genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80959812--80960135	162	2.0	162	93	0	549	42	21	12	23	1.87
80963428--80963468	22	1.9	22	85	5	57	41	7	7	43	1.60
80964073--80964115	20	2.2	20	87	8	61	55	2	2	39	1.25
80964107--80964143	19	2.0	19	89	5	58	45	0	2	51	1.15
80971369--80971536	51	3.3	51	94	0	273	25	23	17	33	1.96
80976032--80976207	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
80976029--80976200	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
80998517--80998580	27	2.4	27	94	0	110	46	6	0	46	1.27
80998531--80998590	13	4.6	13	80	13	70	45	8	0	46	1.33
81002438--81002462	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
81004571--81004678	54	2.0	54	98	0	207	35	23	9	32	1.86
81008002--81008039	19	2.0	19	89	0	58	47	2	10	39	1.52
81010579--81011038	47	9.7	47	96	0	785	29	30	8	31	1.86
81013922--81014184	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
81013922--81014184	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
81014116--81014193	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81016486--81016526	5	8.2	5	100	0	82	80	0	0	19	0.71
81019896--81019920	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
81022212--81022282	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
81023506--81023616	27	4.1	27	80	5	118	16	23	21	38	1.92
81023506--81023616	54	2.1	53	84	1	141	16	23	21	38	1.92
81027081--81027193	56	2.0	56	94	0	199	35	28	6	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81028761--81028822	6	10.2	6	77	10	63	77	4	4	12	1.09
81028758--81028822	25	2.7	23	75	17	60	76	4	4	13	1.10
81040533--81040578	24	1.9	24	90	0	74	43	21	10	23	1.84
81042013--81042154	41	3.4	43	76	6	139	26	28	20	23	1.99
81042386--81042469	42	2.0	42	97	0	159	40	20	16	22	1.91
81044811--81045072	46	5.6	46	73	11	151	28	17	29	24	1.97
81044856--81045072	93	2.3	93	79	6	224	28	16	29	24	1.97
81044813--81045080	140	1.9	141	81	6	321	28	17	29	24	1.98
81054918--81055027	27	4.1	27	84	5	134	37	23	21	17	1.94
81054918--81055027	54	2.1	53	85	1	148	37	23	21	17	1.94
81056203--81056234	16	2.0	16	93	0	55	53	6	34	6	1.51
81057023--81057206	38	4.8	38	88	1	242	19	19	26	34	1.96
81060587--81060659	38	1.9	38	94	0	128	32	27	5	34	1.80
81064438--81064475	14	2.7	14	91	0	58	36	7	18	36	1.80
81064459--81064504	19	2.3	20	92	3	76	21	10	19	47	1.80
81064580--81064624	20	2.4	19	85	7	56	46	4	0	48	1.22
81064585--81064624	20	2.0	20	90	0	62	50	2	0	47	1.14
81067141--81067363	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
81067141--81067363	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
81067141--81067396	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
81071412--81071686	138	2.0	138	96	0	505	36	16	10	36	1.84
81073007--81073067	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81077042--81077156	45	2.6	45	83	5	144	43	13	13	28	1.83
81077042--81077200	45	3.5	44	79	5	140	40	15	16	27	1.88
81079499--81079546	21	2.3	21	92	0	78	41	16	2	39	1.60
81082493--81082564	36	2.0	36	94	0	126	38	6	19	34	1.79
81083869--81083975	53	2.0	53	100	0	214	26	16	25	31	1.97
81089267--81089563	152	2.0	151	99	0	576	31	19	13	34	1.91
81093755--81093802	21	2.3	21	85	7	62	22	18	41	16	1.90
81104636--81104662	13	2.1	13	100	0	54	33	0	44	22	1.53
81104972--81105001	15	2.0	15	100	0	60	26	33	6	33	1.83
81106464--81106732	40	6.7	40	92	0	186	28	27	21	22	1.99
81106509--81106734	40	5.7	40	95	1	382	30	26	20	23	1.98
81109762--81110286	262	2.0	262	99	0	1032	29	22	18	29	1.98
81114692--81114835	40	3.6	40	85	4	184	26	27	20	25	1.99
81124616--81124748	49	2.7	48	79	5	151	25	18	29	26	1.98
81126642--81126753	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
81126642--81126753	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
81129773--81129833	30	2.0	30	96	0	113	42	13	21	22	1.87
81131342--81131529	53	3.5	53	76	3	151	37	17	23	21	1.94
81135647--81135886	38	6.3	38	84	1	300	23	23	24	28	1.99
81135648--81135863	78	2.8	76	85	4	272	23	25	24	27	2.00
81135667--81135887	116	1.9	116	90	0	352	22	23	25	28	1.99
81135879--81135960	43	1.9	43	89	0	128	12	24	34	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81140469--81140928	48	9.7	46	69	14	180	29	17	28	24	1.97
81140608--81140782	48	3.6	48	75	6	190	31	16	28	24	1.96
81140606--81140828	98	2.3	98	100	0	446	30	16	29	23	1.96
81140656--81140827	50	3.5	50	75	6	197	30	15	30	23	1.96
81158567--81158774	28	7.4	28	92	2	285	32	27	13	26	1.94
81165611--81165659	25	2.0	25	83	0	62	32	18	14	34	1.91
81166369--81166446	40	2.0	39	82	5	95	26	23	19	30	1.98
81169459--81169493	16	2.2	16	90	10	54	74	2	5	17	1.14
81174941--81174999	17	3.6	17	70	21	63	33	20	11	33	1.89
81174947--81175011	31	2.1	31	100	0	130	35	21	9	33	1.85
81183122--81183180	29	2.0	29	96	0	109	23	3	15	57	1.53
81189765--81189846	34	2.4	34	83	6	94	69	0	28	2	1.01
81189754--81189841	6	15.5	6	74	15	71	68	0	28	3	1.06
81189756--81189846	31	3.1	28	80	12	92	69	0	27	3	1.04
81189765--81189835	11	6.8	10	77	15	56	69	0	29	1	0.98
81193478--81193555	34	2.3	34	80	4	86	43	16	6	33	1.74
81193478--81193558	17	4.8	17	76	3	65	43	17	6	33	1.74
81194558--81194633	31	2.5	31	85	4	93	46	7	3	42	1.51
81202061--81202118	30	1.9	30	85	0	80	20	13	6	58	1.58
81202366--81202530	12	14.1	12	69	18	100	32	2	1	63	1.18
81202401--81202477	32	2.2	36	80	17	85	36	1	0	62	1.04
81202366--81202589	23	8.6	25	70	20	106	34	2	1	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81202367--81202536	46	3.7	45	77	15	145	32	2	1	63	1.17
81202484--81202522	20	2.0	20	89	0	60	28	2	2	66	1.18
81216842--81217622	90	8.7	90	87	1	1057	31	14	27	27	1.95
81219049--81219099	27	2.0	27	84	7	70	35	1	1	60	1.19
81219044--81219101	29	2.2	26	82	14	73	31	1	1	65	1.13
81219132--81219202	23	2.9	25	78	14	78	30	0	2	66	1.06
81219132--81219282	30	5.1	29	71	25	77	32	2	1	62	1.20
81219133--81219205	12	6.0	12	75	13	60	30	0	2	67	1.05
81219166--81219235	20	3.5	21	79	14	69	34	2	0	62	1.10
81219329--81219934	318	1.9	318	100	0	1212	33	6	3	56	1.41
81228109--81228178	6	11.7	6	80	11	81	15	1	2	80	0.91
81231468--81231590	43	2.9	43	83	0	156	21	14	17	45	1.85
81231486--81231661	43	4.1	43	76	5	140	21	14	19	45	1.85
81231486--81231661	86	2.0	87	80	3	194	21	14	19	45	1.85
81236294--81236351	30	1.9	30	82	0	71	31	10	27	31	1.90
81236696--81236955	46	5.5	47	77	14	225	27	19	28	24	1.99
81238991--81239178	40	4.7	40	92	3	317	25	27	22	24	2.00
81238958--81239178	119	1.9	119	87	5	331	24	27	22	25	2.00
81241839--81242699	436	2.0	436	92	0	1452	29	23	25	21	1.99
81244407--81244441	17	2.1	17	100	0	70	34	37	28	0	1.58
81248399--81248441	22	2.0	22	95	0	77	39	11	23	25	1.88
81257913--81257971	30	2.0	30	82	0	73	32	11	27	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81258314--81258530	46	4.7	46	78	9	178	27	20	29	22	1.98
81262158--81262373	118	1.8	118	79	2	254	31	24	18	25	1.97
81263592--81263650	26	2.2	28	82	14	79	55	0	3	40	1.16
81264472--81264525	28	1.9	28	84	0	72	48	3	1	46	1.30
81265230--81265278	25	2.0	24	88	4	71	55	0	4	40	1.19
81267073--81267120	21	2.3	21	74	0	51	45	2	8	43	1.45
81267256--81267385	58	2.3	58	90	2	210	43	6	10	40	1.63
81277885--81278007	43	2.9	43	86	0	165	21	17	17	43	1.88
81277890--81278043	43	3.6	43	80	3	148	20	16	20	42	1.89
81277880--81278078	86	2.3	86	79	0	200	21	17	19	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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