genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  178  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59983768--59983817	26	1.9	26	95	0	91	34	22	8	36	1.83
59984358--59984420	29	2.2	29	97	2	119	26	12	19	41	1.87
59992443--59993630	480	2.5	481	94	1	2086	36	13	13	36	1.84
60004437--60004980	47	11.4	47	90	3	809	32	9	29	29	1.88
60005099--60005177	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60011249--60012435	590	2.0	590	99	0	2340	40	20	5	33	1.76
60024838--60024872	17	2.1	17	100	0	70	28	11	11	48	1.74
60027313--60027415	43	2.4	43	79	4	111	21	16	30	32	1.95
60027386--60027468	43	1.9	43	92	0	139	18	19	32	30	1.95
60032530--60032721	40	4.8	40	87	0	267	26	28	21	24	1.99
60034102--60034226	47	2.7	47	92	0	196	28	32	6	32	1.82
60034150--60034226	25	3.2	25	68	17	81	32	29	3	33	1.76
60034377--60034495	47	2.5	47	94	2	202	30	28	6	34	1.83
60034100--60034654	279	2.0	277	94	0	984	34	23	7	34	1.84
60043782--60044001	49	4.6	47	73	13	173	23	27	20	28	1.99
60044840--60044880	19	2.1	20	86	4	57	29	14	4	51	1.63
60053221--60053357	55	2.5	55	90	1	211	27	32	18	21	1.97
60054114--60054432	49	6.7	47	74	10	222	22	29	20	28	1.98
60056453--60056555	18	5.8	18	78	5	93	35	13	11	38	1.81
60056700--60056786	44	2.0	44	82	8	106	40	20	19	19	1.92
60056891--60056930	20	2.0	20	90	9	64	40	12	5	42	1.64
60056898--60056947	15	3.0	15	83	16	55	40	14	2	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60058835--60058941	27	4.0	27	82	8	121	38	18	23	19	1.93
60060349--60060395	24	2.0	24	86	0	67	23	36	6	34	1.80
60071069--60071106	19	2.0	19	94	0	67	44	21	21	13	1.85
60080833--60080862	11	2.7	11	89	0	51	33	0	0	66	0.92
60080984--60081043	30	2.0	30	93	0	102	58	15	3	23	1.52
60083230--60083290	30	2.1	29	93	3	104	36	21	16	26	1.94
60085176--60085200	8	3.1	8	100	0	50	48	28	0	24	1.52
60090552--60090609	30	2.0	30	96	3	109	31	24	18	25	1.98
60095999--60096103	53	2.0	53	86	0	147	36	18	25	20	1.95
60099202--60099426	40	5.6	40	82	2	263	23	27	24	25	2.00
60099166--60099426	80	3.3	80	82	3	294	24	26	23	25	2.00
60099166--60099426	120	2.2	120	81	6	298	24	26	23	25	2.00
60105574--60106732	44	25.9	44	95	2	1933	32	10	29	27	1.90
60107244--60107411	83	2.0	83	96	2	311	36	8	25	29	1.86
60112192--60112307	40	2.9	41	79	3	137	24	28	23	24	2.00
60114189--60114413	47	4.8	46	77	7	202	27	18	30	23	1.98
60114189--60114413	94	2.4	93	85	3	299	27	18	30	23	1.98
60117579--60117762	40	4.5	41	82	6	223	24	23	26	25	2.00
60117583--60117763	83	2.2	80	85	3	238	24	24	27	24	2.00
60127861--60127939	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
60128060--60128538	49	10.0	49	94	1	744	28	31	9	30	1.88
60130016--60130270	55	4.8	54	79	9	269	36	18	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60130023--60130223	108	1.8	109	89	4	316	34	18	24	22	1.96
60139982--60140023	22	1.9	22	100	0	84	23	7	38	30	1.82
60144755--60144810	28	2.0	28	100	0	112	39	10	21	28	1.87
60153895--60153924	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
60162133--60162233	43	2.3	43	81	3	114	29	17	17	34	1.94
60165504--60165685	40	4.6	40	93	0	294	28	26	21	23	1.99
60165908--60166015	51	2.1	51	96	0	207	29	15	10	44	1.80
60167094--60167119	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
60171094--60171304	105	2.0	105	94	1	370	43	7	21	27	1.78
60172775--60173093	58	5.5	57	76	7	232	36	11	26	24	1.90
60172761--60173087	87	3.7	87	74	8	279	35	11	27	24	1.91
60172775--60173087	29	10.8	29	79	8	203	36	11	27	24	1.90
60173786--60173829	21	2.4	17	74	25	52	50	11	9	29	1.69
60173791--60173833	21	2.0	21	100	0	86	44	13	9	32	1.76
60176570--60176753	40	4.6	40	89	2	273	27	25	22	24	2.00
60184756--60184939	40	4.6	40	91	2	291	27	24	23	24	2.00
60186694--60186747	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
60186694--60186767	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
60186694--60186758	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
60189019--60189161	41	3.5	41	91	0	207	25	22	26	25	2.00
60189017--60189202	41	4.6	40	85	2	203	23	22	27	27	1.99
60189003--60189202	81	2.5	78	81	8	231	23	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60189003--60189228	81	2.8	76	78	12	211	23	21	28	26	1.99
60196173--60196357	41	4.6	41	83	5	225	24	21	27	27	1.99
60196163--60196364	81	2.5	79	80	7	228	25	20	27	26	1.99
60199971--60200194	46	4.9	46	79	11	219	28	20	28	23	1.99
60201235--60201414	27	6.7	26	79	10	168	39	19	10	31	1.85
60201235--60201414	53	3.4	53	84	3	202	39	19	10	31	1.85
60201398--60201646	27	9.2	27	85	1	293	37	16	19	26	1.93
60201317--60201646	54	6.1	53	79	8	238	37	17	16	27	1.92
60201264--60201521	81	3.2	81	79	8	217	39	18	13	28	1.88
60201398--60201648	81	3.1	81	85	0	331	37	17	19	26	1.93
60201875--60201953	27	3.0	26	81	5	77	20	20	22	36	1.95
60202082--60202122	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89
60202004--60202242	98	2.4	98	88	1	345	19	19	27	33	1.96
60205551--60205670	27	4.4	27	81	2	134	22	20	18	39	1.93
60205662--60205789	27	4.7	27	90	0	202	35	17	14	32	1.91
60211174--60211244	37	1.9	36	83	11	90	40	1	5	52	1.34
60211235--60211303	20	3.6	19	70	20	54	44	2	7	44	1.46
60225013--60225110	24	4.0	24	90	1	151	34	5	38	21	1.76
60225853--60225963	27	4.1	27	87	1	143	15	25	21	37	1.92
60227119--60227162	23	2.0	23	81	4	54	43	9	13	34	1.76
60231327--60231498	93	1.8	93	93	0	299	29	27	20	22	1.99
60231321--60231494	46	3.8	45	77	10	199	30	26	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60238887--60239057	93	1.8	93	92	0	288	30	28	19	21	1.97
60238879--60239053	46	3.8	46	75	13	187	31	28	18	21	1.97
60239480--60239539	30	2.0	30	83	0	75	31	26	5	36	1.78
60241411--60241468	30	1.9	30	89	0	89	39	6	24	29	1.81
60242203--60242386	67	2.9	63	78	8	201	28	16	30	23	1.97
60246155--60246228	24	3.0	24	94	2	130	37	5	36	20	1.76
60246154--60246218	12	5.4	12	67	7	51	40	3	36	20	1.68
60247615--60247717	27	3.9	27	85	2	129	17	25	20	36	1.94
60251800--60251982	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
60251798--60251982	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
60254856--60255020	43	3.9	43	75	11	142	30	13	23	32	1.93
60258313--60258418	41	2.5	43	80	4	126	28	16	22	33	1.95
60261015--60261050	18	2.0	18	89	10	56	27	13	27	30	1.94
60262241--60262291	20	2.5	21	76	20	63	39	15	9	35	1.81
60272518--60272578	26	2.3	27	81	18	74	62	0	9	27	1.27
60279308--60279340	15	2.2	15	100	0	66	48	15	12	24	1.78
60279747--60279832	43	2.0	43	88	0	127	32	31	17	18	1.94
60283291--60283421	29	4.6	29	75	3	95	26	31	12	29	1.92
60293324--60293405	43	1.9	43	97	0	155	29	30	20	19	1.97
60294523--60294640	59	2.0	59	94	0	209	47	17	24	10	1.79
60295079--60295146	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
60294968--60295295	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60295248--60295326	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
60300417--60300493	27	2.8	26	78	7	73	37	20	23	18	1.94
60300602--60300664	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
60301662--60301694	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
60308244--60308352	27	4.0	26	78	10	103	39	22	21	17	1.92
60310352--60310508	53	2.9	54	85	6	205	28	21	13	36	1.91
60311524--60311558	16	2.2	16	100	0	70	40	5	22	31	1.78
60311736--60311859	58	2.1	58	83	2	151	50	3	1	45	1.27
60316938--60317086	22	6.6	22	74	8	81	30	19	22	27	1.98
60316956--60317078	22	5.5	21	75	12	104	34	18	21	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297