genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12738964--12739022	30	2.0	30	86	0	82	42	5	27	25	1.76
12739641--12739934	50	5.8	50	82	3	322	26	17	26	30	1.97
12739641--12739923	101	2.8	101	81	1	316	26	16	26	30	1.97
12739645--12739931	151	1.9	153	87	1	425	25	17	26	31	1.97
12740134--12740165	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
12744647--12744673	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
12745104--12745128	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
12750525--12750567	17	2.5	17	84	3	50	18	6	4	69	1.29
12752568--12752621	25	2.2	24	83	3	63	25	25	24	24	2.00
12753478--12753502	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
12755383--12755411	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
12762271--12762300	15	2.0	15	93	0	51	33	3	16	46	1.64
12764920--12765171	29	8.7	29	81	1	256	22	23	12	41	1.87
12764920--12765171	87	2.9	87	86	2	328	22	23	12	41	1.87
12770033--12770483	46	9.8	46	93	1	733	20	21	31	27	1.98
12773425--12773474	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
12775403--12775576	46	3.8	46	83	10	221	22	19	27	29	1.98
12787233--12787636	46	8.7	47	76	16	380	21	19	29	28	1.98
12787233--12787683	93	4.8	93	98	0	866	21	20	30	28	1.98
12790281--12790597	40	7.9	40	98	0	591	25	22	25	27	2.00
12790582--12790612	15	2.1	15	100	0	62	32	12	19	35	1.90
12790542--12790652	55	2.0	55	100	0	222	27	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12790502--12790692	95	2.0	95	100	0	382	26	20	24	28	1.99
12790597--12791325	40	18.2	40	98	0	1227	24	23	25	26	2.00
12808344--12808407	32	2.0	32	96	0	119	57	6	32	3	1.39
12808878--12808970	46	2.0	46	97	0	177	34	11	21	32	1.90
12809661--12810116	40	11.4	40	97	0	826	24	23	25	25	2.00
12814690--12814818	29	4.4	29	79	3	134	37	9	25	27	1.87
12814800--12814877	29	2.7	29	82	7	104	38	15	28	17	1.91
12822828--12822884	22	2.8	22	82	15	61	36	1	0	61	1.07
12843861--12843999	40	3.5	40	75	9	106	24	25	23	26	2.00
12844303--12844381	29	2.7	29	84	5	97	26	32	15	25	1.95
12862294--12862476	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
12862273--12862476	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
12876484--12876629	40	3.7	40	78	7	127	26	28	21	23	1.99
12885456--12885524	36	1.9	36	93	0	120	34	28	21	14	1.93
12887720--12887942	49	4.7	44	90	5	223	28	29	9	31	1.89
12887653--12887942	47	6.1	47	92	1	436	27	30	9	32	1.89
12887653--12887942	96	3.0	94	90	4	436	27	30	9	32	1.89
12890456--12890491	18	1.9	19	94	5	65	33	11	5	50	1.61
12892689--12893285	300	2.0	299	93	1	1025	31	11	22	34	1.89
12893244--12893339	40	2.4	40	86	5	124	20	22	30	26	1.99
12899854--12899880	13	2.1	13	100	0	54	25	7	14	51	1.68
12901098--12901302	40	5.2	40	93	2	344	23	22	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12902829--12902912	31	2.7	31	88	1	134	26	27	17	28	1.98
12902935--12903026	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
12903174--12903244	25	2.8	26	86	2	99	22	22	25	29	1.99
12904054--12904131	27	2.9	26	74	14	77	23	19	19	38	1.93
12904103--12904169	33	2.0	33	97	0	125	19	11	19	49	1.79
12904183--12904418	27	8.7	27	80	5	208	30	8	19	40	1.82
12904254--12904451	54	3.6	54	84	2	218	29	9	20	40	1.84
12904202--12904418	81	2.7	81	82	2	247	31	8	19	41	1.81
12904202--12904451	81	3.1	81	80	3	243	31	9	18	40	1.83
12904268--12904451	27	6.8	27	81	4	183	28	10	20	40	1.85
12904441--12904541	27	3.8	25	79	11	87	39	7	21	30	1.82
12904454--12904541	27	3.3	26	84	6	113	39	5	25	29	1.78
12904440--12904566	54	2.4	53	81	9	157	36	8	23	31	1.85
12921121--12921362	50	4.9	49	78	10	195	25	19	26	29	1.98
12928589--12928825	50	4.7	50	76	7	221	25	17	26	31	1.97
12934201--12934572	48	7.8	48	88	1	507	25	17	30	27	1.97
12938579--12938756	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12938600--12938755	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12947842--12947914	24	3.0	24	89	0	119	36	4	46	12	1.61
12953320--12953496	35	5.0	35	75	4	151	28	11	18	40	1.86
12958389--12958522	46	2.9	46	78	5	162	21	20	29	27	1.98
12961445--12961524	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12961436--12961523	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
12963224--12963274	25	2.0	25	100	0	102	43	0	15	41	1.47
12965156--12965288	46	2.9	43	76	11	131	28	28	20	22	1.98
12965160--12965303	46	3.1	44	70	21	107	29	27	20	22	1.98
12967485--12967675	40	4.8	40	78	10	176	25	28	23	23	1.99
12967492--12967675	79	2.3	79	83	8	214	26	27	23	22	2.00
12975577--12975793	40	5.5	40	80	6	219	24	29	22	23	1.99
12979900--12979957	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
12982641--12982903	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
12991037--12991119	38	2.2	38	85	6	107	26	24	25	24	2.00
12992735--12992771	19	1.9	19	88	0	56	40	8	8	43	1.64
12993976--12994045	32	2.3	31	76	18	76	10	31	11	47	1.73
12997172--12997236	21	3.1	21	65	12	53	21	35	10	32	1.88
12997157--12997252	41	2.3	41	87	3	131	28	29	12	30	1.93
13009549--13009628	40	2.0	40	92	0	133	42	3	27	26	1.72
13010599--13010640	22	2.0	21	95	4	75	14	40	23	21	1.90
13011532--13011579	20	2.4	20	100	0	96	43	14	22	18	1.87
13012669--13012728	31	1.9	31	83	12	79	35	8	18	38	1.81
13017193--13017360	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
13017216--13017360	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
13021092--13021207	51	2.3	51	80	5	119	29	28	12	29	1.94
13021147--13021259	51	2.2	51	80	4	129	28	24	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13027957--13028003	24	2.0	24	100	0	94	53	8	8	29	1.61
13028790--13028963	50	3.4	50	80	4	161	31	26	17	24	1.97
13028830--13028963	52	2.6	50	82	4	153	32	26	14	25	1.95
13031869--13031927	6	10.5	6	78	14	72	37	0	11	50	1.39
13031877--13031927	10	5.3	10	88	9	70	37	0	11	50	1.39
13031868--13031923	22	2.5	22	97	0	103	39	0	10	50	1.37
13033573--13033755	25	7.3	25	70	20	123	21	16	24	37	1.93
13033562--13033836	50	5.5	50	78	6	252	24	16	21	38	1.92
13035436--13035475	18	2.2	18	86	8	55	60	0	7	32	1.25
13037278--13037313	18	2.0	18	100	0	72	44	0	27	27	1.55
13043473--13043536	28	2.3	28	86	5	94	31	31	7	29	1.86
13043662--13043742	27	2.9	28	83	3	74	19	25	20	33	1.97
13044195--13044233	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
13044606--13044681	38	2.0	38	94	0	134	22	22	27	27	1.99
13050524--13050587	28	2.3	28	83	5	85	31	32	7	28	1.85
13050693--13050782	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
13050703--13050793	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
13050693--13050807	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
13053973--13054241	48	5.6	48	76	13	186	26	18	30	25	1.98
13053973--13054241	99	2.8	95	78	12	259	26	18	30	25	1.98
13060759--13060798	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
13062647--13062677	14	2.2	14	94	0	53	29	6	19	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13072311--13072402	46	2.0	46	97	0	175	42	10	14	32	1.80
13073920--13073983	25	2.5	26	81	18	73	31	1	20	46	1.60
13073926--13073982	26	2.2	27	79	20	68	33	1	17	47	1.58
13076212--13076266	26	2.1	26	93	0	92	49	7	0	43	1.30
13076820--13076870	11	4.7	10	86	11	66	27	33	3	35	1.75
13077066--13077116	24	2.1	23	82	13	59	25	1	3	68	1.17
13077285--13077769	242	2.0	242	99	0	952	26	20	27	26	1.99
13079158--13079197	21	1.9	21	85	10	55	30	45	17	7	1.76
13079680--13079714	17	2.0	18	88	5	54	65	0	5	28	1.15
13083515--13083887	39	9.5	39	94	1	570	17	20	30	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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