genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  232  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79225645--79225740	48	2.0	48	97	0	183	42	8	30	18	1.80
79227432--79228207	98	7.9	95	92	3	1108	37	7	24	30	1.82
79227432--79228207	196	3.9	197	92	3	1239	37	7	24	30	1.82
79227424--79228204	50	15.9	50	86	7	1116	37	7	24	30	1.82
79228349--79228456	37	2.9	37	90	0	162	24	17	30	27	1.97
79229936--79229995	28	2.1	28	90	0	93	31	1	18	48	1.58
79236079--79236171	40	2.3	40	88	0	132	26	19	22	31	1.98
79236079--79236213	40	3.4	39	82	4	119	25	20	23	30	1.98
79239204--79239289	45	1.9	45	90	4	138	23	13	26	36	1.93
79242848--79243109	40	6.6	40	95	1	465	26	27	22	23	2.00
79252811--79252962	76	2.0	76	96	0	277	41	23	18	16	1.90
79253278--79253499	40	5.6	40	89	1	331	27	26	22	23	2.00
79255907--79255938	12	2.8	12	86	13	50	34	37	0	28	1.57
79257454--79257489	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
79258448--79258486	17	2.3	17	95	0	69	35	20	0	43	1.52
79259815--79259895	40	2.0	40	95	0	144	27	12	11	49	1.74
79262472--79262512	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
79266712--79266814	40	2.6	40	92	0	161	24	12	13	49	1.77
79267074--79267146	24	3.1	24	73	18	73	39	15	12	32	1.84
79267099--79267137	21	1.9	20	89	5	60	38	17	10	33	1.84
79268585--79268611	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
79269005--79269052	25	1.9	25	82	0	60	60	0	2	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79269019--79269066	21	2.2	20	75	13	51	52	2	0	45	1.12
79269152--79269185	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
79269141--79269216	23	3.2	23	71	19	66	55	1	0	43	1.08
79270932--79270971	20	2.0	20	100	0	80	45	0	20	35	1.51
79277561--79277596	15	2.4	15	90	0	63	16	19	41	22	1.90
79288134--79288172	18	2.2	18	100	0	78	28	10	28	33	1.90
79290358--79290562	47	4.3	47	88	2	279	27	30	9	32	1.88
79291904--79291972	27	2.6	27	85	0	93	31	28	14	24	1.95
79295318--79295358	21	2.0	21	85	0	55	65	2	24	7	1.30
79301770--79301852	42	2.0	42	95	0	148	39	8	19	32	1.81
79302467--79302560	45	2.1	43	80	9	100	71	6	7	14	1.29
79304987--79305250	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
79315644--79315690	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
79319745--79319774	11	2.9	10	90	9	51	23	26	10	40	1.86
79321123--79321162	17	2.5	17	84	8	57	72	5	12	10	1.26
79325563--79325648	30	2.8	32	70	16	83	19	33	12	33	1.90
79325623--79325652	11	2.9	10	90	9	51	23	26	10	40	1.86
79330985--79331480	47	10.6	47	96	0	866	33	12	28	26	1.92
79331504--79331634	46	2.7	47	85	5	174	35	10	32	21	1.88
79331504--79331616	50	2.4	47	91	5	174	35	12	32	19	1.89
79334374--79334557	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79336258--79336327	35	2.0	35	100	0	140	17	17	22	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79338948--79339085	43	3.2	43	75	10	156	31	18	21	27	1.97
79338931--79339108	85	2.1	85	88	0	257	30	18	21	29	1.97
79342270--79342441	86	2.0	86	96	0	317	31	17	24	26	1.97
79346327--79346561	43	5.5	42	72	8	163	28	22	23	25	1.99
79346326--79346561	85	2.8	85	85	3	289	28	22	23	26	1.99
79353257--79353290	13	2.6	13	100	0	68	20	32	23	23	1.98
79354431--79354456	7	3.7	7	100	0	52	30	0	11	57	1.34
79367287--79367397	27	4.2	26	82	9	134	39	21	8	30	1.82
79367287--79367397	53	2.1	54	85	8	147	39	21	8	30	1.82
79367420--79367507	27	3.3	27	90	0	140	32	21	7	37	1.83
79367433--79367543	27	4.1	27	82	4	91	34	20	9	36	1.84
79367422--79367534	54	2.1	54	81	3	129	33	20	7	38	1.82
79367530--79367734	27	7.6	27	88	0	284	34	20	19	25	1.96
79367530--79367938	54	7.8	54	82	7	450	34	20	19	25	1.96
79367528--79367956	81	5.4	81	79	8	402	34	20	19	26	1.96
79367692--79367777	43	2.0	43	90	4	138	37	19	15	27	1.92
79367742--79367938	27	7.3	27	84	2	243	34	20	20	25	1.97
79367638--79367938	97	3.0	97	78	8	246	35	20	18	25	1.95
79367612--79367858	124	2.0	124	89	0	377	35	21	17	25	1.95
79367593--79367885	151	1.9	151	87	1	426	34	21	18	26	1.96
79368246--79368286	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89
79368541--79368626	27	3.2	26	77	11	93	19	20	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79368519--79368626	54	2.0	53	82	5	128	20	21	20	37	1.94
79368746--79368847	31	3.3	30	86	5	132	20	14	15	49	1.80
79368746--79368858	6	18.3	6	69	18	63	20	15	15	48	1.81
79372413--79372688	50	5.6	50	80	8	280	26	17	25	30	1.97
79372463--79372688	101	2.3	94	84	6	265	26	19	24	29	1.98
79374742--79374848	30	3.6	30	84	2	108	23	24	35	16	1.95
79374767--79374855	30	3.0	30	86	0	124	23	21	38	16	1.93
79379996--79380076	25	3.2	26	65	25	64	30	12	27	29	1.93
79379892--79380078	101	1.9	98	85	3	257	29	18	24	27	1.98
79379887--79380119	50	4.7	50	76	7	217	29	17	24	28	1.97
79391456--79391673	94	2.4	90	81	12	239	22	30	19	27	1.98
79391453--79391675	46	4.8	44	75	14	157	22	30	19	27	1.98
79399201--79399367	46	3.6	44	77	10	147	23	29	18	28	1.98
79415141--79415224	40	2.1	40	82	2	98	27	20	27	25	1.99
79421381--79421553	46	3.8	45	79	10	206	21	20	27	30	1.98
79421378--79421548	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
79437902--79438036	67	2.0	67	98	0	261	47	14	8	28	1.75
79438461--79438618	27	5.9	27	81	11	173	34	20	24	20	1.97
79438479--79438618	54	2.6	54	93	2	237	34	22	24	19	1.96
79440786--79440963	46	3.8	46	74	12	193	30	28	19	21	1.97
79440840--79441008	47	3.6	46	75	7	180	30	28	17	22	1.97
79440794--79441019	93	2.4	93	90	0	362	29	29	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79442707--79442813	27	3.9	27	84	9	137	37	22	24	15	1.93
79445326--79445350	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
79447564--79447688	27	4.6	28	89	2	159	29	19	8	43	1.79
79447612--79447998	27	14.3	27	76	8	178	37	19	9	33	1.85
79447585--79447714	54	2.4	54	80	5	129	33	20	7	39	1.81
79447666--79447913	54	4.6	53	78	7	214	39	21	9	29	1.85
79447666--79447801	53	2.5	54	77	5	132	40	22	8	28	1.84
79447680--79447886	80	2.6	80	82	4	229	39	20	10	29	1.85
79447707--79447913	81	2.6	80	78	7	213	39	20	10	29	1.85
79447666--79447998	54	6.2	52	75	9	206	38	19	9	31	1.85
79448016--79448093	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
79448903--79448996	25	3.8	25	88	4	138	26	23	23	26	2.00
79448903--79449009	25	4.4	24	86	10	121	28	21	23	26	1.99
79452196--79452340	40	3.6	39	91	1	218	24	28	24	22	1.99
79461554--79461664	42	2.6	42	77	2	134	33	24	10	31	1.90
79462728--79462753	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
79466203--79466232	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
79466626--79466987	182	2.0	182	98	0	697	32	7	23	37	1.83
79472667--79472696	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
79475167--79475338	93	1.8	93	91	2	283	29	29	20	20	1.98
79475160--79475335	46	3.8	47	79	12	202	30	29	19	20	1.97
79475756--79475815	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79480183--79480312	43	3.0	43	72	14	122	25	18	28	27	1.98
79480198--79480312	44	2.7	42	75	14	117	25	19	28	26	1.98
79486699--79486725	7	3.9	7	100	0	54	74	0	14	11	1.08
79488882--79488980	49	2.0	49	98	0	189	28	5	24	42	1.75
79489293--79489342	24	2.1	24	96	0	91	40	12	18	30	1.86
79494002--79494051	15	3.4	15	80	5	57	40	0	12	48	1.40
79494009--79494055	15	3.2	15	81	6	60	36	0	8	55	1.31
79495062--79495088	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
79500517--79500701	40	4.7	40	80	6	198	25	27	22	25	2.00
79500769--79501203	218	2.0	218	97	0	816	29	23	14	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297