genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1831581--1831653	17	4.1	18	82	10	80	65	1	6	26	1.25
1831676--1831713	17	2.2	17	95	0	67	57	0	7	34	1.28
1831720--1831774	25	2.2	26	78	18	62	61	1	5	30	1.29
1831755--1831815	18	3.4	18	76	19	65	68	0	3	27	1.05
1831755--1831807	21	2.7	20	88	11	74	66	0	3	30	1.10
1831742--1831815	17	4.4	17	77	11	80	67	0	4	28	1.09
1831679--1831843	3	57.0	3	70	13	51	60	1	8	29	1.37
1836535--1838479	973	2.0	973	100	0	3890	34	19	21	23	1.96
1842395--1842572	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
1842416--1842571	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
1850457--1850634	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
1850457--1850634	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
1854248--1854308	32	1.9	31	83	3	77	54	3	11	31	1.52
1854471--1854515	21	2.2	20	88	8	63	71	4	8	15	1.28
1858786--1858827	20	2.1	20	100	0	84	33	26	23	16	1.96
1862339--1862867	265	2.0	265	100	0	1058	35	4	11	48	1.61
1866876--1867067	48	4.0	48	89	2	278	25	16	29	28	1.97
1866885--1867103	48	4.6	47	83	7	228	26	15	30	27	1.96
1866885--1867103	96	2.3	95	84	4	278	26	15	30	27	1.96
1883201--1883409	54	3.9	53	78	9	208	22	22	18	36	1.95
1885636--1885843	40	5.2	40	85	5	260	23	19	28	29	1.98
1893412--1893600	55	3.5	53	80	8	195	21	23	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1898151--1898432	48	5.9	48	80	3	246	25	15	28	30	1.96
1898151--1898384	96	2.4	96	84	4	276	24	16	28	31	1.96
1913788--1913833	14	3.3	14	90	6	67	36	2	28	32	1.69
1919617--1919888	46	5.8	48	76	10	240	26	19	31	22	1.98
1920991--1921029	21	1.9	20	89	5	60	12	38	25	23	1.90
1922099--1922133	13	2.5	14	86	13	54	60	5	8	25	1.49
1922857--1922908	20	2.6	21	79	14	65	71	1	5	21	1.17
1922857--1922908	10	5.1	11	75	15	58	71	1	5	21	1.17
1922922--1922959	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
1931508--1931532	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
1932628--1932785	42	3.7	42	76	9	160	26	18	24	30	1.98
1952686--1952813	42	3.0	42	82	2	148	33	23	13	29	1.93
1960210--1960331	43	2.9	42	82	2	145	29	27	14	28	1.95
1963531--1963588	25	2.3	25	82	5	64	32	31	15	20	1.94
1972577--1972613	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
1972663--1972697	18	1.9	18	94	0	61	37	20	11	31	1.88
1982171--1982247	19	4.1	19	78	11	86	53	1	5	40	1.32
1985480--1985651	46	3.7	46	78	14	201	27	27	22	22	1.99
1985485--1985655	93	1.8	93	93	2	299	27	28	22	21	1.99
1986075--1986134	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
1992110--1992157	22	2.2	22	81	7	53	22	31	20	25	1.98
1993930--1994056	51	2.5	51	84	2	166	33	28	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2000474--2000581	26	4.2	26	95	0	180	36	23	7	33	1.83
2002353--2002417	32	2.0	32	100	0	130	26	12	6	55	1.60
2013496--2013608	47	2.4	47	81	0	136	31	10	31	25	1.90
2013727--2013805	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
2015562--2015843	48	5.9	48	78	3	262	23	29	20	26	1.99
2015559--2015834	96	2.9	94	81	3	345	22	28	21	27	1.99
2015562--2015843	144	2.0	144	84	4	372	23	29	20	26	1.99
2018282--2018355	37	2.0	37	84	7	96	35	24	8	32	1.85
2019241--2019280	20	2.0	20	100	0	80	70	5	0	25	1.08
2022269--2022300	15	2.1	15	100	0	64	46	0	18	34	1.49
2022366--2022814	46	9.7	46	87	6	563	29	15	30	24	1.96
2032487--2032623	39	3.5	39	89	2	204	29	21	23	24	1.99
2033442--2033802	46	7.7	46	74	9	227	27	18	30	23	1.97
2033442--2033755	92	3.3	89	79	10	283	28	17	29	24	1.97
2033627--2033802	49	3.6	47	82	8	176	25	19	32	23	1.97
2033621--2033802	96	1.9	98	86	5	262	24	19	32	23	1.97
2034975--2035014	21	2.0	21	85	5	55	10	40	27	22	1.86
2040314--2040387	35	2.1	35	87	5	105	31	21	28	18	1.97
2040443--2040507	33	2.0	32	85	11	89	13	7	13	64	1.48
2043734--2044001	65	4.1	65	83	2	315	33	16	14	35	1.90
2043734--2044001	129	2.1	129	82	3	324	33	16	14	35	1.90
2046493--2046603	55	2.0	55	87	0	159	27	36	18	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2047382--2047599	48	4.6	47	77	10	205	22	29	21	27	1.99
2047382--2047652	139	1.9	142	82	6	347	23	30	19	27	1.98
2052328--2052522	47	4.1	47	85	3	205	34	9	29	26	1.88
2052357--2052430	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
2052445--2052628	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	29	1.82
2052444--2052628	48	3.8	48	87	5	282	36	6	26	30	1.82
2052774--2052882	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
2061731--2061780	23	2.2	23	82	7	57	34	10	32	24	1.88
2065134--2065179	15	3.2	15	81	6	51	36	4	0	58	1.18
2069256--2069296	20	2.0	20	100	0	82	19	21	0	58	1.39
2071302--2071525	40	5.6	40	90	2	317	24	22	28	24	1.99
2074547--2074593	23	2.1	22	84	11	60	31	19	4	44	1.70
2083356--2083447	42	2.2	42	94	0	157	38	21	11	28	1.89
2083592--2083818	26	8.8	26	92	0	368	27	22	22	26	1.99
2083592--2083818	52	4.4	52	97	1	422	27	22	22	26	1.99
2083868--2083922	20	2.8	20	86	10	71	34	18	9	38	1.82
2084620--2084721	27	3.8	26	72	12	80	23	20	19	36	1.95
2084735--2084871	56	2.5	54	80	8	143	31	8	18	41	1.80
2084800--2085032	53	4.4	53	78	5	193	28	9	20	41	1.83
2084826--2085032	80	2.6	80	81	3	220	28	9	20	41	1.84
2084715--2085032	27	11.8	27	76	5	205	29	9	19	40	1.84
2085025--2086016	27	36.7	27	96	0	1732	37	7	22	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092407--2092439	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
2100318--2100401	27	3.2	26	81	5	96	35	26	13	25	1.92
2106874--2106910	18	2.1	18	100	0	74	43	18	16	21	1.88
2107203--2107342	57	2.5	57	83	4	158	29	22	17	30	1.96
2122498--2122664	43	3.9	43	82	6	187	32	25	14	26	1.95
2140930--2140981	23	2.3	20	74	22	50	25	0	1	73	0.94
2140944--2140987	22	2.0	22	86	0	61	25	0	2	72	0.96
2153961--2154841	47	18.6	47	92	1	1402	33	8	28	29	1.86
2153961--2154841	143	6.2	141	92	1	1420	33	8	28	29	1.86
2162378--2162605	40	5.7	40	95	0	402	21	27	20	31	1.98
2168377--2168554	27	6.6	27	82	3	187	26	15	29	28	1.96
2168378--2168533	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
2168374--2168554	82	2.2	81	81	2	211	27	15	28	28	1.96
2170241--2170311	32	2.3	31	95	2	124	35	4	16	43	1.68
2175849--2175876	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2177375--2177412	16	2.3	17	81	9	51	23	10	2	63	1.39
2179278--2179487	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
2179225--2179487	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
2179226--2179522	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
2187231--2187600	40	9.3	40	94	0	582	24	20	27	26	1.99
2187178--2187600	80	5.3	80	91	2	584	25	20	27	26	1.99
2187178--2187600	120	3.5	120	90	2	584	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192115--2192294	49	3.7	49	85	2	227	30	28	17	23	1.97
2200565--2200741	27	6.5	27	78	6	144	29	28	15	25	1.96
2209730--2209896	43	3.9	43	92	0	273	13	23	32	29	1.93
2210213--2210320	45	2.4	45	85	8	134	23	23	26	26	2.00
2227316--2227419	52	2.0	52	94	0	181	29	11	25	32	1.91
2234264--2234293	14	2.1	14	93	0	51	33	0	46	20	1.51
2249736--2249791	29	2.0	28	82	3	67	35	21	3	39	1.71
2252665--2252794	66	2.0	66	96	3	244	36	13	26	23	1.92
2258180--2258258	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
2258377--2258602	47	4.8	47	90	0	344	28	30	8	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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