genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23757587--23757625	19	2.1	19	90	0	60	23	5	23	48	1.70
23760166--23760201	10	3.6	10	88	0	54	61	19	8	11	1.54
23774968--23775125	40	4.0	40	86	0	199	25	28	22	23	1.99
23784405--23784628	40	5.6	40	82	9	251	26	25	23	24	2.00
23784405--23784628	83	2.8	80	82	5	274	26	25	23	24	2.00
23786634--23786696	21	3.2	21	63	28	57	44	23	1	30	1.63
23786625--23786697	37	2.0	37	100	0	146	41	23	2	32	1.69
23790442--23790486	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
23795796--23795837	17	2.4	18	84	11	61	19	11	23	45	1.83
23807922--23807955	15	2.3	15	89	0	50	8	23	11	55	1.63
23809744--23809920	40	4.4	40	84	4	225	24	22	27	25	1.99
23810148--23810189	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
23814292--23814742	226	2.0	226	96	0	839	23	21	27	28	1.99
23820949--23820977	14	2.0	15	93	6	51	75	0	6	17	1.01
23824214--23824278	21	3.3	21	62	16	57	18	40	15	26	1.90
23824209--23824286	38	2.1	38	100	0	156	24	38	12	24	1.90
23827302--23827366	21	3.3	21	62	16	57	18	40	15	26	1.90
23827297--23827374	38	2.1	38	100	0	156	24	38	12	24	1.90
23832042--23832152	27	4.2	26	88	5	150	36	22	24	16	1.94
23832305--23832345	21	2.0	21	100	0	82	29	19	17	34	1.94
23833557--23833633	24	3.2	24	94	0	127	20	40	5	33	1.75
23843399--23843646	47	5.3	47	96	0	424	29	29	6	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23843474--23843596	22	5.3	22	66	18	79	26	30	8	34	1.86
23845495--23845519	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23858566--23858625	30	2.0	30	90	0	93	40	6	23	30	1.80
23863021--23863177	43	3.6	42	70	15	106	26	15	27	31	1.96
23863739--23863793	26	2.1	26	96	0	101	29	10	21	38	1.88
23867614--23867881	40	6.7	40	95	2	477	25	27	22	24	2.00
23877690--23877775	44	2.0	43	88	8	131	31	25	19	23	1.98
23878109--23878156	20	2.4	20	96	0	87	68	14	0	16	1.21
23878770--23878826	27	2.2	26	87	3	78	36	14	15	33	1.88
23878770--23878835	26	2.5	27	82	7	82	34	13	19	31	1.91
23879258--23879303	23	2.0	23	100	0	92	39	21	21	17	1.93
23884021--23884142	43	2.8	43	77	2	138	29	16	21	32	1.95
23884027--23884134	42	2.5	42	75	1	117	31	17	20	30	1.96
23884928--23884993	30	2.4	28	90	10	100	24	4	24	46	1.71
23884941--23885003	30	2.1	29	88	8	92	20	4	22	52	1.65
23891310--23891922	306	2.0	307	98	0	1183	28	23	18	29	1.98
23897327--23897396	13	5.0	14	73	20	58	44	0	2	52	1.15
23899809--23899849	20	2.0	20	86	9	57	36	7	12	43	1.70
23902598--23902753	48	3.2	49	75	11	169	21	26	22	30	1.99
23902745--23902772	11	2.5	11	100	0	56	25	35	10	28	1.89
23902756--23902874	46	2.6	45	84	10	145	22	30	16	30	1.96
23903523--23903573	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23932370--23932441	24	3.0	23	76	6	72	16	43	4	36	1.68
23944389--23944599	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
23946676--23946796	52	2.3	52	90	4	183	28	29	13	28	1.94
23949781--23949808	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
23961566--23961610	16	2.8	16	80	10	56	42	2	2	53	1.25
23964714--23964767	24	2.3	23	74	3	54	20	25	22	31	1.98
23965694--23965729	17	2.1	17	89	0	54	13	16	41	27	1.87
23968565--23969145	49	12.1	49	95	1	843	32	9	29	29	1.88
23985243--23985413	43	4.0	43	75	6	150	33	23	14	28	1.94
23985245--23985410	86	1.9	85	82	3	208	32	23	15	28	1.95
23997842--23998104	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
23997881--23998139	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
24002979--24003105	50	2.6	50	89	1	184	32	26	16	24	1.96
24010348--24010530	50	3.7	48	81	5	195	29	25	18	27	1.98
24011523--24011623	49	2.1	49	94	0	175	40	19	8	30	1.82
24011989--24012251	47	5.6	46	76	9	205	28	18	29	22	1.98
24013996--24014212	40	5.5	40	83	6	246	23	23	28	24	1.99
24013996--24014212	79	2.7	80	80	10	241	23	23	28	24	1.99
24013996--24014212	119	1.8	119	82	7	280	23	23	28	24	1.99
24023445--24023704	40	6.6	40	83	4	287	23	22	27	25	2.00
24031125--24031297	27	6.4	27	80	5	188	34	19	21	24	1.96
24031135--24031290	54	2.9	54	94	0	258	33	19	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24031671--24031698	8	3.5	8	100	0	56	28	35	35	0	1.58
24031956--24032007	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
24039272--24039495	79	2.8	79	86	6	301	25	27	22	24	2.00
24039253--24039495	40	6.1	40	85	6	293	25	27	22	24	2.00
24049037--24049099	30	2.1	29	91	2	99	36	22	15	25	1.94
24053608--24053807	27	7.4	27	86	0	256	35	19	20	25	1.95
24054455--24054507	27	2.0	27	88	0	79	22	22	20	33	1.97
24063870--24064038	27	6.4	27	82	5	202	33	19	21	24	1.97
24065826--24065867	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
24073104--24073215	42	2.6	43	81	1	127	29	26	16	27	1.97
24075573--24075643	36	2.0	36	91	0	115	21	25	32	21	1.98
24078509--24078702	96	2.0	96	100	0	388	31	14	21	32	1.93
24083055--24083080	8	3.2	8	100	0	52	73	0	0	26	0.84
24089363--24089387	13	1.9	13	100	0	50	32	44	16	8	1.76
24095036--24095187	42	3.6	42	81	1	160	30	14	26	28	1.95
24108798--24108856	25	2.4	25	85	5	75	27	22	18	32	1.97
24110547--24110684	40	3.4	42	84	8	162	31	23	19	24	1.98
24115723--24115841	43	2.8	43	86	0	175	26	16	26	29	1.97
24116250--24116326	27	2.9	27	88	0	73	40	19	9	31	1.83
24116311--24116372	27	2.3	27	88	0	88	35	29	6	29	1.82
24116322--24116515	27	6.8	27	78	13	156	29	25	7	37	1.83
24116322--24116515	54	3.4	54	74	13	172	29	25	7	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24116383--24116517	27	5.0	27	88	0	164	30	21	8	40	1.82
24116494--24116797	27	11.2	27	75	10	165	38	20	9	31	1.85
24116508--24116779	54	5.0	53	77	9	201	39	18	10	31	1.85
24116494--24116688	81	2.4	81	87	2	268	38	21	9	30	1.85
24116494--24116741	81	3.0	81	82	8	265	39	20	9	30	1.84
24116817--24116894	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
24118136--24118206	20	3.5	20	90	0	115	35	12	21	30	1.91
24118253--24118469	25	9.0	24	89	5	291	27	20	22	29	1.99
24118663--24118726	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
24124757--24125018	43	6.0	43	85	7	348	24	17	29	29	1.97
24125206--24125262	28	2.0	28	96	0	105	28	14	28	29	1.95
24128691--24128905	46	4.6	48	73	5	161	25	25	18	31	1.98
24128691--24128905	94	2.3	94	81	1	252	25	25	18	31	1.98
24135676--24135844	49	3.4	49	97	0	311	28	27	18	24	1.98
24136872--24136910	16	2.4	16	100	0	78	30	28	10	30	1.90
24152446--24152506	28	2.2	28	78	0	68	32	21	18	27	1.96
24153739--24153849	57	2.0	57	83	5	145	27	31	14	27	1.95
24153736--24153847	28	4.0	28	84	2	127	27	31	14	26	1.95
24154063--24154121	16	3.7	16	81	0	73	11	22	15	50	1.76
24154063--24154123	32	1.9	32	89	0	95	11	21	16	50	1.76
24162816--24162840	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
24168331--24168479	49	3.2	45	73	10	124	25	27	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24168457--24168670	46	4.6	48	79	6	208	24	26	19	29	1.98
24168457--24168670	94	2.3	93	83	7	247	24	26	19	29	1.98
24171572--24171710	65	2.1	65	78	13	151	27	13	7	51	1.69
24174062--24174121	30	2.0	30	84	12	79	26	23	31	18	1.97
24174487--24174536	18	2.7	19	87	12	61	30	0	8	62	1.24
24174495--24174536	18	2.3	18	92	8	68	30	0	4	64	1.14
24178390--24178429	21	1.9	21	85	10	55	35	5	2	57	1.34
24179098--24179169	36	2.0	37	86	2	101	58	2	5	33	1.36
24179093--24179153	17	3.5	17	70	16	52	57	4	3	34	1.36
24179722--24179774	26	2.0	26	82	7	63	58	1	1	37	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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