1.96
10201906--10201930	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
10202155--10202202	10	4.7	10	80	14	53	39	22	22	14	1.91
10204515--10204579	6	10.5	6	74	22	55	76	3	16	3	1.03
10204514--10204586	23	3.2	23	81	11	89	76	2	17	2	1.02
10207854--10207885	16	2.0	16	93	0	55	40	18	9	31	1.83
10210117--10210160	22	2.0	22	100	0	88	68	18	0	13	1.22
10214081--10214414	39	8.5	39	96	0	587	18	23	29	28	1.98
10221977--10222007	14	2.2	14	94	0	53	12	38	6	41	1.69
10224094--10224149	24	2.3	24	90	9	96	23	16	26	33	1.95
10224139--10224218	27	3.0	27	84	0	106	32	20	21	26	1.97
10224204--10224388	27	6.9	27	78	7	169	40	21	7	31	1.80
10224350--10224557	27	8.0	26	78	13	171	29	21	8	41	1.82
10224376--10224551	54	3.4	54	82	12	251	28	20	7	42	1.80
10224401--10224546	46	3.0	47	81	12	195	28	20	7	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10224376--10224519	73	2.0	73	88	2	218	27	20	8	43	1.81
10224935--10225012	6	12.8	6	74	17	72	17	16	16	48	1.81
10224935--10225012	31	2.6	30	89	2	111	17	16	16	48	1.81
10229309--10229430	46	2.7	46	94	0	208	29	28	21	20	1.98
10229307--10229449	46	3.1	45	86	4	137	29	28	20	20	1.98
10231681--10231766	18	4.6	18	73	8	73	6	19	2	70	1.21
10236203--10236228	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
10236711--10236884	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
10236712--10236867	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
10243540--10243717	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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