genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93129401--93129439	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
93136646--93136688	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
93136646--93136684	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
93138827--93138998	93	1.8	93	90	2	274	27	28	21	22	1.99
93138821--93138994	46	3.8	46	78	14	187	28	27	21	22	1.99
93144452--93144541	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
93144650--93144712	28	2.2	28	88	0	90	28	9	30	31	1.89
93151842--93151923	27	3.0	27	78	7	85	31	21	25	20	1.98
93152032--93152094	28	2.2	28	85	0	81	28	11	30	30	1.91
93151944--93152265	161	2.0	161	98	0	626	32	18	17	31	1.94
93152193--93152255	28	2.2	28	88	0	90	28	9	30	31	1.89
93152212--93152742	266	2.0	266	99	0	1053	28	22	18	30	1.97
93165827--93166005	40	4.5	40	95	1	315	20	23	29	26	1.99
93173289--93173460	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
93173291--93173513	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
93173289--93173513	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
93173445--93173522	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
93177497--93177719	79	2.8	78	82	9	256	25	26	22	25	2.00
93177497--93177719	39	5.7	40	85	8	257	25	26	22	25	2.00
93183754--93183796	18	2.3	18	84	8	50	72	4	2	20	1.14
93189182--93189262	34	2.4	34	85	4	101	27	19	22	30	1.98
93189529--93189588	26	2.3	26	80	8	68	25	1	20	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93195108--93195207	52	1.9	51	87	2	146	43	12	18	27	1.85
93198510--93198539	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
93203054--93203117	27	2.4	27	92	5	103	40	21	7	29	1.82
93203102--93203350	27	9.3	27	87	0	302	37	20	18	23	1.94
93203553--93203647	25	3.8	25	90	2	147	26	24	23	26	2.00
93206005--93206085	27	3.0	27	85	3	101	28	23	9	38	1.87
93205802--93206377	292	2.0	292	98	0	1125	25	18	22	33	1.96
93206297--93206461	27	6.1	27	85	4	208	27	24	9	38	1.85
93206297--93206461	80	2.0	81	89	3	253	27	24	9	38	1.85
93206758--93206819	26	2.3	27	81	10	74	33	20	8	37	1.83
93206804--93206973	27	6.2	27	80	2	142	39	17	10	33	1.83
93207905--93207968	25	2.6	25	87	0	92	28	21	23	26	1.99
93207956--93208001	24	1.9	24	82	8	58	28	19	23	28	1.98
93209074--93209239	27	6.1	27	84	0	197	28	24	9	38	1.85
93209074--93209239	81	2.0	81	89	0	251	28	24	9	38	1.85
93209455--93209581	47	2.7	47	80	10	136	24	26	18	30	1.98
93209518--93209838	86	3.7	86	97	0	581	22	28	19	29	1.98
93216774--93216810	18	2.1	17	95	5	65	64	8	10	16	1.47
93229425--93229480	18	3.1	18	82	15	62	44	7	16	32	1.74
93230326--93230391	32	2.1	32	91	0	105	22	10	21	45	1.82
93232349--93232438	34	2.6	34	83	11	112	21	26	25	26	1.99
93236553--93236618	22	3.0	22	72	16	64	15	13	24	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93236550--93236643	42	2.2	44	84	3	129	14	12	25	46	1.80
93237115--93237244	56	2.3	56	81	5	138	41	16	22	20	1.90
93237116--93237245	28	4.6	28	79	7	111	41	15	22	20	1.90
93237943--93238117	61	2.9	60	78	0	179	34	14	23	28	1.94
93244492--93244753	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
93252567--93252756	40	4.8	40	92	1	283	25	28	21	24	1.99
93262875--93262937	32	2.0	32	96	0	117	30	42	11	15	1.82
93263103--93263153	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
93263805--93263894	27	3.3	27	84	0	108	26	20	16	36	1.93
93270504--93270987	104	4.7	104	97	0	898	32	18	25	23	1.97
93271639--93271729	27	3.4	27	86	3	112	24	18	17	39	1.92
93276001--93276080	37	2.2	37	81	4	99	26	30	18	25	1.98
93276199--93276709	47	10.9	47	97	0	932	28	28	8	33	1.87
93276685--93276733	24	2.0	24	100	0	98	26	32	8	32	1.86
93276638--93276778	71	2.0	71	97	0	264	27	29	8	34	1.87
93276708--93276808	47	2.1	47	92	0	166	27	29	7	34	1.85
93281905--93282027	49	2.5	49	82	2	149	24	28	19	27	1.99
93282090--93282264	46	3.8	46	83	6	196	23	25	20	30	1.98
93286854--93286903	24	2.1	24	100	0	100	54	8	4	34	1.49
93291626--93291665	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
93302462--93302528	33	2.0	33	88	5	100	28	19	20	31	1.97
93305141--93305247	43	2.5	42	85	8	128	27	14	24	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93305132--93305288	43	3.7	43	77	6	124	29	14	24	32	1.94
93310646--93310693	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
93310730--93310796	20	3.3	20	87	0	98	32	11	23	31	1.91
93310846--93310966	25	5.0	24	91	7	165	28	20	23	27	1.99
93310845--93310966	48	2.5	49	85	9	169	28	20	22	27	1.99
93311160--93311220	31	2.0	31	90	0	95	31	16	27	24	1.96
93315690--93315860	85	2.0	85	98	0	333	39	8	26	26	1.84
93316877--93317074	47	4.1	47	94	2	342	31	8	29	30	1.87
93317164--93317373	49	4.6	48	77	17	234	34	8	29	27	1.87
93317179--93317336	85	1.9	85	94	2	282	34	10	28	26	1.90
93319803--93319875	38	1.9	38	86	5	103	32	19	23	24	1.97
93319931--93320211	40	7.1	40	90	0	393	24	21	28	25	1.99
93321468--93321646	85	2.1	85	96	0	331	36	8	28	26	1.86
93322911--93324094	47	25.1	47	97	0	1977	35	11	28	25	1.91
93323071--93323146	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
93326545--93326617	38	1.9	38	86	5	103	32	19	23	24	1.97
93326673--93326953	40	7.1	40	90	0	393	24	21	28	25	1.99
93329568--93329971	47	8.6	47	91	2	530	33	9	29	27	1.88
93337550--93337615	29	2.3	29	89	0	96	27	25	19	27	1.99
93339973--93340006	18	1.9	18	88	5	52	52	5	14	26	1.64
93340722--93340781	10	6.0	10	83	11	70	68	1	6	23	1.22
93340722--93340779	30	1.9	30	86	13	84	68	1	6	22	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93344055--93344277	46	4.8	44	75	13	164	24	30	20	25	1.99
93344063--93344279	94	2.3	91	80	8	235	24	29	19	25	1.98
93358953--93359070	62	1.9	61	92	0	191	38	11	28	21	1.87
93368786--93368877	48	1.9	48	93	0	157	35	7	27	29	1.84
93369026--93369097	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
93370353--93370551	40	5.0	40	86	0	272	23	20	29	27	1.98
93370715--93370765	25	2.0	25	81	7	59	33	15	29	21	1.94
93371106--93371214	37	2.9	37	93	0	182	22	19	31	26	1.98
93378354--93378511	53	3.0	53	99	0	309	37	9	15	37	1.80
93379563--93379777	46	4.6	46	76	16	187	27	20	28	23	1.98
93387227--93387445	46	4.7	46	78	8	180	28	18	29	23	1.98
93392032--93392160	55	2.3	57	84	6	156	27	16	6	49	1.71
93393687--93393728	20	2.2	19	95	4	75	14	26	35	23	1.93
93395181--93395304	42	2.9	43	80	4	137	29	33	16	20	1.95
93395461--93395515	22	2.4	24	87	6	78	47	9	5	38	1.58
93400866--93400969	50	2.1	50	96	1	192	37	23	10	28	1.88
93406074--93406229	43	3.6	43	90	0	231	12	23	31	32	1.91
93406203--93406305	45	2.3	45	81	8	122	20	22	26	31	1.98
93409327--93409474	48	3.1	48	87	0	215	29	23	7	39	1.82
93421224--93421374	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
93425113--93425280	47	3.6	47	93	0	273	27	30	7	33	1.85
93425163--93425241	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93427712--93428263	184	3.0	184	98	0	1052	34	21	13	30	1.92
93431980--93432276	149	2.0	149	93	1	515	36	16	8	38	1.79
93436902--93436945	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
93437172--93437403	40	5.8	40	87	4	308	28	25	21	23	1.99
93437172--93437403	80	2.9	80	90	3	351	28	25	21	23	1.99
93447738--93447843	23	4.6	23	77	3	115	33	13	22	31	1.92
93452903--93453015	54	2.1	54	93	0	190	53	8	17	19	1.69
93459186--93459260	10	7.3	10	76	7	53	64	5	1	29	1.24
93459574--93459638	28	2.3	29	81	7	71	36	1	3	58	1.23
93461523--93461583	30	2.1	29	93	3	104	36	24	14	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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