genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56316990--56317030	19	2.2	19	86	0	55	75	7	0	17	1.02
56317489--56317569	28	2.9	28	88	1	117	32	20	23	23	1.98
56317685--56317749	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
56318522--56318588	33	2.0	33	94	0	116	22	23	14	38	1.92
56322687--56322752	28	2.4	28	81	0	87	40	9	21	28	1.83
56322824--56323046	39	5.7	39	90	1	322	18	22	28	30	1.98
56324412--56324454	22	2.0	22	100	0	86	46	20	0	32	1.51
56325240--56325270	8	3.9	8	91	0	53	29	0	6	64	1.18
56325238--56325270	16	2.1	16	100	0	66	30	0	6	63	1.18
56325614--56325644	15	2.1	15	93	0	53	70	0	29	0	0.87
56325981--56326011	15	2.1	15	93	0	53	70	0	29	0	0.87
56325588--56326325	367	2.0	367	100	0	1476	40	4	20	33	1.74
56326376--56326411	18	2.1	18	89	5	56	50	0	16	33	1.46
56332922--56332969	20	2.4	18	78	18	51	33	0	18	47	1.49
56333305--56333414	26	4.2	26	92	2	168	33	4	24	37	1.76
56335033--56335145	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
56335031--56335145	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
56339919--56339972	3	17.7	3	76	3	54	38	0	1	59	1.08
56339920--56339972	6	8.7	6	87	2	61	39	0	1	58	1.09
56340341--56340386	23	2.0	23	83	12	58	69	2	10	17	1.27
56341353--56341448	27	3.4	27	80	12	106	17	6	35	40	1.75
56344884--56344933	25	2.0	25	100	0	100	40	12	16	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56346250--56346349	48	2.1	49	84	1	130	35	18	9	38	1.82
56348447--56348514	16	4.2	16	96	0	118	27	0	36	35	1.58
56348495--56348589	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
56348727--56348781	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
56348758--56348807	16	3.1	16	73	21	50	58	0	0	42	0.98
56348760--56348807	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
56348912--56349072	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
56353313--56353456	56	2.6	56	100	0	288	31	19	29	19	1.96
56353994--56354037	19	2.2	20	92	4	72	50	15	11	22	1.76
56358613--56358657	20	2.3	20	84	3	56	62	15	6	15	1.52
56358851--56358926	26	2.9	25	90	3	107	35	13	6	44	1.69
56365496--56365529	16	2.1	16	94	0	59	44	29	20	5	1.75
56365745--56365837	28	3.3	28	83	0	114	22	12	34	30	1.92
56370092--56370125	16	2.1	16	94	0	59	44	29	20	5	1.75
56370341--56370433	28	3.3	28	83	0	114	22	12	34	30	1.92
56370675--56370730	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
56373385--56373464	28	2.9	28	88	0	106	27	17	30	25	1.97
56375992--56376077	43	2.0	43	82	8	104	26	29	18	25	1.98
56397536--56397607	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
56397741--56397846	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
56404579--56404603	12	2.1	12	100	0	50	72	8	8	12	1.29
56405964--56405995	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56406958--56407043	45	1.9	45	95	0	154	26	10	25	37	1.88
56419822--56419850	13	2.1	14	93	6	51	31	6	20	41	1.79
56422257--56422325	34	2.0	34	100	0	138	31	8	17	42	1.80
56430181--56430214	17	2.0	17	94	0	59	50	17	8	23	1.74
56430632--56430669	17	2.2	18	86	9	53	55	2	2	39	1.28
56445615--56445747	39	3.4	39	88	0	185	30	4	21	44	1.72
56446604--56446975	153	2.4	150	76	7	331	31	19	18	30	1.96
56447127--56447372	7	34.4	7	68	10	59	21	3	26	48	1.66
56447168--56447250	22	3.5	22	68	23	60	26	3	18	51	1.62
56447156--56447272	50	2.3	50	95	1	207	24	3	21	50	1.64
56447245--56447298	22	2.6	21	85	5	74	20	5	27	46	1.73
56447326--56447380	21	2.5	22	80	8	60	20	0	20	60	1.37
56447818--56447873	28	2.0	28	100	0	112	17	3	28	50	1.63
56448969--56449005	18	2.1	18	100	0	74	16	18	5	59	1.55
56459129--56459188	24	2.5	24	91	0	93	33	1	40	25	1.66
56460153--56460184	16	2.1	15	94	5	55	53	25	18	3	1.59
56460599--56460708	27	4.1	27	86	8	145	15	24	21	38	1.92
56466937--56467029	24	3.9	24	91	0	141	34	1	37	26	1.64
56468433--56468533	27	3.8	27	85	6	125	15	24	19	39	1.91
56470258--56470534	43	6.5	43	80	5	285	23	16	28	31	1.97
56470290--56470503	42	5.1	42	81	8	238	21	17	30	31	1.96
56470290--56470515	84	2.7	85	86	3	314	22	18	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56473044--56473143	6	16.3	6	70	15	71	48	14	18	20	1.82
56473045--56473112	24	2.8	24	86	10	86	47	13	19	20	1.82
56473053--56473112	25	2.5	24	89	8	86	48	11	20	20	1.80
56473069--56473143	31	2.4	31	88	0	105	48	14	17	20	1.82
56473262--56473321	27	2.3	26	88	2	84	35	18	23	23	1.96
56473654--56474198	27	20.2	27	86	1	680	41	7	21	30	1.80
56473654--56474198	108	5.0	108	91	0	802	41	7	21	30	1.80
56474193--56474323	27	4.8	26	83	3	145	30	9	22	38	1.85
56474160--56474349	54	3.5	54	75	7	163	32	8	21	37	1.85
56475860--56475962	32	3.3	32	80	14	108	33	1	23	41	1.65
56477038--56477112	17	4.4	17	70	8	53	28	9	17	45	1.79
56477040--56477148	52	2.1	51	87	1	155	28	10	17	44	1.81
56477075--56477148	17	4.3	17	68	10	51	29	12	16	41	1.84
56477608--56477640	16	2.1	16	100	0	66	36	0	33	30	1.58
56480562--56480605	20	2.2	20	88	4	63	15	13	9	61	1.56
56483296--56484045	255	2.9	255	98	0	1437	27	15	21	36	1.93
56486542--56486624	43	1.9	43	83	9	107	33	24	16	25	1.96
56494980--56495323	50	6.8	50	75	3	278	24	18	27	29	1.98
56494980--56495323	151	2.3	151	87	2	485	24	18	27	29	1.98
56495089--56495274	101	1.8	101	83	2	248	24	19	26	29	1.98
56495886--56496240	180	2.0	180	86	0	503	38	9	20	32	1.84
56508653--56508884	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56510009--56510232	40	5.6	40	84	7	278	24	22	27	25	2.00
56510008--56510235	119	1.9	119	83	6	291	25	22	27	25	2.00
56513924--56514101	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
56513924--56514101	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
56521930--56522107	27	6.6	27	80	7	155	28	29	15	26	1.96
56521955--56522106	54	2.8	53	84	6	189	26	30	16	26	1.97
56527654--56527705	24	2.2	24	82	0	59	51	9	3	34	1.53
56537587--56537668	40	2.0	40	97	0	155	43	13	4	37	1.65
56537594--56537662	20	3.5	20	66	15	52	47	15	4	31	1.65
56540969--56541049	39	2.1	39	95	0	144	25	30	23	19	1.98
56545723--56545821	50	2.0	50	97	0	189	24	20	11	44	1.83
56545773--56546109	169	2.0	169	97	0	638	32	18	9	39	1.83
56549958--56550048	28	3.2	28	88	1	128	30	23	25	20	1.98
56550157--56550218	28	2.2	28	88	0	88	33	8	25	32	1.85
56550684--56550728	23	2.0	22	83	8	56	33	31	15	20	1.93
56557813--56557903	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
56558009--56558073	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
56559667--56559767	51	2.0	51	94	0	175	40	26	13	18	1.89
56563058--56563112	25	2.2	26	83	3	67	65	10	7	16	1.45
56563527--56563607	42	1.9	42	92	0	135	19	35	12	32	1.89
56565156--56565382	30	7.6	30	68	7	102	34	13	25	26	1.93
56565148--56565397	60	4.2	60	73	6	218	36	12	25	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56565327--56565397	30	2.4	31	76	7	74	35	12	29	22	1.91
56567369--56567401	16	2.1	16	100	0	66	33	18	30	18	1.94
56568594--56568647	26	2.1	26	92	0	90	27	7	22	42	1.80
56572808--56572882	30	2.6	28	76	4	78	42	10	25	21	1.85
56572864--56573058	30	6.5	30	75	9	164	35	10	26	27	1.89
56572863--56573058	60	3.3	61	77	11	197	35	10	26	27	1.89
56572894--56573072	90	2.0	90	80	2	198	36	11	25	26	1.90
56588923--56589048	46	2.7	46	95	0	225	20	20	27	30	1.98
56589273--56589310	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
56591021--56591066	19	2.4	19	76	20	51	65	8	2	23	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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