genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26098630--26098814	79	2.3	81	84	9	238	25	27	22	24	2.00
26098630--26098814	40	4.6	41	84	9	240	25	27	22	24	2.00
26104542--26104591	19	2.7	19	90	3	75	24	42	26	8	1.82
26110543--26110735	40	4.8	40	89	1	226	27	28	21	22	1.99
26119746--26119824	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26119943--26120353	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
26123715--26124054	40	8.5	40	85	3	384	25	27	22	24	2.00
26123727--26124054	119	2.7	119	84	3	374	25	27	22	24	2.00
26124360--26124438	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26124420--26124522	43	2.4	43	96	0	197	27	34	15	22	1.94
26126547--26126961	47	8.7	47	95	1	704	29	30	7	32	1.85
26132004--26132169	43	3.9	43	80	6	176	24	18	24	33	1.96
26144890--26144937	12	3.8	13	75	8	55	25	10	10	54	1.66
26144863--26144935	25	2.9	25	91	0	110	28	12	8	50	1.68
26145771--26145932	45	3.6	45	85	3	204	24	20	27	27	1.99
26157536--26157707	43	4.0	43	75	11	118	25	16	26	31	1.97
26157590--26157707	43	2.8	42	80	6	123	25	17	25	31	1.97
26160862--26160995	22	5.8	22	78	11	119	22	22	19	35	1.96
26160890--26161024	67	2.0	68	81	8	159	21	22	19	37	1.95
26166143--26166195	7	7.3	7	83	8	61	43	39	0	16	1.49
26166148--26166195	15	3.3	15	85	2	71	43	39	0	16	1.48
26174284--26174468	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26174251--26174468	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
26175920--26175979	30	2.0	30	83	6	77	38	6	25	30	1.81
26183122--26183153	12	2.7	12	100	0	64	31	6	28	34	1.82
26186731--26187204	40	11.6	40	84	8	607	25	28	22	22	1.99
26186757--26187204	83	5.4	83	97	0	794	25	29	22	22	1.99
26194417--26194640	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
26194417--26194640	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
26198344--26198420	23	3.3	23	81	0	100	15	12	22	49	1.78
26203840--26203918	34	2.4	34	84	2	97	24	26	25	24	2.00
26205525--26205702	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26205526--26205681	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26205522--26205702	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26216354--26216420	30	2.3	29	87	7	91	11	13	14	59	1.61
26216347--26216409	15	4.2	15	80	11	76	12	12	15	58	1.63
26217795--26217949	79	2.0	79	96	0	283	42	10	23	23	1.85
26218619--26218852	49	4.7	49	84	2	279	25	17	26	29	1.98
26218611--26218873	99	2.6	98	77	9	280	25	17	26	29	1.98
26222376--26222418	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
26222856--26222953	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
26222884--26222967	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
26224838--26224876	17	2.3	17	95	0	69	30	7	33	28	1.85
26230202--26230385	40	4.6	40	85	4	253	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26230206--26230360	83	1.9	83	94	0	274	23	23	28	25	1.99
26230206--26230386	83	2.2	82	88	3	242	24	23	27	24	2.00
26234579--26234610	15	2.1	15	94	0	55	53	6	0	40	1.26
26240925--26241019	44	2.2	42	83	10	113	27	16	25	30	1.97
26242115--26242173	30	2.0	30	86	0	82	37	6	25	30	1.82
26242594--26242724	46	2.8	48	78	12	164	23	19	26	29	1.98
26260360--26260822	27	17.6	26	74	13	285	27	16	27	28	1.97
26260360--26260646	82	3.5	80	80	5	290	27	16	28	27	1.97
26260357--26260646	109	2.7	109	93	1	474	27	16	27	27	1.97
26260702--26260822	55	2.2	54	85	1	152	25	15	29	28	1.96
26260526--26260877	176	2.0	176	100	0	704	26	16	27	29	1.97
26260727--26260833	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	29	1.95
26260876--26261135	130	2.0	130	99	0	511	28	16	26	28	1.97
26264083--26264143	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
26264569--26264740	46	3.7	45	77	11	179	23	19	26	29	1.98
26264562--26264732	93	1.8	93	89	2	272	23	21	26	28	1.99
26271028--26271070	21	2.0	23	86	9	63	4	23	4	67	1.28
26273316--26273434	56	2.1	56	92	3	195	32	23	16	26	1.96
26273316--26273449	56	2.4	56	87	2	171	34	21	15	28	1.94
26274358--26274408	10	5.3	10	77	13	54	37	11	0	50	1.39
26278378--26278426	21	2.5	19	79	20	57	32	0	20	46	1.51
26278387--26278426	21	2.0	20	95	5	71	32	0	22	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26278387--26278434	21	2.3	21	86	10	64	33	2	20	43	1.64
26282301--26282415	57	2.0	57	100	0	230	22	17	19	40	1.91
26285593--26285657	32	2.0	32	90	0	103	29	9	13	47	1.74
26301511--26301556	22	2.1	21	84	4	56	47	8	0	43	1.34
26305797--26305840	20	2.2	20	80	4	54	25	0	29	45	1.54
26307079--26307251	45	3.9	45	87	1	233	24	20	26	27	1.99
26313798--26313841	20	2.2	20	80	4	54	25	0	29	45	1.54
26315070--26315196	44	2.9	45	85	4	188	24	22	28	24	2.00
26316550--26316603	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
26318088--26318195	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
26339939--26340592	40	16.3	40	93	2	1026	26	27	20	25	1.99
26344424--26344469	22	2.1	22	84	4	58	47	8	0	43	1.34
26346723--26346752	14	2.1	15	93	6	53	16	20	6	56	1.62
26351431--26351504	27	2.8	27	83	2	87	35	21	25	17	1.95
26353732--26353818	37	2.4	37	86	3	122	36	2	22	37	1.67
26356650--26356699	25	2.0	25	96	0	91	26	28	14	32	1.94
26369717--26369909	40	4.8	40	87	2	244	27	29	21	21	1.98
26369717--26369909	81	2.4	80	86	2	253	27	29	21	21	1.98
26377743--26377917	40	4.3	40	88	2	224	28	28	22	21	1.99
26377740--26377917	81	2.2	81	86	3	250	28	27	22	21	1.99
26379672--26379760	44	2.0	44	100	0	178	26	13	41	17	1.87
26380547--26380609	27	2.3	27	77	0	72	34	19	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26380766--26380856	27	3.4	27	85	0	119	26	18	18	36	1.94
26384895--26384959	28	2.4	28	86	2	87	24	21	20	33	1.97
26388160--26388210	18	2.8	18	80	11	50	37	5	21	35	1.78
26397707--26397873	46	3.6	45	71	18	128	28	19	28	23	1.98
26402993--26403161	43	4.0	41	76	11	153	24	17	27	30	1.97
26402993--26403140	43	3.5	43	79	5	158	25	16	27	31	1.96
26404723--26404787	33	2.0	33	96	0	121	29	9	20	41	1.83
26409361--26410192	417	2.0	416	95	0	1502	33	13	17	35	1.89
26421226--26421375	28	5.4	28	86	3	187	26	12	29	31	1.93
26421251--26421375	55	2.3	55	90	2	189	28	12	28	30	1.93
26426535--26426560	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
26429493--26429658	84	2.0	83	90	7	264	29	15	27	27	1.96
26434235--26434496	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
26440405--26440587	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
26440403--26440587	40	4.7	40	82	7	225	25	28	22	23	1.99
26445680--26445797	43	2.8	42	76	8	132	24	16	27	31	1.97
26445670--26445793	41	3.0	41	74	12	117	23	16	27	32	1.96
26468805--26469028	116	1.9	116	99	0	439	32	7	17	42	1.77
26471411--26471750	27	12.6	27	81	4	301	39	21	8	30	1.83
26471504--26471778	81	3.4	79	81	8	286	40	21	8	29	1.83
26471789--26471840	27	1.9	27	88	7	79	38	11	13	36	1.81
26471857--26471958	27	3.8	26	75	10	80	39	20	17	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26473437--26473581	40	3.6	40	84	4	184	24	26	24	25	2.00
26474769--26474844	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
26475951--26475981	16	1.9	16	93	0	53	29	22	12	35	1.91
26476015--26476171	52	3.1	51	89	7	232	27	21	23	28	1.99
26476015--26476163	26	5.8	26	85	0	203	25	22	24	28	1.99
26476381--26476459	31	2.5	31	93	0	131	31	18	22	26	1.97
26476768--26476806	21	2.0	21	85	10	55	33	5	5	56	1.43
26479389--26479461	30	2.3	32	83	4	96	30	30	5	34	1.80
26479392--26479461	32	2.3	29	83	11	86	28	31	5	34	1.81
26479534--26479629	28	3.4	28	76	0	102	22	26	20	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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