genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72444104--72445219	48	23.3	48	98	0	2126	35	6	26	31	1.81
72445364--72445456	37	2.5	37	94	0	159	24	20	30	24	1.99
72449652--72449717	29	2.3	29	94	2	116	31	27	16	24	1.96
72449939--72449973	16	2.2	16	89	0	52	8	20	20	51	1.73
72456084--72456133	23	2.2	23	85	7	66	26	20	18	36	1.95
72456173--72456230	24	2.5	22	81	10	71	29	22	17	31	1.96
72456186--72456240	24	2.3	24	90	0	92	29	23	14	32	1.94
72459012--72459188	40	4.4	40	90	3	252	24	22	28	25	1.99
72461055--72461200	40	3.6	40	83	8	188	34	26	15	23	1.94
72462016--72462151	51	2.7	51	78	0	164	41	5	13	39	1.68
72463868--72464154	96	3.0	96	93	0	466	35	17	34	12	1.87
72465064--72465199	51	2.7	51	78	0	164	41	5	13	39	1.68
72471639--72471814	56	3.1	56	83	0	235	35	22	14	28	1.93
72478375--72478520	75	1.9	75	98	0	283	24	15	27	32	1.96
72478381--72478538	75	2.1	75	92	0	262	24	15	28	32	1.95
72481288--72481347	26	2.3	27	88	2	86	16	23	23	36	1.94
72485648--72485863	119	1.8	120	82	7	278	26	26	20	25	1.99
72485646--72485870	40	5.7	40	82	6	260	26	27	21	24	1.99
72488366--72488489	41	3.0	41	96	0	221	30	15	20	33	1.94
72492566--72492738	46	3.7	46	77	11	183	21	19	27	31	1.98
72492563--72492733	93	1.8	93	92	2	290	21	19	28	30	1.98
72492963--72493000	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72494774--72494928	43	3.7	42	79	4	159	31	27	16	25	1.96
72500677--72500740	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72500935--72501028	25	3.9	23	84	10	109	25	23	22	28	1.99
72500954--72501028	25	3.0	24	92	3	114	26	21	21	30	1.98
72501166--72501236	20	3.5	20	92	0	115	33	19	11	35	1.88
72501171--72501225	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
72501273--72501320	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
72502477--72502554	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
72502572--72502836	27	9.8	27	76	6	178	31	10	18	39	1.85
72502657--72502835	54	3.3	54	84	9	215	30	9	18	40	1.83
72502829--72502958	27	4.8	27	86	0	161	36	7	25	30	1.84
72505325--72505448	29	4.4	28	78	4	131	29	27	14	28	1.95
72505665--72505710	24	2.0	23	86	4	65	4	15	23	56	1.57
72512683--72512787	53	2.0	53	94	0	183	34	19	24	21	1.96
72514004--72514116	40	2.8	40	91	2	174	24	21	25	28	1.99
72521859--72522163	40	7.7	40	91	3	438	24	21	27	26	1.99
72524342--72524430	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72524342--72524421	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72524353--72524430	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72528599--72528822	40	5.6	39	81	7	204	23	25	23	27	2.00
72528599--72528822	80	2.8	80	81	5	256	23	25	23	27	2.00
72538639--72538731	42	2.2	43	81	11	111	26	18	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72541937--72542156	46	4.7	46	72	15	150	21	28	20	30	1.98
72547868--72548157	56	5.2	56	90	0	463	29	13	23	33	1.93
72550881--72551576	47	14.6	49	90	4	1077	32	8	29	29	1.87
72550881--72551576	96	7.3	96	93	2	1129	32	8	29	29	1.87
72553451--72553510	31	1.9	32	86	3	86	16	11	23	48	1.79
72567736--72568014	146	1.9	146	85	2	391	33	20	16	29	1.95
72571769--72571829	29	2.1	29	90	3	97	31	14	24	29	1.95
72571781--72571861	29	2.8	29	84	0	90	29	16	27	27	1.97
72572831--72572869	15	2.6	15	87	0	60	30	7	15	46	1.74
72574179--72574271	29	3.3	28	83	4	125	26	12	31	29	1.93
72575464--72575497	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
72579856--72579905	10	5.0	10	79	13	50	22	10	2	66	1.32
72580614--72580685	38	1.9	37	91	2	117	27	12	1	58	1.43
72583255--72583313	29	2.1	28	87	6	91	23	32	0	42	1.54
72585462--72585677	40	5.4	38	84	7	191	25	20	27	26	1.99
72585468--72585677	80	2.6	80	82	3	228	24	20	28	26	1.99
72585468--72585712	80	3.1	80	79	3	210	26	20	28	25	1.99
72587643--72587798	81	1.9	81	96	0	285	29	19	25	25	1.98
72592652--72592687	19	1.9	18	94	5	63	27	0	0	72	0.85
72593809--72593988	96	1.9	97	89	5	285	26	15	26	31	1.96
72595556--72595732	67	2.6	68	80	8	195	31	15	31	21	1.94
72603625--72603700	39	2.0	39	82	7	93	30	11	3	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72605926--72606159	48	5.0	48	77	7	237	26	26	20	25	1.99
72607632--72607698	32	2.1	32	100	0	134	34	11	13	40	1.81
72607832--72607864	18	1.9	17	88	11	50	48	9	12	30	1.71
72609164--72609201	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
72609926--72609953	14	2.0	14	100	0	56	28	0	14	57	1.38
72613932--72614027	28	3.4	28	88	2	122	26	11	29	33	1.91
72616566--72616630	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
72616736--72616826	28	3.2	28	89	4	130	20	23	23	32	1.98
72616736--72616851	56	2.1	55	80	9	128	19	23	21	35	1.96
72624190--72624219	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
72624471--72624535	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
72624641--72624731	28	3.2	28	89	4	130	20	23	23	32	1.98
72624641--72624756	56	2.1	55	80	9	128	19	23	21	35	1.96
72625032--72625204	87	2.0	87	98	0	337	20	22	27	29	1.98
72627645--72627918	90	3.0	89	77	9	295	33	16	24	25	1.96
72628606--72628647	21	2.0	20	82	13	50	50	4	9	35	1.56
72639291--72639354	30	2.2	29	91	2	101	26	12	21	39	1.89
72639628--72639657	15	2.0	15	100	0	60	46	6	20	26	1.75
72649629--72649813	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
72649610--72649813	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
72654495--72654600	6	17.3	6	79	14	119	48	16	17	17	1.82
72654509--72654600	37	2.5	37	94	0	157	47	16	18	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72654718--72654837	27	4.5	26	85	5	150	39	21	23	15	1.92
72654718--72654840	54	2.3	54	87	1	167	39	21	22	17	1.93
72655112--72655411	81	3.7	81	87	0	431	25	20	17	36	1.94
72655108--72655404	27	11.0	27	86	0	369	24	20	18	36	1.95
72655460--72655552	27	3.4	27	83	2	107	33	9	19	37	1.84
72655451--72655708	81	3.2	81	81	3	227	31	9	20	38	1.85
72655504--72655708	27	7.6	27	88	1	252	31	8	20	39	1.83
72655451--72655708	54	4.8	54	82	2	252	31	9	20	38	1.85
72655586--72655724	27	5.2	25	79	14	86	32	8	20	38	1.83
72657658--72657742	6	13.8	6	74	18	77	50	15	16	17	1.78
72657660--72657742	19	4.5	18	73	16	71	50	15	15	18	1.78
72657658--72657742	37	2.3	37	89	4	127	50	15	16	17	1.78
72657861--72657979	27	4.5	26	87	5	157	38	22	23	15	1.92
72657861--72657982	54	2.3	54	88	1	174	38	22	22	16	1.93
72658251--72658681	27	16.0	27	88	0	538	23	20	18	36	1.95
72658674--72659123	27	16.7	27	80	5	229	32	8	21	38	1.82
72658728--72659149	27	15.6	27	86	1	499	31	8	22	38	1.83
72658728--72659149	108	3.9	108	89	2	555	31	8	22	38	1.83
72661832--72661939	57	1.9	57	83	7	139	31	28	12	26	1.93
72661854--72661939	29	3.0	28	88	5	127	34	25	13	25	1.93
72666001--72666048	21	2.3	21	92	0	78	25	35	6	33	1.81
72665994--72666048	21	2.9	18	77	15	56	23	34	7	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72670436--72670460	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
72671975--72672356	47	8.1	47	98	0	728	33	8	29	28	1.86
72671975--72673268	94	13.8	94	82	11	1137	33	8	29	27	1.87
72671975--72673268	141	9.2	141	88	6	1944	33	8	29	27	1.87
72672280--72672431	76	2.0	75	93	1	259	31	10	30	26	1.90
72672327--72672384	28	2.0	29	93	3	100	27	13	32	25	1.94
72672356--72673268	47	19.1	47	93	3	1448	33	9	29	27	1.88
72673024--72673051	14	2.0	14	100	0	56	14	14	42	28	1.84
72672977--72673098	61	2.0	61	95	0	217	28	11	31	28	1.92
72672929--72673217	108	2.8	106	86	7	418	32	9	29	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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