genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89685788--89685823	18	2.0	18	94	0	63	33	25	5	36	1.79
89690493--89690702	46	4.5	46	80	4	224	22	26	20	30	1.98
89690493--89690708	94	2.3	92	88	4	301	22	26	20	30	1.98
89701942--89702093	40	3.8	40	86	2	189	26	27	21	24	1.99
89709427--89709498	27	2.8	25	85	4	72	29	22	26	22	1.99
89710887--89711063	83	2.1	83	94	1	311	31	20	11	35	1.89
89711588--89711630	15	2.9	15	77	16	54	30	25	13	30	1.94
89712939--89712981	11	3.7	11	79	11	50	34	0	4	60	1.17
89715873--89716024	27	5.6	27	82	9	175	30	9	19	40	1.83
89715875--89716024	54	2.8	54	84	8	196	30	9	18	41	1.82
89715872--89716024	81	1.9	81	87	2	227	30	9	20	40	1.83
89723374--89723430	29	2.0	27	83	6	69	29	12	29	28	1.93
89728030--89728086	26	2.2	26	84	6	71	29	15	10	43	1.80
89728044--89728103	26	2.3	26	88	0	84	28	11	13	46	1.78
89732948--89733059	57	2.0	56	91	1	179	28	24	12	34	1.92
89730290--89738504	633	12.9	633	89	2	12408	29	21	15	32	1.95
89738623--89738673	26	2.1	26	82	17	65	45	0	23	31	1.53
89741458--89741642	40	4.7	40	80	6	198	24	27	21	25	1.99
89741458--89741642	79	2.3	82	82	7	220	24	27	21	25	1.99
89742246--89742852	314	1.9	314	96	0	1115	34	26	11	27	1.90
89751001--89751056	20	2.7	21	83	5	60	33	3	3	58	1.32
89754842--89754992	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89760524--89760572	25	2.0	25	88	8	73	63	2	2	32	1.17
89760712--89760745	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
89761003--89761059	30	1.9	30	88	0	87	45	10	8	35	1.70
89767564--89767605	20	2.0	20	82	13	50	47	16	7	28	1.73
89788226--89788289	27	2.4	27	83	0	83	20	28	37	14	1.91
89788390--89788435	19	2.8	16	87	12	58	60	0	39	0	0.97
89788395--89788435	19	2.2	18	91	4	64	63	0	36	0	0.95
89788500--89788525	10	2.6	10	100	0	52	80	0	19	0	0.71
89791457--89791540	33	2.5	33	80	0	114	20	35	17	26	1.95
89791524--89791616	33	2.8	33	83	6	134	20	47	12	19	1.82
89791492--89791616	66	1.9	66	83	0	160	20	44	14	20	1.86
89797322--89797367	23	2.0	23	91	8	76	32	26	13	28	1.93
89802168--89802473	153	2.0	154	94	3	537	29	15	24	30	1.95
89803714--89803898	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
89803715--89803898	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
89803715--89803931	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
89811689--89811873	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
89811689--89811873	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
89811744--89811906	79	2.1	79	82	6	197	26	20	28	25	1.99
89825772--89825832	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
89834198--89834329	54	2.4	54	84	2	176	25	15	26	32	1.95
89842147--89842173	13	2.1	13	100	0	54	18	29	37	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89842215--89842261	21	2.2	21	88	0	67	17	4	2	76	1.04
89847694--89847767	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
89862111--89862150	20	2.1	18	90	9	62	0	32	0	67	0.91
89862158--89862211	26	2.1	26	96	0	99	5	16	9	68	1.35
89883666--89883744	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
89883863--89884031	47	3.6	47	87	3	230	28	30	8	33	1.86
89883863--89884031	49	3.6	48	87	3	220	28	30	8	33	1.86
89896070--89896103	8	4.2	8	84	0	50	47	11	8	32	1.71
89896068--89896099	16	2.0	16	100	0	64	50	12	6	31	1.65
89897558--89897676	29	4.2	29	78	6	127	28	13	29	28	1.94
89897562--89897674	58	2.0	57	84	5	147	28	14	30	27	1.95
89898517--89898546	12	2.5	12	94	0	51	20	0	3	76	0.92
89912267--89912323	9	5.9	9	73	15	51	36	7	21	35	1.80
89912265--89912327	20	3.2	20	90	0	108	38	11	19	31	1.86
89912382--89912479	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
89912381--89912486	23	4.4	24	90	9	171	31	19	21	27	1.98
89912694--89912757	31	2.1	31	87	0	92	39	14	23	23	1.91
89917982--89918076	27	3.4	28	86	2	120	25	12	29	32	1.93
89918007--89918089	27	3.0	27	85	5	87	28	12	26	32	1.92
89921549--89921780	40	5.8	40	83	3	270	26	27	21	25	1.99
89921529--89921780	80	3.2	80	84	2	303	27	27	20	24	1.99
89921520--89921779	120	2.2	120	88	2	389	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89926926--89926982	9	5.9	9	73	15	51	36	7	21	35	1.80
89926924--89926986	20	3.2	20	90	0	108	38	11	19	31	1.86
89927040--89927232	24	8.0	24	94	5	327	30	20	21	27	1.98
89927427--89927487	31	2.0	31	83	0	77	36	14	24	24	1.93
89933026--89933075	25	2.0	25	100	0	100	12	24	28	36	1.91
89945224--89945280	30	1.9	30	82	13	73	26	3	31	38	1.73
89961588--89961719	59	2.2	60	84	9	173	41	3	4	50	1.41
89972019--89972072	20	2.8	19	80	5	63	35	3	5	55	1.41
89977777--89977867	42	2.1	42	82	6	103	32	25	14	27	1.94
89979317--89979386	34	2.1	34	88	0	104	34	21	17	27	1.95
89988979--89989042	28	2.3	28	97	0	119	25	9	20	45	1.80
89990133--89990291	43	3.7	43	73	10	137	32	26	16	24	1.97
89990128--89990290	85	1.9	85	81	8	197	33	26	15	24	1.95
89991981--89992066	42	2.0	42	97	0	163	38	16	13	31	1.88
89992409--89992531	58	2.1	58	79	5	133	34	19	16	30	1.94
90011334--90011446	27	4.2	27	81	8	140	37	20	9	32	1.85
90011426--90011516	27	3.4	26	74	6	83	36	14	19	29	1.91
90011652--90011735	27	3.2	26	83	8	107	20	25	22	32	1.98
90011658--90011757	27	3.7	27	76	7	96	19	25	23	33	1.97
90011888--90011967	33	2.4	33	82	0	106	27	17	22	32	1.96
90019574--90019598	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
90019584--90019650	25	2.7	23	78	15	62	13	4	11	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90023372--90023490	25	4.8	25	80	4	123	30	23	21	25	1.99
90026362--90026584	40	5.6	40	86	5	283	25	22	26	25	2.00
90030903--90031995	47	23.3	47	88	0	1587	32	11	31	24	1.91
90030900--90031988	94	11.6	94	96	0	1926	32	11	31	24	1.91
90032126--90032205	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
90039531--90039672	40	3.5	40	83	5	160	26	16	23	33	1.96
90039552--90039677	40	3.0	42	86	6	170	27	15	24	31	1.96
90044919--90045013	43	2.2	43	81	5	102	30	12	21	35	1.90
90049432--90049582	40	3.7	40	85	5	196	23	16	27	32	1.96
90053712--90054072	94	3.9	94	77	12	316	23	28	19	28	1.98
90053721--90054072	47	7.5	46	72	14	195	23	28	19	29	1.98
90054408--90054465	30	1.9	30	96	0	107	32	25	8	32	1.86
90061577--90061696	51	2.4	51	81	8	129	27	15	28	28	1.96
90063180--90063248	30	2.3	30	92	0	111	18	24	36	20	1.95
90071964--90072039	32	2.4	32	82	2	91	28	7	15	47	1.74
90072833--90072900	32	2.1	32	97	0	127	11	4	11	72	1.27
90072982--90073044	30	2.1	30	93	0	108	26	4	9	58	1.49
90073085--90073141	25	2.4	23	76	21	64	28	0	8	63	1.24
90073745--90073780	5	7.0	5	87	6	54	22	0	0	77	0.76
90073746--90073780	16	2.2	16	94	0	61	20	0	0	80	0.72
90081794--90081907	48	2.4	48	85	2	151	28	21	14	34	1.94
90086092--90086209	46	2.6	46	83	0	137	28	21	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90086205--90086229	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
90091122--90091225	52	2.0	52	98	0	199	37	20	3	38	1.71
90093937--90094053	53	2.2	53	93	0	198	28	23	34	13	1.93
90096566--90096711	60	2.4	59	81	7	161	28	19	10	41	1.85
90100920--90100973	28	1.9	28	92	0	90	37	5	11	46	1.63
90101086--90101151	22	2.8	23	75	6	62	15	1	21	62	1.41
90101234--90101276	20	2.1	21	87	12	63	30	2	2	65	1.18
90101232--90101286	29	1.9	28	85	10	76	30	1	1	65	1.13
90116235--90116401	43	3.9	43	78	6	178	31	23	16	28	1.96
90116522--90116595	35	2.1	36	82	7	89	52	10	5	31	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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